BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-294N13
Chromosome14 (Build37)
Map Location 120,327,055 - 120,506,351
singlet/doubletdoublet
Overlap geneOxgr1, Gabarapl2-ps
Upstream geneDnajc3a, LOC100043828, Ugcgl2, Hs6st3, LOC619601, EG621324, LOC100043830
Downstream geneLOC100043831, Mbnl2, Rap2a, LOC668835, LOC668837, Ranbp5, Farp1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-294N13.bB6Ng01-294N13.g
ACCGA090869GA090870
length1,090844
definitionB6Ng01-294N13.b B6Ng01-294N13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(120,327,055 - 120,328,133)(120,505,508 - 120,506,351)
sequence
gaattcagctagcatgtaatcaccagcttgatggaactagaaggtagaag
tgactaactcatgacacccaacgatgtgactggaattaatgccctcttta
tgaggccccagggagctgtctcgctccctccaccatgtgagtaatcacca
agattctaggctctataagccagaaaacaagctcttcccttccagacaat
gaatctgccaaggacttgatcttgaacaacccagaatgcagaactctggc
tgaagcatttctattgctcctaagtgacctcatgtaaggcattttgctac
agcaatataaagagcctgtctccacacaatgtcctccacactcccctcac
cctgctctgtgccataacacacctacaatttttaaaatgagtgtttgaca
gattattagagtgtctctttgttaacattttaagttttttcattcctctt
ggtgcctgttgcatatttattacaaagttgcactgtgttgatgtaaaagc
ttaatatatggcttgaattttctaatctcaggtagagcacattaaatata
tacacctttagtcacagacagcttcatcaatgactgtcaacataagaagg
tcttgttttcagggtaggaatgtagcttagtggtaaaaatagacaatatg
ctccatcaagtacataccacttaatatgtacattgggttcaattgtttta
tgtattctttaatatacatggccttttcaaggatctcattttaattttgc
ttttttgctgagctctgtttttcagatatatcgaggcatatgccatctac
ttgtcatcaatgatgacagactcctctcctccactgccaggtgttctgct
ttctgtcaactacatatatgctgctcaggtccagtgtgagaatgtctcca
ggaaggcgtattccagcatggggctacctagccatagggctcagcttctg
cacgttccatcatcttgcctccacagaatttacccaagccccccaccctc
ccatgtttttcagaattttgaaattgcatgccttacacatttgcttattc
acaatgcctacaaacttgtatgtgtgttctctctctcctc

gaattcctagcaattctaaatttgaagcaaccacgaggcccattgataat
ggtgggcagaagtgtcgaatatccaaataatgaactgctttgaacaagtg
gatgaatggttgaaactccataactggataagattaaaaccctttcagaa
aacaatacaaatttgataaggcataactccatttatttaaagttcaaaaa
taaacaaaactagtctatgatgcttgaagttagaagagatatccaccacc
tggtgggcttagtgaagtttctgcatcaggagttagggatggttccattt
ctgatgggttggttgttggttacatgaacatgtttattctcaacaaatat
catcttatttctatgagttgtatatattttttcgtcatcctgaattaatg
aaatatttatagtcaagcaatgtcaatatattttgttttgcatgtggcaa
agtttggaacattcaaccaatcatttaaagtacaaggtatgtgggaggag
tggacacaaaggctgaatagttaagtagttaaagacttgggattacttga
gatagtgaaaaaaattaaagagaaaaatttgagcttggcttcatagccta
catttctatagtcctcttgtcagtaaaatcttaatttgtggtaaaaattt
gggtatgtaagtaaatggtatttgataagggataggaaagaatgtgaact
caaaattataacccattctttttaacattttcaggttaacaacagttcag
attctatgtgatcaatatagaagatcttcacatatacaaacctgtccttc
tctgggatgtaattatcaaggtgattagggagattatgggtgat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_120327055_120328133
seq2: B6Ng01-294N13.b_51_1140

seq1  GAATTCAGCTAGCATGTAATCACCAGCTTGATGGAACTAGAAGGTAGAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCTAGCATGTAATCACCAGCTTGATGGAACTAGAAGGTAGAAG  50

seq1  TGACTAACTCATGACACCCAACGATGTGACTGGAATTAATGCCCTCTTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTAACTCATGACACCCAACGATGTGACTGGAATTAATGCCCTCTTTA  100

seq1  TGAGGCCCCAGGGAGCTGTCTCGCTCCCTCCACCATGTGAGTAATCACCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGCCCCAGGGAGCTGTCTCGCTCCCTCCACCATGTGAGTAATCACCA  150

seq1  AGATTCTAGGCTCTATAAGCCAGAAAACAAGCTCTTCCCTTCCAGACAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTCTAGGCTCTATAAGCCAGAAAACAAGCTCTTCCCTTCCAGACAAT  200

seq1  GAATCTGCCAAGGACTTGATCTTGAACAACCCAGAATGCAGAACTCTGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCTGCCAAGGACTTGATCTTGAACAACCCAGAATGCAGAACTCTGGC  250

seq1  TGAAGCATTTCTATTGCTCCTAAGTGACCTCATGTAAGGCATTTTGCTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCATTTCTATTGCTCCTAAGTGACCTCATGTAAGGCATTTTGCTAC  300

seq1  AGCAATATAAAGAGCCTGTCTCCACACAATGTCCTCCACACTCCCCTCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATATAAAGAGCCTGTCTCCACACAATGTCCTCCACACTCCCCTCAC  350

seq1  CCTGCTCTGTGCCATAACACACCTACAATTTTTAAAATGAGTGTTTGACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTCTGTGCCATAACACACCTACAATTTTTAAAATGAGTGTTTGACA  400

seq1  GATTATTAGAGTGTCTCTTTGTTAACATTTTAAGTTTTTTCATTCCTCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTATTAGAGTGTCTCTTTGTTAACATTTTAAGTTTTTTCATTCCTCTT  450

seq1  GGTGCCTGTTGCATATTTATTACAAAGTTGCACTGTGTTGATGTAAAAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCCTGTTGCATATTTATTACAAAGTTGCACTGTGTTGATGTAAAAGC  500

seq1  TTAATATATGGCTTGAATTTTCTAATCTCAGGTAGAGCACATTAAATATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATATATGGCTTGAATTTTCTAATCTCAGGTAGAGCACATTAAATATA  550

seq1  TACACCTTTAGTCACAGACAGCTTCATCAATGACTGTCAACATAAGAAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACCTTTAGTCACAGACAGCTTCATCAATGACTGTCAACATAAGAAGG  600

seq1  TCTTGTTTTCAGGGTAGGAATGTAGCTTAGTGGTAAAAATAGACAATATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTTTTCAGGGTAGGAATGTAGCTTAGTGGTAAAAATAGACAATATG  650

seq1  CTCCATCAAGTACATACCACTTAATATGTACATTGGGTTCAATTGTTTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATCAAGTACATACCACTTAATATGTACATTGGGTTCAATTGTTTTA  700

seq1  TGTATTCTTTAATATACATGGCCTTTTCAAGGATCTCATTTTAATTTTGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTCTTTAATATACATGGCCTTTTCAAGGATCTCATTTTAATTTTGC  750

seq1  TTTTTTGCTGAGCTCTGTTTTTCAGATATATCGAGGCATATGCCATCTAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTGCTGAGCTCTGTTTTTCAGATATATCGAGGCATATGCCATCTAC  800

seq1  TTGTCATCAATGATGACAGACTCCTCTCCTCCACTGCCAGGTGTTCTGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCATCAATGATGACAGACTCCTCTCCTCCACTGCCAGGTGTTCTGCT  850

seq1  TTCTGTCAACTACATATATGCTGCTCAGGTCCAGTGTGAGAATGTCTCCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTCAACTACATATATGCTGCTCAGGTCCAGTGTGAGAATGTCTCCA  900

seq1  GG-AGGCGTATTCCAGCATGGGGCTACCTAGCCATAGGGCTCAGCTTCTG  949
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGCGTATTCCAGCATGGGGCTACCTAGCCATAGGGCTCAGCTTCTG  950

seq1  CACGTTCCATCATCTTG-CTCCACAGAA-TTACCCAAG-CCCCCACCCTC  996
      ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||
seq2  CACGTTCCATCATCTTGCCTCCACAGAATTTACCCAAGCCCCCCACCCTC  1000

seq1  CCATGTTTTTCAG-ATTTTG-AATTGCATGCCCTTACACATTTGCT--AT  1042
      ||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||   |
seq2  CCATGTTTTTCAGAATTTTGAAATTGCATG-CCTTACACATTTGCTTATT  1049

seq1  CACAATGCCTACAAACTTGTATGT-TGTTGT---TCTCCTC  1079
      |||||||||||||||||||||||| |||| |   |||||||
seq2  CACAATGCCTACAAACTTGTATGTGTGTTCTCTCTCTCCTC  1090


seq1: chr14_120505508_120506351
seq2: B6Ng01-294N13.g_65_908 (reverse)

seq1  ATCACCCATAATCTCCCATAATCACC-TGATAATTACATCCCAGAGAAGG  49
      ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACCCATAATCTCCC-TAATCACCTTGATAATTACATCCCAGAGAAGG  49

seq1  ACAGGTTTGTATATGTGAAGATCTTCTATATTGATCACATAGAATCTGAA  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTTTGTATATGTGAAGATCTTCTATATTGATCACATAGAATCTGAA  99

seq1  CTGTTGTTAACCTGAAAATGTTAAAAAGAATGGGTTATAATTTTGAGTTC  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGTTAACCTGAAAATGTTAAAAAGAATGGGTTATAATTTTGAGTTC  149

seq1  ACATTCTTTCCTATCCCTTATCAAATACCATTTACTTACATACCCAAATT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCTTTCCTATCCCTTATCAAATACCATTTACTTACATACCCAAATT  199

seq1  TTTACCACAAATTAAGATTTTACTGACAAGAGGACTATAGAAATGTAGGC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACCACAAATTAAGATTTTACTGACAAGAGGACTATAGAAATGTAGGC  249

seq1  TATGAAGCCAAGCTCAAATTTTTCTCTTTAATTTTTTTCACTATCTCAAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAAGCCAAGCTCAAATTTTTCTCTTTAATTTTTTTCACTATCTCAAG  299

seq1  TAATCCCAAGTCTTTAACTACTTAACTATTCAGCCTTTGTGTCCACTCCT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCCCAAGTCTTTAACTACTTAACTATTCAGCCTTTGTGTCCACTCCT  349

seq1  CCCACATACCTTGTACTTTAAATGATTGGTTGAATGTTCCAAACTTTGCC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACATACCTTGTACTTTAAATGATTGGTTGAATGTTCCAAACTTTGCC  399

seq1  ACATGCAAAACAAAATATATTGACATTGCTTGACTATAAATATTTCATTA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCAAAACAAAATATATTGACATTGCTTGACTATAAATATTTCATTA  449

seq1  ATTCAGGATGACGAAAAAATATATACAACTCATAGAAATAAGATGATATT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGGATGACGAAAAAATATATACAACTCATAGAAATAAGATGATATT  499

seq1  TGTTGAGAATAAACATGTTCATGTAACCAACAACCAACCCATCAGAAATG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGAGAATAAACATGTTCATGTAACCAACAACCAACCCATCAGAAATG  549

seq1  GAACCATCCCTAACTCCTGATGCAGAAACTTCACTAAGCCCACCAGGTGG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCATCCCTAACTCCTGATGCAGAAACTTCACTAAGCCCACCAGGTGG  599

seq1  TGGATATCTCTTCTAACTTCAAGCATCATAGACTAGTTTTGTTTATTTTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATATCTCTTCTAACTTCAAGCATCATAGACTAGTTTTGTTTATTTTT  649

seq1  GAACTTTAAATAAATGGAGTTATGCCTTATCAAATTTGTATTGTTTTCTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTTAAATAAATGGAGTTATGCCTTATCAAATTTGTATTGTTTTCTG  699

seq1  AAAGGGTTTTAATCTTATCCAGTTATGGAGTTTCAACCATTCATCCACTT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGTTTTAATCTTATCCAGTTATGGAGTTTCAACCATTCATCCACTT  749

seq1  GTTCAAAGCAGTTCATTATTTGGATATTCGACACTTCTGCCCACCATTAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAAAGCAGTTCATTATTTGGATATTCGACACTTCTGCCCACCATTAT  799

seq1  CAATGGGCCTCGTGGTTGCTTCAAATTTAGAATTGCTAGGAATTC  844
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGGGCCTCGTGGTTGCTTCAAATTTAGAATTGCTAGGAATTC  844


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |