BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-319E16
Chromosome14 (Build37)
Map Location 84,201,288 - 84,346,821
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043775, LOC100043776
Upstream geneLOC100043773, LOC100043279
Downstream geneLOC100043280, LOC100043285, Pcdh17, 9630013A20Rik, LOC629794
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-319E16.bB6Ng01-319E16.g
ACCGA108960GA108961
length1,1211,169
definitionB6Ng01-319E16.b B6Ng01-319E16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(84,201,288 - 84,202,411)(84,345,665 - 84,346,821)
sequence
gaattcattaatgattgtgagtgctctatagcctcaagaatagtgtcagg
ccttggggcctccccttgagctggatcccactttggaccggtcgctgggt
ctcctttccctcagtctcttctccatttttgtccttgaagttcttttaga
cagagatagttctgggtcagagtttttgactgtaggatgtcagccccatc
cctcacttgatgcccggtctttctgctggaggtgggttttacaatgccct
ctccctactgtagggcatttcatctaagattcctccctttgagtccttag
agtctaaaacttcccaggcatgtagtacattctggagggtccacccaacc
tcctacctcccggggtggcctgtttccatgctttctgctggccctcaggg
cttcagtctttttctcccaccttataccagatcattttcctcccatctgc
cccatccccttttccttccaaatctcttcctccctcccctcatgttgtgt
attatcaaaaagcacatgggcaattgaaatatttgactaaaaaaatctct
aaacttcaaatggtttaatcactaggttagtcaaattcaagtcataagtt
gaataaaattatgttctctattggaacatttccccatttttattaagtta
gtttacttatttacattccaaaattgtccccctctctgatctcccctcct
tgagttctttacacacacacacacacacacacacacacacacacacacac
acacacacacactgcctctgagagggtgacctcccacctgcccacccacc
ctctcgtcacccccatccatatccctcctgcctggagcattaagtttcca
cgggattaagatcatcctttcccacagaggatggagaaggcagtcctcca
ctaaaatatgccaggaaacagtggatcagcataggtatgctccacattaa
tggcattatctctaggagctctgagggttctggaacccttttcatctccc
tataggtaccatccctctcatctcctcagtccttcccccaactctcatat
agtcaacaaactccaatcaatttcaactgtaaggttatctgcattgtctc
aattcaatcctggatagagcc

gaattcagttgttttgagtttttaacctgtactagggaaggctttagaaa
gacacaattgagctttttttaattggatgttttatttgtttacatttcaa
atgttcttccctttcctggtttcccctctgcaaatccactatcccatgtc
cccttaacctgcctggaggggggtgctctcccacctcaccaccctagcat
ttctctacactggggtattaagccttcacaggaccaagggcctccccttt
cattgatgtcagataagactccttcagtaccctcagtccttgctggttct
tgggactcctttgccagttgaggcactcactagtaggatttgcttaagga
ggcagaggcagaaggattaacaagtccgagaccagcctgggctacaactt
tcttttaatcacttggatttctataattaaaatgaaaacagcatccatga
ttctgtaagtgcaacatgttcactaggtcactaagcaagacttgtgttct
ttgagattgttgttgatgaggtcacacctatgtgaggaaaacttttattc
acatttcatggaaaaagtcacattaaagacacacatagtatttaataagg
ggtttttgagcttggaataatattttacacctgtactctatccagtacta
cagagtctgagacaggaggattatgcatttgcatctaagttaggctacat
agtgattgcaggtttcctgtgttacctggtgagatcgtgcctcatttgat
tatatttcagtttattcctttttaaaaatatgagtaaactatgtagatgt
attctatcttttctaacgtgtgagcacaataactgtttacattagacata
ggtcacagagtatctgacaagcaaaataaataacaaaaatatttgcagtg
aattaacattttagtagttacatgaaaatttagcatgttggcttaacttt
ttaattctttactcaaacaaatttgcataacatttgctttaaaacacccc
tgaatatgtgaaaccacttattaatcacctgaagtgaaatagtgcagctt
gtaaaatttcagcttggctgcctttgacacctactgccaagttgcatgaa
attattgtaagtgtagtactatggatcctgcattgttatacaggtgtata
aggctagttacaagtgcac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_84201288_84202411
seq2: B6Ng01-319E16.b_46_1166

seq1  GAATTCATTAATGATTGTGAGTGCTCTATAGCCTCAAGAATAGTGTCAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTAATGATTGTGAGTGCTCTATAGCCTCAAGAATAGTGTCAGG  50

seq1  CCTTGGGGCCTCCCCTTGAGCTGGATCCCACTTTGGACCGGTCGCTGGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGGGCCTCCCCTTGAGCTGGATCCCACTTTGGACCGGTCGCTGGGT  100

seq1  CTCCTTTCCCTCAGTCTCTTCTCCATTTTTGTCCTTGAAGTTCTTTTAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTTCCCTCAGTCTCTTCTCCATTTTTGTCCTTGAAGTTCTTTTAGA  150

seq1  CAGAGATAGTTCTGGGTCAGAGTTTTTGACTGTAGGATGTCAGCCCCATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGATAGTTCTGGGTCAGAGTTTTTGACTGTAGGATGTCAGCCCCATC  200

seq1  CCTCACTTGATGCCCGGTCTTTCTGCTGGAGGTGGGTTTTACAATGCCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACTTGATGCCCGGTCTTTCTGCTGGAGGTGGGTTTTACAATGCCCT  250

seq1  CTCCCTACTGTAGGGCATTTCATCTAAGATTCCTCCCTTTGAGTCCTTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTACTGTAGGGCATTTCATCTAAGATTCCTCCCTTTGAGTCCTTAG  300

seq1  AGTCTAAAACTTCCCAGGCATGTAGTACATTCTGGAGGGTCCACCCAACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTAAAACTTCCCAGGCATGTAGTACATTCTGGAGGGTCCACCCAACC  350

seq1  TCCTACCTCCCGGGGTGGCCTGTTTCCATGCTTTCTGCTGGCCCTCAGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTACCTCCCGGGGTGGCCTGTTTCCATGCTTTCTGCTGGCCCTCAGGG  400

seq1  CTTCAGTCTTTTTCTCCCACCTTATACCAGATCATTTTCCTCCCATCTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGTCTTTTTCTCCCACCTTATACCAGATCATTTTCCTCCCATCTGC  450

seq1  CCCATCCCCTTTTCCTTCCAAATCTCTTCCTCCCTCCCCTCATGTTGTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATCCCCTTTTCCTTCCAAATCTCTTCCTCCCTCCCCTCATGTTGTGT  500

seq1  ATTATCAAAAAGCACATGGGCAATTGAAATATTTGACTAAAAAAATCTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATCAAAAAGCACATGGGCAATTGAAATATTTGACTAAAAAAATCTCT  550

seq1  AAACTTCAAATGGTTTAATCACTAGGTTAGTCAAATTCAAGTCATAAGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTCAAATGGTTTAATCACTAGGTTAGTCAAATTCAAGTCATAAGTT  600

seq1  GAATAAAATTATGTTCTCTATTGGAACATTTCCCCATTTTTATTAAGTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAAAATTATGTTCTCTATTGGAACATTTCCCCATTTTTATTAAGTTA  650

seq1  GTTTACTTATTTACATTCCAAAATTGTCCCCCTCTCTGATCTCCCCTCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTACTTATTTACATTCCAAAATTGTCCCCCTCTCTGATCTCCCCTCCT  700

seq1  TGAGTTCTTTACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTCTTTACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC  750

seq1  ACACACACACACTGCCTCTGAGAGGGTGACCTCCCACCTGCCCACCCACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACTGCCTCTGAGAGGGTGACCTCCCACCTGCCCACCCACC  800

seq1  CTCTCGTCACCCCCATCCATATCCCTCCTGCCTGGAGCATTAAGTTTCCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCGTCACCCCCATCCATATCCCTCCTGCCTGGAGCATTAAGTTTCCA  850

seq1  CGGGATTAAGATCATCCTTTCCCACAGAGGATGGAGAAGGCAGTCCTCCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGATTAAGATCATCCTTTCCCACAGAGGATGGAGAAGGCAGTCCTCCA  900

seq1  CTAAAAATATGCCAGG-AACAGTGGATCAGCATAGGTATGCTCCACAATT  949
      || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CT-AAAATATGCCAGGAAACAGTGGATCAGCATAGGTATGCTCCAC-ATT  948

seq1  AATGGCATAATCTCTAGGAGCTCTGAGGGTTCTGGAA-CCTTTTCATCTC  998
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AATGGCATTATCTCTAGGAGCTCTGAGGGTTCTGGAACCCTTTTCATCTC  998

seq1  CCTATAGGGTTACAATCCCTCTCATCTCCTTCAGTCCTTCCCCCAACTCC  1048
      ||||||||  ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| 
seq2  CCTATAGG--TACCATCCCTCTCATCTCC-TCAGTCCTTCCCCCAACTC-  1044

seq1  TCCATATAGTTCACAAACTCAATCCAATTTCAACTGTAAG--TATCTGCA  1096
        ||||||||  |||||||| |  ||||||||||||||||  ||||||||
seq2  -TCATATAGTCAACAAACTCCAATCAATTTCAACTGTAAGGTTATCTGCA  1093

seq1  TTTGTCTCAATCAAATCCT-GATAGAGCC  1124
       ||||||||||  |||||| |||||||||
seq2  -TTGTCTCAATTCAATCCTGGATAGAGCC  1121


seq1: chr14_84345665_84346821
seq2: B6Ng01-319E16.g_71_1239 (reverse)

seq1  GTGCACATAGTAACTA--CTTATTACAACTGTAT-ACAATGCA-GATTCA  46
      |||||| | |||||||  |||| |||| |||||| |||||||| ||| ||
seq2  GTGCAC-TTGTAACTAGCCTTA-TACACCTGTATAACAATGCAGGATCCA  48

seq1  TAGTACTACACTTTACATAA--TCATGCAAACTTTGCAGTA-GTGTCAAA  93
      |||||||||||||   ||||  |||||| ||||| |||||| ||||||||
seq2  TAGTACTACACTTACAATAATTTCATGC-AACTTGGCAGTAGGTGTCAAA  97

seq1  -GCAACCAAGCTG-AATTTTAC-AGCTGCACTATTTCACTTCA-GTGATT  139
       ||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GGCAGCCAAGCTGAAATTTTACAAGCTGCACTATTTCACTTCAGGTGATT  147

seq1  AATAAGTGGTTTCACATATTCA-GGGTGTTTTAAAGCAAATGTTATGCAA  188
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGTGGTTTCACATATTCAGGGGTGTTTTAAAGCAAATGTTATGCAA  197

seq1  ATTTGTTTGAGTAAAGAATT-AAAAGTTAAGCCAACATGCTAAATTTTCA  237
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTTTGAGTAAAGAATTAAAAAGTTAAGCCAACATGCTAAATTTTCA  247

seq1  TGTAACTACT-AAATGTTAATTCACTGCAAATATTTTTGTTATTTATTTT  286
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAACTACTAAAATGTTAATTCACTGCAAATATTTTTGTTATTTATTTT  297

seq1  GCTTGTCAGATACTCTGTGACCTATGTCTAATGTAAACAGTTATTGTGCT  336
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGTCAGATACTCTGTGACCTATGTCTAATGTAAACAGTTATTGTGCT  347

seq1  CACACGTTAG-AAAGATAGAATACATCTACATAGTTTACTCATATTTTTA  385
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACGTTAGAAAAGATAGAATACATCTACATAGTTTACTCATATTTTTA  397

seq1  AAAAGGAATAAACTGAAATATAATCAAATGAGGCACGATCTCACCAGGTA  435
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGAATAAACTGAAATATAATCAAATGAGGCACGATCTCACCAGGTA  447

seq1  ACACAGGAAACCTGCAATCACTATGTAGCCTAACTTAGATGCAAATGCAT  485
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGGAAACCTGCAATCACTATGTAGCCTAACTTAGATGCAAATGCAT  497

seq1  AATCCTCCTGTCTCAGACTCTGTAGTACTGGATAGAGTACAGGTGTAAAA  535
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCTCCTGTCTCAGACTCTGTAGTACTGGATAGAGTACAGGTGTAAAA  547

seq1  TATTATTCCAAGCTCAAAAACCCCTTATTAAATACTATGTGTGTCTTTAA  585
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATTCCAAGCTCAAAAACCCCTTATTAAATACTATGTGTGTCTTTAA  597

seq1  TGTGACTTTTTCCATGAAATGTGAATAAAAGTTTTCCTCACATAGGTGTG  635
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACTTTTTCCATGAAATGTGAATAAAAGTTTTCCTCACATAGGTGTG  647

seq1  ACCTCATCAACAACAATCTCAAAGAACACAAGTCTTGCTTAGTGACCTAG  685
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCATCAACAACAATCTCAAAGAACACAAGTCTTGCTTAGTGACCTAG  697

seq1  TGAACATGTTGCACTTACAGAATCATGGATGCTGTTTTCATTTTAATTAT  735
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACATGTTGCACTTACAGAATCATGGATGCTGTTTTCATTTTAATTAT  747

seq1  AGAAATCCAAGTGATTAAAAGAAAGTTGTAGCCCAGGCTGGTCTCGGACT  785
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATCCAAGTGATTAAAAGAAAGTTGTAGCCCAGGCTGGTCTCGGACT  797

seq1  TGTTAATCCTTCTGCCTCTGCCTCCTTAAGCAAATCCTACTAGTGAGTGC  835
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAATCCTTCTGCCTCTGCCTCCTTAAGCAAATCCTACTAGTGAGTGC  847

seq1  CTCAACTGGCAAAGGAGTCCCAAGAACCAGCAAGGACTGAGGGTACTGAA  885
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAACTGGCAAAGGAGTCCCAAGAACCAGCAAGGACTGAGGGTACTGAA  897

seq1  GGAGTCTTATCTGACATCAATGAAAGGGGAGGCCCTTGGTCCTGTGAAGG  935
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTCTTATCTGACATCAATGAAAGGGGAGGCCCTTGGTCCTGTGAAGG  947

seq1  CTTAATACCCCAGTGTAGAGAAATGCTAGGGTGGTGAGGTGGGAGAGCAC  985
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATACCCCAGTGTAGAGAAATGCTAGGGTGGTGAGGTGGGAGAGCAC  997

seq1  CCCCCTCCAGGCAGGTTAAGGGGACATGGGATAGTGGATTTGCAGAGGGG  1035
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCTCCAGGCAGGTTAAGGGGACATGGGATAGTGGATTTGCAGAGGGG  1047

seq1  AAACCAGGAAAGGGAAGAACATTTGAAATGTAAACAAATAAAACATCCAA  1085
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCAGGAAAGGGAAGAACATTTGAAATGTAAACAAATAAAACATCCAA  1097

seq1  TTAAAAAAAGCTCAATTGTGTCTTTCTAAAGCCTTCCCTAGTACAGGTTA  1135
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAAAAGCTCAATTGTGTCTTTCTAAAGCCTTCCCTAGTACAGGTTA  1147

seq1  AAAACTCAAAACAACTGAATTC  1157
      ||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTCAAAACAACTGAATTC  1169


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |