BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-316D16
Chromosome14 (Build37)
Map Location 47,576,360 - 47,731,211
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSamd4
Upstream geneLOC625377, LOC218963, LOC100041724, Bmp4, LOC100041732, LOC100041754, Cdkn3, Cnih, Gmfb, Cgrrf1
Downstream geneGch1, Wdhd1, Socs4, LOC670795, C130032J12Rik, Lgals3, Dlg7, LOC666895, Fbxo34, D14Ertd436e, EG625730, LOC100042787, Ktn1, 4930447J18Rik, Map1lc3-ps2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-316D16.bB6Ng01-316D16.g
ACCGA106675GA106676
length1,1591,124
definitionB6Ng01-316D16.b B6Ng01-316D16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(47,730,057 - 47,731,211)(47,576,360 - 47,577,496)
sequence
gaattctgcctagctttctggctcctggcagaggttctgcactgagttcc
agggcagaaggctagctacatttgcttttctgttgtacctgtctgtgaga
aggtggcgtttgcttctgtttaacgctgaggggcagtgacggagacagct
aacctggttaacggatcaggtgttatgtgaaatgtggtcggattttggct
ctactcttcacatgcaaagcctggatttttctcttctctccttcccaggt
gggaggagtctccctccacattgcactgccaggagtttaaggaggaataa
ttagggcacctctttccttcatttttatgctaaatccagatttggaaccc
tttcatctgatttccttcactcctctgagagagcccagtgcccggatatc
tgtttaaataggtggttctgtgagccactgatgactggaggctcgtcctg
tggcgcctgctcctagcattggggtgtttggaagcttcttccaaggggca
aggaatggtgaatgaggaggcttttccagggaccccagagaccagagcag
agctctatctacagttccacctgggctgtaagggccattacttcatacta
tggagcagctgggtcccatttgctttaccctacgatagactgcttcctag
gctcatatgacttaagctgaggctgaaggcacccggggagtggggatgtt
ctgagcaactcaggttttgtcctgtgtgtcgagctcaccgtaactctgaa
cttccccagtgagccccagagaaccttggtgctgatgctctctggttggc
atcctaatctcaggatgtcacacatacaggggagacgtcaaagcctggac
ctaatgctgaatcctgaaatctcggggttttgaagagcagggtgaacatg
aacaccctagaggcaaacctggatagactggactgagctgcaggttaaat
ccttccaggaaaagagctcaagaccctgctgaggtgctggctgatgtgaa
gaaatacaggattgggtagtagaggacgttagttataaataccaatttaa
gccacgttaaccagtttgcagaaccgagatattaggtatatgaatggccc
cattggtaatttacaaatgcgtttgccaattgtacgaagggcatagctta
tcatgttag
gaattcagcaggattcatcccacaactgataactggaggtgccagactgg
gcagactacattcaagtctgtaatctcatcctactatctatctgccaacc
acaggccaattgtttagtgggcctgggtgatgacactcaactttggttcc
agtggactcctgagtttataaaactgtagtgtgttcacgagtacaatccg
gtttgggaattgagtgtgtgagtggagtgtcgttgcaggaatgcaagatg
acaggcaagatgacatgacttttaacaaggcaggagcagagatggccaag
agttgaggttgcccatggtgtctactgtaatgtcaatgaaccattccatg
tgagaataaggtaacatgctgtgtgtaccacagtggatgccatgtttgct
tgagctgttacctaaaggttaatctgtgtgtgactacacgtatgtatgta
tacatgtgtgtgtgccagtgaacatgtacagggaggctggaaatcaacct
tgagtgtcattcctcaggtgctgtccacactggtttctgagacaaagtat
tattcagcctgatgaccgattgaccagtgatctcctgtcttcctccccaa
agctggggttaccagcacaccaccatgcctccatctctgcaaagctgggg
ttaccagcacaccaccatgcctacatctctgcaaagccggggctaccagc
acaccaccatgtttctacctcaggggtcagactcgggtccttgtgcactt
tactccttaaagactgctttttctccttaggcccacctgagcttcttatg
ggacagtctatggagtggataccaaggtttaggaccctcaagtgcagact
tagtattttaaagttctttctggtacagcttttaaaaattgtttacaatg
tctatgaagttatataaactgtcagacctgaggcttttaggagaacaatg
agcaaacttgtgctgtcctaccctggctgcccagacttgaggagttacag
tttctctttctgaactgcttggcccttcacttttcaatatatattttaat
agattatgatgacttctaatgcgatctatcaaaaagagcaaacattctct
ttggaaaacttatcgttttaagaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_47730057_47731211
seq2: B6Ng01-316D16.b_47_1205 (reverse)

seq1  CTAACATGATATAACTAT--CCCTCGTACAA-TCGCAAACGCATTTGTAA  47
      ||||||||||| | ||||  || |||||||| | ||||||||||||||||
seq2  CTAACATGATA-AGCTATGCCCTTCGTACAATTGGCAAACGCATTTGTAA  49

seq1  ATTTACAATGGGG-CATTCATATTACTTTATAATCCTCGTTTCTGC-AAC  95
      |||  |||||||| |||||||| ||| | |||   |||| |||||| |||
seq2  ATTACCAATGGGGCCATTCATA-TACCTAATA--TCTCGGTTCTGCAAAC  96

seq1  TGGTT-ACGTGGCTTTAATTGGTATTTATAACTACCTTCCTCTACTACCC  144
      ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||
seq2  TGGTTAACGTGGCTTAAATTGGTATTTATAACTAACGTCCTCTACTACCC  146

seq1  -ATTCTGTATTTCCTTCACCTTCAGCCAGCACCTCAGCA-GGTCTTG-GC  191
       || |||||||| ||||| | |||||||||||||||||| ||||||| ||
seq2  AATCCTGTATTT-CTTCA-CATCAGCCAGCACCTCAGCAGGGTCTTGAGC  194

seq1  TCTTTTCCTGG-AGGATTTTACCTGCAGCTCAGTCCAGTCTATCCAGGTT  240
      ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTCCTGGAAGGATTTAACCTGCAGCTCAGTCCAGTCTATCCAGGTT  244

seq1  TGCCTCTAGGGTGTTCATGTTCACCCTGCTCTTCAAAACCCCGAGATTTC  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCTAGGGTGTTCATGTTCACCCTGCTCTTCAAAACCCCGAGATTTC  294

seq1  AGGATTCAGCATTAGGTCCAGGCTTTGACGTCTCCCCTGTATGTGTGACA  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTCAGCATTAGGTCCAGGCTTTGACGTCTCCCCTGTATGTGTGACA  344

seq1  TCCTGAGATTAGGATGCCAACCAGAGAGCATCAGCACCAAGGTTCTCTGG  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGAGATTAGGATGCCAACCAGAGAGCATCAGCACCAAGGTTCTCTGG  394

seq1  GGCTCACTGGGGAAGTTCAGAGTTACGGTGAGCTCGACACACAGGACAAA  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCACTGGGGAAGTTCAGAGTTACGGTGAGCTCGACACACAGGACAAA  444

seq1  ACCTGAGTTGCTCAGAACATCCCCACTCCCCGGGTGCCTTCAGCCTCAGC  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGAGTTGCTCAGAACATCCCCACTCCCCGGGTGCCTTCAGCCTCAGC  494

seq1  TTAAGTCATATGAGCCTAGGAAGCAGTCTATCGTAGGGTAAAGCAAATGG  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTCATATGAGCCTAGGAAGCAGTCTATCGTAGGGTAAAGCAAATGG  544

seq1  GACCCAGCTGCTCCATAGTATGAAGTAATGGCCCTTACAGCCCAGGTGGA  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCAGCTGCTCCATAGTATGAAGTAATGGCCCTTACAGCCCAGGTGGA  594

seq1  ACTGTAGATAGAGCTCTGCTCTGGTCTCTGGGGTCCCTGGAAAAGCCTCC  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTAGATAGAGCTCTGCTCTGGTCTCTGGGGTCCCTGGAAAAGCCTCC  644

seq1  TCATTCACCATTCCTTGCCCCTTGGAAGAAGCTTCCAAACACCCCAATGC  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTCACCATTCCTTGCCCCTTGGAAGAAGCTTCCAAACACCCCAATGC  694

seq1  TAGGAGCAGGCGCCACAGGACGAGCCTCCAGTCATCAGTGGCTCACAGAA  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAGCAGGCGCCACAGGACGAGCCTCCAGTCATCAGTGGCTCACAGAA  744

seq1  CCACCTATTTAAACAGATATCCGGGCACTGGGCTCTCTCAGAGGAGTGAA  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTATTTAAACAGATATCCGGGCACTGGGCTCTCTCAGAGGAGTGAA  794

seq1  GGAAATCAGATGAAAGGGTTCCAAATCTGGATTTAGCATAAAAATGAAGG  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATCAGATGAAAGGGTTCCAAATCTGGATTTAGCATAAAAATGAAGG  844

seq1  AAAGAGGTGCCCTAATTATTCCTCCTTAAACTCCTGGCAGTGCAATGTGG  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGGTGCCCTAATTATTCCTCCTTAAACTCCTGGCAGTGCAATGTGG  894

seq1  AGGGAGACTCCTCCCACCTGGGAAGGAGAGAAGAGAAAAATCCAGGCTTT  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGACTCCTCCCACCTGGGAAGGAGAGAAGAGAAAAATCCAGGCTTT  944

seq1  GCATGTGAAGAGTAGAGCCAAAATCCGACCACATTTCACATAACACCTGA  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTGAAGAGTAGAGCCAAAATCCGACCACATTTCACATAACACCTGA  994

seq1  TCCGTTAACCAGGTTAGCTGTCTCCGTCACTGCCCCTCAGCGTTAAACAG  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGTTAACCAGGTTAGCTGTCTCCGTCACTGCCCCTCAGCGTTAAACAG  1044

seq1  AAGCAAACGCCACCTTCTCACAGACAGGTACAACAGAAAAGCAAATGTAG  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAACGCCACCTTCTCACAGACAGGTACAACAGAAAAGCAAATGTAG  1094

seq1  CTAGCCTTCTGCCCTGGAACTCAGTGCAGAACCTCTGCCAGGAGCCAGAA  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCCTTCTGCCCTGGAACTCAGTGCAGAACCTCTGCCAGGAGCCAGAA  1144

seq1  AGCTAGGCAGAATTC  1155
      |||||||||||||||
seq2  AGCTAGGCAGAATTC  1159

seq1: chr14_47576360_47577496
seq2: B6Ng01-316D16.g_68_1191

seq1  GAATTCAGCAGGATTCATCCCACAACTGATAACTGGAGGTGCCAGACTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCAGGATTCATCCCACAACTGATAACTGGAGGTGCCAGACTGG  50

seq1  GCAGACTACATTCAAGTCTGTAATCTCATCCTACTATCTATCTGCCAACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGACTACATTCAAGTCTGTAATCTCATCCTACTATCTATCTGCCAACC  100

seq1  ACAGGCCAATTGTTTAGTGGGCCTGGGTGATGACACTCAACTTTGGTTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCCAATTGTTTAGTGGGCCTGGGTGATGACACTCAACTTTGGTTCC  150

seq1  AGTGGACTCCTGAGTTTATAAAACTGTAGTGTGTTCACGAGTACAATCCG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGACTCCTGAGTTTATAAAACTGTAGTGTGTTCACGAGTACAATCCG  200

seq1  GTTTGGGAATTGAGTGTGTGAGTGGAGTGTCGTTGCAGGAATGCAAGATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGGAATTGAGTGTGTGAGTGGAGTGTCGTTGCAGGAATGCAAGATG  250

seq1  ACAGGCAAGATGACATGACTTTTAACAAGGCAGGAGCAGAGATGGCCAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCAAGATGACATGACTTTTAACAAGGCAGGAGCAGAGATGGCCAAG  300

seq1  AGTTGAGGTTGCCCATGGTGTCTACTGTAATGTCAATGAACCATTCCATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGAGGTTGCCCATGGTGTCTACTGTAATGTCAATGAACCATTCCATG  350

seq1  TGAGAATAAGGTAACATGCTGTGTGTACCACAGTGGATGCCATGTTTGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAATAAGGTAACATGCTGTGTGTACCACAGTGGATGCCATGTTTGCT  400

seq1  TGAGCTGTTACCTAAAGGTTAATCTGTGTGTGACTACACGTATGTATGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTGTTACCTAAAGGTTAATCTGTGTGTGACTACACGTATGTATGTA  450

seq1  TACATGTGTGTGTGCCAGTGAACATGTACAGGGAGGCTGGAAATCAACCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGTGTGTGTGCCAGTGAACATGTACAGGGAGGCTGGAAATCAACCT  500

seq1  TGAGTGTCATTCCTCAGGTGCTGTCCACACTGGTTTCTGAGACAAAGTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGTCATTCCTCAGGTGCTGTCCACACTGGTTTCTGAGACAAAGTAT  550

seq1  TATTCAGCCTGATGACCGATTGACCAGTGATCTCCTGTCTTCCTCCCCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCAGCCTGATGACCGATTGACCAGTGATCTCCTGTCTTCCTCCCCAA  600

seq1  AGCTGGGGTTACCAGCACACCACCATGCCTCCATCTCTGCAAAGCTGGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGGGTTACCAGCACACCACCATGCCTCCATCTCTGCAAAGCTGGGG  650

seq1  TTACCAGCACACCACCATGCCTACATCTCTGCAAAGCCGGGGCTACCAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCAGCACACCACCATGCCTACATCTCTGCAAAGCCGGGGCTACCAGC  700

seq1  ACACCACCATGTTTCTACCTCAGGGGTCAGACTCGGGTCCTTGTGCACTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCACCATGTTTCTACCTCAGGGGTCAGACTCGGGTCCTTGTGCACTT  750

seq1  TACTCCTTAAAGACTGCTTTTTCTCCTTAGGCCCACCTGAGCTTCTTATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCCTTAAAGACTGCTTTTTCTCCTTAGGCCCACCTGAGCTTCTTATG  800

seq1  GGACAGTCTATGGAGTGGATACCAAGGTTAAGGACCCTCAAGTGCAGACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGTCTATGGAGTGGATACCAAGGTTTAGGACCCTCAAGTGCAGACT  850

seq1  TAGTATTTTAAAGTTCTTTCTGGTACAGC-TTTAAAAATTGTTTACAATG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TAGTATTTTAAAGTTCTTTCTGGTACAGCTTTTAAAAATTGTTTACAATG  900

seq1  TCTATGAAGTTATATAAACTGTCAGACCTGAGGC-TTTAAGAG-ACAATG  947
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||
seq2  TCTATGAAGTTATATAAACTGTCAGACCTGAGGCTTTTAGGAGAACAATG  950

seq1  AGCAAACTTGTGCTGTCCTACCCTGGCTGCCCAGACTTGA-GAGTTACAG  996
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AGCAAACTTGTGCTGTCCTACCCTGGCTGCCCAGACTTGAGGAGTTACAG  1000

seq1  TTTCTCCTTTCTGAAACTGCCTGGCCTTCAACTTTTTAAATATATATTTT  1046
      ||||| ||||||| |||||| ||||| |  || |||| ||||||||||||
seq2  TTTCT-CTTTCTG-AACTGCTTGGCCCTTCAC-TTTTCAATATATATTTT  1047

seq1  AATAGATTTATGAATGACTCCTTATGCGATCTTAATTAAAAAGAGCATAA  1096
      |||||| ||||| |||||| || |||||||||  || |||||||||| ||
seq2  AATAGA-TTATG-ATGACTTCTAATGCGATCT--ATCAAAAAGAGCA-AA  1092

seq1  CAATCCTCTTTGGAAAAAACTTTAAATCGTGTTTTTAAGAA  1137
      | || ||||||||  |||||||   ||||   |||||||||
seq2  C-ATTCTCTTTGG--AAAACTT---ATCG---TTTTAAGAA  1124