BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-325P18
Chromosome14 (Build37)
Map Location 23,635,518 - 23,767,254
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700112E06Rik
Upstream geneVdac2, Comtd1, Zfp503, EG665075, EG435392, LOC665068
Downstream geneKcnma1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-325P18.bB6Ng01-325P18.g
ACCGA113906GA113907
length1,1561,118
definitionB6Ng01-325P18.b B6Ng01-325P18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(23,635,518 - 23,636,681)(23,766,130 - 23,767,254)
sequence
gaattcagtgtgtctagctcaacagccagcacctttacccactgagctga
gtcaccaccacccacggtgataagtcttttcacatagaactcactctgta
gctaagactagccttgaacttttaacaacccccttccaaaactttaccaa
agttgggtttgtaagcaggagccactatacccagccacattcacatttaa
atggaacctttaagattttccttcctcatataaagattgggttaacaatt
tcaggttggcctggcaagacagctcagtgtggagagcacttgctactctt
gaaaaggctcctgcttcatttccagagcctctgtctggtagcctacaact
acccgtaatttcagctttgagaaatgcagtgtcctctttttctctctgtg
tgcacagacatggcatacattcacacacacacacacacacacacacacac
acacacacacaatatttaaaaatagactaagaggccattaagattgtcct
tatctgtttagatttctgtttcatattgataactttctgtgcatttgaaa
gtttgaattatctcatttaaaaagcttcccagagactcaagagatgggtc
aggggttaagggcacttattgccactgcagaggacctgggttcagttacc
agcacccacctggctgctctcagccacatgttaactccaattccatggaa
tcggatgcactctcttggactccataggctcctactcatacatggtgtac
ataaacccataaaggctcacacacacatatacaaatacataaaaacataa
gtatttaaaaataaatacattaaaaagttcctaaccataataactttgaa
cctccaaagaatgaagtctgaaatataaatatgtttaaatgaaattgata
ataattttttttctcctctaatatcatgtttacttcattctaatttacta
ccaaacttatattttgcaaaagagctttgaatacacaattattttcatac
aagtgcagcaggttgtctcattaagcttgcagagatcagccccgtgtgat
cccagaaaatattcttgcatcgatccctcattaaatgctcttctaaatgt
ctcatttatcaatagaacataaaaaactgaacgatatgtaagggagggca
gatgac

gaattcaatgaatgcagctctaacatgataaagtatcaccctacagccca
tagcaagttaaagtggagagacaactgacaatgatgggtgtgtgaagatc
ctgtctgacattccagaagagatgtttgaaatataaatgtggataaagca
ctttagactctacactacactatgctgtcagctagcaaagtgatattgaa
gacagtttcatctgttaactcgccttaatttttctcaataaaatgctagg
tattacaaatatcatagtcagtgtatatttgtcctctcaagatccagaaa
gcaagctagcatcatttagtctcaaagtagccaacaaaaccccagaaaat
tctaggccacagctaaatgttcattcaggttacctttgagcatcactcaa
gttaggatgcagggatagaggtatgagatggataggaagtaaatgtctgg
gcactgtccaggctattctgagcaccactcagaaatgggatgcatggata
ggggtatgtgacggacaggaagtgaaggactttatgtccaggttattctg
aacattactcagagatgggctgcagggatggagcacagttactgactaat
tagtagaagaacaagcattactcagcatgagacaacgccatttttgaaaa
cagaatgtataagagaatgcaaaacacaaagagccatccgtcaatgttat
atctatcatacttaacatttggaactggacctgcctgtcttagctgagct
tgactttcacatttctgggtagtagaagacagcacagtgctaaagcagaa
cactagactaagcataatagtcctttgtcttaatctgcatctaacaagtc
atggggggataccttgcatctgttctttcacctgttcatcaaaatgtgag
atgagttcaccccatgggtctctgcatagtgcaaaatcagactagatcag
agacttgagaggtgtaaaagctttaggttttgcctatccaagaaaagaaa
ggaaaaccataaatggatggacattgtatcttcatagaagatgtgatgtt
tgtacttgggaaaagaatgccgaagataccaacacaaaagaataccttat
gtgcacatctttccagga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_23635518_23636681
seq2: B6Ng01-325P18.b_47_1202

seq1  GAATTCAGTGTGTCTAGCTCAACAGCCAGCACCTTTACCCACTGAGCTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGTGTCTAGCTCAACAGCCAGCACCTTTACCCACTGAGCTGA  50

seq1  GTCACCACCACCCACGGTGATAAGTCTTTTCACATAGAACTCACTCTGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACCACCACCCACGGTGATAAGTCTTTTCACATAGAACTCACTCTGTA  100

seq1  GCTAAGACTAGCCTTGAACTTTTAACAACCCCCTTCCAAAACTTTACCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAGACTAGCCTTGAACTTTTAACAACCCCCTTCCAAAACTTTACCAA  150

seq1  AGTTGGGTTTGTAAGCAGGAGCCACTATACCCAGCCACATTCACATTTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGGGTTTGTAAGCAGGAGCCACTATACCCAGCCACATTCACATTTAA  200

seq1  ATGGAACCTTTAAGATTTTCCTTCCTCATATAAAGATTGGGTTAACAATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAACCTTTAAGATTTTCCTTCCTCATATAAAGATTGGGTTAACAATT  250

seq1  TCAGGTTGGCCTGGCAAGACAGCTCAGTGTGGAGAGCACTTGCTACTCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTTGGCCTGGCAAGACAGCTCAGTGTGGAGAGCACTTGCTACTCTT  300

seq1  GAAAAGGCTCCTGCTTCATTTCCAGAGCCTCTGTCTGGTAGCCTACAACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGGCTCCTGCTTCATTTCCAGAGCCTCTGTCTGGTAGCCTACAACT  350

seq1  ACCCGTAATTTCAGCTTTGAGAAATGCAGTGTCCTCTTTTTCTCTCTGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCGTAATTTCAGCTTTGAGAAATGCAGTGTCCTCTTTTTCTCTCTGTG  400

seq1  TGCACAGACATGGCATACATTCACACACACACACACACACACACACACAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACAGACATGGCATACATTCACACACACACACACACACACACACACAC  450

seq1  ACACACACACAATATTTAAAAATAGACTAAGAGGCCATTAAGATTGTCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACAATATTTAAAAATAGACTAAGAGGCCATTAAGATTGTCCT  500

seq1  TATCTGTTTAGATTTCTGTTTCATATTGATAACTTTCTGTGCATTTGAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTGTTTAGATTTCTGTTTCATATTGATAACTTTCTGTGCATTTGAAA  550

seq1  GTTTGAATTATCTCATTTAAAAAGCTTCCCAGAGACTCAAGAGATGGGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGAATTATCTCATTTAAAAAGCTTCCCAGAGACTCAAGAGATGGGTC  600

seq1  AGGGGTTAAGGGCACTTATTGCCACTGCAGAGGACCTGGGTTCAGTTACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTTAAGGGCACTTATTGCCACTGCAGAGGACCTGGGTTCAGTTACC  650

seq1  AGCACCCACCTGGCTGCTCTCAGCCACATGTTAACTCCAATTCCATGGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACCCACCTGGCTGCTCTCAGCCACATGTTAACTCCAATTCCATGGAA  700

seq1  TCGGATGCACTCTCTTGGACTCCATAGGCTCCTACTCATACATGGTGTAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGATGCACTCTCTTGGACTCCATAGGCTCCTACTCATACATGGTGTAC  750

seq1  ATAAACCCATAAAGGCTCACACACACATATACAAATACATAAAAACATAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACCCATAAAGGCTCACACACACATATACAAATACATAAAAACATAA  800

seq1  GTATTTAAAAATAAATACATTAAAAAGTTCCTAACCATAATAACTTTGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTAAAAATAAATACATTAAAAAGTTCCTAACCATAATAACTTTGAA  850

seq1  CCTCCAAAGAATGAAGTCTGAAATATAAATATGTTTAAATGAAATTGATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCAAAGAATGAAGTCTGAAATATAAATATGTTTAAATGAAATTGATA  900

seq1  ATAA-TTTTTTTCTCCTCTAATATCATGTTTACTTCATTCTAATTTACTA  949
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTTTTTTTCTCCTCTAATATCATGTTTACTTCATTCTAATTTACTA  950

seq1  CCAAACTTATATTTTGCAAAAGAGCTTTGAATACACAATTA-TTTCATAC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CCAAACTTATATTTTGCAAAAGAGCTTTGAATACACAATTATTTTCATAC  1000

seq1  AAGGTGCAGCAGGTTGTCTCATTAAGCTTGCAGAGAATCAGGCCCCGTGT  1048
      || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||
seq2  AA-GTGCAGCAGGTTGTCTCATTAAGCTTGCAGAG-ATCA-GCCCCGTGT  1047

seq1  GATCCCCAGAAATATTCTTGCATCGATCCCTCATTAAAATGGCTCTTCTA  1098
      ||||||   |||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||
seq2  GATCCCAGAAAATATTCTTGCATCGATCCCTCATTAAA--TGCTCTTCTA  1095

seq1  AATTGTCTCCAATTTATCAATAG-ACATAAAAAAACTGAGCAGAATATGT  1147
      || ||||||  |||||||||||| |||| ||||||||||  |  ||||||
seq2  AA-TGTCTC--ATTTATCAATAGAACAT-AAAAAACTGA--ACGATATGT  1139

seq1  -AGGGAGGGCAAGATGAC  1164
       ||||||||| |||||||
seq2  AAGGGAGGGC-AGATGAC  1156


seq1: chr14_23766130_23767254
seq2: B6Ng01-325P18.g_67_1184 (reverse)

seq1  TCCTGGGAAGA-GTGCACATAAGGTATTCTTTTTGTTGTTGGTATTCTCT  49
      |||||| |||| |||||||||||||||||||||   |||||||| |||  
seq2  TCCTGGAAAGATGTGCACATAAGGTATTCTTTT--GTGTTGGTA-TCTTC  47

seq1  GGCATTCTTTTTTCCAAGTTAACAACATCACATCCTCTTATGAAGATACA  99
      ||||||| |||| ||||| ||  ||||||||||| || ||||||||||| 
seq2  GGCATTC-TTTTCCCAAG-TACAAACATCACATCTTC-TATGAAGATAC-  93

seq1  AATGTCCATCCATTTTAATGGTTTTCCTTTCTTTTCTTGGATAGGCAAAA  149
      |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCCATCCATTT--ATGGTTTTCCTTTCTTTTCTTGGATAGGCAAAA  141

seq1  CCTAAAGCTTTTACACCTCTCAAGTCTCTGATCTAGTCTGATTTTGCACT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAAGCTTTTACACCTCTCAAGTCTCTGATCTAGTCTGATTTTGCACT  191

seq1  ATGCAGAGA-CCATGGTGGTGAACTCATCTCACATTTTGATGAACAGGTG  248
      ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGAGACCCATGG-GGTGAACTCATCTCACATTTTGATGAACAGGTG  240

seq1  AAAGAACAGATGCAAGGTAT-CCCCCATGACTTGTTAGATGCAGATTAAG  297
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAACAGATGCAAGGTATCCCCCCATGACTTGTTAGATGCAGATTAAG  290

seq1  ACAAAGGACTATTATGCTTAGTCTAGTGTTCTGCTTTAGCACTGTGCTGT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGGACTATTATGCTTAGTCTAGTGTTCTGCTTTAGCACTGTGCTGT  340

seq1  CTTCTACTACCCAGAAATGTGAAAGTCAAGCTCAGCTAAGACAGGCAGGT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTACTACCCAGAAATGTGAAAGTCAAGCTCAGCTAAGACAGGCAGGT  390

seq1  CCAGTTCCAAATGTTAAGTATGATAGATATAACATTGACGGATGGCTCTT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTTCCAAATGTTAAGTATGATAGATATAACATTGACGGATGGCTCTT  440

seq1  TGTGTTTTGCATTCTCTTATACATTCTGTTTTCAAAAATGGCGTTGTCTC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTTTGCATTCTCTTATACATTCTGTTTTCAAAAATGGCGTTGTCTC  490

seq1  ATGCTGAGTAATGCTTGTTCTTCTACTAATTAGTCAGTAACTGTGCTCCA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGAGTAATGCTTGTTCTTCTACTAATTAGTCAGTAACTGTGCTCCA  540

seq1  TCCCTGCAGCCCATCTCTGAGTAATGTTCAGAATAACCTGGACATAAAGT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGCAGCCCATCTCTGAGTAATGTTCAGAATAACCTGGACATAAAGT  590

seq1  CCTTCACTTCCTGTCCGTCACATACCCCTATCCATGCATCCCATTTCTGA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCACTTCCTGTCCGTCACATACCCCTATCCATGCATCCCATTTCTGA  640

seq1  GTGGTGCTCAGAATAGCCTGGACAGTGCCCAGACATTTACTTCCTATCCA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGCTCAGAATAGCCTGGACAGTGCCCAGACATTTACTTCCTATCCA  690

seq1  TCTCATACCTCTATCCCTGCATCCTAACTTGAGTGATGCTCAAAGGTAAC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATACCTCTATCCCTGCATCCTAACTTGAGTGATGCTCAAAGGTAAC  740

seq1  CTGAATGAACATTTAGCTGTGGCCTAGAATTTTCTGGGGTTTTGTTGGCT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATGAACATTTAGCTGTGGCCTAGAATTTTCTGGGGTTTTGTTGGCT  790

seq1  ACTTTGAGACTAAATGATGCTAGCTTGCTTTCTGGATCTTGAGAGGACAA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGAGACTAAATGATGCTAGCTTGCTTTCTGGATCTTGAGAGGACAA  840

seq1  ATATACACTGACTATGATATTTGTAATACCTAGCATTTTATTGAGAAAAA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACACTGACTATGATATTTGTAATACCTAGCATTTTATTGAGAAAAA  890

seq1  TTAAGGCGAGTTAACAGATGAAACTGTCTTCAATATCACTTTGCTAGCTG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGCGAGTTAACAGATGAAACTGTCTTCAATATCACTTTGCTAGCTG  940

seq1  ACAGCATAGTGTAGTGTAGAGTCTAAAGTGCTTTATCCACATTTATATTT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCATAGTGTAGTGTAGAGTCTAAAGTGCTTTATCCACATTTATATTT  990

seq1  CAAACATCTCTTCTGGAATGTCAGACAGGATCTTCACACACCCATCATTG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACATCTCTTCTGGAATGTCAGACAGGATCTTCACACACCCATCATTG  1040

seq1  TCAGTTGTCTCTCCACTTTAACTTGCTATGGGCTGTAGGGTGATACTTTA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTGTCTCTCCACTTTAACTTGCTATGGGCTGTAGGGTGATACTTTA  1090

seq1  TCATGTTAGAGCTGCATTCATTGAATTC  1125
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTTAGAGCTGCATTCATTGAATTC  1118


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |