BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-296I15
Chromosome14 (Build37)
Map Location 12,530,823 - 12,738,347
singlet/doubletdoublet
Overlap genePtprg
Upstream geneFhit, LOC100041974, LOC667030, EG382843, LOC100042427, LOC667059, LOC100041996
Downstream geneLOC100042441, 3830406C13Rik, EG667072, Fezf2, Cadps, EG432822
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-296I15.bB6Ng01-296I15.g
ACCGA092126GA092127
length1,0981,121
definitionB6Ng01-296I15.b B6Ng01-296I15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,737,236 - 12,738,347)(12,530,823 - 12,531,943)
sequence
gaattccagagttcacttcggccctgatttccccagatctgttacaaacc
tgagaccactcctgctacactcttacacactcctcctcaccttcaaagga
gcaaactccagcgtctcccacataatcaaggacccctgtgctcttcctca
gtcctccccagggcaccacagggcactgcggttaagactcctcctgaaat
ctccagttcccagcatgtaattcctctggcgcaaacccagtgaatgggaa
ggcttccttcccactgggctcctaaaccctctctcatttttaaggacttt
ctccacttgagacagatgctcagtccgtaggcaaccacagcactgacctt
tcttccacctgagtttatctctttctgcaggcctgcaaattagcatggga
tcaaaagcctaaatgtagccctgattagttgagctaattaacattgctaa
taaaagcgctgtcaccctggttggtccactctggtgattcttaaaaggaa
ccagggccttttctgcaaacctctgctaaaacctgagagaaccttcctta
cttaaccccaagctcacagcccccatgaagggattcgagcagaacggttt
cttttattagaagctgtcatttcgcatcatgctatgtctaaatttgctca
aatgttttcactaattttcaacaattgggtaaaaatgttctagcagagag
aagataccgcaaagatccctaatggaggaacaggctcgtgtcctacagac
tctgtgcttgacaaggtctttgagagttgaaagtaaacagatgtcttcaa
atttctgcaatagaagagagtgatgccaaaatagcacaccgatgcagagc
atgacactaattacccagcacaggtattttgggcctctcatttacaaaat
caagatggctgaatctatagccgcggtacctcatgcctcagctatgccaa
cctgtgggtgtgtcccatctggtttgcacatactctcggccatgcacagg
taccaaaggatgtcttctgaaggcgggagcacactcacagtcaacaatcc
cacagcactttgtttttgtatctatttgtttgtctccattttttatta
gaattcaaccaagcacaatacacttgtgccccattttaccctttggtcct
gctgccttttaactgacattactgtacatttctgctgtggccactgggca
gttctggggccatttgagagctggttgttgtttacatggatgcctacatt
agaatcacagcctgggttgttgcagtgcagtctgttacaagtagtagact
gtctccaaatatgatgacactgttaactgtttgagatcagatcctgagtt
ccaggatacagtggctttagcagctttaagatgtgccatttaacccatcc
cttcataactgttgggcctctatcctagaaagtggcagaagagtgtccag
aggaacagaaatgcaaaacaaacaaacaagcaagcactgaacaactcaac
agttaactatggagcgtgcaggtgtgctgggagatcttgcaaagccatta
acctcaagaggaggactatgtggtggggcgtgtttcgtactgcttttcat
gataccagttcatgcttagcaaaattgcttcttttagcagctgtaaagac
tcttgactagagatgtcaagcaaactctatgcatcactttggacacatgc
ccagcagccagtaagaaaggtgaaagtcagagtaatgagagaacaaagga
gttggggaaagctgtcgatccagaggtcagacattgccagagaatcagag
cccagcttgtttccactggcctgctctgttacctgtgctttggatttgag
cacaaagtggttcttggtggggctgagtgtggtgtgacgaaatcttgtat
gcagagctactgaaagccggccaggtgaagttaaggagcacccctcgaag
cttgtcttggtctgtttcatgctgcaattctggactagagcagatgggga
tatttatcatcacataaggaaacttatttcatgtataatttctggaagag
tgcaggcagaggcatagtatctgctggtaggtagtagccttgtaactgct
gttaggtagtagccttgtactgctgggtaggtaggttcgttttgtggatg
actccaggtgatggggcagtaaaagagggtagaagggaacaccacacaaa
acaacagaagagtaagggtgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_12737236_12738347
seq2: B6Ng01-296I15.b_48_1145 (reverse)

seq1  TAATAAAAAATGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA  50
      |||||||||||||          | | ||| ||| | | | ||||| |||
seq2  TAATAAAAAATGG----------AGACAAACAAATAGATACAAAAACAAA  40

seq1  GTGCCTGTTGGGATTGTTGACCTGTGAGTGTGCTCCCGCCTTCAGAAGAC  100
      ||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTG-CTG-TGGGATTGTTGA-CTGTGAGTGTGCTCCCGCCTTCAGAAGAC  87

seq1  ATCCTTTGGTACCTGTGCATGGCCGAGAGTATGTTGCAAACCAGATGGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ATCCTTTGGTACCTGTGCATGGCCGAGAGTATG-TGCAAACCAGATGGGA  136

seq1  CACACCCACAGGTTGGCATAGCTGAGGCATGAGGTACCGCGGCTATAGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCCACAGGTTGGCATAGCTGAGGCATGAGGTACCGCGGCTATAGAT  186

seq1  TCAGCCATCTTGATTTTGTAAATGAGAGGCCCAAAATACCTGTGCTGGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCATCTTGATTTTGTAAATGAGAGGCCCAAAATACCTGTGCTGGGT  236

seq1  AATTAGTGTCATGCTCTGCATCGGTGTGCTATTTTGGCATCACTCTCTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAGTGTCATGCTCTGCATCGGTGTGCTATTTTGGCATCACTCTCTTC  286

seq1  TATTGCAGAAATTTGAAGACATCTGTTTACTTTCAACTCTCAAAGACCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGCAGAAATTTGAAGACATCTGTTTACTTTCAACTCTCAAAGACCTT  336

seq1  GTCAAGCACAGAGTCTGTAGGACACGAGCCTGTTCCTCCATTAGGGATCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAGCACAGAGTCTGTAGGACACGAGCCTGTTCCTCCATTAGGGATCT  386

seq1  TTGCGGTATCTTCTCTCTGCTAGAACATTTTTACCCAATTGTTGAAAATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCGGTATCTTCTCTCTGCTAGAACATTTTTACCCAATTGTTGAAAATT  436

seq1  AGTGAAAACATTTGAGCAAATTTAGACATAGCATGATGCGAAATGACAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAAAACATTTGAGCAAATTTAGACATAGCATGATGCGAAATGACAGC  486

seq1  TTCTAATAAAAGAAACCGTTCTGCTCGAATCCCTTCATGGGGGCTGTGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAATAAAAGAAACCGTTCTGCTCGAATCCCTTCATGGGGGCTGTGAG  536

seq1  CTTGGGGTTAAGTAAGGAAGGTTCTCTCAGGTTTTAGCAGAGGTTTGCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGGTTAAGTAAGGAAGGTTCTCTCAGGTTTTAGCAGAGGTTTGCAG  586

seq1  AAAAGGCCCTGGTTCCTTTTAAGAATCACCAGAGTGGACCAACCAGGGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGCCCTGGTTCCTTTTAAGAATCACCAGAGTGGACCAACCAGGGTG  636

seq1  ACAGCGCTTTTATTAGCAATGTTAATTAGCTCAACTAATCAGGGCTACAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCGCTTTTATTAGCAATGTTAATTAGCTCAACTAATCAGGGCTACAT  686

seq1  TTAGGCTTTTGATCCCATGCTAATTTGCAGGCCTGCAGAAAGAGATAAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGCTTTTGATCCCATGCTAATTTGCAGGCCTGCAGAAAGAGATAAAC  736

seq1  TCAGGTGGAAGAAAGGTCAGTGCTGTGGTTGCCTACGGACTGAGCATCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTGGAAGAAAGGTCAGTGCTGTGGTTGCCTACGGACTGAGCATCTG  786

seq1  TCTCAAGTGGAGAAAGTCCTTAAAAATGAGAGAGGGTTTAGGAGCCCAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAGTGGAGAAAGTCCTTAAAAATGAGAGAGGGTTTAGGAGCCCAGT  836

seq1  GGGAAGGAAGCCTTCCCATTCACTGGGTTTGCGCCAGAGGAATTACATGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGGAAGCCTTCCCATTCACTGGGTTTGCGCCAGAGGAATTACATGC  886

seq1  TGGGAACTGGAGATTTCAGGAGGAGTCTTAACCGCAGTGCCCTGTGGTGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAACTGGAGATTTCAGGAGGAGTCTTAACCGCAGTGCCCTGTGGTGC  936

seq1  CCTGGGGAGGACTGAGGAAGAGCACAGGGGTCCTTGATTATGTGGGAGAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGGAGGACTGAGGAAGAGCACAGGGGTCCTTGATTATGTGGGAGAC  986

seq1  GCTGGAGTTTGCTCCTTTGAAGGTGAGGAGGAGTGTGTAAGAGTGTAGCA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAGTTTGCTCCTTTGAAGGTGAGGAGGAGTGTGTAAGAGTGTAGCA  1036

seq1  GGAGTGGTCTCAGGTTTGTAACAGATCTGGGGAAATCAGGGCCGAAGTGA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTGGTCTCAGGTTTGTAACAGATCTGGGGAAATCAGGGCCGAAGTGA  1086

seq1  ACTCTGGAATTC  1112
      ||||||||||||
seq2  ACTCTGGAATTC  1098

seq1: chr14_12530823_12531943
seq2: B6Ng01-296I15.g_71_1191

seq1  GAATTCAACCAAGCACAATACACTTGTGCCCCATTTTACCCTTTGGTCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACCAAGCACAATACACTTGTGCCCCATTTTACCCTTTGGTCCT  50

seq1  GCTGCCTTTTAACTGACATTACTGTACATTTCTGCTGTGGCCACTGGGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCTTTTAACTGACATTACTGTACATTTCTGCTGTGGCCACTGGGCA  100

seq1  GTTCTGGGGCCATTTGAGAGCTGGTTGTTGTTTACATGGATGCCTACATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGGGGCCATTTGAGAGCTGGTTGTTGTTTACATGGATGCCTACATT  150

seq1  AGAATCACAGCCTGGGTTGTTGCAGTGCAGTCTGTTACAAGTAGTAGACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCACAGCCTGGGTTGTTGCAGTGCAGTCTGTTACAAGTAGTAGACT  200

seq1  GTCTCCAAATATGATGACACTGTTAACTGTTTGAGATCAGATCCTGAGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCAAATATGATGACACTGTTAACTGTTTGAGATCAGATCCTGAGTT  250

seq1  CCAGGATACAGTGGCTTTAGCAGCTTTAAGATGTGCCATTTAACCCATCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGATACAGTGGCTTTAGCAGCTTTAAGATGTGCCATTTAACCCATCC  300

seq1  CTTCATAACTGTTGGGCCTCTATCCTAGAAAGTGGCAGAAGAGTGTCCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATAACTGTTGGGCCTCTATCCTAGAAAGTGGCAGAAGAGTGTCCAG  350

seq1  AGGAACAGAAATGCAAAACAAACAAACAAGCAAGCACTGAACAACTCAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACAGAAATGCAAAACAAACAAACAAGCAAGCACTGAACAACTCAAC  400

seq1  AGTTAACTATGGAGCGTGCAGGTGTGCTGGGAGATCTTGCAAAGCCATTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAACTATGGAGCGTGCAGGTGTGCTGGGAGATCTTGCAAAGCCATTA  450

seq1  ACCTCAAGAGGAGGACTATGTGGTGGGGCGTGTTTCGTACTGCTTTTCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCAAGAGGAGGACTATGTGGTGGGGCGTGTTTCGTACTGCTTTTCAT  500

seq1  GATACCAGTTCATGCTTAGCAAAATTGCTTCTTTTAGCAGCTGTAAAGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACCAGTTCATGCTTAGCAAAATTGCTTCTTTTAGCAGCTGTAAAGAC  550

seq1  TCTTGACTAGAGATGTCAAGCAAACTCTATGCATCACTTTGGACACATGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGACTAGAGATGTCAAGCAAACTCTATGCATCACTTTGGACACATGC  600

seq1  CCAGCAGCCAGTAAGAAAGGTGAAAGTCAGAGTAATGAGAGAACAAAGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCAGCCAGTAAGAAAGGTGAAAGTCAGAGTAATGAGAGAACAAAGGA  650

seq1  GTTGGGGAAAGCTGTCGATCCAGAGGTCAGACATTGCCAGAGAATCAGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGGGAAAGCTGTCGATCCAGAGGTCAGACATTGCCAGAGAATCAGAG  700

seq1  CCCAGCTTGTTTCCACTGGCCTGCTCTGTTACCTGTGCTTTGGATTTGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCTTGTTTCCACTGGCCTGCTCTGTTACCTGTGCTTTGGATTTGAG  750

seq1  CACAAAGTGGTTCTTGGTGGGGCTGAGTGTGGTGTGACGAAATCTTGTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAGTGGTTCTTGGTGGGGCTGAGTGTGGTGTGACGAAATCTTGTAT  800

seq1  GCAGAGCTACTGAAAGCCGGCCAGGTGAAGTTAAGGAGCACCCCTCGAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGCTACTGAAAGCCGGCCAGGTGAAGTTAAGGAGCACCCCTCGAAG  850

seq1  CTTGTCTTGGTCTGTTTCATGCTGCAATTCTGGACTAGAGCAGATGGGGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCTTGGTCTGTTTCATGCTGCAATTCTGGACTAGAGCAGATGGGGA  900

seq1  TATTTATCATCACATAAGGAAACTTA-TTCATGTATAA-TTCTGG-AGAG  947
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||
seq2  TATTTATCATCACATAAGGAAACTTATTTCATGTATAATTTCTGGAAGAG  950

seq1  TGCAGGGCAGAGGCATAGTATCTGCTGGTAGGTAGTAGCCTTGTAACTGC  997
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCA-GGCAGAGGCATAGTATCTGCTGGTAGGTAGTAGCCTTGTAACTGC  999

seq1  TGGTAGGTAGTAGCCTTGTAACTGCT-GGTAGGTA-GTTCGTTTTGTTGG  1045
      || |||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||  |
seq2  TGTTAGGTAGTAGCCTTGT-ACTGCTGGGTAGGTAGGTTCGTTTTGT--G  1046

seq1  GTTGACTCAGGGTGGATGGGGCAAGGAAAAGAGGGTAGAAGGGAACA-CA  1094
      | ||||||  ||| |||||||| || ||||||||||||||||||||| ||
seq2  GATGACTCCAGGT-GATGGGGC-AGTAAAAGAGGGTAGAAGGGAACACCA  1094

seq1  CACAAAACAACAG-AGAGTAAAGGGTGG  1121
      ||||||||||||| ||||| ||||||||
seq2  CACAAAACAACAGAAGAGT-AAGGGTGG  1121