BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-304D18
Chromosome14 (Build37)
Map Location 84,080,969 - 84,205,862
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043279
Upstream geneLOC100043773
Downstream geneLOC100043775, LOC100043776, LOC100043280, LOC100043285, Pcdh17, 9630013A20Rik, LOC629794
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-304D18.bB6Ng01-304D18.g
ACCGA097841GA097842
length1,0151,008
definitionB6Ng01-304D18.b B6Ng01-304D18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(84,204,851 - 84,205,862)(84,080,969 - 84,081,974)
sequence
gaattctgtaacttatgtcttctatactacctgtttcagtgatacctttt
tataatacttgctttgtcttcattttggattatgagtcatatgacctgtt
tggtatattttctttaagcagttatcattgatggatatagaatttggttc
cctgtccaaggacaggattgagttcagaaactttactggtagctgtaata
attctctgaaggacactgacattttaatttcagccttaaatataaattga
aagaaaaaatacttaattttatttgtgatcctagcttttaatggttgaat
catctctccaaccttcttaaacccttattagcaatccaatagcttacata
aaatttaacccatattaccaccttcatttgtggattgttatcattataga
aatgaatcatcttcagtacagaagttttaaatgttccaaaaccaaaactt
tgaacaattcagtgggctacaaaagaaaacattgctctgcgcttagccac
aagtagtctatcaatgaaatgcagactagctccactagaacaagaaattc
tggagatattggcaaacagcagccctacctttaaaatggttaactgacaa
gcccttgtgcatagagagcaacagcctgtaaataaaaattagttgcatga
tcttgggcaacccatattacaagtggagaattcctttcccaaaatgtatg
ttactagaagagtttctgattgatttggtagttttgtggggtttttggct
ttttgttttgttgtcagactgtagaatatttcatagttaagtctgttcag
ccataatctaaaaataaaaagtgttcattcctacagctacaaagtctaca
atcccctagagcattctctgaaagatctcagtcttccagaaattttaagg
tatgggtaagggtaggcatggggctaatgaatgaaaaatgggcagaaatg
cagacatgctctgagtaccacattttaatccttttagttagatccttggt
acatgcctcctaatc

gaattcacactgtagaccaggctgtccttgaactgagaaatccccctgca
tctgcctcccatgtactggcatgtgccaccactgcctggtgtaagccttc
ttctattactgcataatagaattgaatagaaggtgctgtactagttaatt
ttttatggctgtaataaaatacaatagagcaggagttgatttagaatttt
gttcaagagggataaacattagtgacagtagagacatttttgcaggcatg
gtagcagtaacaacaaggaaacatctcatatcttgaagtccaaacaccaa
gtaaagataaaaaattggaactttcaagagtttttaaactcttaaagtgt
gtctgtagtaacataattcctccaataaaaccattaatcctaaaatttcc
ctaacagcaccaccagagtaaacattcaaattcttgagactatgggagac
atttctgatcaggtgctatgtaatcttcaaacaaaagtcctcatgaactg
tgacaaacttcaaaatatctctacaaatgcaatattgtcccatatattgc
tggagaccaataattctttgattagactcatagtctactcagcaggaggg
aagtcatgcctactaatggaaaactaacaaattacacactgccaatgggt
tcaccaatcttacaggataatttaacaacttctcctttattaagccagta
tatttcataaccgcattttaagtacttaaacttagcctacagataactag
ctcctaagcctcataaacaaatggttttgttttgttttgtttaattttgt
tttttgaggcaaacagagaccattacaaaataccactaaaatagtctcta
ggccacatactgaaaattttcaccactgaaactccttgggccaggtctgc
acagtaaaaattactctcaacaacagtctttcataatactactaggaata
tcccattaagtccaacttaaaacccttccacagttttcccaatccaaagt
cccaaaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_84204851_84205862
seq2: B6Ng01-304D18.b_43_1057 (reverse)

seq1  GATTA-GAGGCATGTACCAAAGGATTCTAACTAAAAGGATTAAAATGT-G  48
      ||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |
seq2  GATTAGGAGGCATGTACC-AAGGA-TCTAACTAAAAGGATTAAAATGTGG  48

seq1  TACTCAGAGCATGTCTGCATTTCTG-CCATTTTTCATTCATTAGCCCCAT  97
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCAGAGCATGTCTGCATTTCTGCCCATTTTTCATTCATTAGCCCCAT  98

seq1  GCCTACCCTTA-CCATACC-TAAAATTTCTGGAAGACTGAGATCTTTCAG  145
      ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTACCCTTACCCATACCTTAAAATTTCTGGAAGACTGAGATCTTTCAG  148

seq1  AGAATGCTCTAGGGGATTGTAGACTTTGTAGCTGTAGGAATGAACACTTT  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGCTCTAGGGGATTGTAGACTTTGTAGCTGTAGGAATGAACACTTT  198

seq1  TTATTTTTAGATTATGGCTGAACAGACTTAACTATGAAATATTCTACAGT  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTTAGATTATGGCTGAACAGACTTAACTATGAAATATTCTACAGT  248

seq1  CTGACAACAAAACAAAAAGCCAAAAACCCCACAAAACTACCAAATCAATC  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACAACAAAACAAAAAGCCAAAAACCCCACAAAACTACCAAATCAATC  298

seq1  AGAAACTCTTCTAGTAACATACATTTTGGGAAAGGAATTCTCCACTTGTA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACTCTTCTAGTAACATACATTTTGGGAAAGGAATTCTCCACTTGTA  348

seq1  ATATGGGTTGCCCAAGATCATGCAACTAATTTTTATTTACAGGCTGTTGC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGGTTGCCCAAGATCATGCAACTAATTTTTATTTACAGGCTGTTGC  398

seq1  TCTCTATGCACAAGGGCTTGTCAGTTAACCATTTTAAAGGTAGGGCTGCT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTATGCACAAGGGCTTGTCAGTTAACCATTTTAAAGGTAGGGCTGCT  448

seq1  GTTTGCCAATATCTCCAGAATTTCTTGTTCTAGTGGAGCTAGTCTGCATT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGCCAATATCTCCAGAATTTCTTGTTCTAGTGGAGCTAGTCTGCATT  498

seq1  TCATTGATAGACTACTTGTGGCTAAGCGCAGAGCAATGTTTTCTTTTGTA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGATAGACTACTTGTGGCTAAGCGCAGAGCAATGTTTTCTTTTGTA  548

seq1  GCCCACTGAATTGTTCAAAGTTTTGGTTTTGGAACATTTAAAACTTCTGT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCACTGAATTGTTCAAAGTTTTGGTTTTGGAACATTTAAAACTTCTGT  598

seq1  ACTGAAGATGATTCATTTCTATAATGATAACAATCCACAAATGAAGGTGG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAGATGATTCATTTCTATAATGATAACAATCCACAAATGAAGGTGG  648

seq1  TAATATGGGTTAAATTTTATGTAAGCTATTGGATTGCTAATAAGGGTTTA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATGGGTTAAATTTTATGTAAGCTATTGGATTGCTAATAAGGGTTTA  698

seq1  AGAAGGTTGGAGAGATGATTCAACCATTAAAAGCTAGGATCACAAATAAA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGTTGGAGAGATGATTCAACCATTAAAAGCTAGGATCACAAATAAA  748

seq1  ATTAAGTATTTTTTCTTTCAATTTATATTTAAGGCTGAAATTAAAATGTC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAGTATTTTTTCTTTCAATTTATATTTAAGGCTGAAATTAAAATGTC  798

seq1  AGTGTCCTTCAGAGAATTATTACAGCTACCAGTAAAGTTTCTGAACTCAA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTCCTTCAGAGAATTATTACAGCTACCAGTAAAGTTTCTGAACTCAA  848

seq1  TCCTGTCCTTGGACAGGGAACCAAATTCTATATCCATCAATGATAACTGC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTCCTTGGACAGGGAACCAAATTCTATATCCATCAATGATAACTGC  898

seq1  TTAAAGAAAATATACCAAACAGGTCATATGACTCATAATCCAAAATGAAG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGAAAATATACCAAACAGGTCATATGACTCATAATCCAAAATGAAG  948

seq1  ACAAAGCAAGTATTATAAAAAGGTATCACTGAAACAGGTAGTATAGAAGA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGCAAGTATTATAAAAAGGTATCACTGAAACAGGTAGTATAGAAGA  998

seq1  CATAAGTTACAGAATTC  1012
      |||||||||||||||||
seq2  CATAAGTTACAGAATTC  1015


seq1: chr14_84080969_84081974
seq2: B6Ng01-304D18.g_69_1076

seq1  GAATTCACACTGTAGACCAGGCTGTCCTTGAACTGAGAAATCCCCCTGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACACTGTAGACCAGGCTGTCCTTGAACTGAGAAATCCCCCTGCA  50

seq1  TCTGCCTCCCATGTACTGGCATGTGCCACCACTGCCTGGTGTAAGCCTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTCCCATGTACTGGCATGTGCCACCACTGCCTGGTGTAAGCCTTC  100

seq1  TTCTATTACTGCATAATAGAATTGAATAGAAGGTGCTGTACTAGTTAATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATTACTGCATAATAGAATTGAATAGAAGGTGCTGTACTAGTTAATT  150

seq1  TTTTATGGCTGTAATAAAATACAATAGAGCAGGAGTTGATTTAGAATTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATGGCTGTAATAAAATACAATAGAGCAGGAGTTGATTTAGAATTTT  200

seq1  GTTCAAGAGGGATAAACATTAGTGACAGTAGAGACATTTTTGCAGGCATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAAGAGGGATAAACATTAGTGACAGTAGAGACATTTTTGCAGGCATG  250

seq1  GTAGCAGTAACAACAAGGAAACATCTCATATCTTGAAGTCCAAACACCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCAGTAACAACAAGGAAACATCTCATATCTTGAAGTCCAAACACCAA  300

seq1  GTAAAGATAAAAAATTGGAACTTTCAAGAGTTTTTAAACTCTTAAAGTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAGATAAAAAATTGGAACTTTCAAGAGTTTTTAAACTCTTAAAGTGT  350

seq1  GTCTGTAGTAACATAATTCCTCCAATAAAACCATTAATCCTAAAATTTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTAGTAACATAATTCCTCCAATAAAACCATTAATCCTAAAATTTCC  400

seq1  CTAACAGCACCACCAGAGTAAACATTCAAATTCTTGAGACTATGGGAGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACAGCACCACCAGAGTAAACATTCAAATTCTTGAGACTATGGGAGAC  450

seq1  ATTTCTGATCAGGTGCTATGTAATCTTCAAACAAAAGTCCTCATGAACTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTGATCAGGTGCTATGTAATCTTCAAACAAAAGTCCTCATGAACTG  500

seq1  TGACAAACTTCAAAATATCTCTACAAATGCAATATTGTCCCATATATTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAAACTTCAAAATATCTCTACAAATGCAATATTGTCCCATATATTGC  550

seq1  TGGAGACCAATAATTCTTTGATTAGACTCATAGTCTACTCAGCAGGAGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGACCAATAATTCTTTGATTAGACTCATAGTCTACTCAGCAGGAGGG  600

seq1  AAGTCATGCCTACTAATGGAAAACTAACAAATTACACACTGCCAATGGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCATGCCTACTAATGGAAAACTAACAAATTACACACTGCCAATGGGT  650

seq1  TCACCAATCTTACAGGATAATTTAACAACTTCTCCTTTATTAAGCCAGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCAATCTTACAGGATAATTTAACAACTTCTCCTTTATTAAGCCAGTA  700

seq1  TATTTCATAACCGCATTTTAAGTACTTAAACTTAGCCTACAGATAACTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCATAACCGCATTTTAAGTACTTAAACTTAGCCTACAGATAACTAG  750

seq1  CTCCTAAGCCTCATAAACAAATGGTTTTGTTTTGTTTTGTTTAATTTTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTAAGCCTCATAAACAAATGGTTTTGTTTTGTTTTGTTTAATTTTGT  800

seq1  TTTTTGAGGCAAACAGAGACCATTACAAAATACCACTAAAATAGTCTCTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGAGGCAAACAGAGACCATTACAAAATACCACTAAAATAGTCTCTA  850

seq1  GGCCACATACTGAAAATTTTCACCACTGAAACTCCTTGGGCCAGGTCTGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACATACTGAAAATTTTCACCACTGAAACTCCTTGGGCCAGGTCTGC  900

seq1  ACAGTAAAAATTACTCTCAACAACAGTCTTTCATAATACTACTAGG-ATA  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ACAGTAAAAATTACTCTCAACAACAGTCTTTCATAATACTACTAGGAATA  950

seq1  TCCCATTAAGTCCCACTTAAAA-CCTTCCACAGTTTTCCCAATCCAAAGT  998
      ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATTAAGTCCAACTTAAAACCCTTCCACAGTTTTCCCAATCCAAAGT  1000

seq1  CCCAAAAT  1006
      ||||||||
seq2  CCCAAAAT  1008


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |