BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-294F10
Chromosome14 (Build37)
Map Location 87,838,082 - 87,975,870
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTdrd3
Upstream geneLOC100043310, LOC100043311, Diap3, EG665324
Downstream geneLOC100043317, LOC100043780, LOC668624, LOC668625, Pcdh20
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-294F10.bB6Ng01-294F10.g
ACCGA090493GA090494
length1,1061,146
definitionB6Ng01-294F10.b B6Ng01-294F10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(87,838,082 - 87,839,189)(87,974,729 - 87,975,870)
sequence
gaattcttgccgaaaggttttatgtgacaaattttctttctcacaagtgt
ggcaaaggattctggttaaacacacacacacacacacacacacacattgt
tacagagtttataatagaaaattcattatactagagagcttgagtaatag
aaatttatttctcaaatttctggagtctgggacctacaagagccatgtgg
tggagttagtgcccggtggggagcctcttcctgggttgcaagtggactcc
ttaatgtacccttacatatcagaggacagggagaagagaacacgtgcagt
gtgtctaatggcatcagtcgcatcaggagggttccacccccatgagctaa
gtaacttccaaaagccctgtgtacaaatgccagcacaccaggagtagagt
ttcaacacaggagcgggaggcagacaagctgctggtttccctggctgccg
caaagcttggcctcactcctagtgtgctcctttcagtttgcctgagaccc
ttaatgcattggtagctgaaaaactggagtatgaggaacttttctcagtt
cttttgcccgacttcttgtgtttagtaggtggaaacctagaatgtataaa
tcattatttaggaaaattacctgtgtctgattgtcatctcgctaaatatc
atggctaattctgttagcgtaatctcttactattttgtttttgtggttct
ctttatcatctcatgctttctaccttgcttttccttgtcttttctgacct
gtctttttaagtcgttgctcctttaccttgtatatcacggttttaagtcg
tcaaggtctgtttaaagtaatgacacttcatgaacagtgtaagggacttt
tcaatataatgttatttatctatttctgtccattgtcctgccattgttaa
caatattctcatatctagtagatatataagacctttataatattttgact
ttgctgaaatattctaagtcttaattttgtgtgtaatgtatgatgtaatg
ggtagttaaaattcttctatatattttctaagtgaaaggttttctatctc
tgcatttcattttcaagtgcttttaatcctttcattcgtgtctgagctca
ttcatg
gaattctttcccccaggaagctgtaagcaaaagtcaatgtacaatgtaca
gtaacaaaccaatgcatgattgcaccaaaatccaacttgaagaaccaatg
agtgtattgacctcactgacagagcatgagcaagaggttaattccagtag
caagggtgaggacaaagcagcagcaccactggaagtcttactgcaagcat
aatgactctcccattgctgtgttaatacatccccctttcgtataactttg
tacacccatttactctaggacttcccaaggtcacatgcctttagagcaaa
attccacatagctgatgaggaaaacaagagagagtgattaatacttcagg
ctgagttccaaaatcccccacaactctccccttatgaaagaacatcaaga
ggtcagatcttgagggtttctaaaaaatattcacccagctgtgataatga
tggctattattcttttaggataggactatgtagccaggagtgaacagggg
gcttctcctatggcttttctccctgcttgtggatgactgtctcccgcctt
ctcatcttccctccatatacacttctgtcgtatcacatgctttttgctga
aggatatccatcagtggaagacaccactcacatggcctcattttacatga
ctgcctgtttaacactttatctctgcatattgtcacatttggacttacag
gatcttaggatctccacataaaattggggtcaggactcagctcatcatgg
ctagattaggtagtgtgttctgcagtggttcaggggagacatgatgaagc
cgttcaggaacaatgggtcacatacatcttaaagagtcaggcttaaatca
aagagaaaataattgttcctctcatctgctctctataatccttttactcc
ccagagcaatcatcccaatccttcatctctttcagagggcatctttctgt
ttatgtctaaagaaggctcatactctgacaaaggagcaagcaactcttct
ccaggttcagaattgactaagaggcaagccacaatagtcgatggcctaaa
agaacaaagcatttggctgattccctgactcatatgaaggctcccaaata
agttaatctgattagctttacacattccagttagttagctatccag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_87838082_87839189
seq2: B6Ng01-294F10.b_45_1150

seq1  GAATTCTTGCCGAAAGGTTTTATGTGACAAATTTTCTTTCTCACAAGTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGCCGAAAGGTTTTATGTGACAAATTTTCTTTCTCACAAGTGT  50

seq1  GGCAAAGGATTCTGGTTAAACACACACACACACACACACACACACATTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAAGGATTCTGGTTAAACACACACACACACACACACACACACATTGT  100

seq1  TACAGAGTTTATAATAGAAAATTCATTATACTAGAGAGCTTGAGTAATAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGAGTTTATAATAGAAAATTCATTATACTAGAGAGCTTGAGTAATAG  150

seq1  AAATTTATTTCTCAAATTTCTGGAGTCTGGGACCTACAAGAGCCATGTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTATTTCTCAAATTTCTGGAGTCTGGGACCTACAAGAGCCATGTGG  200

seq1  TGGAGTTAGTGCCCGGTGGGGAGCCTCTTCCTGGGTTGCAAGTGGACTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTTAGTGCCCGGTGGGGAGCCTCTTCCTGGGTTGCAAGTGGACTCC  250

seq1  TTAATGTACCCTTACATATCAGAGGACAGGGAGAAGAGAACACGTGCAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGTACCCTTACATATCAGAGGACAGGGAGAAGAGAACACGTGCAGT  300

seq1  GTGTCTAATGGCATCAGTCGCATCAGGAGGGTTCCACCCCCATGAGCTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTAATGGCATCAGTCGCATCAGGAGGGTTCCACCCCCATGAGCTAA  350

seq1  GTAACTTCCAAAAGCCCTGTGTACAAATGCCAGCACACCAGGAGTAGAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACTTCCAAAAGCCCTGTGTACAAATGCCAGCACACCAGGAGTAGAGT  400

seq1  TTCAACACAGGAGCGGGAGGCAGACAAGCTGCTGGTTTCCCTGGCTGCCG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAACACAGGAGCGGGAGGCAGACAAGCTGCTGGTTTCCCTGGCTGCCG  450

seq1  CAAAGCTTGGCCTCACTCCTAGTGTGCTCCTTTCAGTTTGCCTGAGACCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCTTGGCCTCACTCCTAGTGTGCTCCTTTCAGTTTGCCTGAGACCC  500

seq1  TTAATGCATTGGTAGCTGAAAAACTGGAGTATGAGGAACTTTTCTCAGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGCATTGGTAGCTGAAAAACTGGAGTATGAGGAACTTTTCTCAGTT  550

seq1  CTTTTGCCCGACTTCTTGTGTTTAGTAGGTGGAAACCTAGAATGTATAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGCCCGACTTCTTGTGTTTAGTAGGTGGAAACCTAGAATGTATAAA  600

seq1  TCATTATTTAGGAAAATTACCTGTGTCTGATTGTCATCTCGCTAAATATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTATTTAGGAAAATTACCTGTGTCTGATTGTCATCTCGCTAAATATC  650

seq1  ATGGCTAATTCTGTTAGCGTAATCTCTTACTATTTTGTTTTTGTGGTTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTAATTCTGTTAGCGTAATCTCTTACTATTTTGTTTTTGTGGTTCT  700

seq1  CTTTATCATCTCATGCTTTCTACCTTGCTTTTCCTTGTCTTTTCTGACCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATCATCTCATGCTTTCTACCTTGCTTTTCCTTGTCTTTTCTGACCT  750

