BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-319P02
Chromosome14 (Build37)
Map Location 86,897,836 - 87,034,255
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043311
Upstream geneLOC100043301, EG629815, LOC100043306, LOC100043778, LOC100043310
Downstream geneDiap3, EG665324, Tdrd3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-319P02.bB6Ng01-319P02.g
ACCGA109449GA109450
length1,1281,000
definitionB6Ng01-319P02.b B6Ng01-319P02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(86,897,836 - 86,898,963)(87,033,260 - 87,034,255)
sequence
gaattcattgtttttaatagatgaatagtacttcattgtgtaaatgtgcc
acattttctgtatttctctgttgagggatatctgggttctttccagcttc
tggctattataaataaggctgctatgaagatagaggagcatgtttccttg
tgatatgttggagattcttttgggtatatacccaggagtggtatagagtt
taagacttttgtaacaccactaatattgacacctggggtaacttgggaaa
taaaagactgaaacttggttgtgttggacctttcagcagttaaactggtc
ttgagtactctttgattccaaagagttctagtctgatcaaaacagaagaa
tcatctcttcacagatccaatcatgctacaatagcatccttgtaactcaa
gatgatataaattaatcttgtttattcccagctccaatataatgatcaaa
tacttcattaagaatcctggggttcttggctgatttgctttcattgcaga
gcagtgttagggatagatgggtcatattatctactttaattttattatat
aaataaatgtacttatttattcagctctggtatgcatgcttatagtcttt
cacaatttctacctcataaccttgtgagaaacacacttattacctatagt
ttatctacatggttatattagtcttaacaatattcagtcaaaatactgtt
tgctccagttccttagttggtttgtaattagggtaggtccaggtaagcaa
acttttaggatctgccttagagttctgcttttagatgcttagcctaaatg
agtattgaatgtatattgtgcccaatttttacaaaactaaagctcttcat
ttcagcagaataggctttactcttgagtgtattgtatttatgctttatta
tttttctatacaatactttggatgcctgagatgatcattataaatttctt
tttattattctaaatttgtattatccccttaagtagtatatgggatgctt
atagttcacaccttctagctataaaatacaaagcaattaaaaaaaatctt
tttattatgtacagaataatgcaaggtttgtagtaaatgcaaggctataa
ttgacccagtgtcccatctaaccaaaac
gaattctattgtttcctatccaactcctcttagttgtcccctatcctctc
ttgcttccttcttgtatttctaagcttttcttggttttatttacacatat
taaatactcttttatattgcgtgcttgatcattctggatcgtatgttttg
gccagcttctgtctgcaggctctgggctttattccctttctttctcagca
gtaagtttcttttccttggaacactattgttgaaaattctttaggctgaa
actgaatttgcgaatttgcatgtccttagcaaagagccccacttgctgaa
gccggttgtccgcagccccagctaacttggggtttcttggactaactgcc
ctagtcagtggggattctggctgcagagcccccatgagggctgcacatcc
tcagaggtgttacccattccactcagtaccaaggacagcgcaggcaactt
cccttgctctccctttcccttccatgttcatttcacattaaccttcccaa
taaagggcagacccttgcttcatcctgcctctttgcgatgcctagttttt
tgctagagtgatccaaatagagggacccccaggttcctgcttgagttcct
gccctgacttctctcagtaatggagagtgacctgagaactgtaaggtgaa
cctaagttgtttatggtcatggtggtttatcacagcaatagaaaccctaa
tttaggacatcctttctccctgcatgactgccccaaagggttcttctctc
tcaacacatccagcagacacctcagtttgaccagacaaaagtggcttttt
cttcctcatcacatacagacctgatttcatttttggacctctgcacattt
ctcaacctgggccactctttaagtacatcagaacttaaacacctttagaa
tattttttatctagaactttttagtggtttagcaagatgttcttgaagtc
atggatctgtcaaatgcctacaattaactagtttttgtctgtaccttcca

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_86897836_86898963
seq2: B6Ng01-319P02.b_50_1177

seq1  GAATTCATTGTTTTTAATAGATGAATAGTACTTCATTGTGTAAATGTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTGTTTTTAATAGATGAATAGTACTTCATTGTGTAAATGTGCC  50

seq1  ACATTTTCTGTATTTCTCTGTTGAGGGATATCTGGGTTCTTTCCAGCTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTTCTGTATTTCTCTGTTGAGGGATATCTGGGTTCTTTCCAGCTTC  100

seq1  TGGCTATTATAAATAAGGCTGCTATGAAGATAGAGGAGCATGTTTCCTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTATTATAAATAAGGCTGCTATGAAGATAGAGGAGCATGTTTCCTTG  150

seq1  TGATATGTTGGAGATTCTTTTGGGTATATACCCAGGAGTGGTATAGAGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATGTTGGAGATTCTTTTGGGTATATACCCAGGAGTGGTATAGAGTT  200

seq1  TAAGACTTTTGTAACACCACTAATATTGACACCTGGGGTAACTTGGGAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGACTTTTGTAACACCACTAATATTGACACCTGGGGTAACTTGGGAAA  250

seq1  TAAAAGACTGAAACTTGGTTGTGTTGGACCTTTCAGCAGTTAAACTGGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGACTGAAACTTGGTTGTGTTGGACCTTTCAGCAGTTAAACTGGTC  300

seq1  TTGAGTACTCTTTGATTCCAAAGAGTTCTAGTCTGATCAAAACAGAAGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTACTCTTTGATTCCAAAGAGTTCTAGTCTGATCAAAACAGAAGAA  350

seq1  TCATCTCTTCACAGATCCAATCATGCTACAATAGCATCCTTGTAACTCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTCTTCACAGATCCAATCATGCTACAATAGCATCCTTGTAACTCAA  400

seq1  GATGATATAAATTAATCTTGTTTATTCCCAGCTCCAATATAATGATCAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGATATAAATTAATCTTGTTTATTCCCAGCTCCAATATAATGATCAAA  450

seq1  TACTTCATTAAGAATCCTGGGGTTCTTGGCTGATTTGCTTTCATTGCAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTCATTAAGAATCCTGGGGTTCTTGGCTGATTTGCTTTCATTGCAGA  500

seq1  GCAGTGTTAGGGATAGATGGGTCATATTATCTACTTTAATTTTATTATAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGTTAGGGATAGATGGGTCATATTATCTACTTTAATTTTATTATAT  550

seq1  AAATAAATGTACTTATTTATTCAGCTCTGGTATGCATGCTTATAGTCTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAATGTACTTATTTATTCAGCTCTGGTATGCATGCTTATAGTCTTT  600

seq1  CACAATTTCTACCTCATAACCTTGTGAGAAACACACTTATTACCTATAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAATTTCTACCTCATAACCTTGTGAGAAACACACTTATTACCTATAGT  650

seq1  TTATCTACATGGTTATATTAGTCTTAACAATATTCAGTCAAAATACTGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTACATGGTTATATTAGTCTTAACAATATTCAGTCAAAATACTGTT  700

seq1  TGCTCCAGTTCCTTAGTTGGTTTGTAATTAGGGTAGGTCCAGGTAAGCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCCAGTTCCTTAGTTGGTTTGTAATTAGGGTAGGTCCAGGTAAGCAA  750

seq1  ACTTTTAGGATCTGCCTTAGAGTTCTGCTTTTAGATGCTTAGCCTAAATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTAGGATCTGCCTTAGAGTTCTGCTTTTAGATGCTTAGCCTAAATG  800

seq1  AGTATTGAATGTATATTGTGCCCAATTTTTACAAAACTAAAGCTCTTCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTGAATGTATATTGTGCCCAATTTTTACAAAACTAAAGCTCTTCAT  850

seq1  TTCAGCAGAATAGGCTTTACTCTTGAGTGTATTGTATTTATGCTTTATTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCAGAATAGGCTTTACTCTTGAGTGTATTGTATTTATGCTTTATTA  900

seq1  TTTTTCTATACAATACTTTGGATGCCTGAGATGATCATTATAAATTTCTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTATACAATACTTTGGATGCCTGAGATGATCATTATAAATTTCTT  950

seq1  TTTATTATTCTAAATTTGTATTATCCCCTTAAGTAGTATATTGGATTGCT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |
seq2  TTTATTATTCTAAATTTGTATTATCCCCTTAAGTAGTATATGGGATGCTT  1000

seq1  ATAGTTCACAACTTCTAGCTATAAAATACAAAGCAAT--AAAAAAATCTT  1048
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||
seq2  ATAGTTCACACCTTCTAGCTATAAAATACAAAGCAATTAAAAAAAATCTT  1050

seq1  TTAATTAATGTACAGA--TATGCAAAGTTTGTAATTAAATGCAAAGCTAT  1096
      || ||| |||||||||   |||||| |||||| | ||||||||| |||||
seq2  TTTATT-ATGTACAGAATAATGCAAGGTTTGT-AGTAAATGCAAGGCTAT  1098

seq1  AATTGGACCCAGTGCCCCATCTAACACAAAAC  1128
      |||| ||||||||| |||||||||| ||||||
seq2  AATT-GACCCAGTGTCCCATCTAAC-CAAAAC  1128

seq1: chr14_87033260_87034255
seq2: B6Ng01-319P02.g_72_1071 (reverse)

seq1  TGGAAGATACAGAC-AAAACTAGTTACTTGTA-GCA-TTGACAGATCCAT  47
      |||||| ||||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||
seq2  TGGAAGGTACAGACAAAAACTAGTTAATTGTAGGCATTTGACAGATCCAT  50

seq1  GACTTCAAGAACATCCTGCTAAAACCAACTAAAAGTTCTAGATAAAAAAT  97
      ||||||||||||||| |||| ||||||   ||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCAAGAACATCTTGCT-AAACCACTAAAAAGTTCTAGATAAAAAAT  99

seq1  ATTCTAAAGGTGTTTAAGTTCTGATGTACTTAAAG-GTGGCCCCAGGTTG  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||
seq2  ATTCTAAAGGTGTTTAAGTTCTGATGTACTTAAAGAGTGG-CCCAGGTTG  148

seq1  AGAAATGTGCAGAGGTCCAAAAATGAAATCAGGTCTGTATGTGATGAGGG  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AGAAATGTGCAGAGGTCCAAAAATGAAATCAGGTCTGTATGTGATGAGGA  198

seq1  AG-AAAAGCCACTTTTGTCTGGTCAAACTGAGGTGTCTGCTGGATGTGTT  245
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAAGCCACTTTTGTCTGGTCAAACTGAGGTGTCTGCTGGATGTGTT  248

seq1  GAGAGAGAAGAACCCTTTGGGGCAGTCATGCAGGGAGAAAGGATGTCCT-  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GAGAGAGAAGAACCCTTTGGGGCAGTCATGCAGGGAGAAAGGATGTCCTA  298

seq1  AATTAGGGTTTCTATTGCTGTGATAAACCACCATGACCATAAACAACTTA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAGGGTTTCTATTGCTGTGATAAACCACCATGACCATAAACAACTTA  348

seq1  GGTTCACCTTACAGTTCTCAGGTCACTCTCCATTACTGAGAGAAGTCAGG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCACCTTACAGTTCTCAGGTCACTCTCCATTACTGAGAGAAGTCAGG  398

seq1  GCAGGAACTCAAGCAGGAACCTGGGGGTCCCTCTATTTGGATCACTCTAG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGAACTCAAGCAGGAACCTGGGGGTCCCTCTATTTGGATCACTCTAG  448

seq1  CAAAAAACTAGGCATCGCAAAGAGGCAGGATGAAGCAAGGGTCTGCCCTT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAACTAGGCATCGCAAAGAGGCAGGATGAAGCAAGGGTCTGCCCTT  498

seq1  TATTGGGAAGGTTAATGTGAAATGAACATGGAAGGGAAAGGGAGAGCAAG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGGGAAGGTTAATGTGAAATGAACATGGAAGGGAAAGGGAGAGCAAG  548

seq1  GGAAGTTGCCTGCGCTGTCCTTGGTACTGAGTGGAATGGGTAACACCTCT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTTGCCTGCGCTGTCCTTGGTACTGAGTGGAATGGGTAACACCTCT  598

seq1  GAGGATGTGCAGCCCTCATGGGGGCTCTGCAGCCAGAATCCCCACTGACT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATGTGCAGCCCTCATGGGGGCTCTGCAGCCAGAATCCCCACTGACT  648

seq1  AGGGCAGTTAGTCCAAGAAACCCCAAGTTAGCTGGGGCTGCGGACAACCG  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCAGTTAGTCCAAGAAACCCCAAGTTAGCTGGGGCTGCGGACAACCG  698

seq1  GCTTCAGCAAGTGGGGCTCTTTGCTAAGGACATGCAAATTCGCAAATTCA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCAGCAAGTGGGGCTCTTTGCTAAGGACATGCAAATTCGCAAATTCA  748

seq1  GTTTCAGCCTAAAGAATTTTCAACAATAGTGTTCCAAGGAAAAGAAACTT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCAGCCTAAAGAATTTTCAACAATAGTGTTCCAAGGAAAAGAAACTT  798

seq1  ACTGCTGAGAAAGAAAGGGAATAAAGCCCAGAGCCTGCAGACAGAAGCTG  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTGAGAAAGAAAGGGAATAAAGCCCAGAGCCTGCAGACAGAAGCTG  848

seq1  GCCAAAACATACGATCCAGAATGATCAAGCACGCAATATAAAAGAGTATT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAAACATACGATCCAGAATGATCAAGCACGCAATATAAAAGAGTATT  898

seq1  TAATATGTGTAAATAAAACCAAGAAAAGCTTAGAAATACAAGAAGGAAGC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATGTGTAAATAAAACCAAGAAAAGCTTAGAAATACAAGAAGGAAGC  948

seq1  AAGAGAGGATAGGGGACAACTAAGAGGAGTTGGATAGGAAACAATAGAAT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAGGATAGGGGACAACTAAGAGGAGTTGGATAGGAAACAATAGAAT  998

seq1  TC  996
      ||
seq2  TC  1000