BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-311K02
Chromosome14 (Build37)
Map Location 102,487,809 - 102,569,378
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene1700110M21Rik, LOC100043421, LOC382936, Tbc1d4, Commd6, Uchl3, Lmo7, LOC100043795, LOC545567
Downstream geneLOC669278, Kctd12, LOC668699, Irg1, Cln5, Fbxl3, LOC100043441, Phr1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-311K02.bB6Ng01-311K02.g
ACCGA103300GA103301
length1,1391,038
definitionB6Ng01-311K02.b B6Ng01-311K02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(102,568,246 - 102,569,378)(102,487,809 - 102,488,844)
sequence
gaattcactgtggaaaatatctccaaagtcaaacattctaagaggatggg
tttcaatttcagcaatctaaaaacctgcagactgaggaaaatgctttagc
caggcccagttaatgatcagccaatctactagggaaccattatgatctac
ttacctgatcctaatgtcctaatgatgcgctctatccctgaagcagttac
attttcattcctatataaactctaggctatgggaaatatcatataaatga
ttagaaatagactctgtcatcacatcccagtacaaactctgtgattttct
taaagaataaaaaacattcaagggagagagtgggtattgcacagtatttt
aaatcggaatctttaatgtacttttaaaatcacctaggaactaattaaaa
acagagcaagagcgagaaatcaaattcttgataattttatgtagggtcat
attttcttcttttattcaagatacccattatttcatagtatgccaccttt
tcactcaatggtgtttaaaggaaagatgtattaaccttttgaaaaaaatt
aaagttttctctaagagtttaatcatgagttccaaatcacctacattcaa
atattcatttctcatactagactggtctcaggctatgataatacagctca
ttgaagtttgttccttatttaagttagagctgtggtgaggtcgatgtggg
tattctttaacctgagaagcagtgactggagaactggctcggaggaccta
agtttagattccccagaacccaagtatagccagataaaggtaatgcacat
cagaatctctgcacgcctccagcaagataagaggcaaagattggagaaat
ccctggaagctttatacacagcccggaacaagacagcctgacaatggggc
agaagacaacatcataggctgattcccgacttttctcactcatcatgtca
tatgcatgctcacatgcacacaaatcaaccacatgagctcgagcacagca
cgagcacgtgcatgcagatgcccacatgcatacatgccaatgccacacat
acaccacacacacatgccatataatatatatatgtatatatatatacgta
tatagcatggtaatatatacaatatactcctctattata

gaattcagtcagaagctgagagaagccagattgacccactcagtttggag
aggaatttgacccagaaaagctaggttgaaccagccaagcagagtttaga
aagaggtagaaagggtgagctcagtcagcaggaagccgctgagacaataa
ttacatctgaggaaacaaaagtcatgtttacagttgttttgtcagactgt
aatttctctctctctctctctctctctctctctctctctctgtatgtttg
tgtgttcatgctaccattatacacacaaacatattttgtcatgtcagagg
ttattgtagctcgcaaaattcatagctgagtaggactaatgatgaatacc
cccaagctgcctgtaaaatatcttccaatactgtgaaagcatgccagaat
ggaggaaactttctggccagcacaaacttgatttccccatgctctgtgac
cagactgtgtggtgtcttctgcaatgaagacttatcaagttctggtgggc
aactaaaataaaaaataattttattttcataaatatatgtatatggtgtt
ttccaggacacactcaacaagaaccagagggggaagaatctcacatgtgg
aactgggttgtttatttggaacctattttttatggaacaaacacaatcca
ttattgggtaactccagttaaactctttttcacctctacctctacctcta
cctctacctctacctctacctctacctctacctctacctctacctctatc
cctttcccttccccaatccctatccctaatcctatccctatctctactcc
tatccctatcatctacctatataattatacctcaaacatatgataaatat
ctatcatgtatattatatacatatacatatatatacatatacatatatat
atatatatatatatatatatatatatatatatatactgtatacattctct
gtatgtgtacttagaaaacctaaaattactggggtttccatatagcttag
aagtaagcatttattattactgacttaatatcatgtaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_102568246_102569378
seq2: B6Ng01-311K02.b_42_1180 (reverse)

seq1  TATATATAGA-GAGTATA-TGTATATAT--ACATG-TATATATGTATATA  45
      |||| ||||| ||||||| |||||||||   |||| |||||| |||||||
seq2  TATA-ATAGAGGAGTATATTGTATATATTACCATGCTATATACGTATATA  49

seq1  TATATATATATATATA-TATAT-GCATGTGTGTGT-GTGTATGTGTGTGC  92
      |||||| ||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||| ||
seq2  TATATACATATATATATTATATGGCATGTGTGTGTGGTGTATGTGTG-GC  98

seq1  ATGGGCATGTATGCATGTGGGCATCTGCATGCACGTGCTCGTGCTTGTGC  142
      || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ATTGGCATGTATGCATGTGGGCATCTGCATGCACGTGCTCGTGC-TGTGC  147

seq1  TCGAGCTCATGTTGGTTGATTTGTGTGCATGTGAGCATGCATATGACATG  192
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAGCTCATG-TGGTTGATTTGTGTGCATGTGAGCATGCATATGACATG  196

seq1  ATGAGTGAG-AAAGTCGGGAATCAGCCTATGATGTTGTCTTCTGCCCCAT  241
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTGAGAAAAGTCGGGAATCAGCCTATGATGTTGTCTTCTGCCCCAT  246

seq1  TGTCAGGCTGTCTTGTTCCGGGCTGTGTATAAAGCTTCCAGGGATTTCTC  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGGCTGTCTTGTTCCGGGCTGTGTATAAAGCTTCCAGGGATTTCTC  296

seq1  CAATCTTTGCCTCTTATCTTGCTGGAGGCGTGCAGAGATTCTGATGTGCA  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCTTTGCCTCTTATCTTGCTGGAGGCGTGCAGAGATTCTGATGTGCA  346

seq1  TTACC-TTATCTGGCTATACTTGGGTTCTGGGGAATCTAAACTTAGGTCC  390
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTTTATCTGGCTATACTTGGGTTCTGGGGAATCTAAACTTAGGTCC  396

seq1  TCCGAGCCAGTTCTCCAGTCACTGCTTCTCAGGTTAAAGAATACCCACAT  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGAGCCAGTTCTCCAGTCACTGCTTCTCAGGTTAAAGAATACCCACAT  446

seq1  CGACCTCACCACAGCTCTAACTTAAATAAGGAACAAACTTCAATGAGCTG  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGACCTCACCACAGCTCTAACTTAAATAAGGAACAAACTTCAATGAGCTG  496

seq1  TATTATCATAGCCTGAGACCAGTCTAGTATGAGAAATGAATATTTGAATG  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATCATAGCCTGAGACCAGTCTAGTATGAGAAATGAATATTTGAATG  546

seq1  TAGGTGATTTGGAACTCATGATTAAACTCTTAGAGAAAACTTTAATTTTT  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTGATTTGGAACTCATGATTAAACTCTTAGAGAAAACTTTAATTTTT  596

seq1  TTCAAAAGGTTAATACATCTTTCCTTTAAACACCATTGAGTGAAAAGGTG  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAAGGTTAATACATCTTTCCTTTAAACACCATTGAGTGAAAAGGTG  646

seq1  GCATACTATGAAATAATGGGTATCTTGAATAAAAGAAGAAAATATGACCC  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATACTATGAAATAATGGGTATCTTGAATAAAAGAAGAAAATATGACCC  696

seq1  TACATAAAATTATCAAGAATTTGATTTCTCGCTCTTGCTCTGTTTTTAAT  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATAAAATTATCAAGAATTTGATTTCTCGCTCTTGCTCTGTTTTTAAT  746

seq1  TAGTTCCTAGGTGATTTTAAAAGTACATTAAAGATTCCGATTTAAAATAC  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTCCTAGGTGATTTTAAAAGTACATTAAAGATTCCGATTTAAAATAC  796

seq1  TGTGCAATACCCACTCTCTCCCTTGAATGTTTTTTATTCTTTAAGAAAAT  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCAATACCCACTCTCTCCCTTGAATGTTTTTTATTCTTTAAGAAAAT  846

seq1  CACAGAGTTTGTACTGGGATGTGATGACAGAGTCTATTTCTAATCATTTA  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAGTTTGTACTGGGATGTGATGACAGAGTCTATTTCTAATCATTTA  896

seq1  TATGATATTTCCCATAGCCTAGAGTTTATATAGGAATGAAAATGTAACTG  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATATTTCCCATAGCCTAGAGTTTATATAGGAATGAAAATGTAACTG  946

seq1  CTTCAGGGATAGAGCGCATCATTAGGACATTAGGATCAGGTAAGTAGATC  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGGGATAGAGCGCATCATTAGGACATTAGGATCAGGTAAGTAGATC  996

seq1  ATAATGGTTCCCTAGTAGATTGGCTGATCATTAACTGGGCCTGGCTAAAG  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGGTTCCCTAGTAGATTGGCTGATCATTAACTGGGCCTGGCTAAAG  1046

seq1  CATTTTCCTCAGTCTGCAGGTTTTTAGATTGCTGAAATTGAAACCCATCC  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTCCTCAGTCTGCAGGTTTTTAGATTGCTGAAATTGAAACCCATCC  1096

seq1  TCTTAGAATGTTTGACTTTGGAGATATTTTCCACAGTGAATTC  1133
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGAATGTTTGACTTTGGAGATATTTTCCACAGTGAATTC  1139


seq1: chr14_102487809_102488844
seq2: B6Ng01-311K02.g_64_1101

seq1  GAATTCAGTCAGAAGCTGAGAGAAGCCAGATTGACCCACTCAGTTTGGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTCAGAAGCTGAGAGAAGCCAGATTGACCCACTCAGTTTGGAG  50

seq1  AGGAATTTGACCCAGAAAAGCTAGGTTGAACCAGCCAAGCAGAGTTTAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATTTGACCCAGAAAAGCTAGGTTGAACCAGCCAAGCAGAGTTTAGA  100

seq1  AAGAGGTAGAAAGGGTGAGCTCAGTCAGCAGGAAGCCGCTGAGACAATAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGTAGAAAGGGTGAGCTCAGTCAGCAGGAAGCCGCTGAGACAATAA  150

seq1  TTACATCTGAGGAAACAAAAGTCATGTTTACAGTTGTTTTGTCAGACTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATCTGAGGAAACAAAAGTCATGTTTACAGTTGTTTTGTCAGACTGT  200

seq1  AATTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTATGTTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTATGTTTG  250

seq1  TGTGTTCATGCTACCATTATACACACAAACATATTTTGTCATGTCAGAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTCATGCTACCATTATACACACAAACATATTTTGTCATGTCAGAGG  300

seq1  TTATTGTAGCTCGCAAAATTCATAGCTGAGTAGGACTAATGATGAATACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGTAGCTCGCAAAATTCATAGCTGAGTAGGACTAATGATGAATACC  350

seq1  CCCAAGCTGCCTGTAAAATATCTTCCAATACTGTGAAAGCATGCCAGAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGCTGCCTGTAAAATATCTTCCAATACTGTGAAAGCATGCCAGAAT  400

seq1  GGAGGAAACTTTCTGGCCAGCACAAACTTGATTTCCCCATGCTCTGTGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGAAACTTTCTGGCCAGCACAAACTTGATTTCCCCATGCTCTGTGAC  450

seq1  CAGACTGTGTGGTGTCTTCTGCAATGAAGACTTATCAAGTTCTGGTGGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTGTGTGGTGTCTTCTGCAATGAAGACTTATCAAGTTCTGGTGGGC  500

seq1  AACTAAAATAAAAAATAATTTTATTTTCATAAATATATGTATATGGTGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAAAATAAAAAATAATTTTATTTTCATAAATATATGTATATGGTGTT  550

seq1  TTCCAGGACACACTCAACAAGAACCAGAGGGGGAAGAATCTCACATGTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGGACACACTCAACAAGAACCAGAGGGGGAAGAATCTCACATGTGG  600

seq1  AACTGGGTTGTTTATTTGGAACCTATTTTTTATGGAACAAACACAATCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGGGTTGTTTATTTGGAACCTATTTTTTATGGAACAAACACAATCCA  650

seq1  TTATTGGGTAACTCCAGTTAAACTCTTTTTCACCTCTACCTCTACCTCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGGGTAACTCCAGTTAAACTCTTTTTCACCTCTACCTCTACCTCTA  700

seq1  CCTCTACCTCTACCTCTACCTCTACCTCTACCTCTACCTCTACCTCTATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTACCTCTACCTCTACCTCTACCTCTACCTCTACCTCTACCTCTATC  750

seq1  CCTTTCCCTTCCCCAATCCCTATCCCTAATCCTATCCCTATCTCTACTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCCCTTCCCCAATCCCTATCCCTAATCCTATCCCTATCTCTACTCC  800

seq1  TATCCCTATCATCTACCTATATAATTATACCTCAAACATATGATAAATAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCCTATCATCTACCTATATAATTATACCTCAAACATATGATAAATAT  850

seq1  CTATCATGTATATTATATACATATACATATAATATACATATACATATATA  900
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CTATCATGTATATTATATACATATACATAT-ATATACATATACATATATA  899

seq1  TATATATATATATATATATATATATATATATATATACATGTATACATTCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TATATATATATATATATATATATATATATATATATAC-TGTATACATTCT  948

seq1  CTGTATGTGTACTTAAGAAACCTAAAA-TACT-GGGTTTCCATATAGCTT  998
      |||||||||||||||  |||||||||| |||| |||||||||||||||||
seq2  CTGTATGTGTACTTAGAAAACCTAAAATTACTGGGGTTTCCATATAGCTT  998

seq1  AAGAAGTAAGCATTTAT--ATACTGAC-TAATATCATGTAA  1036
       ||||||||||||||||   ||||||| |||||||||||||
seq2  -AGAAGTAAGCATTTATTATTACTGACTTAATATCATGTAA  1038


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |