BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-313K01
Chromosome14 (Build37)
Map Location 120,573,168 - 120,742,538
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMbnl2
Upstream geneHs6st3, LOC619601, EG621324, LOC100043830, Oxgr1, Gabarapl2-ps, LOC100043831
Downstream geneRap2a, LOC668835, LOC668837, Ranbp5, Farp1, LOC100043837, Stk24
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-313K01.bB6Ng01-313K01.g
ACCGA104784GA104785
length1,1631,077
definitionB6Ng01-313K01.b B6Ng01-313K01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(120,741,356 - 120,742,538)(120,573,168 - 120,574,228)
sequence
gaattctttgcaactatcttcaattttaaatggaaaaaaaaaaacctcct
ttcgatagcatcacttctaacgtcttactcaactataattctattaatga
tgaatcactgatgggccaagaatagatatatgcaaccttctatagcaagt
taatgtatcaagcaccgtgccactaagctccaaaggtagaaatgtctcct
ctgggtgggaggcgggacagtttcattagattctttttataaaaagcacc
ttgaaaaaacttccttatattcagacaccaatcttgttctgttgttccct
tgtgtatatctgatttaaaggttaataagtaattaggaaaaactctcatc
cccaaattaccaattaatgtgccatcattttcatttaaaaaatgtgatta
attatattgttgcaccaatgtcttagactggctaataaaaagttacctag
agcggttctaaatctttcagggaaagagaaaaattacacaaaaatcaatc
actttctaaaactacaatttggatctgagagatcacacaaaggagcggaa
atgagtgtgtcaattatttagtgtggatagactctgacagggttccacgg
tttatcttatgtactgagtcattattactaagaaaacccaataagacatc
ttggcagatgtttaatgtgcaagtatggcaaaccatggctctttggttct
cgtaacataaagcagatgtttataaatgagatcaaactcttaaactgtcc
agatatggtttattggtttcctaggagaccatgaatggaaagttacgact
acagtgcattgtgcattgagactctgttctataccttaaatgccagtgtg
agtcatgtattaatattcacaggattccaaagttgaagagttcatgatcc
aacttgtaccaccaatccaagagcttgtctagatacgacagctttgtaca
ctccattgccgctttctcaccaacgcctgcgtgatcaaacatattccgaa
tgggtgctcggtggctagctgataacattaggacttgtaccagtcacagc
caacaccattttgatgtttagcaacttctatggcatctttgtcaagatta
atgacatgtggtgcagacccacactgaataacattttctaagcatgcgaa
tttactagttgct

gaattcctggacttgagtagagagggaaccctgtgtccttcctagaggaa
actctgcctctgtaagctggagcgaagcagctctgtattagtggcctatg
attccaaatcagaaagacttaaagaactatgaaacagtccatggtccatt
gctaattatcattatagcttgaaccaaacctacagagaatgtaatgctta
ggtctgtagtcccgatgggccaggtctggcaggaataacaagtgcacccc
tctagtgctggaggcaggacatggatggccggcagaagcctgagggaaat
ctcagctccttctgctcagttttgctaggatcctagaagtgctctgaaaa
acttatttaaaacaaagactaacaacccaccctcctagagactgtgaagc
agcctcatataatagttggattgatgttgcccactttggtaaaaatttca
aaaaaatttcatgctaagatatgcctatcagtttcagagtgagtgtgtat
tgttcataggatgggatgtaatccacaaggatatttggtagtagtaatta
gtatcattgaaagcaaaaaaaaaaaatggttttattagttcctttcttgg
tacaaatacaagtgtaggcaaatatgcattaaccaacatatacttttata
cagagttaggcagagacagacagagacagagagaggagggagaacattct
tgcttcaagttaaaaacgcctagacaagagcagagtctccagcacaactg
tgaacttggggactctccatacaatatgcctgctggatacgcgtggattt
gatgagccatgctgatactaagccaagatccactgtcactgtgactgttt
atcttgaagatacagtgctttgccagtgaattttgtgggtgtgaagcgag
gtgggggagagagtgacaggatagcattccagcctggcaggcactgagga
agacagcactcttttcctaaggctccctcttcattagtggattgggatgg
gggattctgctcatggctggaatgggacggctaactgccttaaccatcag
tgaaagcattactgggagatgggatcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_120741356_120742538
seq2: B6Ng01-313K01.b_47_1209 (reverse)

seq1  AGCAACTAGTAAATATCTGCCATGCCTCAGAAAATGGTTATTTCAGTTGT  50
      ||||||||||||||   |  |||| || ||||||| |||| ||||| |||
seq2  AGCAACTAGTAAAT---TCGCATG-CTTAGAAAAT-GTTA-TTCAG-TGT  43

seq1  GGGGTTCCTGCCACCACATTGGTTCATTTAAATCCTGACAAAGATTCCCA  100
      |||    ||| ||||||||    |||||  |||| |||||||||| ||  
seq2  GGG---TCTG-CACCACAT---GTCATT--AATCTTGACAAAGATGCC--  82

seq1  TTAGAAGTTGCTAAACATCAAAATGGTGTTGGCTGTGACTGGTAC-AGTC  149
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ATAGAAGTTGCTAAACATCAAAATGGTGTTGGCTGTGACTGGTACAAGTC  132

seq1  CTAATGTTTATCAGCTTAGCCACCGAGCACCCATTCGGAATATGTTTGAT  199
      |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATG-TTATCAGC-TAGCCACCGAGCACCCATTCGGAATATGTTTGAT  180

seq1  CCACGCAGGCGTTGGTGAGAAAGCGGCAATGGAGTGTACAAAGCTGTCGT  249
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -CACGCAGGCGTTGGTGAGAAAGCGGCAATGGAGTGTACAAAGCTGTCGT  229

seq1  ATCTAGACAAGCTCTTGGATTGGTGGTACAAGTTGGATCATGAACTCTTC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAGACAAGCTCTTGGATTGGTGGTACAAGTTGGATCATGAACTCTTC  279

seq1  AACTTTGGAATCCTGTGAATATTAATACATGACTCACACTGGCATTTAAG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTGGAATCCTGTGAATATTAATACATGACTCACACTGGCATTTAAG  329

seq1  GTATAGAACAGAGTCTCAATGCACAATGCACTGTAGTCGTAACTTTCCAT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAGAACAGAGTCTCAATGCACAATGCACTGTAGTCGTAACTTTCCAT  379

seq1  TCATGGTCTCCTAGGAAACCAATAAACCATATCTGGACAGTTTAAGAGTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGTCTCCTAGGAAACCAATAAACCATATCTGGACAGTTTAAGAGTT  429

seq1  TGATCTCATTTATAAACATCTGCTTTATGTTACGAGAACCAAAGAGCCAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCTCATTTATAAACATCTGCTTTATGTTACGAGAACCAAAGAGCCAT  479

seq1  GGTTTGCCATACTTGCACATTAAACATCTGCCAAGATGTCTTATTGGGTT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTGCCATACTTGCACATTAAACATCTGCCAAGATGTCTTATTGGGTT  529

seq1  TTCTTAGTAATAATGACTCAGTACATAAGATAAACCGTGGAACCCTGTCA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTAGTAATAATGACTCAGTACATAAGATAAACCGTGGAACCCTGTCA  579

seq1  GAGTCTATCCACACTAAATAATTGACACACTCATTTCCGCTCCTTTGTGT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTATCCACACTAAATAATTGACACACTCATTTCCGCTCCTTTGTGT  629

seq1  GATCTCTCAGATCCAAATTGTAGTTTTAGAAAGTGATTGATTTTTGTGTA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTCTCAGATCCAAATTGTAGTTTTAGAAAGTGATTGATTTTTGTGTA  679

seq1  ATTTTTCTCTTTCCCTGAAAGATTTAGAACCGCTCTAGGTAACTTTTTAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTCTCTTTCCCTGAAAGATTTAGAACCGCTCTAGGTAACTTTTTAT  729

seq1  TAGCCAGTCTAAGACATTGGTGCAACAATATAATTAATCACATTTTTTAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCAGTCTAAGACATTGGTGCAACAATATAATTAATCACATTTTTTAA  779

seq1  ATGAAAATGATGGCACATTAATTGGTAATTTGGGGATGAGAGTTTTTCCT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAATGATGGCACATTAATTGGTAATTTGGGGATGAGAGTTTTTCCT  829

seq1  AATTACTTATTAACCTTTAAATCAGATATACACAAGGGAACAACAGAACA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTACTTATTAACCTTTAAATCAGATATACACAAGGGAACAACAGAACA  879

seq1  AGATTGGTGTCTGAATATAAGGAAGTTTTTTCAAGGTGCTTTTTATAAAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTGGTGTCTGAATATAAGGAAGTTTTTTCAAGGTGCTTTTTATAAAA  929

seq1  AGAATCTAATGAAACTGTCCCGCCTCCCACCCAGAGGAGACATTTCTACC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCTAATGAAACTGTCCCGCCTCCCACCCAGAGGAGACATTTCTACC  979

seq1  TTTGGAGCTTAGTGGCACGGTGCTTGATACATTAACTTGCTATAGAAGGT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGAGCTTAGTGGCACGGTGCTTGATACATTAACTTGCTATAGAAGGT  1029

seq1  TGCATATATCTATTCTTGGCCCATCAGTGATTCATCATTAATAGAATTAT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATATATCTATTCTTGGCCCATCAGTGATTCATCATTAATAGAATTAT  1079

seq1  AGTTGAGTAAGACGTTAGAAGTGATGCTATCGAAAGGAGGTTTTTTTTTT  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGAGTAAGACGTTAGAAGTGATGCTATCGAAAGGAGGTTTTTTTTTT  1129

seq1  TCCATTTAAAATTGAAGATAGTTGCAAAGAATTC  1183
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTTAAAATTGAAGATAGTTGCAAAGAATTC  1163


seq1: chr14_120573168_120574228
seq2: B6Ng01-313K01.g_65_1141

seq1  GAATTCCTGGACTTGAGTAGAGAGGGAACCCTGTGTCCTTCCTAGAGGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGGACTTGAGTAGAGAGGGAACCCTGTGTCCTTCCTAGAGGAA  50

seq1  ACTCTGCCTCTGTAAGCTGGAGCGAAGCAGCTCTGTATTAGTGGCCTATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGCCTCTGTAAGCTGGAGCGAAGCAGCTCTGTATTAGTGGCCTATG  100

seq1  ATTCCAAATCAGAAAGACTTAAAGAACTATGAAACAGTCCATGGTCCATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCAAATCAGAAAGACTTAAAGAACTATGAAACAGTCCATGGTCCATT  150

seq1  GCTAATTATCATTATAGCTTGAACCAAACCTACAGAGAATGTAATGCTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAATTATCATTATAGCTTGAACCAAACCTACAGAGAATGTAATGCTTA  200

seq1  GGTCTGTAGTCCCGATGGGCCAGGTCTGGCAGGAATAACAAGTGCACCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTGTAGTCCCGATGGGCCAGGTCTGGCAGGAATAACAAGTGCACCCC  250

seq1  TCTAGTGCTGGAGGCAGGACATGGATGGCCGGCAGAAGCCTGAGGGAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGTGCTGGAGGCAGGACATGGATGGCCGGCAGAAGCCTGAGGGAAAT  300

seq1  CTCAGCTCCTTCTGCTCAGTTTTGCTAGGATCCTAGAAGTGCTCTGAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCTCCTTCTGCTCAGTTTTGCTAGGATCCTAGAAGTGCTCTGAAAA  350

seq1  ACTTATTTAAAACAAAGACTAACAACCCACCCTCCTAGAGACTGTGAAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATTTAAAACAAAGACTAACAACCCACCCTCCTAGAGACTGTGAAGC  400

seq1  AGCCTCATATAATAGTTGGATTGATGTTGCCCACTTTGGTAAAAATTTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCATATAATAGTTGGATTGATGTTGCCCACTTTGGTAAAAATTTCA  450

seq1  AAAAAATTTCATGCTAAGATATGCCTATCAGTTTCAGAGTGAGTGTGTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATTTCATGCTAAGATATGCCTATCAGTTTCAGAGTGAGTGTGTAT  500

seq1  TGTTCATAGGATGGGATGTAATCCACAAGGATATTTGGTAGTAGTAATTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCATAGGATGGGATGTAATCCACAAGGATATTTGGTAGTAGTAATTA  550

seq1  GTATCATTGAAAGCAAAAAAAAAAAATGGTTTTATTAGTTCCTTTCTTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCATTGAAAGCAAAAAAAAAAAATGGTTTTATTAGTTCCTTTCTTGG  600

seq1  TACAAATACAAGTGTAGGCAAATATGCATTAACCAACATATACTTTTATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAATACAAGTGTAGGCAAATATGCATTAACCAACATATACTTTTATA  650

seq1  CAGAGTTAGGCAGAGACAGACAGAGACAGAGAGAGGAGGGAGAACATTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTTAGGCAGAGACAGACAGAGACAGAGAGAGGAGGGAGAACATTCT  700

seq1  TGCTTCAAGTTAAAAACGCCTAGACAAGAGCAGAGTCTCCAGCACAACTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCAAGTTAAAAACGCCTAGACAAGAGCAGAGTCTCCAGCACAACTG  750

seq1  TGAACTTGGGGACTCTCCATACAATATGCCTGCTGGATACGCGTGGATTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTTGGGGACTCTCCATACAATATGCCTGCTGGATACGCGTGGATTT  800

seq1  GATGAGCCATGCTGATACTAAGCCAAGATCCACTGTCACTGTGACTGTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGCCATGCTGATACTAAGCCAAGATCCACTGTCACTGTGACTGTTT  850

seq1  ATCTTGAAGATACAGTGCTTTGCCAGTGAATTTTGTGGGTGTGAAGCGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGAAGATACAGTGCTTTGCCAGTGAATTTTGTGGGTGTGAAGCGAG  900

seq1  GT--GGGAGAGAGTGACAGGATAGCATTCCAGCCTGGCAGGCACTGAGG-  947
      ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GTGGGGGAGAGAGTGACAGGATAGCATTCCAGCCTGGCAGGCACTGAGGA  950

seq1  AGACAGCACTC-TTTCCTAAGGCTCCCTC-TCATTAGT-GATT-GGATGG  993
      ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||
seq2  AGACAGCACTCTTTTCCTAAGGCTCCCTCTTCATTAGTGGATTGGGATGG  1000

seq1  GG--ATCTGCTCATGCTTGGA--TGGACGGCT-ACTGCCTT-ACCATCAG  1037
      ||   ||||||||||  ||||   |||||||| |||||||| ||||||||
seq2  GGGATTCTGCTCATGGCTGGAATGGGACGGCTAACTGCCTTAACCATCAG  1050

seq1  TG-AAGCATTACT-GGAGAT-GGATCC  1061
      || |||||||||| |||||| ||||||
seq2  TGAAAGCATTACTGGGAGATGGGATCC  1077


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |