BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-282D03
Chromosome14 (Build37)
Map Location 12,896,222 - 13,014,346
singlet/doubletdoublet
Overlap genePtprg
Upstream geneFhit, LOC667030, EG382843, LOC100042427, LOC667059, LOC100041996, LOC100042441
Downstream gene3830406C13Rik, EG667072, Fezf2, Cadps, EG432822, LOC100042022, LOC100042026, EG328354
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-282D03.bB6Ng01-282D03.g
ACCGA081476GA081477
length1,1031,069
definitionB6Ng01-282D03.b B6Ng01-282D03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(13,013,253 - 13,014,346)(12,896,222 - 12,897,278)
sequence
gaattctcaggttatatatgattttaaactttattatcatgaatgatgtc
tgatcctacttattcacaatttaagtggactttaaaaaaaactgttaata
cttaagtatggtttttatagttttgtccttagctcacacctttcatgatt
tggggcccccagaggcatggtcctaccttgtgtccacaaagggacagcta
aggaaaggatcataaagagcaggggtagaaggcagaggttacattaggtg
catgcccagctactgcagccgtgtgggatgctgctctttcagcatctgtg
gaggcttctcttccttcaggccatgggaggagaggagaaagaaagagaca
aaggtagacatggaggctggtgaggctgcttgtcagcctgcactagaagc
ttagaagacctggcagcctgtgcaccagaaaaccattcaggacggagctg
ggttagcagaaaaggtgggtgggtacaatgtggaacattgtgagctgcag
accttaggcatacagaatacacagatcagtgggcaaccgtaagctttgga
ggaatcacatagtctgggcagctctgtagggaagagcaggaagccttgag
acctgtgtggacagagactccacattgagtctatcaggctcagctcctcc
ttgtagactgccgagcatagcagagcaggagaaaaagtacctgctgaaga
gctagctgcctagagtggaggccctacttcagcaggactgtctgaccatg
ccacttcccttctcagagtctccatgtctccttcttctcaggtgtgaaca
aagaattccatatatactgtctaatttaatctttatagaatggggtattc
tataaagaagacttctcaaaagacccatttcctagatgaggaaattgagt
ctcaaatgggatcccatgccaaagagccagggaagtggtagagctaatgt
gacaatccacatgttcctgagtcaagggtttgtagccacactataaaata
tgcatttggatactgcgtaactcacacttagagtcggacaaataccctgc
agttcttaggatgatctcaactttaaggtagacctgatatggtttccctc
agt
gaattccagataagccacagttatgtgaagaaacggtcttaaaaaaaaaa
tcacagttcatgagtgcatcctttggatataggatcaggaccaaagcaga
atttggttatttcttcaagagttttacaatggtcttagtgggttttgcta
tgtttgatttaaccatggactttaagcatgaggcgtcttatacattgtta
ctgtcccacactcagtcattggtcaggtgtctgaaatgctcatggaaggt
gtaggctttgagcccagtgctctgtccatgctggtagtgtgtatcatatc
ctcatctagaaggtggcagttgctcaccagggtcctgtgaatgaaatgta
gatgttttagtctggccccaaaccatccttgcaggtggatcttttcctac
cataaacatccccctcagtggattcacatcaccgtgagacaatgaactac
ttaaaatgccccgtctttaatgctaacactattctgaaatgagtctgttc
ttccaccaagtgcacaaaccagtttctccatagtaaacctcgtcactgtt
caaagctatcttctgaagggtagactgcacactaggccatctcttttctt
tctttctttctttttttaaagatttatttatttattatatgtaagtacac
tgtagctgtcttcagacactccagaagagggcatcagattttgttacgga
tggttgagagccaccatgtggttgctgggatttgaactctggaccttcag
aagagtagttggcgctcttaaccactgagccatctcgccagcccccggcc
atctcttttcttgaaggagtcattggaggtggacactaacccacatattc
attgatttcccccccccgcccccgtcccccgggtatgtttaaatttattt
gttcctaagctccctgcttttttattgttattctaaagtgtttttgtttt
tttctagctcatcctccatttgtctaaatgccaagaggcccaatattagt
cccatcatttttcctcatcctttaagttacttgtcggtgcttagctatgg
cattatataccttaagcag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_13013253_13014346
seq2: B6Ng01-282D03.b_46_1148 (reverse)

seq1  ACTGAGGGAAA-CATATCAGGTCTACCT--AAGTTGAGATCATCCTAAGG  47
      ||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |
seq2  ACTGAGGGAAACCATATCAGGTCTACCTTAAAGTTGAGATCATCCTAA-G  49

seq1  AACTGCA-GGTATTTGT-CGACTCTAAGTGTGAGTTACGCAGTAT-CAAA  94
      ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AACTGCAGGGTATTTGTCCGACTCTAAGTGTGAGTTACGCAGTATCCAAA  99

seq1  TGCATATTTTATAGTGTGGCTACAAA-CCTTGACTCAGGAACATGTGGAT  143
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATATTTTATAGTGTGGCTACAAACCCTTGACTCAGGAACATGTGGAT  149

seq1  TGTCACATTAGCTCTACCACTT-CCTGGCTCTTTGGCATGGGAT-CCATT  191
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TGTCACATTAGCTCTACCACTTCCCTGGCTCTTTGGCATGGGATCCCATT  199

seq1  TGAGACTCAATTTCCTCATCTAGGAAATGGGTCTTTTGAGAAGTCTTCTT  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGACTCAATTTCCTCATCTAGGAAATGGGTCTTTTGAGAAGTCTTCTT  249

seq1  TATAGAATA-CCCATTCTATAAAGATTAAATTAGACAGTATATATGGAAT  290
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGAATACCCCATTCTATAAAGATTAAATTAGACAGTATATATGGAAT  299

seq1  TCTTTGTTCACACCTGAGAAGAAGGAGACATGGAGACTCTGAGAAGGGAA  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGTTCACACCTGAGAAGAAGGAGACATGGAGACTCTGAGAAGGGAA  349

seq1  GTGGCATGGTCAGACAGTCCTGCTGAAGTAGGGCCTCCACTCTAGGCAGC  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCATGGTCAGACAGTCCTGCTGAAGTAGGGCCTCCACTCTAGGCAGC  399

seq1  TAGCTCTTCAGCAGGTACTTTTTCTCCTGCTCTGCTATGCTCGGCAGTCT  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTCTTCAGCAGGTACTTTTTCTCCTGCTCTGCTATGCTCGGCAGTCT  449

seq1  ACAAGGAGGAGCTGAGCCTGATAGACTCAATGTGGAGTCTCTGTCCACAC  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGAGGAGCTGAGCCTGATAGACTCAATGTGGAGTCTCTGTCCACAC  499

seq1  AGGTCTCAAGGCTTCCTGCTCTTCCCTACAGAGCTGCCCAGACTATGTGA  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCTCAAGGCTTCCTGCTCTTCCCTACAGAGCTGCCCAGACTATGTGA  549

seq1  TTCCTCCAAAGCTTACGGTTGCCCACTGATCTGTGTATTCTGTATGCCTA  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCCAAAGCTTACGGTTGCCCACTGATCTGTGTATTCTGTATGCCTA  599

seq1  AGGTCTGCAGCTCACAATGTTCCACATTGTACCCACCCACCTTTTCTGCT  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCTGCAGCTCACAATGTTCCACATTGTACCCACCCACCTTTTCTGCT  649

seq1  AACCCAGCTCCGTCCTGAATGGTTTTCTGGTGCACAGGCTGCCAGGTCTT  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCAGCTCCGTCCTGAATGGTTTTCTGGTGCACAGGCTGCCAGGTCTT  699

seq1  CTAAGCTTCTAGTGCAGGCTGACAAGCAGCCTCACCAGCCTCCATGTCTA  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGCTTCTAGTGCAGGCTGACAAGCAGCCTCACCAGCCTCCATGTCTA  749

seq1  CCTTTGTCTCTTTCTTTCTCCTCTCCTCCCATGGCCTGAAGGAAGAGAAG  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGTCTCTTTCTTTCTCCTCTCCTCCCATGGCCTGAAGGAAGAGAAG  799

seq1  CCTCCACAGATGCTGAAAGAGCAGCATCCCACACGGCTGCAGTAGCTGGG  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCACAGATGCTGAAAGAGCAGCATCCCACACGGCTGCAGTAGCTGGG  849

seq1  CATGCACCTAATGTAACCTCTGCCTTCTACCCCTGCTCTTTATGATCCTT  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCACCTAATGTAACCTCTGCCTTCTACCCCTGCTCTTTATGATCCTT  899

seq1  TCCTTAGCTGTCCCTTTGTGGACACAAGGTAGGACCATGCCTCTGGGGGC  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTAGCTGTCCCTTTGTGGACACAAGGTAGGACCATGCCTCTGGGGGC  949

seq1  CCCAAATCATGAAAGGTGTGAGCTAAGGACAAAACTATAAAAACCATACT  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAATCATGAAAGGTGTGAGCTAAGGACAAAACTATAAAAACCATACT  999

seq1  TAAGTATTAACAGTTTTTTTTAAAGTCCACTTAAATTGTGAATAAGTAGG  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTATTAACAGTTTTTTTTAAAGTCCACTTAAATTGTGAATAAGTAGG  1049

seq1  ATCAGACATCATTCATGATAATAAAGTTTAAAATCATATATAACCTGAGA  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGACATCATTCATGATAATAAAGTTTAAAATCATATATAACCTGAGA  1099

seq1  ATTC  1094
      ||||
seq2  ATTC  1103

seq1: chr14_12896222_12897278
seq2: B6Ng01-282D03.g_65_1133

seq1  GAATTCCAGATAAGCCACAGTTATGTGAAGAAACGGTCTTAAAAAAAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGATAAGCCACAGTTATGTGAAGAAACGGTCTTAAAAAAAAAA  50

seq1  TCACAGTTCATGAGTGCATCCTTTGGATATAGGATCAGGACCAAAGCAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGTTCATGAGTGCATCCTTTGGATATAGGATCAGGACCAAAGCAGA  100

seq1  ATTTGGTTATTTCTTCAAGAGTTTTACAATGGTCTTAGTGGGTTTTGCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGTTATTTCTTCAAGAGTTTTACAATGGTCTTAGTGGGTTTTGCTA  150

seq1  TGTTTGATTTAACCATGGACTTTAAGCATGAGGCGTCTTATACATTGTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGATTTAACCATGGACTTTAAGCATGAGGCGTCTTATACATTGTTA  200

seq1  CTGTCCCACACTCAGTCATTGGTCAGGTGTCTGAAATGCTCATGGAAGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCCACACTCAGTCATTGGTCAGGTGTCTGAAATGCTCATGGAAGGT  250

seq1  GTAGGCTTTGAGCCCAGTGCTCTGTCCATGCTGGTAGTGTGTATCATATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGCTTTGAGCCCAGTGCTCTGTCCATGCTGGTAGTGTGTATCATATC  300

seq1  CTCATCTAGAAGGTGGCAGTTGCTCACCAGGGTCCTGTGAATGAAATGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATCTAGAAGGTGGCAGTTGCTCACCAGGGTCCTGTGAATGAAATGTA  350

seq1  GATGTTTTAGTCTGGCCCCAAACCATCCTTGCAGGTGGATCTTTTCCTAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTTTAGTCTGGCCCCAAACCATCCTTGCAGGTGGATCTTTTCCTAC  400

seq1  CATAAACATCCCCCTCAGTGGATTCACATCACCGTGAGACAATGAACTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAACATCCCCCTCAGTGGATTCACATCACCGTGAGACAATGAACTAC  450

seq1  TTAAAATGCCCCGTCTTTAATGCTAACACTATTCTGAAATGAGTCTGTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATGCCCCGTCTTTAATGCTAACACTATTCTGAAATGAGTCTGTTC  500

seq1  TTCCACCAAGTGCACAAACCAGTTTCTCCATAGTAAACCTCGTCACTGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACCAAGTGCACAAACCAGTTTCTCCATAGTAAACCTCGTCACTGTT  550

seq1  CAAAGCTATCTTCTGAAGGGTAGACTGCACACTAGGCCATCTCTTTTCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCTATCTTCTGAAGGGTAGACTGCACACTAGGCCATCTCTTTTCTT  600

seq1  TCTTTCTTTCTTTTTTTAAAGATTTATTTATTTATTATATGTAAGTACAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTTTCTTTTTTTAAAGATTTATTTATTTATTATATGTAAGTACAC  650

seq1  TGTAGCTGTCTTCAGACACTCCAGAAGAGGGCATCAGATTTTGTTACGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGCTGTCTTCAGACACTCCAGAAGAGGGCATCAGATTTTGTTACGGA  700

seq1  TGGTTGAGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCTGGACCTTCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGAGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCTGGACCTTCAG  750

seq1  AAGAGTAGTTGGCGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCGCCAGCCCCCGGCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTAGTTGGCGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCGCCAGCCCCCGGCC  800

seq1  ATCTCTTTTCTTGAAGGAGTCATTGGAGGTGGACACTAACCCACATATTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTTTTCTTGAAGGAGTCATTGGAGGTGGACACTAACCCACATATTC  850

seq1  ATTGATTT-CCCCCCCCGCCCCCGTCCCCC-GGTATGTTTAAAATTTATT  898
      |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||
seq2  ATTGATTTCCCCCCCCCGCCCCCGTCCCCCGGGTATGTTT-AAATTTATT  899

seq1  TGTTCCTAAGCTCCCTGCTTTTTTATTGTTTATTCTAAAGTGTTT---TG  945
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   | 
seq2  TGTTCCTAAGCTCCCTGCTTTTTTATTG-TTATTCTAAAGTGTTTTTGTT  948

seq1  TTTTTCTAGCTCATCCTCCA-TTGTCT-AATGCCAAGAGG-CCAATATTA  992
      |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||
seq2  TTTTTCTAGCTCATCCTCCATTTGTCTAAATGCCAAGAGGCCCAATATTA  998

seq1  GT-CCATCATTTTT-CTCATCCTT--AGTTACTGGTCGGGTGCTTAGCTA  1038
      || ||||||||||| |||||||||  ||||||| ||| ||||||||||||
seq2  GTCCCATCATTTTTCCTCATCCTTTAAGTTACTTGTC-GGTGCTTAGCTA  1047

seq1  T-GCA-TATATACC-TAAGCAG  1057
      | ||| |||||||| |||||||
seq2  TGGCATTATATACCTTAAGCAG  1069