BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-311A02
Chromosome14 (Build37)
Map Location 71,956,889 - 72,069,960
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043136
Upstream geneHr, Nudt18, Rai16, Epb4.9, Fgf17, Npm2, Xpo7, LOC668443, Dok2, Gfra2, LOC100043132
Downstream geneLOC668477, LOC668482, LOC675957, Fndc3a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-311A02.bB6Ng01-311A02.g
ACCGA102831GA102832
length1,0981,118
definitionB6Ng01-311A02.b B6Ng01-311A02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(72,068,855 - 72,069,960)(71,956,889 - 71,958,007)
sequence
gaattcaagggggactggggcgaaccacattttcacagggaacaaggtgg
tctgtaaaaggctcaagccctaagtatttaatgaaggttgggaaacactg
taatgaagagactgaagagtggtcttggccatagctcagccattactcaa
tggtgcacccacaggccagttgtctggcatttctgtgtctttactgcctt
gactagaagtaaagaggtaatatatagatggcaatgtgctaattaggcat
attagttacttttcttgcttttgcgacaagctaactaaatcaattgaagt
gtttattttcgctcacagtttcagggtacagtctgtcttagtggcttctg
gtcactttgtgcactcggccaggaagcagagcaagaagaatgctggttct
tggatcattttctcctctatacaaaggctgaggcctgggctcaaaacggt
accaactacatttaggtaggtcttctcccacgactttactcaatcaagag
actctcacagagacatgctcaaaggttttctttcaaggtgattctcaatc
cagtcagttaataatgacaatcacctgggaaaccatgaatcgttgtgtgt
aggtgggggtgacctaaggattctgtgtagattgtatataggggcacatg
catatgcacagtaagtgagatcctaagagggatgtattagcagaggaagt
ccaagaacagttacacagaatggcctgttagtcacatccacctgtcgtga
tctgagatataattccttctgttccctgatactggaacttaaagggccat
ggaaagtatataaggaccttggactcaaatctaggaatatttagggcaag
atgcagacaggtctgtagtcttagacactcactagctcttctgaacctcc
ttgcttcttatctgctggcaacatcttgattcgggtttgtggtgttgaat
actcaaaggagattctgggaagatgaacttacctctctcggttctctttg
tctcactgggagagatgtgtcattgtcacatcacagaatgccatctacta
ctcacagtcttgggctaagccagctgctgtcattagctgaaacatagc
gaattccatatcttaatccagctctaacactagtaccttcttctgggtgg
tttggaccatgccttttacactgagcctttttgcagaaaaaagatggaga
cattttggatcaaggttgcctctttctctcctgttatcttcagattttct
agagatctatgaaaaaaaacagatgtgctcaggcagctgtgcctcatgct
ttattagggagactattatgtgaatcagcttgcagaacagggagttttct
tgatgcatgtttagaagtagaagtcagttgcctagaatccttaataaggc
tggaggggaggggtgaaatgagccaggcacacctagagcaggtgattcca
atttgtaagttggaagggtaacaatggatttaattgtcccaacattctct
ctcagacattctccttcactccaagctctggacacatctctttggctttg
tttttacagctgattaaaggtgttatttaaaaggagatgatgctacagct
gtcaaacaggaggtagagatagggacaaaggcaccagaattcatgattaa
ctctgtacctgtcactggactcaagaagataaccaagtatatttttaata
ggtctgatggattattctgacaaggctgtgtgtgtgtgtgcctgccccaa
ccccgtgtgtgtgtgaccttgaggtctatatggcacctttaggaccatgc
catagtgaaaagttctgtcttctactgtcactgccatctctttcttcata
ggaagagtggtggaaggcatttccatcatgattttctccagtgcactacc
gaccaatgacaaaagacccttaggaagatggatggagccgaggtaactgg
gttctgaatgcattgattaggagagctattcagatgggaggattcggagg
tgggtgcctgtcgatatcaccccggagaggcagagtgatgggggacattt
aaagaacagcggggtgtgattcaggttactgtgcacacttgcatgctgag
caggagtatgcatgcatatgttcaagggaatgtaaatatttctaattaga
ctttacttcggaggagagctttgtgcatgaatgccaaccatgccattcct
ttaatgcatgagcaaggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_72068855_72069960
seq2: B6Ng01-311A02.b_47_1144 (reverse)

seq1  GCTATGTTCCAGCTATTGGACAGCAGCCTTGGCTTAG-CCAAGACTGGTG  49
      |||||||| |||||| | |||||||||  |||||||| |||||||| |||
seq2  GCTATGTTTCAGCTAAT-GACAGCAGC--TGGCTTAGCCCAAGACT-GTG  46

seq1  AGTAGTTAGGATGGCATTCTGTTGATGTGACAATGACACATTCTCTTCCA  99
      ||||||   |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||
seq2  AGTAGT--AGATGGCATTCTG-TGATGTGACAATGACACA-TCTCTCCCA  92

seq1  GTGAGACAAAGAGAACCGAGAGGAGGTAAGTTCATCTTTCCAGAATCTCC  149
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GTGAGACAAAGAGAACCGAGA-GAGGTAAGTTCATCTTCCCAGAATCTCC  141

