BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-293L17
Chromosome14 (Build37)
Map Location 23,579,063 - 23,760,019
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700112E06Rik, LOC665068
Upstream geneSamd8, Vdac2, Comtd1, Zfp503, EG665075, EG435392
Downstream geneKcnma1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-293L17.bB6Ng01-293L17.g
ACCGA090040GA090041
length1,156311
definitionB6Ng01-293L17.b B6Ng01-293L17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(23,579,063 - 23,580,226)(23,759,709 - 23,760,019)
sequence
gaattcttctgtcccaaacagctgtttcccacatttgtcaaggcagagtt
tgaagggaagtggggtggccattccttcctgcccatcagagaggtctgtt
tggtcatgataacattcaaggagtgcatttatccatcttgctactgaagg
tgaaaggctagggtcacaaagagaaaagacaagaagaaacctgttggaaa
ggtttataaatcctgccaggagtgctctaaacaagaaaaggagcctgtgg
ctggatgtgtaaagtcttgccacattgatagggacctgattctccagacc
taggaagccatccgtgtaaacagagaactgttgcttgaatcaggtctgct
ttggcttaaagtctgagaaacacattgccttcaaagtgaattcttaggtg
tcacttcccataagttatggcagaagattacaaagctactgatataacat
attagtttgatagacagaattatacccccaacgcttcctgctctccccaa
tgacgcacagtaacgagtgtgtcttggcagctgccttgatttaccaccag
tctgggaggccaaccgggagaaggaacattcacatggatgcagggcctgt
gactggccccaagcctagtttataaagctgccctgtaattcaccacaaat
gtgtcaccattaaaagaggaaaagaggattgcagataataaatactctct
aatttattagctaacaacaaagagatcagagccagttgtgatgtgattgt
ttgacataatattgtcaaggaaaaaaaagctaagttgaccagagaggtaa
attacacattcaagcagatacatcaactcttggcttgtcacaagcccaac
taagcaaaacaccaaactgaggagagagctggcagtactcagtgctattt
atctctaaaggagacatattcaagagcgagtgaaataagacatacttctt
ttggacttggtcagaggccagatttaactgttataaattaatgtttgtga
acgaatttggcaattcctccttgctttgtcctgatggggagatgagcaag
cctgctgttgtttgatgctgatggttggacagctgggtgtgggcttctat
aagtggggtgatgggaggattcgcaatccctgtaactaagcatgaagcat
gaacag

ttccttatctggcacgctgagctgtcagggcagaggaatgatcgtagctg
agcctggatcagcccagcctctgaaactcagattccttctgtttcttaca
gctacactgactgagctgttttattctttatgtatgggtttaggctgcaa
tttcatggtgatgaatccattgtcatgaccaaaataccactgggtccatg
gcatcctcattctgctgggcagaaaccagaagttccacttacttacaagg
agtctgttgggggaatgtcaaagttctggtagatggaaggagaggggaag
ggggaaggagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_23579063_23580226
seq2: B6Ng01-293L17.b_51_1206

seq1  GAATTCTTCTGTCCCAAACAGCTGTTTCCCACATTTGTCAAGGCAGAGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCTGTCCCAAACAGCTGTTTCCCACATTTGTCAAGGCAGAGTT  50

seq1  TGAAGGGAAGTGGGGTGGCCATTCCTTCCTGCCCATCAGAGAGGTCTGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGGAAGTGGGGTGGCCATTCCTTCCTGCCCATCAGAGAGGTCTGTT  100

seq1  TGGTCATGATAACATTCAAGGAGTGCATTTATCCATCTTGCTACTGAAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCATGATAACATTCAAGGAGTGCATTTATCCATCTTGCTACTGAAGG  150

seq1  TGAAAGGCTAGGGTCACAAAGAGAAAAGACAAGAAGAAACCTGTTGGAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGGCTAGGGTCACAAAGAGAAAAGACAAGAAGAAACCTGTTGGAAA  200

seq1  GGTTTATAAATCCTGCCAGGAGTGCTCTAAACAAGAAAAGGAGCCTGTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTATAAATCCTGCCAGGAGTGCTCTAAACAAGAAAAGGAGCCTGTGG  250

seq1  CTGGATGTGTAAAGTCTTGCCACATTGATAGGGACCTGATTCTCCAGACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATGTGTAAAGTCTTGCCACATTGATAGGGACCTGATTCTCCAGACC  300

seq1  TAGGAAGCCATCCGTGTAAACAGAGAACTGTTGCTTGAATCAGGTCTGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAAGCCATCCGTGTAAACAGAGAACTGTTGCTTGAATCAGGTCTGCT  350

seq1  TTGGCTTAAAGTCTGAGAAACACATTGCCTTCAAAGTGAATTCTTAGGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTTAAAGTCTGAGAAACACATTGCCTTCAAAGTGAATTCTTAGGTG  400

seq1  TCACTTCCCATAAGTTATGGCAGAAGATTACAAAGCTACTGATATAACAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTCCCATAAGTTATGGCAGAAGATTACAAAGCTACTGATATAACAT  450

seq1  ATTAGTTTGATAGACAGAATTATACCCCCAACGCTTCCTGCTCTCCCCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGTTTGATAGACAGAATTATACCCCCAACGCTTCCTGCTCTCCCCAA  500

seq1  TGACGCACAGTAACGAGTGTGTCTTGGCAGCTGCCTTGATTTACCACCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACGCACAGTAACGAGTGTGTCTTGGCAGCTGCCTTGATTTACCACCAG  550

seq1  TCTGGGAGGCCAACCGGGAGAAGGAACATTCACATGGATGCAGGGCCTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGAGGCCAACCGGGAGAAGGAACATTCACATGGATGCAGGGCCTGT  600

seq1  GACTGGCCCCAAGCCTAGTTTATAAAGCTGCCCTGTAATTCACCACAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGGCCCCAAGCCTAGTTTATAAAGCTGCCCTGTAATTCACCACAAAT  650

seq1  GTGTCACCATTAAAAGAGGAAAAGAGGATTGCAGATAATAAATACTCTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCACCATTAAAAGAGGAAAAGAGGATTGCAGATAATAAATACTCTCT  700

seq1  AATTTATTAGCTAACAACAAAGAGATCAGAGCCAGTTGTGATGTGATTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTATTAGCTAACAACAAAGAGATCAGAGCCAGTTGTGATGTGATTGT  750

seq1  TTGACATAATATTGTCAAGGAAAAAAAAGCTAAGTTGACCAGAGAGGTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACATAATATTGTCAAGGAAAAAAAAGCTAAGTTGACCAGAGAGGTAA  800

seq1  ATTACACATTCAAGCAGATACATCAACTCTTGGCTTGTCACAAGCCCAAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACACATTCAAGCAGATACATCAACTCTTGGCTTGTCACAAGCCCAAC  850

seq1  TAAGCAAAACACCAAACTGAGGAGAGAGCTGGCAGTACTCAGTGCTATTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCAAAACACCAAACTGAGGAGAGAGCTGGCAGTACTCAGTGCTATTT  900

seq1  ATCTCTAAAGGAGACATATTCAAGAGCGAGTGAAATAAGACATACTTCTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTAAAGGAGACATATTCAAGAGCGAGTGAAATAAGACATACTTCTT  950

seq1  TTGGACTTGGTCAGAGGCCAGATTTTAACTGTTATAAATTAAATGTTTTG  1000
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||
seq2  TTGGACTTGGTCAGAGGCCAGA-TTTAACTGTTATAAATT-AATG-TTTG  997

seq1  TGAACGAATTTGGCAATT-CTCCTTGCTTTTGTCCTGATGGGGAGATGAG  1049
      |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACGAATTTGGCAATTCCTCCTTGC-TTTGTCCTGATGGGGAGATGAG  1046

seq1  CAAGCCTGCTGTTTGTTTGATGCTGATGGTTTGGACAGCTGGGGTGTGGG  1099
      ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||
seq2  CAAGCCTGCTG-TTGTTTGATGCTGATGG-TTGGACAGCT-GGGTGTGGG  1093

seq1  CTTCTAT-AGTTGGGTGTTGGGAGGATTCGCAAATTCCTGTAACTAAAGC  1148
      ||||||| ||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||||||| ||||
seq2  CTTCTATAAGTGGGGTGATGGGAGGATTCGC-AATCCCTGTAACT-AAGC  1141

seq1  ATGAAGCACAGAACAG  1164
      ||||||||  ||||||
seq2  ATGAAGCA-TGAACAG  1156


seq1: chr14_23759709_23760019
seq2: B6Ng01-293L17.g_73_383 (reverse)

seq1  GCTCCTTCCCCCTTCCCCTCTCCTTCCATCTACCAGAACTTTGACATTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTTCCCCCTTCCCCTCTCCTTCCATCTACCAGAACTTTGACATTCC  50

seq1  CCCAACAGACTCCTTGTAAGTAAGTGGAACTTCTGGTTTCTGCCCAGCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAACAGACTCCTTGTAAGTAAGTGGAACTTCTGGTTTCTGCCCAGCAG  100

seq1  AATGAGGATGCCATGGACCCAGTGGTATTTTGGTCATGACAATGGATTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGGATGCCATGGACCCAGTGGTATTTTGGTCATGACAATGGATTCA  150

seq1  TCACCATGAAATTGCAGCCTAAACCCATACATAAAGAATAAAACAGCTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCATGAAATTGCAGCCTAAACCCATACATAAAGAATAAAACAGCTCA  200

seq1  GTCAGTGTAGCTGTAAGAAACAGAAGGAATCTGAGTTTCAGAGGCTGGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTGTAGCTGTAAGAAACAGAAGGAATCTGAGTTTCAGAGGCTGGGC  250

seq1  TGATCCAGGCTCAGCTACGATCATTCCTCTGCCCTGACAGCTCAGCGTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCCAGGCTCAGCTACGATCATTCCTCTGCCCTGACAGCTCAGCGTGC  300

seq1  CAGATAAGGAA  311
      |||||||||||
seq2  CAGATAAGGAA  311


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |