BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-318C21
Chromosome14 (Build37)
Map Location 43,921,006 - 44,047,615
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC666481, LOC100041143, EG666485, 1700049E17Rik, LOC666492, 1700001F09Rik
Upstream geneEG666239, LOC100040759, LOC100040771, EG666253, EG666264, LOC100040787, EG666280, EG666285, LOC666298, LOC100042031, EG666318, EG546249, LOC100040863, LOC100040875, LOC100040890, LOC100042055, LOC635209, 1700091H14Rik, EG666415, LOC100040976, LOC100040983, LOC100042114, LOC666370, EG666376, LOC100041025, EG666396, LOC100041046, LOC100042130, LOC624893, LOC100041069, EG666420, LOC666436, EG638353, LOC666454, LOC100041106, EG638262, EG640992, EG666471
Downstream geneLOC673380, LOC100042326, EG666502, LOC545039, LOC100041227, LOC100041235, LOC100042342, LOC666322, EG666556, EG666561, LOC676304, Rbmxrtp, LOC673132, LOC100041300, LOC624717, LOC672977, EG666590, LOC100041327, EG623592, Ear1, Ear-ps12, Ear-ps9, Ear-ps8, Ang-ps3, Ear10, EG666451, LOC672161, Ang3, Ear-ps7, Ear-ps10, EG630952, EG666621, LOC100041356, LOC100041364, LOC100041371, LOC100041376, Ear-ps2, Ang-ps1, Ear2, LOC100041393, LOC100041422, EG666638, 4930503E14Rik, EG666647, EG624862, EG666660, EG666667, EG546250, EG666675, LOC100041494, LOC100041497
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-318C21.bB6Ng01-318C21.g
ACCGA108134GA108135
length1,0461,070
definitionB6Ng01-318C21.b B6Ng01-318C21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(44,046,573 - 44,047,615)(43,921,006 - 43,922,076)
sequence
gaattcaggctatgtcctggactaccctcatgcagtggctgccaaattct
gcctcctatatactaagaccttctggtgcttattaatctaagtatcctga
tgccaggacaacacaggttggggttccttagtaagggatcaagggcttca
agacctccctcatgggcctggaaggaaagactacccttctaaaaagttcc
caggaagtctgtgcacaggtcctggcccacatcaaccctgttaccatttt
ttttaaaaaaatatatatatcttcagaacacagattctcagttgtaggta
cttattgctacaaagctacccagagcaaaataatcagtatttgctgggag
gagactcaatatcaggatggctatatataatcctcacgggatttcaatgt
gccaccaaggtgaacatatagacaaagagcagtgctgactaaggtggggt
tccctgtgcatggagacagcatcaccttgcaacaggccccactgtagact
ccagattccaaggatgcatagacccatgggggacacaagcacagacacac
acacacacacagacacactcacacacacacacacacacacacacacacac
acacacacacacacacacacacacaaaattggtcctctatgaggagtcta
tgtctgtaagcttttgctacactgcatccttggtgtattcctttaagttc
catggaagtttgatagcaaaaatcaaggaaaggatataaacctggacaca
taccaagttctcagacattcactgcttttgtcttggacacaggcaatcac
agcttggtggtgctaagcactaggggaatccaggaactccatgcatcaca
tcagatactagctgacattcccctccaagcacagcatggctggctaactt
atgccatccagagccagcaggactgcagtatgtgctgaggtacatgacta
gccacagtggttgggagcaatatcctatcttttttttttttccatttttt
tattaggtattactcattacattccaatgctataccaaaagtcccc
gaattctagtaatacagtggttcacagtaaatgaggtgaacagatgattc
caaaaaggagtgaaatggtgaataaataatgaaccacattaaatattttc
aggcataaaaggaatgaacatttaaagaaaaccacaccaacatgcaatct
cattccagacagcatgtgcacaattaagggaacaaacaacaaatggttta
gaggatgtgaggaaaggagcattattcactaagactggaaactagcaaag
ccgctggagaaaaccttggtttagaggatgctcaaagtcctgaaatagaa
ctgcaatgtatgctgcaatcctacatttaaacatttacctggaagattga
tgtcagtagaggtgcctgcatacaaggatgtgccctgcagcactgtacac
gaaaccacattgtagaaaatgcctggaaacacattactagaccaaaacat
tgggaaatgggaaatgttattcagaatgcacttatgtcatctgctgaaga
atggagggaatggaagacagtcaaagagatgaaatgaaccaaaatcaaaa
ggacaaataccgcacattttctctcatcattctgaatctaaacttaaatt
aagatgatatcaaaggtttactgggaatattctgagaaatggtcagtata
aaggatgcggtgtgataggagatgatgaacagagagaattctatgaaatg
cattgtttgcatttgtgacaatgttgcaaggtgcacataatagatgctat
aacagcctatgtaataatacatggcagtacataatattatacaaaagctt
gaggcctgagttcagagtcctatcacccctatctaaagcttctcatggag
tcatgcacctgtaataacagcagtggggcgacacctaggcaaatccctga
gtacactgggtagtgtagccaattgctgaggtccctgatcagtgagagat
ctgtcttcaaattacatgttactgtgtttgacgcagattcccagtagtga
cctctgacctcacttgtatgcacaacccccacactccctttaaagaacat
tgtcaatgaaggcatactga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_44046573_44047615
seq2: B6Ng01-318C21.b_47_1092 (reverse)

seq1  GGGGACTTTTGGTATAGCATTGGAAATGTAAATGAGTTAAATACCTAAT-  49
      ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||  |||||||||| 
seq2  GGGGACTTTTGGTATAGCATTGG-AATGT-AATGAGT--AATACCTAATA  46

seq1  AAAAAATGG-AAAAAAAAAAAGATAGGATATTGCTCCCAACCACTGTGGC  98
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATGGAAAAAAAAAAAAGATAGGATATTGCTCCCAACCACTGTGGC  96

seq1  TAGTCATGTACCTCAGCACATACTGCAGTCCTGCTGGCTCTGGATGGCAT  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCATGTACCTCAGCACATACTGCAGTCCTGCTGGCTCTGGATGGCAT  146

seq1  AAGTTAGCCAGCCATGCTGTGCTTGGAGGGGAATGTCAGCTAGTATCTGA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTAGCCAGCCATGCTGTGCTTGGAGGGGAATGTCAGCTAGTATCTGA  196

seq1  TGTGATGCATGGAGTTCCTGGATT-CCCTAGTGCTTAGCACCACCAAGCT  247
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATGCATGGAGTTCCTGGATTCCCCTAGTGCTTAGCACCACCAAGCT  246

seq1  GTGATTGCCTGTGTCCAAGACAAAAGCAGTGAATGTCTGAGAACTTGGTA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATTGCCTGTGTCCAAGACAAAAGCAGTGAATGTCTGAGAACTTGGTA  296

seq1  TGTGTCCAGGTTTATATCCTTTCCTTGATTTTTGCTATCAAACTTCCATG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCCAGGTTTATATCCTTTCCTTGATTTTTGCTATCAAACTTCCATG  346

seq1  GAACTTAAAGGAATACACCAAGGATGCAGTGTAGCAAAAGCTTACAGACA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTAAAGGAATACACCAAGGATGCAGTGTAGCAAAAGCTTACAGACA  396

seq1  TAGACTCCTCATAGAGGACCAATTT----TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  443
      |||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||
seq2  TAGACTCCTCATAGAGGACCAATTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  446

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGTGTGTCTGTGTGTGTGT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGTGTGTCTGTGTGTGTGT  496

seq1  GTGTGTCTGTGCTTGTGTCCCCCATGGGTCTATGCATCCTTGGAATCTGG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTCTGTGCTTGTGTCCCCCATGGGTCTATGCATCCTTGGAATCTGG  546

seq1  AGTCTACAGTGGGGCCTGTTGCAAGGTGATGCTGTCTCCATGCACAGGGA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTACAGTGGGGCCTGTTGCAAGGTGATGCTGTCTCCATGCACAGGGA  596

seq1  ACCCCACCTTAGTCAGCACTGCTCTTTGTCTATATGTTCACCTTGGTGGC  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCACCTTAGTCAGCACTGCTCTTTGTCTATATGTTCACCTTGGTGGC  646

seq1  ACATTGAAATCCCGTGAGGATTATATATAGCCATCCTGATATTGAGTCTC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGAAATCCCGTGAGGATTATATATAGCCATCCTGATATTGAGTCTC  696

seq1  CTCCCAGCAAATACTGATTATTTTGCTCTGGGTAGCTTTGTAGCAATAAG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCAGCAAATACTGATTATTTTGCTCTGGGTAGCTTTGTAGCAATAAG  746

seq1  TACCTACAACTGAGAATCTGTGTTCTGAAGATATATATATTTTTTTAAAA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTACAACTGAGAATCTGTGTTCTGAAGATATATATATTTTTTTAAAA  796

seq1  AAAATGGTAACAGGGTTGATGTGGGCCAGGACCTGTGCACAGACTTCCTG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGGTAACAGGGTTGATGTGGGCCAGGACCTGTGCACAGACTTCCTG  846

seq1  GGAACTTTTTAGAAGGGTAGTCTTTCCTTCCAGGCCCATGAGGGAGGTCT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTTTTTAGAAGGGTAGTCTTTCCTTCCAGGCCCATGAGGGAGGTCT  896

seq1  TGAAGCCCTTGATCCCTTACTAAGGAACCCCAACCTGTGTTGTCCTGGCA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCCCTTGATCCCTTACTAAGGAACCCCAACCTGTGTTGTCCTGGCA  946

seq1  TCAGGATACTTAGATTAATAAGCACCAGAAGGTCTTAGTATATAGGAGGC  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGATACTTAGATTAATAAGCACCAGAAGGTCTTAGTATATAGGAGGC  996

seq1  AGAATTTGGCAGCCACTGCATGAGGGTAGTCCAGGACATAGCCTGAATTC  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTTGGCAGCCACTGCATGAGGGTAGTCCAGGACATAGCCTGAATTC  1046

seq1: chr14_43921006_43922076
seq2: B6Ng01-318C21.g_66_1135

seq1  GAATTCTAGTAATACAGTGGTTCACAGTAAATGAGGTGAACAGATGATTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGTAATACAGTGGTTCACAGTAAATGAGGTGAACAGATGATTC  50

seq1  CAAAAAGGAGTGAAATGGTGAATAAATAATGAACCACATTAAATATTTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAGGAGTGAAATGGTGAATAAATAATGAACCACATTAAATATTTTC  100

seq1  AGGCATAAAAGGAATGAACATTTAAAGAAAACCACACCAACATGCAATCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATAAAAGGAATGAACATTTAAAGAAAACCACACCAACATGCAATCT  150

seq1  CATTCCAGACAGCATGTGCACAATTAAGGGAACAAACAACAAATGGTGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CATTCCAGACAGCATGTGCACAATTAAGGGAACAAACAACAAATGGTTTA  200

seq1  GAGGATGTGAGGAAAGGAGCATTATTCACTAAGACTGGAAACTAGCAAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATGTGAGGAAAGGAGCATTATTCACTAAGACTGGAAACTAGCAAAG  250

seq1  CCGCTGGAGAAAACCTTGGTTTAGAGGATGCTCAAAGTCCTGAAATAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCTGGAGAAAACCTTGGTTTAGAGGATGCTCAAAGTCCTGAAATAGAA  300

seq1  CTGCAATGTATGCTGCAATCCTACATTTAAACATTTACCTGGAAGATTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAATGTATGCTGCAATCCTACATTTAAACATTTACCTGGAAGATTGA  350

seq1  TGTCAGTAGAGGTGCCTGCATACAAGGATGTGCCCTGCAGCACTGTACAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TGTCAGTAGAGGTGCCTGCATACAAGGATGTGCCCTGCAGCACTGTACAC  400

seq1  GAAACCACATTGTAGAAAATGCCTGGAAACACATTACTAGACCAAAACAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCACATTGTAGAAAATGCCTGGAAACACATTACTAGACCAAAACAT  450

seq1  TGGGAAATGGGAAATGTTATTCAGAATGCACTTATGTCATCTGCTGAAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAAATGGGAAATGTTATTCAGAATGCACTTATGTCATCTGCTGAAGA  500

seq1  ATGGAGGGAATGGAAGACAGTCAAAGAGATGAAATGAACCAAAATCAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGGGAATGGAAGACAGTCAAAGAGATGAAATGAACCAAAATCAAAA  550

seq1  GGACAAATACCGCACATTTTCTCTCATCATGCTGAATCTAAACTTAAATT  600
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GGACAAATACCGCACATTTTCTCTCATCATTCTGAATCTAAACTTAAATT  600

seq1  AAGATGATATCAAAGGTTTACTGGGAATATTCTGAGAAATGGTCAGTATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGATATCAAAGGTTTACTGGGAATATTCTGAGAAATGGTCAGTATA  650

seq1  AAGGATGCGGTGTGATAGGAGATGATGAACAGAGAGAATTCTATGAAATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATGCGGTGTGATAGGAGATGATGAACAGAGAGAATTCTATGAAATG  700

seq1  CATTGTTTGCATTTGTGACAATGTTGCAATGTGCACATAATAGATGCTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTTTGCATTTGTGACAATGTTGCAAGGTGCACATAATAGATGCTAT  750

seq1  AACAGCCTATGTAATAATACATGGCAGTACATAATATTATACAAAAGCTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCCTATGTAATAATACATGGCAGTACATAATATTATACAAAAGCTT  800

seq1  GAGGCCTGAGTTCAGAGTCCTATCACCCCTATCTAAAGCTTCTCATGGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCCTGAGTTCAGAGTCCTATCACCCCTATCTAAAGCTTCTCATGGAG  850

seq1  TCATGCACCTGTAATAACAGCAGTGGGGGGACACCTAGGCAAATCCCTGA  900
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCACCTGTAATAACAGCAGTGGGGCGACACCTAGGCAAATCCCTGA  900

seq1  GTACACTGGGTAGTGTAGCCAATTGCTGAGGTCCCTGATCAGTGAGAGAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACACTGGGTAGTGTAGCCAATTGCTGAGGTCCCTGATCAGTGAGAGAT  950

seq1  CTGTTCTTCAAAATTACAATGTTACTGTGTTTGACGCAGATTCCCAGTAG  1000
      ||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTG-TCTTC-AAATTAC-ATGTTACTGTGTTTGACGCAGATTCCCAGTAG  997

seq1  TGACCTCTGACCCCAACTTGTATGCACAA-CCCCACAC-CCCTTAAAAGA  1048
      |||||||||||| | |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||
seq2  TGACCTCTGACCTC-ACTTGTATGCACAACCCCCACACTCCCTTTAAAGA  1046

seq1  ACATTGTC-ATGAAGCATTACTGA  1071
      |||||||| ||||||   ||||||
seq2  ACATTGTCAATGAAGGCATACTGA  1070