BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-296I02
Chromosome14 (Build37)
Map Location 36,496,511 - 36,626,170
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4930596D02Rik
Upstream geneWapal, LOC100041341, Grid1
Downstream geneLOC100040277, LOC665933, 4930474N05Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-296I02.bB6Ng01-296I02.g
ACCGA092102GA092103
length1,1531,119
definitionB6Ng01-296I02.b B6Ng01-296I02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(36,496,511 - 36,497,483)(36,625,036 - 36,626,170)
sequence
gaattcactctgtcccaggctgaccttgagctcaggaatctgcctgcatt
tgtatctgcccatctttgtatttttctgaccagctggctcatggtgtgtc
tgcctctaattctttagatctatgaagctccttatacaattcatattgca
tccttatgtttttgcatagttgagaaattgtatatctttgaactcatgtt
ttttagagttcttttccacagccttaagggctgtcatgaaggtcccagca
tttaccattttgccagatataaacacgcctcacccccacccactcctgga
ctcctcctacttctagctatcattagaattaacagggaagactttcctca
gaggaatgtgaaaatatgtacattactttttttttcttagttttttcgtg
acaggttttctctgtataatcctggctgtcctggaactcactttgtagac
caggctggcctcgaactcagaaatctgcctgcctctgcctcccaagtgct
gggattaaaggtgtgtgccaccagtgcctggctcaatatgtacattatta
tacaaacaagccttaggccaacagcagccatggacactcatggaggccca
tacctgctggccctgtcccagagtcaggaaccatgccattctgtccctaa
taaagccatgctggtctcagcaggctatgcactcattacagaacaaatca
gctatattcagttaccacatttgggaaaagctcttctcagtgtctgttgc
ttctgaattcctttaggttgctatatgagagggttttgcccaggacgctt
ccatgttttatctatgttctagcactgacatgagctttctcttgtaccta
gaactgtccagcttctttgtacattttttgtcttagtcctacccagacac
ttcagaatttaaattcatctctactacagaaattcttacttcccatgatt
ataacttgagaaaacagttgagagatttctgtttttattgatttcttcca
ctgtcactgacactctttctctttgtatctaattttccagctcttcttgc
ttagggatgtgccttagtttgggttttactgctgttcaacagacacccaa
tgaccatgtaacctcctttattgaagacacgccctgactggagctgttct
aac

gaattctgaacacattcacatgacttggactcctcagatcattgacttat
aaaagacccagatcctctttgtgaaagaggggactggttaggggaagaac
agtggatgactttcaatcagagaccactggaaatagcagaaaaagagaac
actgagtagagaggaagagatgggataccagacagtgaaggagacaggga
actagagaagagcttggctgccacataacacaggatggggacagagaaag
tatggtgtttgagttcaattccattgctgtgacaaaacaccatgactaag
tgctactaaggtaagagttttcttgcaggtgaggttatagtccaccactg
gagagagtcaggacaaggactcaagcagagacttaaagaagcaattgagg
atgaagcccctctgaaaaagtattaggagccagtttccatcctgtgagct
ggggtatgtgcctcagccagctgtttacagagtgctgtaacccctgggct
taagccctaaaatgatcatggtggtggaaactgattctgaggaagtcaag
tcctatgcaggaacactgacattgtggggctggtgactgtcacaggtatg
catgtgctctctttttgcacagaacacacacacacatcacatcacatcac
atcacatcacatcacatcacatcacatcacatcacatcacatcacatcac
atagaagcaaggaaacatagctacggtttatggtccactggagtaattag
ggttgagaatacagtagggactcagattgcaaaactgatatgctacttgt
atcccaacacctctgggagcaattgagtgggcaacacctgtgtggcagtg
tctattgtatacctgggaagttatagatgacaaaggagctttttaggaaa
gcccttctgataaagggacagtaatgggatcaccctcttgataatgacct
aacaatggagacctttggtaccacacagccactgcttagagccagtcaca
gctcccttgttctgagaccctagagaggagatgttctttgctgtctttcg
gactactcgagctcagccacagaaaaaccaacagaagcgtggtgggtttc
tgagcttagatcactcttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_36496511_36497483
seq2: B6Ng01-296I02.b_221_1199

seq1  AAATTGTATATCTTTGAACTCATGTTTTTTAGAGTTCTTTTCCACAGCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGTATATCTTTGAACTCATGTTTTTTAGAGTTCTTTTCCACAGCCT  50

seq1  TAAGGGCTGTCATGAAGGTCCCAGCATTTACCATTTTGCCAGATATAAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGGCTGTCATGAAGGTCCCAGCATTTACCATTTTGCCAGATATAAAC  100

seq1  ACGCCTCACCCCCACCCACTCCTGGACTCCTCCTACTTCTAGCTATCATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCCTCACCCCCACCCACTCCTGGACTCCTCCTACTTCTAGCTATCATT  150

seq1  AGAATTAACAGGGAAGACTTTCCTCAGAGGAATGTGAAAATATGTACATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTAACAGGGAAGACTTTCCTCAGAGGAATGTGAAAATATGTACATT  200

seq1  ACTTTTTTTTTCTTAGTTTTTTCGTGACAGGTTTTCTCTGTATAATCCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTTTTTTCTTAGTTTTTTCGTGACAGGTTTTCTCTGTATAATCCTG  250

seq1  GCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAAT  300

seq1  CTGCCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGTGCCACCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGTGCCACCAG  350

seq1  TGCCTGGCTCAATATGTACATTATTATACAAACAAGCCTTAGGCCAACAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGGCTCAATATGTACATTATTATACAAACAAGCCTTAGGCCAACAG  400

seq1  CAGCCATGGACACTCATGGAGGCCCATACCTGCTGGCCCTGTCCCAGAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCATGGACACTCATGGAGGCCCATACCTGCTGGCCCTGTCCCAGAGT  450

seq1  CAGGAACCATGCCATTCTGTCCCTAATAAAGCCATGCTGGTCTCAGCAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAACCATGCCATTCTGTCCCTAATAAAGCCATGCTGGTCTCAGCAGG  500

seq1  CTATGCACTCATTACAGAACAAATCAGCTATATTCAGTTACCACATTTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGCACTCATTACAGAACAAATCAGCTATATTCAGTTACCACATTTGG  550

seq1  GAAAAGCTCTTCTCAGTGTCTGTTGCTTCTGAATTCCTTTAGGTTGCTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGCTCTTCTCAGTGTCTGTTGCTTCTGAATTCCTTTAGGTTGCTAT  600

seq1  ATGAGAGGGTTTTGCCCAGGACGCTTCCATGTTTTATCTATGTTCTAGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGAGGGTTTTGCCCAGGACGCTTCCATGTTTTATCTATGTTCTAGCA  650

seq1  CTGACATGAGCTTTCTCTTGTACCTAGAACTGTCCAGCTTCTTTGTACAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACATGAGCTTTCTCTTGTACCTAGAACTGTCCAGCTTCTTTGTACAT  700

seq1  TTTTTGTCTTAGTCCTACCCAGACACTTCAGAATTTAAATTCATCTCTAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGTCTTAGTCCTACCCAGACACTTCAGAATTTAAATTCATCTCTAC  750

seq1  TACAGAAATTCTTACTTCCCATGATTATAACTTGAGAAAACAGTTGAGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGAAATTCTTACTTCCCATGATTATAACTTGAGAAAACAGTTGAGAG  800

seq1  ATTTCTGTTTTTATTTGATTTCTTCCACTGTCACTGACACTCTTTCTCTT  850
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTGTTTTTA-TTGATTTCTTCCACTGTCACTGACACTCTTTCTCTT  849

seq1  TGTATCTAATTTTCCAGCTCTTCTTGCTTAGGGATGTGCCTTAGTTTGGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATCTAATTTTCCAGCTCTTCTTGCTTAGGGATGTGCCTTAGTTTGGG  899

seq1  TTTTACTGCTG-TCAACAGACACC--ATGACCAATGTAA-CTC--TTA-T  943
      ||||||||||| ||||||||||||  |||||| |||||| |||  ||| |
seq2  TTTTACTGCTGTTCAACAGACACCCAATGACC-ATGTAACCTCCTTTATT  948

seq1  GAGGACAACGCCTGACTGGAGCTG-TCTAAC  973
      || ||||   |||||||||||||| ||||||
seq2  GAAGACACGCCCTGACTGGAGCTGTTCTAAC  979


seq1: chr14_36625036_36626170
seq2: B6Ng01-296I02.g_66_1184 (reverse)

seq1  GAAGAGTGAACCCTACGCCTCCAGACA-CCACCACGGCCTTCCCTGTTGT  49
      |||||||||   ||| ||   |||| | ||||||||  |||  |||||| 
seq2  GAAGAGTGA--TCTAAGC--TCAGAAACCCACCACG--CTT--CTGTTGG  42

seq1  TTTTCCTGTGGCCTGAGCCTCGAGTAGTCCG-AAGACAGCAAAGGAACAT  98
      |||| |||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||
seq2  TTTTTCTGTGG-CTGAG-CTCGAGTAGTCCGAAAGACAGCAAA-GAACAT  89

seq1  CCTCCTTCCTCTAGGGTCTCAG-ACAAGGGAGCCTGGTGGACTGGCTCTA  147
       |||||  |||||||||||||| ||||||||| |||   |||||||||||
seq2  -CTCCT--CTCTAGGGTCTCAGAACAAGGGAG-CTG--TGACTGGCTCTA  133

seq1  AGCAGTTGGCTGTGTGGTTACCAAGGTTCTCCATTGTTAGGTCATTATCA  197
      ||||| ||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAG-TGGCTGTGTGG-TACCAAAGGTCTCCATTGTTAGGTCATTATCA  181

seq1  AGAGGGTGATCCCATTACTGTCCCTTTATCAGAAGGGCTTTCCTAAAAAG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGTGATCCCATTACTGTCCCTTTATCAGAAGGGCTTTCCTAAAAAG  231

seq1  CTCCTTTGTCATCTATAACTTCCCAGGTATACAATAGACACTGCCACACA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTTGTCATCTATAACTTCCCAGGTATACAATAGACACTGCCACACA  281

seq1  GGTGTTGCCCACTCAATTGCTCCCAGAGGTGTTGGGATACAAGTAGCATA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTTGCCCACTCAATTGCTCCCAGAGGTGTTGGGATACAAGTAGCATA  331

seq1  TCAGTTTTGCAATCTGAGTCCCTACTGTATTCTCAACCCTAATTACTCCA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTTTGCAATCTGAGTCCCTACTGTATTCTCAACCCTAATTACTCCA  381

seq1  GTGGACCATAAACCGTAGCTATGTTTCCTTGCTTCTATGTGATGTGATGT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGACCATAAACCGTAGCTATGTTTCCTTGCTTCTATGTGATGTGATGT  431

seq1  GATGTGATGTGATGTGATGTGATGTGATGTGATGTGATGTGATGTGATGT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGATGTGATGTGATGTGATGTGATGTGATGTGATGTGATGTGATGT  481

seq1  GATGTGTGTGTGTGTTCTGTGCAAAAAGAGAGCACATGCATACCTGTGAC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGTGTGTGTGTTCTGTGCAAAAAGAGAGCACATGCATACCTGTGAC  531

seq1  AGTCACCAGCCCCACAATGTCAGTGTTCCTGCATAGGACTTGACTTCCTC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACCAGCCCCACAATGTCAGTGTTCCTGCATAGGACTTGACTTCCTC  581

seq1  AGAATCAGTTTCCACCACCATGATCATTTTAGGGCTTAAGCCCAGGGGTT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCAGTTTCCACCACCATGATCATTTTAGGGCTTAAGCCCAGGGGTT  631

seq1  ACAGCACTCTGTAAACAGCTGGCTGAGGCACATACCCCAGCTCACAGGAT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCACTCTGTAAACAGCTGGCTGAGGCACATACCCCAGCTCACAGGAT  681

seq1  GGAAACTGGCTCCTAATACTTTTTCAGAGGGGCTTCATCCTCAATTGCTT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAACTGGCTCCTAATACTTTTTCAGAGGGGCTTCATCCTCAATTGCTT  731

seq1  CTTTAAGTCTCTGCTTGAGTCCTTGTCCTGACTCTCTCCAGTGGTGGACT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAAGTCTCTGCTTGAGTCCTTGTCCTGACTCTCTCCAGTGGTGGACT  781

seq1  ATAACCTCACCTGCAAGAAAACTCTTACCTTAGTAGCACTTAGTCATGGT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACCTCACCTGCAAGAAAACTCTTACCTTAGTAGCACTTAGTCATGGT  831

seq1  GTTTTGTCACAGCAATGGAATTGAACTCAAACACCATACTTTCTCTGTCC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGTCACAGCAATGGAATTGAACTCAAACACCATACTTTCTCTGTCC  881

seq1  CCATCCTGTGTTATGTGGCAGCCAAGCTCTTCTCTAGTTCCCTGTCTCCT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCTGTGTTATGTGGCAGCCAAGCTCTTCTCTAGTTCCCTGTCTCCT  931

seq1  TCACTGTCTGGTATCCCATCTCTTCCTCTCTACTCAGTGTTCTCTTTTTC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGTCTGGTATCCCATCTCTTCCTCTCTACTCAGTGTTCTCTTTTTC  981

seq1  TGCTATTTCCAGTGGTCTCTGATTGAAAGTCATCCACTGTTCTTCCCCTA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATTTCCAGTGGTCTCTGATTGAAAGTCATCCACTGTTCTTCCCCTA  1031

seq1  ACCAGTCCCCTCTTTCACAAAGAGGATCTGGGTCTTTTATAAGTCAATGA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGTCCCCTCTTTCACAAAGAGGATCTGGGTCTTTTATAAGTCAATGA  1081

seq1  TCTGAGGAGTCCAAGTCATGTGAATGTGTTCAGAATTC  1135
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGGAGTCCAAGTCATGTGAATGTGTTCAGAATTC  1119


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |