BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-291B11
Chromosome14 (Build37)
Map Location 102,449,188 - 102,594,567
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene1700110M21Rik, LOC100043421, LOC382936, Tbc1d4, Commd6, Uchl3, Lmo7, LOC100043795, LOC545567
Downstream geneLOC669278, Kctd12, LOC668699, Irg1, Cln5, Fbxl3, LOC100043441, Phr1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-291B11.bB6Ng01-291B11.g
ACCGA088071GA088072
length7721,123
definitionB6Ng01-291B11.b B6Ng01-291B11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(102,593,797 - 102,594,567)(102,449,188 - 102,450,313)
sequence
gaattctaactcagtggtttaaaacacttgctttttcttttttcccagag
gactcatgttagcatccatgcattcacatggtagtttataaccatccata
actccagttcaagggtataaaatatcctactctgatacttcctcaggcac
caagggcacatttggtacacatccaaacatgcacacatatgaaataacat
gtataaatctatcatagacatagtaaattattggtagtgttagagtctac
tctaatatttcattttaaaaatatgaacacttggatgaaatatttactta
taatttcatgtgtttgctatacctatctggttatatactaatgttgtttt
tcctcataaattaatttgaatatatccattactttttgtgttttaaattt
tctctgaatatttggtagaatcattctgtgaactcatttatatctgctac
tgttttcctaaaggagttcttttttttttaacaacattatattttatgtc
aaaacatacctgttactgaaggacctgaggaggtttgtagtcccatggag
ggagcaacagtgtcaactggccaaacaccctggagctcctgggacaggac
caccaaccaaagagtacgcatgaagggacccatagctccggccacatatg
tagcagaggatggccttgttggcatcagtgggagaagagacccttgggcc
tgagggtgtttgatgccccagtggagggaaacgccagggcaggaagatgg
aagtgggtggggtgggggaaca

gaattcagtatcaaaactcctcttgtcagtcacttcaggttgatgaagac
tacacttgtctttcatttggccaccattgtatgctttgggtttagaacat
agtccatttagtacttatgaaatggaatggtctttcaacaatggaaaatg
ttgatgtcattcatgtgtttaacttttagctatttctgattaagtattgg
aatggtttccagttgaatgagactttctgtgacctgaccctgtattcctc
ttctcgagactcctgttcctcacctggatgcactttagctgtacttcttg
tctctagttcccgaatatgaactcacaagagtgcaagttcactgccaagc
tgcaaatatgacctcacctgttaatcaacgtcagtatgaaaccatcctca
tgtgggccataaactcagtgacaaccatctttaagaagagtgtagagaag
ccacggaaagggaggcttgctgtgaagatgtagggaaactagattgaatg
gaagcatttacaatagaaggaggtccaggattactggtacccacagtgag
cttgggcagaggtatgaaggaggttcctcagcatctctagagaagcctcc
tatactgacaactcgatttaacagttctcacacgcagagccatgctgcgc
tgtgtgacttctaaatcagaaagtctgggggcatttgttactacagagaa
atgaccggaagtcatctctgcactgttgcattgctttgccttagggagag
aagtctatgagaccctgcttattatcctctgcccagttaaatctgctctt
cttttactgtgttgctaccttttggaagtcaacctaccccctgaggcttg
tcagctctttctctctcatgtttccatggaatactatagctttccactat
agaactcacacatctatctcaatgtaatgagcacagcatatatagttatt
tctttgaaacacgttatttctagtgataagagtcaatcaagtccttacaa
cacactagatgtctactactgagatgttcctagctagatattacgttttt
tctgctgtatattaagtatgtgtgacagactgtgtaatatgctggttctt
tccatgtcttggggatctagtga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_102593797_102594567
seq2: B6Ng01-291B11.b_48_819 (reverse)

seq1  TGCTCCCCCA-CCCACCCACTTCCATCTTCCTGCCCTGGCGTTTCCCTCC  49
      || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCCCCACCCCACCCACTTCCATCTTCCTGCCCTGGCGTTTCCCTCC  50

seq1  ACTGGGGCATCAAACACCCTCAGGCCCAAGGGTCTCTTCTCCCACTGATG  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGGCATCAAACACCCTCAGGCCCAAGGGTCTCTTCTCCCACTGATG  100

seq1  CCAACAAGGCCATCCTCTGCTACATATGTGGCCGGAGCTATGGGTCCCTT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACAAGGCCATCCTCTGCTACATATGTGGCCGGAGCTATGGGTCCCTT  150

seq1  CATGCGTACTCTTTGGTTGGTGGTCCTGTCCCAGGAGCTCCAGGGTGTTT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCGTACTCTTTGGTTGGTGGTCCTGTCCCAGGAGCTCCAGGGTGTTT  200

seq1  GGCCAGTTGACACTGTTGCTCCCTCCATGGGACTACAAACCTCCTCAGGT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGTTGACACTGTTGCTCCCTCCATGGGACTACAAACCTCCTCAGGT  250

seq1  CCTTCAGTAACAGGTATGTTTTGACATAAAATATAATGTTGTTAAAAAAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCAGTAACAGGTATGTTTTGACATAAAATATAATGTTGTTAAAAAAA  300

seq1  AAAGAACTCCTTTAGGAAAACAGTAGCAGATATAAATGAGTTCACAGAAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAACTCCTTTAGGAAAACAGTAGCAGATATAAATGAGTTCACAGAAT  350

seq1  GATTCTACCAAATATTCAGAGAAAATTTAAAACACAAAAAGTAATGGATA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTACCAAATATTCAGAGAAAATTTAAAACACAAAAAGTAATGGATA  400

seq1  TATTCAAATTAATTTATGAGGAAAAACAACATTAGTATATAACCAGATAG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCAAATTAATTTATGAGGAAAAACAACATTAGTATATAACCAGATAG  450

seq1  GTATAGCAAACACATGAAATTATAAGTAAATATTTCATCCAAGTGTTCAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAGCAAACACATGAAATTATAAGTAAATATTTCATCCAAGTGTTCAT  500

seq1  ATTTTTAAAATGAAATATTAGAGTAGACTCTAACACTACCAATAATTTAC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTAAAATGAAATATTAGAGTAGACTCTAACACTACCAATAATTTAC  550

seq1  TATGTCTATGATAGATTTATACATGTTATTTCATATGTGTGCATGTTTGG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTCTATGATAGATTTATACATGTTATTTCATATGTGTGCATGTTTGG  600

seq1  ATGTGTACCAAATGTGCCCTTGGTGCCTGAGGAAGTATCAGAGTAGGATA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTACCAAATGTGCCCTTGGTGCCTGAGGAAGTATCAGAGTAGGATA  650

seq1  TTTTATACCCTTGAACTGGAGTTATGGATGGTTATAAACTACCATGTGAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATACCCTTGAACTGGAGTTATGGATGGTTATAAACTACCATGTGAA  700

seq1  TGCATGGATGCTAACATGAGTCCTCTGGGAAAAAAGAAAAAGCAAGTGTT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGGATGCTAACATGAGTCCTCTGGGAAAAAAGAAAAAGCAAGTGTT  750

seq1  TTAAACCACTGAGTTAGAATTC  771
      ||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACCACTGAGTTAGAATTC  772


seq1: chr14_102449188_102450313
seq2: B6Ng01-291B11.g_67_1189

seq1  GAATTCAGTATCAAAACTCCTCTTGTCAGTCACTTCAGGTTGATGAAGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTATCAAAACTCCTCTTGTCAGTCACTTCAGGTTGATGAAGAC  50

seq1  TACACTTGTCTTTCATTTGGCCACCATTGTATGCTTTGGGTTTAGAACAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTTGTCTTTCATTTGGCCACCATTGTATGCTTTGGGTTTAGAACAT  100

seq1  AGTCCATTTAGTACTTATGAAATGGAATGGTCTTTCAACAATGGAAAATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCATTTAGTACTTATGAAATGGAATGGTCTTTCAACAATGGAAAATG  150

seq1  TTGATGTCATTCATGTGTTTAACTTTTAGCTATTTCTGATTAAGTATTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATGTCATTCATGTGTTTAACTTTTAGCTATTTCTGATTAAGTATTGG  200

seq1  AATGGTTTCCAGTTGAATGAGACTTTCTGTGACCTGACCCTGTATTCCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTTTCCAGTTGAATGAGACTTTCTGTGACCTGACCCTGTATTCCTC  250

seq1  TTCTCGAGACTCCTGTTCCTCACCTGGATGCACTTTAGCTGTACTTCTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCGAGACTCCTGTTCCTCACCTGGATGCACTTTAGCTGTACTTCTTG  300

seq1  TCTCTAGTTCCCGAATATGAACTCACAAGAGTGCAAGTTCACTGCCAAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTAGTTCCCGAATATGAACTCACAAGAGTGCAAGTTCACTGCCAAGC  350

seq1  TGCAAATATGACCTCACCTGTTAATCAACGTCAGTATGAAACCATCCTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAATATGACCTCACCTGTTAATCAACGTCAGTATGAAACCATCCTCA  400

seq1  TGTGGGCCATAAACTCAGTGACAACCATCTTTAAGAAGAGTGTAGAGAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGCCATAAACTCAGTGACAACCATCTTTAAGAAGAGTGTAGAGAAG  450

seq1  CCACGGAAAGGGAGGCTTGCTGTGAAGATGTAGGGAAACTAGATTGAATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACGGAAAGGGAGGCTTGCTGTGAAGATGTAGGGAAACTAGATTGAATG  500

seq1  GAAGCATTTACAATAGAAGGAGGTCCAGGATTACTGGTACCCACAGTGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCATTTACAATAGAAGGAGGTCCAGGATTACTGGTACCCACAGTGAG  550

seq1  CTTGGGCAGAGGTATGAAGGAGGTTCCTCAGCATCTCTAGAGAAGCCTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGCAGAGGTATGAAGGAGGTTCCTCAGCATCTCTAGAGAAGCCTCC  600

seq1  TATACTGACAACTCGATTTAACAGTTCTCACACGCAGAGCCATGCTGCGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTGACAACTCGATTTAACAGTTCTCACACGCAGAGCCATGCTGCGC  650

seq1  TGTGTGACTTCTAAATCAGAAAGTCTGGGGGCATTTGTTACTACAGAGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGACTTCTAAATCAGAAAGTCTGGGGGCATTTGTTACTACAGAGAA  700

seq1  ATGACCGGAAGTCATCTCTGCACTGTTGCATTGCTTTGCCTTAGGGAGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCGGAAGTCATCTCTGCACTGTTGCATTGCTTTGCCTTAGGGAGAG  750

seq1  AAGTCTATGAGACCCTGCTTATTATCCTCTGCCCAGTTAAATCTGCTCTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTATGAGACCCTGCTTATTATCCTCTGCCCAGTTAAATCTGCTCTT  800

seq1  CTTTTACTGTGTTGCTACCTTTTGGAAGTCAACCTACCCCCTGAGGCTTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTACTGTGTTGCTACCTTTTGGAAGTCAACCTACCCCCTGAGGCTTG  850

seq1  TCAGCTCTTTCTCTCTCATGTTTCCATGGAATACTATAGCTTTCCCACTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TCAGCTCTTTCTCTCTCATGTTTCCATGGAATACTATAGCTTT-CCACTA  899

seq1  TAGAACTCACACATCTATCTCAATGTAATGAGCACAGCATATTATAGTTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TAGAACTCACACATCTATCTCAATGTAATGAGCACAGCATA-TATAGTTA  948

seq1  -TTCTTTGAAACACGTTATTTCTAGTGATAAGAGTCAATCAAGTCCTTAC  999
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTGAAACACGTTATTTCTAGTGATAAGAGTCAATCAAGTCCTTAC  998

seq1  -ACACACTAGATGTCTACTACTGAGATGTTTCCTAGCTAGATAATTACG-  1047
       ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| 
seq2  AACACACTAGATGTCTACTACTGAGATG-TTCCTAGCTAGAT-ATTACGT  1046

seq1  TTTTTCTGCTGTAATATAAGGTATGTTGTGACAGAGTGTGT-ATATGTTG  1096
      |||||||||||| |||| | ||||| ||||||||| ||||| ||||| ||
seq2  TTTTTCTGCTGT-ATATTAAGTATG-TGTGACAGACTGTGTAATATGCTG  1094

seq1  TTTCTTTCTATGTCCTGGGGAATCTAGTGA  1126
       ||||||| ||||| ||||| |||||||||
seq2  GTTCTTTCCATGTCTTGGGG-ATCTAGTGA  1123


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |