BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-324J20
Chromosome14 (Build37)
Map Location 35,687,996 - 35,819,470
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGrid1
Upstream geneGdf10, Gdf2, Rbp3, Zfp488, EG665754, EG432838, Antxrl, Anxa8, LOC100041131, LOC665768, Ppyr1, LOC100041163, Gprin2, Syt15, 3110001K24Rik, LOC623142, Glud1, LOC100041231, 2200001I15Rik, Sncg, Mmrn2, Bmpr1a, 9230112D13Rik, LOC665834, Ldb3, Opn4, 5830448L01Rik, Wapal, LOC100041341
Downstream gene4930596D02Rik, LOC100040277
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-324J20.bB6Ng01-324J20.g
ACCGA112881GA112882
length1,1231,065
definitionB6Ng01-324J20.b B6Ng01-324J20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(35,818,347 - 35,819,470)(35,687,996 - 35,689,064)
sequence
gaattctacacacaaacaagaggggattaaactctagaccaagaggacct
caggacccctgggatcccagctttacaaagtcaacggtctagctgggtga
cctacgaatcattctgcatgagcacaaggtaatgcctagagacaaagcac
agtgacatttctggatataaagtacatcaggtggcccgctaggcaacaca
gactaggcacacaaagccagccctcctgcccagggtgggtcaagtctctg
agggagaggatgtactggtatggcaatgccagtggcgtcacctgaagtcc
actctgtgcctatgtgacctccatgaccggagatgtgcaggaagctttta
tgaggactttggctccctggtggctctgtccacacagcatcctcctgacc
ttgtgataagttaagtaccattaacttccagatgagatttatataactac
tcctataccaacctgagtttaatatgtttcctctggagcccaccttggag
gaggtagcagcaaccagaatgaggaaggaaggctaaggagaggctgacag
attccagtcccctttcctggggcttttcaagtaccatgactgaagacgga
ccaattctgcccacactgaagagtaccagagagcctcagaactcactgga
cacaaaagttgtaccacagtctttgaagattgcattgaagaggcaggtaa
atacccaactcaaggacagatctctctgccagaagcaagatgtaggtagt
gtcaggcacagtggacaaaatcacctgctggcctcatcaggaaagagaca
tcagctgtaccaggatcagacagatggggtgggcacacctctaggacaaa
ggatataataatggcatcactgggacactcttgttaaagcagaggaggac
agaatgttggcaggtgagaggagagaccatcccagagggttgttctgtga
agggcagaagtctagaggtcatggcaatctaagggccatggctcaggtag
gactcagtagactctctctctgggtagatagagccctcagaatagaacag
cgggcagcttgcccagatcagctaagtgcaagaaagagaaggaattccag
atgccagcttatggcctcatgtg
gaattccaagaactccagttgatgctggaatgaacagacatctattatac
tctgtctatgtaccatcctatgcatacacacctatgacaaaattcagttt
gtatttaagacactgtaagagcttaacaataactaaaaattgtaaaatta
cagccatacatagtgatgtaagttatatgaatgaagtatctcttcttctc
aaaatattcttttctttcccccagccctccaagtgggaacaagggccttg
gtgctggcaaatgtgttagggagtcttgggggctgtggtggccgagtttg
taggaggtacagggagaaaggtgaggaaaccaactccagattgattcctg
aaagatggagagttttccagggaggtgggaagagcatctttaccatctca
gaagatgagctacaccaaggcagaatgaactctattgagagctgagtgct
ggttgagaatcgccaggggtccccaatacccccatggtcctagcatgtag
ctctgtgctcactgaagcacaccagtgaggctgactacacagccaaagaa
gaatgcttatgtaacacctcgaaatgcagtgctaccagaatggaaatgac
agagcagaccccatggttctattttaattctgcgaattcccttccagttc
ctggtccatgggcatatttttaatcaaagcacaactacagttttggttaa
cggctttctttattatactgtaaacatttttcactgttgctacagagttt
ccgtaattaccatttcaatggctgcatgaattggccattaagttgatgtt
ctttaattttcttaagcatcccccttcatgagaggtttagattgtcttcc
agttctggatgttataagtcacatagtgacaaacatctccatggagtagc
cctttctacctaatgagcgcttcttagaaaaagtgaggtgcctcagacca
caggaggaggtggttttgtttttgttttgttttttgtggtccttggaata
gaatgactcaaattgtttcagaatgagtcatttggatctgatgtgtattg
agctatgatgagttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_35818347_35819470
seq2: B6Ng01-324J20.b_48_1170 (reverse)

seq1  CACATGA-GCCATAAGCTGGCATCTGGATTTCCTTTCTCCTTC-TGCACT  48
      ||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||| ||| ||||||
seq2  CACATGAGGCCATAAGCTGGCATCTGGAATTCC-TTCTCTTTCTTGCACT  49

seq1  TAGCTGATCTGGGGCAAAGCTGCCCGCTG-TCTA-TCTGAGGGCTCTAAT  96
      |||||||||||||   ||||||||||||| |||| |||||||||||| ||
seq2  TAGCTGATCTGGG--CAAGCTGCCCGCTGTTCTATTCTGAGGGCTCT-AT  96

seq1  CTA-CCAGAGAGGAGAGTCTACTGAGTCCTACCTGAGCCATGGCCC-TAG  144
      ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CTACCCAGAGA-GAGAGTCTACTGAGTCCTACCTGAGCCATGGCCCTTAG  145

seq1  ATTGCCATGACCTCTAGACTTCTGCCCTTCCACAGAACAACCCTCTGGGA  194
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCCATGACCTCTAGACTTCTGCCCTT-CACAGAACAACCCTCTGGGA  194

seq1  TGGTCTCTCCTCTCACCTGCCAACATTCTGTCCTCCTCTGCTTTAACAAG  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCTCTCCTCTCACCTGCCAACATTCTGTCCTCCTCTGCTTTAACAAG  244

seq1  AGTGTCCCAGTGATGCCATTATTATATCCTTTGTCCTAGAGGTGTGCCCA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTCCCAGTGATGCCATTATTATATCCTTTGTCCTAGAGGTGTGCCCA  294

seq1  CCCCATCTGTCTGATCCTGGTACAGCCTGATGTCTCTTTCCTGATGAGGC  344
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATCTGTCTGATCCTGGTACAG-CTGATGTCTCTTTCCTGATGAGGC  343

seq1  CAGCAGGTGATTTTGTCCACTGTGCCTGACACTACCTACATCTTGCTTCT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGGTGATTTTGTCCACTGTGCCTGACACTACCTACATCTTGCTTCT  393

seq1  GGCAGAGAGATCTGTCCTTGAGTTGGGTATTTACCTGCCTCTTCAATGCA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAGAGATCTGTCCTTGAGTTGGGTATTTACCTGCCTCTTCAATGCA  443

seq1  ATCTTCAAAGACTGTGGTACAACTTTTGTGTCCAGTGAGTTCTGAGGCTC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCAAAGACTGTGGTACAACTTTTGTGTCCAGTGAGTTCTGAGGCTC  493

seq1  TCTGGTACTCTTCAGTGTGGGCAGAATTGGTCCGTCTTCAGTCATGGTAC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTACTCTTCAGTGTGGGCAGAATTGGTCCGTCTTCAGTCATGGTAC  543

seq1  TTGAAAAGCCCCAGGAAAGGGGACTGGAATCTGTCAGCCTCTCCTTAGCC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAAGCCCCAGGAAAGGGGACTGGAATCTGTCAGCCTCTCCTTAGCC  593

seq1  TTCCTTCCTCATTCTGGTTGCTGCTACCTCCTCCAAGGTGGGCTCCAGAG  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTCCTCATTCTGGTTGCTGCTACCTCCTCCAAGGTGGGCTCCAGAG  643

seq1  GAAACATATTAAACTCAGGTTGGTATAGGAGTAGTTATATAAATCTCATC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACATATTAAACTCAGGTTGGTATAGGAGTAGTTATATAAATCTCATC  693

seq1  TGGAAGTTAATGGTACTTAACTTATCACAAGGTCAGGAGGATGCTGTGTG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGTTAATGGTACTTAACTTATCACAAGGTCAGGAGGATGCTGTGTG  743

seq1  GACAGAGCCACCAGGGAGCCAAAGTCCTCATAAAAGCTTCCTGCACATCT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGAGCCACCAGGGAGCCAAAGTCCTCATAAAAGCTTCCTGCACATCT  793

seq1  CCGGTCATGGAGGTCACATAGGCACAGAGTGGACTTCAGGTGACGCCACT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGTCATGGAGGTCACATAGGCACAGAGTGGACTTCAGGTGACGCCACT  843

seq1  GGCATTGCCATACCAGTACATCCTCTCCCTCAGAGACTTGACCCACCCTG  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATTGCCATACCAGTACATCCTCTCCCTCAGAGACTTGACCCACCCTG  893

seq1  GGCAGGAGGGCTGGCTTTGTGTGCCTAGTCTGTGTTGCCTAGCGGGCCAC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGAGGGCTGGCTTTGTGTGCCTAGTCTGTGTTGCCTAGCGGGCCAC  943

seq1  CTGATGTACTTTATATCCAGAAATGTCACTGTGCTTTGTCTCTAGGCATT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGTACTTTATATCCAGAAATGTCACTGTGCTTTGTCTCTAGGCATT  993

seq1  ACCTTGTGCTCATGCAGAATGATTCGTAGGTCACCCAGCTAGACCGTTGA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGTGCTCATGCAGAATGATTCGTAGGTCACCCAGCTAGACCGTTGA  1043

seq1  CTTTGTAAAGCTGGGATCCCAGGGGTCCTGAGGTCCTCTTGGTCTAGAGT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTAAAGCTGGGATCCCAGGGGTCCTGAGGTCCTCTTGGTCTAGAGT  1093

seq1  TTAATCCCCTCTTGTTTGTGTGTAGAATTC  1124
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCCCCTCTTGTTTGTGTGTAGAATTC  1123

