BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-325F01
Chromosome14 (Build37)
Map Location 5,969,943 - 6,070,198
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041243, EG666684, LOC100041268
Upstream geneLOC100041306, LOC100041024, LOC100041336, EG666815, LOC666808, EG666800, LOC100041374, 4930555G01Rik, EG666772, LOC666765, LOC100041401, LOC100041105, EG666750, LOC666743, LOC100041447, LOC673138, LOC666740, LOC641258, LOC673685, LOC100041158, LOC100041501, LOC100041515, LOC100041184, EG666706, LOC100041195, LOC100041545, LOC100041565, LOC100041215, LOC100041226, ENSMUSG00000057445, LOC100041598
Downstream geneLOC100041279, LOC100041651, LOC100041287, LOC100041299, LOC666637, EG622640, LOC100041333, LOC100041678, LOC100041702, LOC100041363, LOC100041721, LOC100041784, LOC100041735, LOC100041406, LOC100041825, LOC100041421, LOC100041817, LOC100041431, LOC100041438, LOC100041442, LOC100041848, LOC100041456, LOC100041758, LOC100041470, LOC100041804, LOC100041487, LOC100041747, LOC100041507, LOC100041836, LOC100041728, LOC100041774, LOC100041530, LOC100041540, LOC100041840, EG666844, LOC666851
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-325F01.bB6Ng01-325F01.g
ACCGA113405GA113406
length1,220975
definitionB6Ng01-325F01.b B6Ng01-325F01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(6,068,985 - 6,070,198)(5,969,943 - 5,970,913)
sequence
gaattcattctttttaatagctgagtagttcttcattgtacaaatgtacc
atatttcctgtatccattcctcttttgatggaaatcttggttctttccag
ctactggctatcttaattaaggctgctatgaacataatggagctagtgca
gattcaaggcaatttatatactacatacctataaatcattgttgttacct
gacttgaaagggacacagcaagtcagactcatctgtcatttggggacaat
aagacttgagagtaacttttaggatttttcatgtttaagacatgcttaag
tagaggaccaaaagggaaacgtggctgttatcagtctgcaatcagttgac
ccctagaaaggttgttatagttaagtgctatatgactctacaaatcttag
tgtaaggggtcagattaaccctgcaattgaaaacattaccaaaccaggaa
tgtactatgctgagcactcacagagagttatgaggagctgccttaggctc
cttttacagcaagtaaaaatagacaaagagatcaaatatcctaataccac
aagatgataaaactgacaactgtagattgcactcagtatcagcgagttta
gtttcttgtgcatctacagattgtcatgcaacatctgcctcagggacagt
acataaggagatggctgctcaatagcatgacaaacaaacaagaagagcca
tagcctctagccctctgctctggatgctgagacttaaaagtcttagtttg
tcaccacctgtcccaggactgctggcatcatttcttgcatatgtttactc
tagcacttgtctaactttggtacaaacacagtggacagtcccacagccca
cagaggagactccattaccaggcactcactctatcacgaccaggatctta
gaatcccaggatcccagaatcccaggagttagtcaacacaagaatcttta
gagtctcacaggcaacttttctcccagggactgcgacacaacccaaatct
caaggttcaggatcccggactttacacctgtattcctaagaagcttaatg
atcatgacaggatgcagctcgactgagtgtgtgaagagaataccagacat
gttcaacgcctgaagatcctgttgtctagacatcctaaagcctcctgcag
agtgtgcctcacagatgcatcttggcactccaagtgtacatactgttttt
aaattaaaattactctttaa
gaattcaacattggaaaatcactaacagcactgtgaagttttctaaggtg
gacagcaggaagcctgtccttttcctatcctctccctcagcccctcttcc
cctacctgtgtaggattttgaggtcgaatgtgcattgtgcactgctgctg
caaggtagctcttccctgtggctgtgctgaagcagctggccagggaagcc
tgggagctgaggctccagcctgtggattctctttcctcagactttagtct
gcagcagggagtggtgttctctcctgtggatgtgtgtatatatattcttt
actttatactttgttcacgtagttcggtgcattcttccaggcattctgga
tgggcgctttagcctagacatttatttcggcatattgtcatcttgggctg
catgcctgtcctctcttgtttctgtgtcctcaccatgcccttcccagctt
cctgttagccaaagggaatcactctttctgaaacaaaagctctcagagca
gagctgaacctcccagaaaatgctcttctctacctaatgcgccagatggg
ggtgggcccgaagctaaacagcactgtagaggtggcctaaaggaccggaa
gccccggacagaggtgcggaggtaaggtcctagcaatggtgctgagtgag
ggtccgtaagacccagttcttctcctgtgcagagggaacttttacttagc
tggaatggtaccttgtggtccgagcatgtggagggattcggggttcagag
tgcaccccagaacataggagatagctccatgtccccctttccctcaagag
ccttctcctcactcctgctgcctagaacaaggggaggaggatctccactg
ccttgcctgctgcatcatgcccctgcctatctctactcttccatttcctc
tgagcccctccagaccctaggaggagtgagagggaagtcccttcgaggcc
tatctccgacctctgtcatctcatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_6068985_6070198
seq2: B6Ng01-325F01.b_48_1267 (reverse)

seq1  TTAAAG-GTAATTTTAATTTTAAAAACAGTATATGTCACTT-GAGTGCAA  48
      |||||| |||||||||| |||||||||||||| |  ||||| |||||| |
seq2  TTAAAGAGTAATTTTAA-TTTAAAAACAGTATGT-ACACTTGGAGTGCCA  48

seq1  AGATGCATCTGTGAGCCACA-TCTGCAG--AGCTTAAGAATGTCTAGACA  95
      ||||||||||||||| |||| |||||||   |||| || |||||||||||
seq2  AGATGCATCTGTGAGGCACACTCTGCAGGAGGCTTTAGGATGTCTAGACA  98

seq1  ACAGGATC-TCA-GCGTTGAACATGTCCTGTATCTTCTTCACACACTCAG  143
      |||||||| ||| ||||||||||||||  ||||  |||||||||||||||
seq2  ACAGGATCTTCAGGCGTTGAACATGTCTGGTATTCTCTTCACACACTCAG  148

seq1  TCCGAGCTGCATCCTTGTCATTGATCATTAAAGCTCTAAGG-ATACAGGT  192
      | |||||||||||| ||||| ||||||||||   ||| ||| ||||||||
seq2  T-CGAGCTGCATCC-TGTCA-TGATCATTAAGCTTCTTAGGAATACAGGT  195

seq1  GTAAAATTCCGGGATCCTG-ACCCTGAGATTTGGG-TGTGTCGCAGTCCC  240
      || ||| |||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GT-AAAGTCCGGGATCCTGAACCTTGAGATTTGGGTTGTGTCGCAGTCCC  244

seq1  TGGGAGAAAAGTTGCCTGTGAGACTCT-AAGATTCTTGTG-TGACTAACT  288
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||
seq2  TGGGAGAAAAGTTGCCTGTGAGACTCTAAAGATTCTTGTGTTGACTAACT  294

seq1  CCTGGGATTCTGGGATCCTGGGATTCTAAGATCCTGGTCGTGATAGAGTG  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGATTCTGGGATCCTGGGATTCTAAGATCCTGGTCGTGATAGAGTG  344

seq1  AGTGCCTGGTAATGGAGTCTCCTCTGTGGGCTGTGGGACTGTCCACTGTG  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCCTGGTAATGGAGTCTCCTCTGTGGGCTGTGGGACTGTCCACTGTG  394

seq1  TTTGTACCAAAGTTAGACAAGTGCTAGAGTAAACATATGCAAGAAATGAT  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTACCAAAGTTAGACAAGTGCTAGAGTAAACATATGCAAGAAATGAT  444

seq1  GCCAGCAGTCCTGGGACAGGTGGTGACAAACTAAGACTTTTAAGTCTCAG  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCAGTCCTGGGACAGGTGGTGACAAACTAAGACTTTTAAGTCTCAG  494

