BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-291M02
Chromosome14 (Build37)
Map Location 27,003,307 - 27,126,865
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039257, LOC100039280, LOC100039293, LOC100039527
Upstream geneZmiz1, I920194n01, LOC100039007, 4931406H21Rik, Ppif, 2310047A01Rik, Anxa11, Plac9, D14Ertd449e, Cphx, 1110051B16Rik, LOC100039468, LOC100039484, LOC100039175, LOC100039192, LOC100039213, LOC100039227, LOC100039503, LOC100039246
Downstream geneLOC100039538, 4933413J09Rik, Slmap, LOC100039353, LOC665279, A630054L15Rik, Arf4, E430028B21Rik, 4921531P07Rik, Dnahc7c, Asb14, Appl1, Hesx1, Il17rd, LOC665333, Arhgef3, LOC100040147
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-291M02.bB6Ng01-291M02.g
ACCGA088563GA088564
length1,192309
definitionB6Ng01-291M02.b B6Ng01-291M02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,125,654 - 27,126,865)(27,003,307 - 27,003,615)
sequence
gaattctctcatctgggggcagccatatcttggggtacaaaatttagcat
ttgcatacacaggaccagaccaacctccaacaaaatccctcaaatggagc
acccgttaacatatttacatgagagcatcatatggagagattctagcatt
aagtgaggaatgggaaaccagatgtcttagtttttgtgggtcaagacctg
gcaccctcatccacatgaagctcagaagacaatttgtggcaggtttggtc
tttccatcaacctcataggtcccagggaaggaaccaatttctttaggttt
ggaattattacatttagctactgaaacatctcgccaaccaatcacctcaa
ccacaaatttaataagctatatatctatatttatgttctctgtgtatatc
tgtcttgcacttataaagagtagattttttttttttacccttggtctgac
agcaccagtctggggacccccaggactactttcttcacacactaactttc
tgactctgtcagtctaggaaggcagatgcattacagggtagccttacaag
aatagcaccgtcatctggaagaaacacttcctaatatcctctgagctctg
ctgtggtacaagagcagcatcaaccatccctcccccttcctagccttgag
cacacaagctctcctccagagccatgtggcctctgctgcaggctgcatcc
actcagactagttagtctgcagcttcctcttaacactgcttagctggtgc
accaacatgaattccctcccacacctccaccctcaggagagtttctcaac
tctacttttcagatgctgggcctaatctgcattgtcatcctagatgagag
gtgacagatctgctccaaccctgactataagtgatgctggagcaggatcc
tgaacccacagagaacagtagagagttctgagccctgagtagatgcctgg
catcctaagaaagttagccagcaacctcatggacctatctcattgactgg
gtatgatcaagttcactagtgcagcgttatgggatagagacaagagcagt
gcaggactggagagatgtcatagtcagaacattgctgctcgctcgaggac
cacatggtcttacaactatctgtactctagttaaggaggtgttctgagtg
acttctgggttctgaagaacttaattgcatatggggcactgg
acatactgagcagtcatcacgccataaacaggagctaagccatgaggagt
cgcatctgccatactacctccgatcctcaggggtagtcacaggggcctat
catcacacccattccaaagatcacgaggatgagaatcagagaggttaaag
aaactcgctggtggccatacagttggatgatatggagtcagggttcaaat
ctaattctgctgcctctgccagcaaacttttagataacaacatactctat
gctgagttctgttcccatgctaagcgagctgttggggaagggtgggatgg
aggtaggga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_27125654_27126865
seq2: B6Ng01-291M02.b_49_1240 (reverse)

seq1  CCAGTGCCCCATATGCATGTAGTTCCCTCAGACACCAGAAGAGGTCA-TC  49
      |||||||||||||||||  ||  | | |||||  ||||||   |||| ||
seq2  CCAGTGCCCCATATGCAATTAAGTTCTTCAGAACCCAGAA---GTCACTC  47

seq1  AG-ACACCTCCTGTAACTAGAGTTACAGATAGTTGTTAGGACCCATGTGG  98
      || ||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||   |||||| |
seq2  AGAACACCTCCT-TAACTAGAG-TACAGATAGTTGTAAG--ACCATGT-G  92

seq1  GTCCTCTGAGCGAGCAGCAAATGTTCTTGACCTATGAACCATCTCTCCAG  148
      |||||| ||||||||||| ||||||| ||| ||||||  |||||||||||
seq2  GTCCTC-GAGCGAGCAGC-AATGTTC-TGA-CTATGA--CATCTCTCCAG  136

seq1  TTCCTGCACTTGGCTCTTGTCCTTCTAATCCCAT-ACGCTGCACTAGTTG  197
       |||||||||  |||||||||  ||| ||||||| |||||||||||| ||
seq2  -TCCTGCACT--GCTCTTGTC--TCT-ATCCCATAACGCTGCACTAG-TG  179

seq1  AACTTGATCATACCCAGTCAATGGAGATAGGTCCATGAGGTTTGCTGGCT  247
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AACTTGATCATACCCAGTCAAT-GAGATAGGTCCATGAGG-TTGCTGGCT  227

seq1  AACTTTCTTAGGATGCCAGGCATCTACTCAGGGCTCAGAACTCTCTACTG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTCTTAGGATGCCAGGCATCTACTCAGGGCTCAGAACTCTCTACTG  277

seq1  TTCTCTGTGGGTTCAGGATCCTGCTCCAGCATCACTTATAGTCAGGGTTG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTGTGGGTTCAGGATCCTGCTCCAGCATCACTTATAGTCAGGGTTG  327

seq1  GAGCAGATCTGTCACCTCTCATCTAGGATGACAATGCAGATTAGGCCCAG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGATCTGTCACCTCTCATCTAGGATGACAATGCAGATTAGGCCCAG  377

seq1  CATCTGAAAAGTAGAGTTGAGAAACTCTCCTGAGGGTGGAGGTGTGGGAG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGAAAAGTAGAGTTGAGAAACTCTCCTGAGGGTGGAGGTGTGGGAG  427

seq1  GGAATTCATGTTGGTGCACCAGCTAAGCAGTGTTAAGAGGAAGCTGCAGA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTCATGTTGGTGCACCAGCTAAGCAGTGTTAAGAGGAAGCTGCAGA  477

seq1  CTAACTAGTCTGAGTGGATGCAGCCTGCAGCAGAGGCCACATGGCTCTGG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTAGTCTGAGTGGATGCAGCCTGCAGCAGAGGCCACATGGCTCTGG  527

seq1  AGGAGAGCTTGTGTGCTCAAGGCTAGGAAGGGGGAGGGATGGTTGATGCT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAGCTTGTGTGCTCAAGGCTAGGAAGGGGGAGGGATGGTTGATGCT  577

seq1  GCTCTTGTACCACAGCAGAGCTCAGAGGATATTAGGAAGTGTTTCTTCCA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTGTACCACAGCAGAGCTCAGAGGATATTAGGAAGTGTTTCTTCCA  627

seq1  GATGACGGTGCTATTCTTGTAAGGCTACCCTGTAATGCATCTGCCTTCCT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGACGGTGCTATTCTTGTAAGGCTACCCTGTAATGCATCTGCCTTCCT  677

seq1  AGACTGACAGAGTCAGAAAGTTAGTGTGTGAAGAAAGTAGTCCTGGGGGT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGACAGAGTCAGAAAGTTAGTGTGTGAAGAAAGTAGTCCTGGGGGT  727

seq1  CCCCAGACTGGTGCTGTCAGACCAAGGGTAAAAAAAAAAAATCTACTCTT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGACTGGTGCTGTCAGACCAAGGGTAAAAAAAAAAAATCTACTCTT  777

seq1  TATAAGTGCAAGACAGATATACACAGAGAACATAAATATAGATATATAGC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGTGCAAGACAGATATACACAGAGAACATAAATATAGATATATAGC  827

seq1  TTATTAAATTTGTGGTTGAGGTGATTGGTTGGCGAGATGTTTCAGTAGCT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTAAATTTGTGGTTGAGGTGATTGGTTGGCGAGATGTTTCAGTAGCT  877

seq1  AAATGTAATAATTCCAAACCTAAAGAAATTGGTTCCTTCCCTGGGACCTA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTAATAATTCCAAACCTAAAGAAATTGGTTCCTTCCCTGGGACCTA  927

seq1  TGAGGTTGATGGAAAGACCAAACCTGCCACAAATTGTCTTCTGAGCTTCA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTTGATGGAAAGACCAAACCTGCCACAAATTGTCTTCTGAGCTTCA  977

seq1  TGTGGATGAGGGTGCCAGGTCTTGACCCACAAAAACTAAGACATCTGGTT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGATGAGGGTGCCAGGTCTTGACCCACAAAAACTAAGACATCTGGTT  1027

seq1  TCCCATTCCTCACTTAATGCTAGAATCTCTCCATATGATGCTCTCATGTA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATTCCTCACTTAATGCTAGAATCTCTCCATATGATGCTCTCATGTA  1077

seq1  AATATGTTAACGGGTGCTCCATTTGAGGGATTTTGTTGGAGGTTGGTCTG  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGTTAACGGGTGCTCCATTTGAGGGATTTTGTTGGAGGTTGGTCTG  1127

seq1  GTCCTGTGTATGCAAATGCTAAATTTTGTACCCCAAGATATGGCTGCCCC  1197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGTGTATGCAAATGCTAAATTTTGTACCCCAAGATATGGCTGCCCC  1177

seq1  CAGATGAGAGAATTC  1212
      |||||||||||||||
seq2  CAGATGAGAGAATTC  1192

seq1: chr14_27003307_27003615
seq2: B6Ng01-291M02.g_72_380

seq1  ACATACTGAGCAGTCATCACGCCATAAACAGGAGCTAAGCCATGAGGAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACTGAGCAGTCATCACGCCATAAACAGGAGCTAAGCCATGAGGAGT  50

seq1  CGCATCTGCCATACTACCTCCGATCCTCAGGGGTAGTCACAGGGGCCTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCATCTGCCATACTACCTCCGATCCTCAGGGGTAGTCACAGGGGCCTAT  100

seq1  CATCACACCCATTCCAAAGATCACGAGGATGAGAATCAGAGAGGTTAAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCACACCCATTCCAAAGATCACGAGGATGAGAATCAGAGAGGTTAAAG  150

seq1  AAACTCGCTGGTGGCCATACAGTTGGATGATATGGAGTCAGGGTTCAAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTCGCTGGTGGCCATACAGTTGGATGATATGGAGTCAGGGTTCAAAT  200

seq1  CTAATTCTGCTGCCTCTGCCAGCAAACTTTTAGATAACAACATACTCTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTCTGCTGCCTCTGCCAGCAAACTTTTAGATAACAACATACTCTAT  250

seq1  GCTGAGTTCTGTTCCCATGCTAAGCGAGCTGTTGGGGAAGGGTGGGATGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGTTCTGTTCCCATGCTAAGCGAGCTGTTGGGGAAGGGTGGGATGG  300

seq1  AGGTAGGGA  309
      |||||||||
seq2  AGGTAGGGA  309