seq1: chr14_35687996_35689064
seq2: B6Ng01-324J20.g_64_1128

seq1  GAATTCCAAGAACTCCAGTTGATGCTGGAATGAACAGACATCTATTATAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAGAACTCCAGTTGATGCTGGAATGAACAGACATCTATTATAC  50

seq1  TCTGTCTATGTACCATCCTATGCATACACACCTATGACAAAATTCAGTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTATGTACCATCCTATGCATACACACCTATGACAAAATTCAGTTT  100

seq1  GTATTTAAGACACTGTAAGAGCTTAACAATAACTAAAAATTGTAAAATTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTAAGACACTGTAAGAGCTTAACAATAACTAAAAATTGTAAAATTA  150

seq1  CAGCCATACATAGTGATGTAAGTTATATGAATGAAGTATCTCTTCTTCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCATACATAGTGATGTAAGTTATATGAATGAAGTATCTCTTCTTCTC  200

seq1  AAAATATTCTTTTCTTTCCCCCAGCCCTCCAAGTGGGAACAAGGGCCTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATTCTTTTCTTTCCCCCAGCCCTCCAAGTGGGAACAAGGGCCTTG  250

seq1  GTGCTGGCAAATGTGTTAGGGAGTCTTGGGGGCTGTGGTGGCCGAGTTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGGCAAATGTGTTAGGGAGTCTTGGGGGCTGTGGTGGCCGAGTTTG  300

seq1  TAGGAGGTACAGGGAGAAAGGTGAGGAAACCAACTCCAGATTGATTCCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAGGTACAGGGAGAAAGGTGAGGAAACCAACTCCAGATTGATTCCTG  350

seq1  AAAGATGGAGAGTTTTCCAGGGAGGTGGGAAGAGCATCTTTACCATCTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATGGAGAGTTTTCCAGGGAGGTGGGAAGAGCATCTTTACCATCTCA  400

seq1  GAAGATGAGCTACACCAAGGCAGAATGAACTCTATTGAGAGCTGAGTGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATGAGCTACACCAAGGCAGAATGAACTCTATTGAGAGCTGAGTGCT  450

seq1  GGTTGAGAATCGCCAGGGGTCCCCAATACCCCCATGGTCCTAGCATGTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGAGAATCGCCAGGGGTCCCCAATACCCCCATGGTCCTAGCATGTAG  500

seq1  CTCTGTGCTCACTGAAGCACACCAGTGAGGCTGACTACACAGCCAAAGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTGCTCACTGAAGCACACCAGTGAGGCTGACTACACAGCCAAAGAA  550

seq1  GAATGCTTATGTAACACCTCGAAATGCAGTGCTACCAGAATGGAAATGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGCTTATGTAACACCTCGAAATGCAGTGCTACCAGAATGGAAATGAC  600

seq1  AGAGCAGACCCCATGGTTCTATTTTAATTCTGCGAATTCCCTTCCAGTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCAGACCCCATGGTTCTATTTTAATTCTGCGAATTCCCTTCCAGTTC  650

seq1  CTGGTCCATGGGCATATTTTTAATCAAAGCACAACTACAGTTTTGGTTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCCATGGGCATATTTTTAATCAAAGCACAACTACAGTTTTGGTTAA  700

seq1  CGGCTTTCTTTATTATACTGTAAACATTTTTCACTGTTGCTACAGAGTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCTTTCTTTATTATACTGTAAACATTTTTCACTGTTGCTACAGAGTTT  750

seq1  CCGTAATTACCATTTCAATGGCTGCATGAATTGGCCATTAAGTTGATGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTAATTACCATTTCAATGGCTGCATGAATTGGCCATTAAGTTGATGTT  800

seq1  CTTTAATTTTCTTAAGCATCCCCCTTCATGAGAGGTTTAGATTGTCTTCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAATTTTCTTAAGCATCCCCCTTCATGAGAGGTTTAGATTGTCTTCC  850

seq1  AGTTCTGGATGTTATAAGTCACATAGTGACAAACATCTCCATGGAGTAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTGGATGTTATAAGTCACATAGTGACAAACATCTCCATGGAGTAGC  900

seq1  CCTTTCTACCTAATGAGCGCTTCTTAGAAAAAGTGAGGTGCCTCAGGACC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CCTTTCTACCTAATGAGCGCTTCTTAGAAAAAGTGAGGTGCCTCA-GACC  949

seq1  ACAGGAGGAGGTGGTTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTTGTGGTCCTTGGA  1000
      |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAGGAGGTGG-TTTTGTTTTTG-TTTTGTTTTTTGTGGTCCTTGGA  997

seq1  ATAGTAGTGACTCAAAATTGTTTTCAGAAAGAGTCATTTGGATCTGAGTG  1050
      |||| | |||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||
seq2  ATAG-AATGACTC-AAATTG-TTTCAGAATGAGTCATTTGGATCTGA-TG  1043

seq1  TG-ATTGAG--AAGATGAGTTT  1069
      || ||||||  | |||||||||
seq2  TGTATTGAGCTATGATGAGTTT  1065