seq1  TTTGAGTATTCAACACCACAAACCCGAATCAAGATGTTGCCAGCAGATAA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGTATTCAACACCACAAACCCGAATCAAGATGTTGCCAGCAGATAA  191

seq1  GAAGCAAGGAGGTTCAGAAGAGCTAGTGAGTGTCTAAGACTACAGACCTG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAAGGAGGTTCAGAAGAGCTAGTGAGTGTCTAAGACTACAGACCTG  241

seq1  TCTGCATCTTGCCCTAAATATTCCTAGATTTGAGTCCAAGGTCCTTATAT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCATCTTGCCCTAAATATTCCTAGATTTGAGTCCAAGGTCCTTATAT  291

seq1  ACTTTCCATGGCCCTTTAAGTTCCAGTATCAGGGAACAGAAGGAATTATA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCCATGGCCCTTTAAGTTCCAGTATCAGGGAACAGAAGGAATTATA  341

seq1  TCTCAGATCACGACAGGTGGATGTGACTAACAGGCCATTCTGTGTAACTG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGATCACGACAGGTGGATGTGACTAACAGGCCATTCTGTGTAACTG  391

seq1  TTCTTGGACTTCCTCTGCTAATACATCCCTCTTAGGATCTCACTTACTGT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGGACTTCCTCTGCTAATACATCCCTCTTAGGATCTCACTTACTGT  441

seq1  GCATATGCATGTGCCCCTATATACAATCTACACAGAATCCTTAGGTCACC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATGCATGTGCCCCTATATACAATCTACACAGAATCCTTAGGTCACC  491

seq1  CCCACCTACACACAACGATTCATGGTTTCCCAGGTGATTGTCATTATTAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCTACACACAACGATTCATGGTTTCCCAGGTGATTGTCATTATTAA  541

seq1  CTGACTGGATTGAGAATCACCTTGAAAGAAAACCTTTGAGCATGTCTCTG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTGGATTGAGAATCACCTTGAAAGAAAACCTTTGAGCATGTCTCTG  591

seq1  TGAGAGTCTCTTGATTGAGTAAAGTCGTGGGAGAAGACCTACCTAAATGT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGTCTCTTGATTGAGTAAAGTCGTGGGAGAAGACCTACCTAAATGT  641

seq1  AGTTGGTACCGTTTTGAGCCCAGGCCTCAGCCTTTGTATAGAGGAGAAAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGGTACCGTTTTGAGCCCAGGCCTCAGCCTTTGTATAGAGGAGAAAA  691

seq1  TGATCCAAGAACCAGCATTCTTCTTGCTCTGCTTCCTGGCCGAGTGCACA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCCAAGAACCAGCATTCTTCTTGCTCTGCTTCCTGGCCGAGTGCACA  741

seq1  AAGTGACCAGAAGCCACTAAGACAGACTGTACCCTGAAACTGTGAGCGAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGACCAGAAGCCACTAAGACAGACTGTACCCTGAAACTGTGAGCGAA  791

seq1  AATAAACACTTCAATTGATTTAGTTAGCTTGTCGCAAAAGCAAGAAAAGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAACACTTCAATTGATTTAGTTAGCTTGTCGCAAAAGCAAGAAAAGT  841

seq1  AACTAATATGCCTAATTAGCACATTGCCATCTATATATTACCTCTTTACT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAATATGCCTAATTAGCACATTGCCATCTATATATTACCTCTTTACT  891

seq1  TCTAGTCAAGGCAGTAAAGACACAGAAATGCCAGACAACTGGCCTGTGGG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGTCAAGGCAGTAAAGACACAGAAATGCCAGACAACTGGCCTGTGGG  941

seq1  TGCACCATTGAGTAATGGCTGAGCTATGGCCAAGACCACTCTTCAGTCTC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACCATTGAGTAATGGCTGAGCTATGGCCAAGACCACTCTTCAGTCTC  991

seq1  TTCATTACAGTGTTTCCCAACCTTCATTAAATACTTAGGGCTTGAGCCTT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTACAGTGTTTCCCAACCTTCATTAAATACTTAGGGCTTGAGCCTT  1041

seq1  TTACAGACCACCTTGTTCCCTGTGAAAATGTGGTTCGCCCCAGTCCCCCT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGACCACCTTGTTCCCTGTGAAAATGTGGTTCGCCCCAGTCCCCCT  1091

seq1  TGAATTC  1106
      |||||||
seq2  TGAATTC  1098

seq1: chr14_71956889_71958007
seq2: B6Ng01-311A02.g_65_1182

seq1  GAATTCCATATCTTAATCCAGCTCTAACACTAGTACCTTCTTCTGGGTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATATCTTAATCCAGCTCTAACACTAGTACCTTCTTCTGGGTGG  50

seq1  TTTGGACCATGCCTTTTACACTGAGCCTTTTTGCAGAAAAAAGATGGAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGACCATGCCTTTTACACTGAGCCTTTTTGCAGAAAAAAGATGGAGA  100

seq1  CATTTTGGATCAAGGTTGCCTCTTTCTCTCCTGTTATCTTCAGATTTTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTGGATCAAGGTTGCCTCTTTCTCTCCTGTTATCTTCAGATTTTCT  150

seq1  AGAGATCTATGAAAAAAAACAGATGTGCTCAGGCAGCTGTGCCTCATGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATCTATGAAAAAAAACAGATGTGCTCAGGCAGCTGTGCCTCATGCT  200

seq1  TTATTAGGGAGACTATTATGTGAATCAGCTTGCAGAACAGGGAGTTTTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTAGGGAGACTATTATGTGAATCAGCTTGCAGAACAGGGAGTTTTCT  250

seq1  TGATGCATGTTTAGAAGTAGAAGTCAGTTGCCTAGAATCCTTAATAAGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCATGTTTAGAAGTAGAAGTCAGTTGCCTAGAATCCTTAATAAGGC  300

seq1  TGGAGGGGAGGGGTGAAATGAGCCAGGCACACCTAGAGCAGGTGATTCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGGGAGGGGTGAAATGAGCCAGGCACACCTAGAGCAGGTGATTCCA  350

seq1  ATTTGTAAGTTGGAAGGGTAACAATGGATTTAATTGTCCCAACATTCTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTAAGTTGGAAGGGTAACAATGGATTTAATTGTCCCAACATTCTCT  400

seq1  CTCAGACATTCTCCTTCACTCCAAGCTCTGGACACATCTCTTTGGCTTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGACATTCTCCTTCACTCCAAGCTCTGGACACATCTCTTTGGCTTTG  450

seq1  TTTTTACAGCTGATTAAAGGTGTTATTTAAAAGGAGATGATGCTACAGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTACAGCTGATTAAAGGTGTTATTTAAAAGGAGATGATGCTACAGCT  500

seq1  GTCAAACAGGAGGTAGAGATAGGGACAAAGGCACCAGAATTCATGATTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAACAGGAGGTAGAGATAGGGACAAAGGCACCAGAATTCATGATTAA  550

seq1  CTCTGTACCTGTCACTGGACTCAAGAAGATAACCAAGTATATTTTTAATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTACCTGTCACTGGACTCAAGAAGATAACCAAGTATATTTTTAATA  600

seq1  GGTCTGATGGATTATTCTGACAAGGCTGTGTGTGTGTGTGCCTGCCCCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTGATGGATTATTCTGACAAGGCTGTGTGTGTGTGTGCCTGCCCCAA  650

seq1  CCCCGTGTGTGTGTGACCTTGAGGTCTATATGGCACCTTTAGGACCATGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCGTGTGTGTGTGACCTTGAGGTCTATATGGCACCTTTAGGACCATGC  700

seq1  CATAGTGAAAAGTTCTGTCTTCTACTGTCACTGCCATCTCTTTCTTCATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGTGAAAAGTTCTGTCTTCTACTGTCACTGCCATCTCTTTCTTCATA  750

seq1  GGAAGAGTGGTGGAAGGCATTTCCATCATGATTTTCTCCAGTGCACTACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAGTGGTGGAAGGCATTTCCATCATGATTTTCTCCAGTGCACTACC  800

seq1  GACCAATGACAAAAGACCCTTAGGAAGATGGATGGAGCCGAGGTAACTGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAATGACAAAAGACCCTTAGGAAGATGGATGGAGCCGAGGTAACTGG  850

seq1  GTTCTGAATGCATTGATTAGGAGAGCTATTCAGAT-GGAGGATTCGGAGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
seq2  GTTCTGAATGCATTGATTAGGAGAGCTATTCAGATGGGAGGATTCGGA-G  899

seq1  GTGGGTGCCTGTCGAAATCAACCCGGAGAGGCAGAGTGAT-GGGGACATT  948
      ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GTGGGTGCCTGTCGATATCACCCCGGAGAGGCAGAGTGATGGGGGACATT  949

seq1  TAAAGAACAGC-GGGTGTGATTCAGGGTACTTGTGCACAC-TGCATGCTG  996
      ||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||
seq2  TAAAGAACAGCGGGGTGTGATTCAGGTTAC-TGTGCACACTTGCATGCTG  998

seq1  AGCAGGAGTATGCATGCATATGTTCA--GGGATGTAAATAATTTCTAATT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||  || |||||||| ||||||||||
seq2  AGCAGGAGTATGCATGCATATGTTCAAGGGAATGTAAAT-ATTTCTAATT  1047

seq1  AGAACTTAACTTTGGGAGGAGAGTTTTGTGCAGGAATGCAAACACAGGCA  1094
      || |||| || || ||||||||| |||||||| |||||| |||   | ||
seq2  AG-ACTTTAC-TTCGGAGGAGAGCTTTGTGCATGAATGCCAACCATGCCA  1095

seq1  TTCCTTTTAATGAATAGAGCAAGGG  1119
      |||| ||||||| || |||||||||
seq2  TTCC-TTTAATGCAT-GAGCAAGGG  1118