seq1  CATCCAGAGCAGAGGGCTAGAGGCTATGGCTCTTCTTGTTTGTTTGTCAT  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCAGAGCAGAGGGCTAGAGGCTATGGCTCTTCTTGTTTGTTTGTCAT  544

seq1  GCTATTGAGCAGCCATCTCCTTATGTACTGTCCCTGAGGCAGATGTTGCA  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATTGAGCAGCCATCTCCTTATGTACTGTCCCTGAGGCAGATGTTGCA  594

seq1  TGACAATCTGTAGATGCACAAGAAACTAAACTCGCTGATACTGAGTGCAA  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAATCTGTAGATGCACAAGAAACTAAACTCGCTGATACTGAGTGCAA  644

seq1  TCTACAGTTGTCAGTTTTATCATCTTGTGGTATTAGGATATTTGATCTCT  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACAGTTGTCAGTTTTATCATCTTGTGGTATTAGGATATTTGATCTCT  694

seq1  TTGTCTATTTTTACTTGCTGTAAAAGGAGCCTAAGGCAGCTCCTCATAAC  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTATTTTTACTTGCTGTAAAAGGAGCCTAAGGCAGCTCCTCATAAC  744

seq1  TCTCTGTGAGTGCTCAGCATAGTACATTCCTGGTTTGGTAATGTTTTCAA  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGTGAGTGCTCAGCATAGTACATTCCTGGTTTGGTAATGTTTTCAA  794

seq1  TTGCAGGGTTAATCTGACCCCTTACACTAAGATTTGTAGAGTCATATAGC  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGGGTTAATCTGACCCCTTACACTAAGATTTGTAGAGTCATATAGC  844

seq1  ACTTAACTATAACAACCTTTCTAGGGGTCAACTGATTGCAGACTGATAAC  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAACTATAACAACCTTTCTAGGGGTCAACTGATTGCAGACTGATAAC  894

seq1  AGCCACGTTTCCCTTTTGGTCCTCTACTTAAGCATGTCTTAAACATGAAA  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACGTTTCCCTTTTGGTCCTCTACTTAAGCATGTCTTAAACATGAAA  944

seq1  AATCCTAAAAGTTACTCTCAAGTCTTATTGTCCCCAAATGACAGATGAGT  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCTAAAAGTTACTCTCAAGTCTTATTGTCCCCAAATGACAGATGAGT  994

seq1  CTGACTTGCTGTGTCCCTTTCAAGTCAGGTAACAACAATGATTTATAGGT  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTTGCTGTGTCCCTTTCAAGTCAGGTAACAACAATGATTTATAGGT  1044

seq1  ATGTAGTATATAAATTGCCTTGAATCTGCACTAGCTCCATTATGTTCATA  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGTATATAAATTGCCTTGAATCTGCACTAGCTCCATTATGTTCATA  1094

seq1  GCAGCCTTAATTAAGATAGCCAGTAGCTGGAAAGAACCAAGATTTCCATC  1138
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCCTTAATTAAGATAGCCAGTAGCTGGAAAGAACCAAGATTTCCATC  1144

seq1  AAAAGAGGAATGGATACAGGAAATATGGTACATTTGTACAATGAAGAACT  1188
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAGGAATGGATACAGGAAATATGGTACATTTGTACAATGAAGAACT  1194

seq1  ACTCAGCTATTAAAAAGAATGAATTC  1214
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGCTATTAAAAAGAATGAATTC  1220

seq1: chr14_5969943_5970913
seq2: B6Ng01-325F01.g_66_1040

seq1  GAATTCAACATTGGAAAATCACTAACAGCACTGTGAAGTTTTCTAAGGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACATTGGAAAATCACTAACAGCACTGTGAAGTTTTCTAAGGTG  50

seq1  GACAGCAGGAAGCCTGTCCTTTTCCTATCCTCTCCCTCAGCCCCTCTTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGCAGGAAGCCTGTCCTTTTCCTATCCTCTCCCTCAGCCCCTCTTCC  100

seq1  CCTACCTGTGTAGGATTTTGAGGTCGAATGTGCATTGTGCACTGCTGCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACCTGTGTAGGATTTTGAGGTCGAATGTGCATTGTGCACTGCTGCTG  150

seq1  CAAGGTAGCTCTTCCCTGTGGCTGTGCTGAAGCAGCTGGCCAGGGAAGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTAGCTCTTCCCTGTGGCTGTGCTGAAGCAGCTGGCCAGGGAAGCC  200

seq1  TGGGAGCTGAGGCTCCAGCCTGTGGATTCTCTTTCCTCAGACTTTAGTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGCTGAGGCTCCAGCCTGTGGATTCTCTTTCCTCAGACTTTAGTCT  250

seq1  GCAGCAGGGAGTGGTGTTCTCTCCTGTGGATGTGTGTATATATATTCTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCAGGGAGTGGTGTTCTCTCCTGTGGATGTGTGTATATATATTCTTT  300

seq1  ACTTTATACTTTGTTCACGTAGTTCGGTGCATTCTTCCAGGCATTCTGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTATACTTTGTTCACGTAGTTCGGTGCATTCTTCCAGGCATTCTGGA  350

seq1  TGGGCGCTTTAGCCTAGACATTTATTTCGGCATATTGTCATCTTGGGCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCGCTTTAGCCTAGACATTTATTTCGGCATATTGTCATCTTGGGCTG  400

seq1  CATGCCTGTCCTCTCTTGTTTCTGTGTCCTCACCATGCCCTTCCCAGCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCTGTCCTCTCTTGTTTCTGTGTCCTCACCATGCCCTTCCCAGCTT  450

seq1  CCTGTTAGCCAAAGGGAATCACTCTTTCTGAAACAAAAGCTCTCAGAGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTAGCCAAAGGGAATCACTCTTTCTGAAACAAAAGCTCTCAGAGCA  500

seq1  GAGCTGAACCTCCCAGAAAATGCTCTTCTCTACCTAATGCGCCAGATGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGAACCTCCCAGAAAATGCTCTTCTCTACCTAATGCGCCAGATGGG  550

seq1  GGTGGGCCCGAAGCTAAACAGCACTGTAGAGGTGGCCTAAAGGACCGGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGCCCGAAGCTAAACAGCACTGTAGAGGTGGCCTAAAGGACCGGAA  600

seq1  GCCCCGGACAGAGGTGCGGAGGTAAGGTCCTAGCAATGGTGCTGAGTGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCGGACAGAGGTGCGGAGGTAAGGTCCTAGCAATGGTGCTGAGTGAG  650

seq1  GGTCCGTAAGACCCAGTTCTTCTCCTGTGCAGAGGGAACTTTTACTTAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCGTAAGACCCAGTTCTTCTCCTGTGCAGAGGGAACTTTTACTTAGC  700

seq1  TGGAATGGTACCTTGTGGTCCGAGCATGTGGAGGGATTCGGGGTTCAGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATGGTACCTTGTGGTCCGAGCATGTGGAGGGATTCGGGGTTCAGAG  750

seq1  TGCACCCCAGAACATAGGAGATAGCTCCATGTCCCCCTTTCCCTCAGGAG  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TGCACCCCAGAACATAGGAGATAGCTCCATGTCCCCCTTTCCCTCAAGAG  800

seq1  CCTTCTCCTCACTCCTGCTGCCTAGAACAAGGGGAGGAGGATCTCCACTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTCCTCACTCCTGCTGCCTAGAACAAGGGGAGGAGGATCTCCACTG  850

seq1  CCTGGCCTGCTGCATCATGCCCCTGCCTATCTCTACTC-TCCATTTCCTC  899
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CCTTGCCTGCTGCATCATGCCCCTGCCTATCTCTACTCTTCCATTTCCTC  900

seq1  TGAG-CCCTCCAGACCCTAGGAGGAGTGAGAGGGAGGT-CCTTCGAGGCT  947
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| 
seq2  TGAGCCCCTCCAGACCCTAGGAGGAGTGAGAGGGAAGTCCCTTCGAGGCC  950

seq1  TATCT-CGACATCTGTCATCTCATT  971
      ||||| |||| ||||||||||||||
seq2  TATCTCCGACCTCTGTCATCTCATT  975