BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-299M19
Chromosome14 (Build37)
Map Location 8,336,667 - 8,485,425
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042286, LOC100042272, LOC100041874, LOC100042304, LOC100041881, LOC100042312, LOC100041893
Upstream geneLOC546590, LOC666906, LOC100042024, LOC100041664, LOC100042077, LOC100041675, LOC666329, EG666833, LOC100042043, EG666918, LOC100041700, LOC100042054, LOC100042100, EG622781, LOC100041740, LOC100038847, LOC100042129, LOC100041770, LOC100042149, LOC544988, EG626456, LOC100041791, LOC100042164, LOC100042182, LOC100041808, LOC100042192, LOC100042207, EG432817, LOC100042217, LOC100041830, LOC100042235, EG545013, EG666947, LOC623215, LOC666957, LOC100042263, LOC100042258
Downstream geneENSMUSG00000058570, EG666976, Flnb, Dnase1l3, Abhd6, Rpp14, Pxk, Pdhb, Kctd6, Acox2, BC055107, Oit1, LOC667005, 4930452B06Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-299M19.bB6Ng01-299M19.g
ACCGA094542GA094543
length1,1841,121
definitionB6Ng01-299M19.b B6Ng01-299M19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(8,484,226 - 8,485,425)(8,336,667 - 8,337,803)
sequence
gaattcaccatgacctcctcattctgggtaattctccctgaaatgtggat
tatatagtttggccaaattcataggactaggccaaagatcaagagtcctt
gttctgaaagaaaaaaaaaaggagaaatgtcctcatagtttctgtatacc
cacacctgtgccataaactactgagagtttagagacctcgtctgtccctc
caggcctatgcgggagctcaaacaaccagaactctaaccacctggacacc
cagcctctggagacctttggacaagatagcaagattaataagcttagatg
atcctagtacataggaggtagaaggtaacatactgtgagcttggatagtt
cagaatccatcctggattcaggtgacacttgaagcctgtgttcttgggac
tctttgctcttggggccaggcccaaccacagatcaaatccttactatgaa
aaattgaaagtggagactaagcaggtaatgttggacctgcagagcttaca
gaatgtgtacactgaggcctcagagacatttcaattcctggcaaagagaa
aggctgctataggtaactgtctgtcttgcttgggagcacatgagctgtag
aattgccatctctgcttttgatcctgcacacaggagcctttagatctttc
tgttgtaaacctgtgggttgaaacactttttggggtaaaaaaaaaggtca
aaggaccctttcacagaggttgtgtatcagacaatcctttatctcagaca
cttctattatggcttataacagtacaaaaattatagtacccaagtagcaa
tgaaaataatcttaagtttgggaggtcactgcattaaagcatccacagca
tttggtaaattgagaaaccctggtcttgacagaagaactatttgtatcat
gtgaggtcttcttgacacccggggctgagtcagatctgtagagagctagt
taccagcagacccatatatagcagtattccccttgtttcttcttccagtc
atagtgcctttgcccattcctcgtgatgtttctccatagctggaacagat
aggacactgtagtccacttcttcttttagaaacatgatccctctagggat
ggaacttttggagttatcatggagtttttctggaattgccgtttctagtt
gcttccgagtgcagcctcactagaagttcctgag
gaattcagtgttcatcctgtgttaaggcatggcccaagaagcaaataatg
tgctgaattgaggattcaataatcatgtgcaaacaggctgtatcatggac
tacccaagccaattgcatgccacatcctagttccttaaaactgggtcccc
ttggtgctaattaaacttactatcctgggcagaggacagcagagcaagga
gacctaatggagctagctgaccttcaagagcttcctgggcaagcctgaag
gaatagattacttctatgacaattttccaatacactgtgccacaggcaag
ggtcctattggtatctgtaatgactttcctcttatttttaaggcagggat
tctcattccttggttcctgttgttatgtgaattcccagaggacacaacta
ttatttacaggtgaaaggctttatcacacctcctcccccaggacattcct
gtgtgacaaccaggaaacaccaggagcaaacttccctggtgatcactttg
gacctctatggactcacaccaacaggacctgcaaactgtgcatcacacaa
atcctcagaccccatcaaaggtcccagagcctcagtcctgaacaaaacac
acacagctaagttcacacacatagacacaattagaatgccaataaatcca
gggaggtgccaagctcagaatatgatgaacaatatcagagtaaaggtgtg
atagcctgcaggcattgcattcacacactgagaggcagcaagtgtgagca
ggtccttccagctgttgacagcaacaatcagattgcaagcaacccaaggt
caagtacaaaagaagttgataataaacacacagcaccttgtttatccaac
aattaaacacctgtcagtgcaacttaattgaatgatgggagatgacacac
tccattcatgggaaggaaattgggttaacagatggcacaatacaggcaag
agggtactgggcatattcctacctgtagtcaaattctcatacatgtaacg
ttcagatcacacattcctcatgtcatgctgatctctcatatcaattcaat
tctctaccttatttatatttggattctgatagtgaatgtgacttttgggt
ggaaagtattctagcgaccct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_8484226_8485425
seq2: B6Ng01-299M19.b_48_1231 (reverse)