seq1  GTCTTTTTAAGTCGTTGCTCCTTTACCTTGTATATCACGGTTTTAAGTCG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTTTAAGTCGTTGCTCCTTTACCTTGTATATCACGGTTTTAAGTCG  800

seq1  TCAAGGTCTGTTTAAAGTAATGACACTTCATGAACAGTGTAA-GGACTTT  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TCAAGGTCTGTTTAAAGTAATGACACTTCATGAACAGTGTAAGGGACTTT  850

seq1  TCAATATAATGTTATTTATCTATTTCTGTCCATTGTCCTGCCATTGTTTA  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TCAATATAATGTTATTTATCTATTTCTGTCCATTGTCCTGCCATTG-TTA  899

seq1  ACAATATTTCTCATATCTAGTAGATATATAAGACCTTTATAATATTTTGA  949
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATA-TTCTCATATCTAGTAGATATATAAGACCTTTATAATATTTTGA  948

seq1  CTTTGCCTGAAATATTCTAAAGTCTTAAATTTGTGTGTAATGTATGATGT  999
      ||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CTTTG-CTGAAATATTCT-AAGTCTTAATTTTGTGTGTAATGTATGATGT  996

seq1  AAT-GGTAGTTTAAAATTCTCTTATATA-TTTCTAAGTGAAAAGTTTTCT  1047
      ||| ||||| ||||||||||  |||||| ||||||||||||| |||||||
seq2  AATGGGTAG-TTAAAATTCTTCTATATATTTTCTAAGTGAAAGGTTTTCT  1045

seq1  ATCTCTGCATTTCCTTTTTCAAGTGCTTTTAATTCTTTCCTTCGTGTCTG  1097
      |||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
seq2  ATCTCTGCATTT-CATTTTCAAGTGCTTTTAATCCTTTCATTCGTGTCTG  1094

seq1  AGCTCA-TCATG  1108
      |||||| |||||
seq2  AGCTCATTCATG  1106

seq1: chr14_87974729_87975870
seq2: B6Ng01-294F10.g_67_1212 (reverse)

seq1  CTGGATGACTAACTAACTGG-ATGTGT-AAGCTAATTCAGGATTAAC-TA  47
      ||||||  |||||||||||| |||||| ||||||| ||| ||||||| ||
seq2  CTGGATAGCTAACTAACTGGAATGTGTAAAGCTAA-TCA-GATTAACTTA  48

seq1  TTTGGGAG-CTTCCTATGGAGTCCAGGGACCAAGCC-AATGCTTTGTTCT  95
      |||||||| |||| ||| |||| ||||||   |||| |||||||||||||
seq2  TTTGGGAGCCTTCATAT-GAGT-CAGGGAATCAGCCAAATGCTTTGTTCT  96

seq1  TT--AGCCATCTGACTA-TGT-GCTTGCCTC-TAGTCAATTCTGAACCTG  140
      ||   |||||| ||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TTTAGGCCATC-GACTATTGTGGCTTGCCTCTTAGTCAATTCTGAACCTG  145

seq1  GAAGAGAGTTGCCTTGCTCCTTTGTCAGAGTATGAGCCTTCTTTAGACAT  190
      ||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGAGTTG-CTTGCTCCTTTGTCAGAGTATGAGCCTTCTTTAGACAT  194

seq1  AAACAGAAAGATGCCCTCTGAAAGAGATGAAGGATTGGGATGATTGCTCT  240
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGAAAGATGCCCTCTGAAAGAGATGAAGGATTGGGATGATTGCTCT  244

seq1  GGGGAGTAAAAGGATTATAGAGAGCAGATGAGAGGAACAATTATTTTCTC  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGTAAAAGGATTATAGAGAGCAGATGAGAGGAACAATTATTTTCTC  294

seq1  TTTGATTTAAGCCTGACTCTTTAAGATGTATGTGACCCATTGTTCCTGAA  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATTTAAGCCTGACTCTTTAAGATGTATGTGACCCATTGTTCCTGAA  344

seq1  CGGCTTCATCATGTCTCCCCTGAACCACTGCAGAACACACTACCTAATCT  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCTTCATCATGTCTCCCCTGAACCACTGCAGAACACACTACCTAATCT  394

seq1  AGCCATGATGAGCTGAGTCCTGACCCCAATTTTATGTGGAGATCCTAAGA  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATGATGAGCTGAGTCCTGACCCCAATTTTATGTGGAGATCCTAAGA  444

seq1  TCCTGTAAGTCCAAATGTGACAATATGCAGAGATAAAGTGTTAAACAGGC  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTAAGTCCAAATGTGACAATATGCAGAGATAAAGTGTTAAACAGGC  494

seq1  AGTCATGTAAAATGAGGCCATGTGAGTGGTGTCTTCCACTGATGGATATC  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATGTAAAATGAGGCCATGTGAGTGGTGTCTTCCACTGATGGATATC  544

seq1  CTTCAGCAAAAAGCATGTGATACGACAGAAGTGTATATGGAGGGAAGATG  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGCAAAAAGCATGTGATACGACAGAAGTGTATATGGAGGGAAGATG  594

seq1  AGAAGGCGGGAGACAGTCATCCACAAGCAGGGAGAAAAGCCATAGGAGAA  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGCGGGAGACAGTCATCCACAAGCAGGGAGAAAAGCCATAGGAGAA  644

seq1  GCCCCCTGTTCACTCCTGGCTACATAGTCCTATCCTAAAAGAATAATAGC  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCCTGTTCACTCCTGGCTACATAGTCCTATCCTAAAAGAATAATAGC  694

seq1  CATCATTATCACAGCTGGGTGAATATTTTTTAGAAACCCTCAAGATCTGA  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATTATCACAGCTGGGTGAATATTTTTTAGAAACCCTCAAGATCTGA  744

seq1  CCTCTTGATGTTCTTTCATAAGGGGAGAGTTGTGGGGGATTTTGGAACTC  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTGATGTTCTTTCATAAGGGGAGAGTTGTGGGGGATTTTGGAACTC  794

seq1  AGCCTGAAGTATTAATCACTCTCTCTTGTTTTCCTCATCAGCTATGTGGA  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGAAGTATTAATCACTCTCTCTTGTTTTCCTCATCAGCTATGTGGA  844

seq1  ATTTTGCTCTAAAGGCATGTGACCTTGGGAAGTCCTAGAGTAAATGGGTG  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGCTCTAAAGGCATGTGACCTTGGGAAGTCCTAGAGTAAATGGGTG  894

seq1  TACAAAGTTATACGAAAGGGGGATGTATTAACACAGCAATGGGAGAGTCA  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAAGTTATACGAAAGGGGGATGTATTAACACAGCAATGGGAGAGTCA  944

seq1  TTATGCTTGCAGTAAGACTTCCAGTGGTGCTGCTGCTTTGTCCTCACCCT  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGCTTGCAGTAAGACTTCCAGTGGTGCTGCTGCTTTGTCCTCACCCT  994

seq1  TGCTACTGGAATTAACCTCTTGCTCATGCTCTGTCAGTGAGGTCAATACA  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACTGGAATTAACCTCTTGCTCATGCTCTGTCAGTGAGGTCAATACA  1044

seq1  CTCATTGGTTCTTCAAGTTGGATTTTGGTGCAATCATGCATTGGTTTGTT  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTGGTTCTTCAAGTTGGATTTTGGTGCAATCATGCATTGGTTTGTT  1094

seq1  ACTGTACATTGTACATTGACTTTTGCTTACAGCTTCCTGGGGGAAAGAAT  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTACATTGTACATTGACTTTTGCTTACAGCTTCCTGGGGGAAAGAAT  1144

seq1  TC  1142
      ||
seq2  TC  1146