BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-292E21
Chromosome14 (Build37)
Map Location 4,973,008 - 5,136,257
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041306, LOC100041024, LOC100041336, EG666815, LOC666808, EG666800, LOC100041374
Upstream geneLOC100040688, LOC100040701, LOC100040897, LOC100041012, LOC100041019, ENSMUSG00000068790, LOC100041054, LOC666442, LOC100040793, LOC100041076, LOC100040801, LOC666336, LOC100041100, LOC100040808, LOC100041119, 2610042L04Rik, LOC100041139, LOC100041151, LOC100041177, LOC100041162, LOC100040889, LOC100040900, LOC100040917, LOC100040928, EG666560, LOC666555, EG666549, LOC100041262, LOC665981, LOC100041283, LOC100040996, LOC673676, LOC100041007, LOC100041317
Downstream gene4930555G01Rik, EG666772, LOC666765, LOC100041401, LOC100041105, EG666750, LOC666743, LOC100041447, LOC673138, LOC666740, LOC641258, LOC673685, LOC100041158, LOC100041501, LOC100041515, LOC100041184, EG666706, LOC100041195, LOC100041545, LOC100041565, LOC100041215, LOC100041226, ENSMUSG00000057445, LOC100041598, LOC100041243, EG666684, LOC100041268, LOC100041279, LOC100041651, LOC100041287
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-292E21.bB6Ng01-292E21.g
ACCGA088979GA088980
length1,0931,081
definitionB6Ng01-292E21.b B6Ng01-292E21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(4,973,008 - 4,974,105)(5,135,185 - 5,136,257)
sequence
gaattctccagctttggaaggagaggttgccaaaggggatcccacgggtc
catgagaggctccaggagaggcaccccagaaaaggaccaagctgggcaga
actagttaacaggtaggtcatggcagttgctagtgacatcatcagtaatg
ccttccttggagaatctcttgtatctaggatagaactagaatcttctgtg
ttgtcacctgtgttgtggtgacagcaactgcctgtggttcatcccttctg
tttgctctgggttcaccagcaggaatgttttcctggctgctcaggctatt
tcagaaagagaatggcgatgaaggagagaccagaccaacagagaaggaag
agggaatcctttctcatgaaaaaggaagaaggaaatggttatggagaagg
cacagtgagtcctgggcagagttggggaacttcctggtagaggcaggctt
tagctgggccttccaggagtaggtcttacaagctgaaaccttggactttg
tcaatgtcagaaaaagagtcaagaatttctgatgattagtttgacagagc
caggaattgacaaacctgcagctacttttctgggagctatttaatttcat
tttgagtggcaaaaaatgtcaggagtgggcactatgagaataacagtgtg
tcctttcatggaagggagttgaagcacttcatcttccagattactgtagg
taacttgattctctgatgaaaagaacagagaaggatgctcccctggtcat
gtcatgtggtgaggactcagacactttggatttgaagacacacgattaat
tagtgcttgatagtgctaagcactatgaacttcagcatttccctgcctcc
catctgatatgacctgacaatgttcccatatctttatgtctgaggcagct
tatacatttcaaggcaccgggcctgtaacaggagtgtggcatatgtctga
caatggtggttaggaagaaggaacatagcttagcaaaccagctagagata
gcttttctgctctttatggattcaccctgtctttacattttctcctccct
cagtctccttctggaactcagatggtcctcccctgccctgggc
gaattccctgacatcaacaagttgtcatcatcagaacccccttagcaaat
gctctcaacagaacattctttgaatcagtggccaaagtggtgttccccta
acagccagaagaccagggccaccaatctgatctgcttgtagaagtcactc
tctaactcacttgcaaacatccacagcttcatagcaatccatgcagcaac
ctttcctttgaaaccttcaaaaccactaccagaacaaacctgagagctga
gattgacttgaattaatcttgtggtgaaaaaataaatagagtggagtgtt
tcctccatctctggtccacgaagagatcaacaagcatctttaaaagtgaa
catgcaatccaaaatcaaatcccaggaaagaaaccagtagaaacaatttg
tccttagtcaggaactctttctcgaatgacgggaggaaaattccagatat
cggctggtccatttcttcagctgtgaagatttgataattaatggcagtag
atgatagatgagaggcttcattcaatgtttcaaaagatttttaatctcac
agatgagaacataggcaaacccaaggatgaggtgatatatcttttaaatt
gagtcttacaactactgcatcataatgtcgctctgttgggttggttattt
atcttggtgcattggttgtggctgtgtatcgtaccatggtatcttttcca
aatataaaagctgaaagacttcttcagtgcaatctacagctacaaaaacc
tccagcaaagtggctggaggctcagtggtggagcatttgcctgcccaaca
tgtacaaggccccagactctagcctcagcaacacaaacaacatcaataac
aacaagccaacaacaaatgaaccatacaactacacactgttggggctgta
gagggagagagtaaacttaaataatttactgttcacagaaacggtagtta
agcacctcactatcactgtcgtgagatccaagcaccacaaaagaataata
ataaaatatgggttctggaatacaattttaatgtttgttattatattaac
aaacaggttaatatacaatttggttagatag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_4973008_4974105
seq2: B6Ng01-292E21.b_46_1138

seq1  GAATTCTCCAGCTTTGGAAGGAGAGGTTGCCAAAGGGGATCCCACGGGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCAGCTTTGGAAGGAGAGGTTGCCAAAGGGGATCCCACGGGTC  50

seq1  CATGAGAGGCTCCAGGAGAGGCACCCCAGAAAAGGACCAAGCTGGGCAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGAGGCTCCAGGAGAGGCACCCCAGAAAAGGACCAAGCTGGGCAGA  100

seq1  ACTAGTTAACAGGTAGGTCATGGCAGTTGCTAGTGACATCATCAGTAATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGTTAACAGGTAGGTCATGGCAGTTGCTAGTGACATCATCAGTAATG  150

seq1  CCTTCCTTGGAGAATCTCTTGTATCTAGGATAGAACTAGAATCTTCTGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCTTGGAGAATCTCTTGTATCTAGGATAGAACTAGAATCTTCTGTG  200

seq1  TTGTCACCTGTGTTGTGGTGACAGCAACTGCCTGTGGTTCATCCCTTCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCACCTGTGTTGTGGTGACAGCAACTGCCTGTGGTTCATCCCTTCTG  250

seq1  TTTGCTCTGGGTTCACCAGCAGGAATGTTTTCCTGGCTGCTCAGGCTATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTCTGGGTTCACCAGCAGGAATGTTTTCCTGGCTGCTCAGGCTATT  300

seq1  TCAGAAAGAGAATGGCGATGAAGGAGAGACCAGACCAACAGAGAAGGAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAAAGAGAATGGCGATGAAGGAGAGACCAGACCAACAGAGAAGGAAG  350

seq1  AGGGAATCCTTTCTCATGAAAAAGGAAGAAGGAAATGGTTATGGAGAAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAATCCTTTCTCATGAAAAAGGAAGAAGGAAATGGTTATGGAGAAGG  400

seq1  CACAGTGAGTCCTGGGCAGAGTTGGGGAACTTCCTGGTAGAGGCAGGCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTGAGTCCTGGGCAGAGTTGGGGAACTTCCTGGTAGAGGCAGGCTT  450

seq1  TAGCTGGGCCTTCCAGGAGTAGGTCTTACAAGCTGAAACCTTGGACTTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGGGCCTTCCAGGAGTAGGTCTTACAAGCTGAAACCTTGGACTTTG  500

seq1  TCAATGTCAGAAAAAGAGTCAAGAATTTCTGATGATTAGTTTGACAGAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATGTCAGAAAAAGAGTCAAGAATTTCTGATGATTAGTTTGACAGAGC  550

seq1  CAGGAATTGACAAACCTGCAGCTACTTTTCTGGGAGCTATTTAATTTCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAATTGACAAACCTGCAGCTACTTTTCTGGGAGCTATTTAATTTCAT  600

seq1  TTTGAGTGGCAAAAAATGTCAGGAGTGGGCACTATGAGAATAACAGTGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGTGGCAAAAAATGTCAGGAGTGGGCACTATGAGAATAACAGTGTG  650

seq1  TCCTTTCATGGAAGGGAGTTGAAGCACTTCATCTTCCAGATTACTGTAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTCATGGAAGGGAGTTGAAGCACTTCATCTTCCAGATTACTGTAGG  700

seq1  TAACTTGATTCTCTGATGAAAAGAACAGAGAAGGATGCTCCCCTGGTCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTGATTCTCTGATGAAAAGAACAGAGAAGGATGCTCCCCTGGTCAT  750

seq1  GTCATGTGGTGAGGACTCAGACACTTTGGATTTGAAGACACACGATTAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGTGGTGAGGACTCAGACACTTTGGATTTGAAGACACACGATTAAT  800

seq1  TAGTGCTTGATAGTGCTAAGCACTATGAACTTCAGCATTTCCCTGCCTCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGCTTGATAGTGCTAAGCACTATGAACTTCAGCATTTCCCTGCCTCC  850

seq1  CATCTGATATGACCTGACAATGTTCCCCATATCTTTATGTCTGAGGCAGC  900
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGATATGACCTGACAATGTT-CCCATATCTTTATGTCTGAGGCAGC  899

seq1  TTATACATTTCAAGGCAACCGGGCCTGTAACAGGGAGTGTGGCATATGTC  950
      |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TTATACATTTCAAGGC-ACCGGGCCTGTAACA-GGAGTGTGGCATATGTC  947

seq1  TGACAATGGTGGTTAGGAAG-AGGAACATAGCTTAGCAAACCAGCTAGAA  999
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TGACAATGGTGGTTAGGAAGAAGGAACATAGCTTAGCAAACCAGCTAG-A  996

seq1  GATAGCTTTTCTGCTCTTTTATGGATTCACCCTGTCTTTACATTTTCT-C  1048
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GATAGCTTTTCTGCTC-TTTATGGATTCACCCTGTCTTTACATTTTCTCC  1045

seq1  TCCCTCAGTCTTCTTCTTGGGACTCAGAATGGT-CTCCCCTGCCCCTGGG  1097
      ||||||||||| |||| ||| |||||| ||||| |||||||| |||||||
seq2  TCCCTCAGTCTCCTTC-TGGAACTCAG-ATGGTCCTCCCCTG-CCCTGGG  1092

seq1  C  1098
      |
seq2  C  1093

seq1: chr14_5135185_5136257
seq2: B6Ng01-292E21.g_68_1148 (reverse)

seq1  CTATCTACCAAATTTGTATATT-ACTTGTTTGTTAATAT-ATAACAAACA  48
      ||||||| | || ||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||
seq2  CTATCTAACCAAATTGTATATTAACCTGTTTGTTAATATAATAACAAACA  50

seq1  TT-AAATTGTATT-CAGAA-CCATATTTTAATTATTAT--CTTTGT-GTG  92
      || |||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||   ||||| |||
seq2  TTAAAATTGTATTCCAGAACCCATATTTT-ATTATTATTCTTTTGTGGTG  99

seq1  CTTGGATCTCACGACAGTGATAGTGAGGTGCTTAACTACCGTTTCTGTG-  141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CTTGGATCTCACGACAGTGATAGTGAGGTGCTTAACTACCGTTTCTGTGA  149

seq1  ACAGTAAATTATTTAAGTTTACTCTCTCCCTCTACAG-CCCAACAGTGTG  190
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ACAGTAAATTATTTAAGTTTACTCTCTCCCTCTACAGCCCCAACAGTGTG  199

seq1  TAGTTTGTATGGTTCATTTGTTGTTGGCTTGTTGTTATTGATGTTGTTTG  240
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAG-TTGTATGGTTCATTTGTTGTTGGCTTGTTGTTATTGATGTTGTTTG  248

seq1  TGTTGCTGAGGCTAGAGTCTGGGGCCTTGTACATGTTGGGCAGGCAAATG  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGCTGAGGCTAGAGTCTGGGGCCTTGTACATGTTGGGCAGGCAAATG  298

seq1  CTCCACCACTGAGCCTCCAGCCACTTTGCTGGAGGTTTTTGTAGCTGTAG  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCACCACTGAGCCTCCAGCCACTTTGCTGGAGGTTTTTGTAGCTGTAG  348

seq1  ATTGCACTGAAGAAGTCTTTCAGCTTTTATATTTGGAAAAGATACCATGG  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCACTGAAGAAGTCTTTCAGCTTTTATATTTGGAAAAGATACCATGG  398

seq1  TACGATACACAGCCACAACCAATGCACCAAGATAAATAACCAACCCAACA  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGATACACAGCCACAACCAATGCACCAAGATAAATAACCAACCCAACA  448

seq1  GAGCGACATTATGATGCAGTAGTTGTAAGACTCAATTTAAAAGATATATC  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCGACATTATGATGCAGTAGTTGTAAGACTCAATTTAAAAGATATATC  498

seq1  ACCTCATCCTTGGGTTTGCCTATGTTCTCATCTGTGAGATTAAAAATCTT  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCATCCTTGGGTTTGCCTATGTTCTCATCTGTGAGATTAAAAATCTT  548

seq1  TTGAAACATTGAATGAAGCCTCTCATCTATCATCTACTGCCATTAATTAT  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAACATTGAATGAAGCCTCTCATCTATCATCTACTGCCATTAATTAT  598

seq1  CAAATCTTCACAGCTGAAGAAATGGACCAGCCGATATCTGGAATTTTCCT  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATCTTCACAGCTGAAGAAATGGACCAGCCGATATCTGGAATTTTCCT  648

seq1  CCCGTCATTCGAGAAAGAGTTCCTGACTAAGGACAAATTGTTTCTACTGG  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGTCATTCGAGAAAGAGTTCCTGACTAAGGACAAATTGTTTCTACTGG  698

seq1  TTTCTTTCCTGGGATTTGATTTTGGATTGCATGTTCACTTTTAAAGATGC  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTCCTGGGATTTGATTTTGGATTGCATGTTCACTTTTAAAGATGC  748

seq1  TTGTTGATCTCTTCGTGGACCAGAGATGGAGGAAACACTCCACTCTATTT  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGATCTCTTCGTGGACCAGAGATGGAGGAAACACTCCACTCTATTT  798

seq1  ATTTTTTCACCACAAGATTAATTCAAGTCAATCTCAGCTCTCAGGTTTGT  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTTCACCACAAGATTAATTCAAGTCAATCTCAGCTCTCAGGTTTGT  848

seq1  TCTGGTAGTGGTTTTGAAGGTTTCAAAGGAAAGGTTGCTGCATGGATTGC  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTAGTGGTTTTGAAGGTTTCAAAGGAAAGGTTGCTGCATGGATTGC  898

seq1  TATGAAGCTGTGGATGTTTGCAAGTGAGTTAGAGAGTGACTTCTACAAGC  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAAGCTGTGGATGTTTGCAAGTGAGTTAGAGAGTGACTTCTACAAGC  948

seq1  AGATCAGATTGGTGGCCCTGGTCTTCTGGCTGTTAGGGGAACACCACTTT  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCAGATTGGTGGCCCTGGTCTTCTGGCTGTTAGGGGAACACCACTTT  998

seq1  GGCCACTGATTCAAAGAATGTTCTGTTGAGAGCATTTGCTAAGGGGGTTC  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACTGATTCAAAGAATGTTCTGTTGAGAGCATTTGCTAAGGGGGTTC  1048

seq1  TGATGATGACAACTTGTTGATGTCAGGGAATTC  1073
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGATGACAACTTGTTGATGTCAGGGAATTC  1081