seq1  CTCAGG-ACATCTAGGTGA-GCTGCACTCAGAAAGCAAAAACTAGAGAAC  48
      |||||| || |||| |||| ||||||||| | ||||   ||||||| |||
seq2  CTCAGGAACTTCTA-GTGAGGCTGCACTC-GGAAGC---AACTAGA-AAC  44

seq1  AGCAAATTCCAGAAACACT-CATGCTACTTCCAAAAGTCCCAACACTAAG  97
       || ||||||||||| ||| |||| ||  ||||||||| ||| | || ||
seq2  GGC-AATTCCAGAAAAACTCCATGATAACTCCAAAAGTTCCATCCCT-AG  92

seq1  AGGGATCCATGTTTCCTAAAAAGAAGAAGTGGACTACAGTTGTCCCTATC  147
      |||||| ||||||||   ||||||||||||||||||||| ||| ||||||
seq2  AGGGAT-CATGTTTC--TAAAAGAAGAAGTGGACTACAG-TGT-CCTATC  137

seq1  TG-TCCAGCCTAATGGAGAAACATCACGAAGGAATGGGCAAAGGCACTAT  196
      || ||||||   |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCAGC--TATGGAGAAACATCACG-AGGAATGGGCAAAGGCACTAT  184

seq1  GAACTGGAAAGAAGAAACAAGGGGAATACTTGCTATATATGGGTCTGCTG  246
      | ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  G-ACTGG-AAGAAGAAACAAGGGGAATAC-TGCTATATATGGGTCTGCTG  231

seq1  GTAACTAGCTCTCTACAGATCCTGACTCAGCCCCGGGTGTCAAGAAGACC  296
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACTAGCTCTCTACAGAT-CTGACTCAGCCCCGGGTGTCAAGAAGACC  280

seq1  TCACATGATACAAATAGTTCTTCTGTCAAGACCAGGGTTTCTCAATTTAC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATGATACAAATAGTTCTTCTGTCAAGACCAGGGTTTCTCAATTTAC  330

seq1  CAAATGCTGTGGATGCTTTAATGCAGTGACCTCCCAAACTTAAGATTATT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGCTGTGGATGCTTTAATGCAGTGACCTCCCAAACTTAAGATTATT  380

seq1  TTCATTGCTACTTGGGTACTATAATTTTTGTACTGTTATAAGCCATAATA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTGCTACTTGGGTACTATAATTTTTGTACTGTTATAAGCCATAATA  430

seq1  GAAGTGTCTGAGATAAAGGATTGTCTGATACACAACCTCTGTGAAAGGGT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGTCTGAGATAAAGGATTGTCTGATACACAACCTCTGTGAAAGGGT  480

seq1  CCTTTGACCTTTTTTTTTACCCCAAAAAGTGTTTCAACCCACAGGTTTAC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGACCTTTTTTTTTACCCCAAAAAGTGTTTCAACCCACAGGTTTAC  530

seq1  AACAGAAAGATCTAAAGGCTCCTGTGTGCAGGATCAAAAGCAGAGATGGC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAAAGATCTAAAGGCTCCTGTGTGCAGGATCAAAAGCAGAGATGGC  580

seq1  AATTCTACAGCTCATGTGCTCCCAAGCAAGACAGACAGTTACCTATAGCA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTACAGCTCATGTGCTCCCAAGCAAGACAGACAGTTACCTATAGCA  630

seq1  GCCTTTCTCTTTGCCAGGAATTGAAATGTCTCTGAGGCCTCAGTGTACAC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTCTCTTTGCCAGGAATTGAAATGTCTCTGAGGCCTCAGTGTACAC  680

seq1  ATTCTGTAAGCTCTGCAGGTCCAACATTACCTGCTTAGTCTCCACTTTCA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGTAAGCTCTGCAGGTCCAACATTACCTGCTTAGTCTCCACTTTCA  730

seq1  ATTTTTCATAGTAAGGATTTGATCTGTGGTTGGGCCTGGCCCCAAGAGCA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTCATAGTAAGGATTTGATCTGTGGTTGGGCCTGGCCCCAAGAGCA  780

seq1  AAGAGTCCCAAGAACACAGGCTTCAAGTGTCACCTGAATCCAGGATGGAT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTCCCAAGAACACAGGCTTCAAGTGTCACCTGAATCCAGGATGGAT  830

seq1  TCTGAACTATCCAAGCTCACAGTATGTTACCTTCTACCTCCTATGTACTA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAACTATCCAAGCTCACAGTATGTTACCTTCTACCTCCTATGTACTA  880

seq1  GGATCATCTAAGCTTATTAATCTTGCTATCTTGTCCAAAGGTCTCCAGAG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCATCTAAGCTTATTAATCTTGCTATCTTGTCCAAAGGTCTCCAGAG  930

seq1  GCTGGGTGTCCAGGTGGTTAGAGTTCTGGTTGTTTGAGCTCCCGCATAGG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGTGTCCAGGTGGTTAGAGTTCTGGTTGTTTGAGCTCCCGCATAGG  980

seq1  CCTGGAGGGACAGACGAGGTCTCTAAACTCTCAGTAGTTTATGGCACAGG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGAGGGACAGACGAGGTCTCTAAACTCTCAGTAGTTTATGGCACAGG  1030

seq1  TGTGGGTATACAGAAACTATGAGGACATTTCTCCTTTTTTTTTTCTTTCA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGTATACAGAAACTATGAGGACATTTCTCCTTTTTTTTTTCTTTCA  1080

seq1  GAACAAGGACTCTTGATCTTTGGCCTAGTCCTATGAATTTGGCCAAACTA  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAAGGACTCTTGATCTTTGGCCTAGTCCTATGAATTTGGCCAAACTA  1130

seq1  TATAATCCACATTTCAGGGAGAATTACCCAGAATGAGGAGGTCATGGTGA  1196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATCCACATTTCAGGGAGAATTACCCAGAATGAGGAGGTCATGGTGA  1180

seq1  ATTC  1200
      ||||
seq2  ATTC  1184

seq1: chr14_8336667_8337803
seq2: B6Ng01-299M19.g_68_1188

seq1  GAATTCAGTGTTCATCCTGTGTTAAGGCATGGCCCAAGAAGCAAATAATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGTTCATCCTGTGTTAAGGCATGGCCCAAGAAGCAAATAATG  50

seq1  TGCTGAATTGAGGATTCAATAATCATGTGCAAACAGGCTGTATCATGGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGAATTGAGGATTCAATAATCATGTGCAAACAGGCTGTATCATGGAC  100

seq1  TACCCAAGCCAATTGCATGCCACATCCTAGTTCCTTAAAACTGGGTCCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCAAGCCAATTGCATGCCACATCCTAGTTCCTTAAAACTGGGTCCCC  150

seq1  TTGGTGCTAATTAAACTTACTATCCTGGGCAGAGGACAGCAGAGCAAGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGCTAATTAAACTTACTATCCTGGGCAGAGGACAGCAGAGCAAGGA  200

seq1  GACCTAATGGAGCTAGCTGACCTTCAAGAGCTTCCTGGGCAAGCCTGAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTAATGGAGCTAGCTGACCTTCAAGAGCTTCCTGGGCAAGCCTGAAG  250

seq1  GAATAGATTACTTCTATGACAATTTTCCAATACACTGTGCCACAGGCAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAGATTACTTCTATGACAATTTTCCAATACACTGTGCCACAGGCAAG  300

seq1  GGTCCTATTGGTATCTGTAATGACTTTCCTCTTATTTTTAAGGCAGGGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCTATTGGTATCTGTAATGACTTTCCTCTTATTTTTAAGGCAGGGAT  350

seq1  TCTCATTCCTTGGTTCCTGTTGTTATGTGAATTCCCAGAGGACACAACTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATTCCTTGGTTCCTGTTGTTATGTGAATTCCCAGAGGACACAACTA  400

seq1  TTATTTACAGGTGAAAGGCTTTATCACACCTCCTCCCCCAGGACATTCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTACAGGTGAAAGGCTTTATCACACCTCCTCCCCCAGGACATTCCT  450

seq1  GTGTGACAACCAGGAAACACCAGGAGCAAACTTCCCTGGTGATCACTTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGACAACCAGGAAACACCAGGAGCAAACTTCCCTGGTGATCACTTTG  500

seq1  GACCTCTATGGACTCACACCAACAGGACCTGCAAACTGTGCATCACACAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTCTATGGACTCACACCAACAGGACCTGCAAACTGTGCATCACACAA  550

seq1  ATCCTCAGACCCCATCAAAGGTCCCAGAGCCTCAGTCCTGAACAAAACAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTCAGACCCCATCAAAGGTCCCAGAGCCTCAGTCCTGAACAAAACAC  600

seq1  ACACAGCTAAGTTCACACACATAGACACAATTAGAATGCCAATAAATCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGCTAAGTTCACACACATAGACACAATTAGAATGCCAATAAATCCA  650

seq1  GGGAGGTGCCAAGCTCAGAATATGATGAACAATATCAGAGTAAAGGTGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGTGCCAAGCTCAGAATATGATGAACAATATCAGAGTAAAGGTGTG  700

seq1  ATAGCCTGCAGGCATTGCATTCACACACTGAGAGGCAGCAAGTGTGAGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCCTGCAGGCATTGCATTCACACACTGAGAGGCAGCAAGTGTGAGCA  750

seq1  GGTCCTTCCAGCTGTTGACAGCAACAATCAGATTGCAAGCAACCCAAGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCTTCCAGCTGTTGACAGCAACAATCAGATTGCAAGCAACCCAAGGT  800

seq1  CAAGTACAAAAGAAGTTGATAATAAACACACAGCACCTTGTTTATCCAAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTACAAAAGAAGTTGATAATAAACACACAGCACCTTGTTTATCCAAC  850

seq1  AATTAAACACCTGTCAGTGCAACTTAATTGAATGATGGGAGATGACACAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAACACCTGTCAGTGCAACTTAATTGAATGATGGGAGATGACACAC  900

seq1  TCCATTCAT-GGAAGGAAATTGGGTTAACAGATGGCACAATACAGGCAAG  949
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTCATGGGAAGGAAATTGGGTTAACAGATGGCACAATACAGGCAAG  950

seq1  AGGGTACTGGGCATAATTCCTACCTGTAGTTCAAATTCTCATACATGTAA  999
      |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |
seq2  AGGGTACTGGGCAT-ATTCCTACCTGTAG-TCAAATTCTCATACATGT-A  997

seq1  ACGTTCAGGATTCCACACATTTCCTCCATGTCATTGCTGATCTTCCTCAT  1049
      ||||||| |||  |||||| ||||| ||||||| |||||||||  |||||
seq2  ACGTTCA-GAT--CACACA-TTCCT-CATGTCA-TGCTGATCT--CTCAT  1039

seq1  ATCCAATTTCAATTCTCTAACTTTATTTATATTTGATATCTGATTAGTG-  1098
      |||  | ||||||||||| || |||||||||||||   ||||| ||||| 
seq2  ATC--AATTCAATTCTCT-ACCTTATTTATATTTGGATTCTGA-TAGTGA  1085

seq1  ATGTTGGAATTTTGGGTTG-AAGTATTTCTAGCAGACCCT  1137
      ||||  || |||||||| | ||||| ||||||| ||||||
seq2  ATGT--GACTTTTGGGTGGAAAGTA-TTCTAGC-GACCCT  1121