BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-309E21
Chromosome14 (Build37)
Map Location 63,282,189 - 63,285,080
singlet/doubletdoublet
Overlap geneE130113E03Rik
Upstream geneLOC668253, Dleu7, Rnaseh2b, Gucy1b2, LOC100042960, Ppia-ps14_723.1, LOC545062, EG629059
Downstream geneInts6, LOC100042969, LOC668263, Wdfy2, LOC668268, EG432867, EG654465, EG654458, 2410125J01Rik, Defb42, LOC100042978, Ctsb, Fdft1, Neil2, Gata4, LOC100042988, LOC432868, Blk, LOC668293, BC065085, Tdh, Mtmr9
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-309E21.bB6Ng01-309E21.g
ACCGA101580GA101581
length1,118998
definitionB6Ng01-309E21.b B6Ng01-309E21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(63,282,189 - 63,283,307)(63,284,081 - 63,285,080)
sequence
gaattcttcaaagtcataaagggctagatggagggttccttgctggtaca
accaggtcacaagccttagaaggcttgatgggcatggctggctctgtccc
cgaggcatactctgctctcatctgggctttgctgcctacagctgagatgc
ttctcctggctccctgcagaacgtccaggctccaggaatttggacggagt
ggtagagacatcgccggcagagacggcaattaccagcttcctccctggga
tgtcttgtgattcggggcacattctgctcctactcttttaaaaagggcag
catgttgatgctcaaggcacaagaacagaatcaaacaaggaaactaccat
ttgattaaagagtcggtgagtatacaacacatccctggtagtcatggcag
gacctgggtcaccaggagtctgggcatcaaagtctatttgctaagggttg
caagtgctcttgtctcggaagctgatagaagctgcacgaactctcaaagt
aggacttgaagctttcactaatgaccttagagtaaagcctactttctctc
tagacatacgcacccatgcaaattcccactccgtgggttccgaggtcacg
tgtatttgtgttcagccctgaagggaagagctgggaaacatggctttttc
tcttagatctttatttaaagggaattccactgagcccaggcctttgctta
taagcttgtataggaagtgctttggactgggtatttctctcccattggcc
tagtctgattccacagttgaagcaattagcaaagattgctactgtagtga
aagtgctctgctctgctcttcttgctcccttctggattcctttgctactc
atggtagcccctcttcctgggaggacacagttctgaggaggagctttcta
ttattattgttctactctgtggaataatctactacgtagcatgaaatcta
atatctaggcccagctatcccattcatcactcttagacatacatatatgt
tcttatattttatgtagtactctaaaggccaggatctgtcatactctgtt
atcttcccccctaccagtgagtcactggagatctctagaagcacagtccc
atgaactataggttacga
gaattctaactttgatttgctagctcaagggtccacccccagaggacacc
gtggctaggctgagttggcattatttcttgtgccttctgacaaatcttaa
ttcatccaaagacgactcctgccagttttagtgatgttcattgctttgtt
tgttttgagatggggttcctgctacataacagactggcttggaattaaga
aatcctgcctcagccaccaacactatgttttatattgacatcttattctg
agattgagaagggaaggctgtgttagctttagcttatagctgctcacgta
ttgagctgcatcacccatgtaggtcaatgcaggctgtgctgtgttctaaa
gactttctctgctgttagcagagctgtttcgagaaacaatatgtagatat
aagctggcagaaacctcagaatcatgaaaataggttggtcaagagcatag
tcctggatctaaagagtgcatttaagagccgggcgtggtggcgcacgcct
ttaatcccagcacttgggaggcagaggcaggtggatttctgagtttgagg
ccaacctggtctacaaagtgagttccaggacagccagggctatacagaga
aaccctgtctcaaaaaaacaaacaaacaaacaaacaaaacaaaacaaaaa
aaagtgcatttaagcccagcctgccttttattgactgtgtgacttccagc
aagttgtctccaccctctgcctatctacttccccaaataggggtgccaat
gaaaccaccaacttcaaaaggcaatcagtgactgtttagaaggtgttccc
cacctctcccagccacagcaagcattctaaaagggacagtgactcaaaac
tgtggtattgccatgaggctagaaggaagtccccacaatcaagaacagcc
catggtaaaagtctgagtgcttcacgaatggccatgcctctctccctgtg
cacactgggattctgcgctcccgcccagagcactgagcaggtgagcag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_63282189_63283307
seq2: B6Ng01-309E21.b_49_1166

seq1  GAATTCTTCAAAGTCATAAAGGGCTAGATGGAGGGTTCCTTGCTGGTACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCAAAGTCATAAAGGGCTAGATGGAGGGTTCCTTGCTGGTACA  50

seq1  ACCAGGTCACAAGCCTTAGAAGGCTTGATGGGCATGGCTGGCTCTGTCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGGTCACAAGCCTTAGAAGGCTTGATGGGCATGGCTGGCTCTGTCCC  100

seq1  CGAGGCATACTCTGCTCTCATCTGGGCTTTGCTGCCTACAGCTGAGATGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGGCATACTCTGCTCTCATCTGGGCTTTGCTGCCTACAGCTGAGATGC  150

seq1  TTCTCCTGGCTCCCTGCAGAACGTCCAGGCTCCAGGAATTTGGACGGAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCTGGCTCCCTGCAGAACGTCCAGGCTCCAGGAATTTGGACGGAGT  200

seq1  GGTAGAGACATCGCCGGCAGAGACGGCAATTACCAGCTTCCTCCCTGGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGAGACATCGCCGGCAGAGACGGCAATTACCAGCTTCCTCCCTGGGA  250

seq1  TGTCTTGTGATTCGGGGCACATTCTGCTCCTACTCTTTTAAAAAGGGCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTGTGATTCGGGGCACATTCTGCTCCTACTCTTTTAAAAAGGGCAG  300

seq1  CATGTTGATGCTCAAGGCACAAGAACAGAATCAAACAAGGAAACTACCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTGATGCTCAAGGCACAAGAACAGAATCAAACAAGGAAACTACCAT  350

seq1  TTGATTAAAGAGTCGGTGAGTATACAACACATCCCTGGTAGTCATGGCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTAAAGAGTCGGTGAGTATACAACACATCCCTGGTAGTCATGGCAG  400

seq1  GACCTGGGTCACCAGGAGTCTGGGCATCAAAGTCTATTTGCTAAGGGTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTGGGTCACCAGGAGTCTGGGCATCAAAGTCTATTTGCTAAGGGTTG  450

seq1  CAAGTGCTCTTGTCTCGGAAGCTGATAGAAGCTGCACGAACTCTCAAAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTGCTCTTGTCTCGGAAGCTGATAGAAGCTGCACGAACTCTCAAAGT  500

seq1  AGGACTTGAAGCTTTCACTAATGACCTTAGAGTAAAGCCTACTTTCTCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACTTGAAGCTTTCACTAATGACCTTAGAGTAAAGCCTACTTTCTCTC  550

seq1  TAGACATACGCACCCATGCAAATTCCCACTCCGTGGGTTCCGAGGTCACG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACATACGCACCCATGCAAATTCCCACTCCGTGGGTTCCGAGGTCACG  600

seq1  TGTATTTGTGTTCAGCCCTGAAGGGAAGAGCTGGGAAACATGGCTTTTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTTGTGTTCAGCCCTGAAGGGAAGAGCTGGGAAACATGGCTTTTTC  650

seq1  TCTTAGATCTTTATTTAAAGGGAATTCCACTGAGCCCAGGCCTTTGCTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGATCTTTATTTAAAGGGAATTCCACTGAGCCCAGGCCTTTGCTTA  700

seq1  TAAGCTTGTATAGGAAGTGCTTTGGACTGGGTATTTCTCTCCCATTGGCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCTTGTATAGGAAGTGCTTTGGACTGGGTATTTCTCTCCCATTGGCC  750

seq1  TAGTCTGATTCCACAGTTGAAGCAATTAGCAAAGATTGCTACTGTAGTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCTGATTCCACAGTTGAAGCAATTAGCAAAGATTGCTACTGTAGTGA  800

seq1  AAGTGCTCTGCTCTGCTCTTCTTGCTCCCTTCTGGATTCCTTTGCTACTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGCTCTGCTCTGCTCTTCTTGCTCCCTTCTGGATTCCTTTGCTACTC  850

seq1  ATGGTAGCCCCTCTTCCTGGGAGGACACAGTTCTGAGGAGGAGCTTTCTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTAGCCCCTCTTCCTGGGAGGACACAGTTCTGAGGAGGAGCTTTCTA  900

seq1  TTATTATTGTTCTACTCTGTGGAATAATCTACTACGTAGCATGAAATCTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATTGTTCTACTCTGTGGAATAATCTACTACGTAGCATGAAATCTA  950

seq1  ATATTCTAGGCCCAGCTATCCCATTCATCACTCTTAGAACATACATATAT  1000
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ATA-TCTAGGCCCAGCTATCCCATTCATCACTCTTAG-ACATACATATAT  998

seq1  GTTCTTAATATTTTATGTAGTACTCTTAAAGGCCAGGATCTGTCATAACT  1050
      |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
seq2  GTTCTT-ATATTTTATGTAGTACTC-TAAAGGCCAGGATCTGTCAT-ACT  1045

seq1  CTGTTAT-TCTCCCCCTACCAGTGAGTCACT-GAGTTCTCTAG-AGCACA  1097
      ||||||| |  |||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||
seq2  CTGTTATCTTCCCCCCTACCAGTGAGTCACTGGAGATCTCTAGAAGCACA  1095

seq1  GCCCCCATG-ACTATA-GTTACGA  1119
      |  |||||| |||||| |||||||
seq2  G-TCCCATGAACTATAGGTTACGA  1118

seq1: chr14_63284081_63285080
seq2: B6Ng01-309E21.g_63_1060 (reverse)

seq1  CTGCTCCACCCTGCTCAAGTGCTCTGGGCGGGGAGCGCAG-ATCCCAGTG  49
      ||||||   ||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||
seq2  CTGCTC--ACCTGCTC-AGTGCTCTGGGC-GGGAGCGCAGAATCCCAGTG  46

seq1  TGCACAGGGAGAGAGGCATGGCCATTCGTGAAGCACTCAGACTTTTACCA  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACAGGGAGAGAGGCATGGCCATTCGTGAAGCACTCAGACTTTTACCA  96

seq1  T-GGCTGTTCTTGATTGTGGGGACTTCCTTCTAGCCTCATGGCAATACCA  148
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTGTTCTTGATTGTGGGGACTTCCTTCTAGCCTCATGGCAATACCA  146

seq1  CAGTTTTGAGTCACTGTCCCTTTTAGAATGCTTGCTGTGGCTGGGAGAGG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTTGAGTCACTGTCCCTTTTAGAATGCTTGCTGTGGCTGGGAGAGG  196

seq1  TGGGGAACACCTTCTAAACAGTCACTGATTGCCTTTTGAAGTTGGTGGTT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGAACACCTTCTAAACAGTCACTGATTGCCTTTTGAAGTTGGTGGTT  246

seq1  TCATTGGCACCCCTATTTGGGGAAGTAGATAGGCAGAGGGTGGAGACAAC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGGCACCCCTATTTGGGGAAGTAGATAGGCAGAGGGTGGAGACAAC  296

seq1  TTGCTGGAAGTCACACAGTCAATAAAAGGCAGGCTGGGCTTAAATGCACT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGGAAGTCACACAGTCAATAAAAGGCAGGCTGGGCTTAAATGCACT  346

seq1  TTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTTTGAGACAGGG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTTTGAGACAGGG  396

seq1  TTTCTCTGTATAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGTT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCTGTATAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGTT  446

seq1  GGCCTCAAACTCAGAAATCCACCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTCAAACTCAGAAATCCACCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATT  496

seq1  AAAGGCGTGCGCCACCACGCCCGGCTCTTAAATGCACTCTTTAGATCCAG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCGTGCGCCACCACGCCCGGCTCTTAAATGCACTCTTTAGATCCAG  546

seq1  GACTATGCTCTTGACCAACCTATTTTCATGATTCTGAGGTTTCTGCCAGC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTATGCTCTTGACCAACCTATTTTCATGATTCTGAGGTTTCTGCCAGC  596

seq1  TTATATCTACATATTGTTTCTCGAAACAGCTCTGCTAACAGCAGAGAAAG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATCTACATATTGTTTCTCGAAACAGCTCTGCTAACAGCAGAGAAAG  646

seq1  TCTTTAGAACACAGCACAGCCTGCATTGACCTACATGGGTGATGCAGCTC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTAGAACACAGCACAGCCTGCATTGACCTACATGGGTGATGCAGCTC  696

seq1  AATACGTGAGCAGCTATAAGCTAAAGCTAACACAGCCTTCCCTTCTCAAT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACGTGAGCAGCTATAAGCTAAAGCTAACACAGCCTTCCCTTCTCAAT  746

seq1  CTCAGAATAAGATGTCAATATAAAACATAGTGTTGGTGGCTGAGGCAGGA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAATAAGATGTCAATATAAAACATAGTGTTGGTGGCTGAGGCAGGA  796

seq1  TTTCTTAATTCCAAGCCAGTCTGTTATGTAGCAGGAACCCCATCTCAAAA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTAATTCCAAGCCAGTCTGTTATGTAGCAGGAACCCCATCTCAAAA  846

seq1  CAAACAAAGCAATGAACATCACTAAAACTGGCAGGAGTCGTCTTTGGATG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAAAGCAATGAACATCACTAAAACTGGCAGGAGTCGTCTTTGGATG  896

seq1  AATTAAGATTTGTCAGAAGGCACAAGAAATAATGCCAACTCAGCCTAGCC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAGATTTGTCAGAAGGCACAAGAAATAATGCCAACTCAGCCTAGCC  946

seq1  ACGGTGTCCTCTGGGGGTGGACCCTTGAGCTAGCAAATCAAAGTTAGAAT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGTGTCCTCTGGGGGTGGACCCTTGAGCTAGCAAATCAAAGTTAGAAT  996

seq1  TC  1000
      ||
seq2  TC  998