BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-326L09
Chromosome14 (Build37)
Map Location 65,540,481 - 65,676,880
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHmbox1, LOC100043657, D14Ertd231e, Extl3
Upstream geneSox7, 4930578I06Rik, Rp1l1, 4933401F05Rik, 1700007N14Rik, 1700049K14Rik, Msra, Kif13b
Downstream geneFzd3, LOC668286, Fbxo16, Zfp395, Pnoc, Elp3, Gm600, Scara5, Pbk, Esco2, Ccdc25, Scara3, Clu, Gulo, Adam2, LOC100043675
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-326L09.bB6Ng01-326L09.g
ACCGA114453GA114454
length1,146653
definitionB6Ng01-326L09.b B6Ng01-326L09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,675,731 - 65,676,880)(65,540,481 - 65,541,132)
sequence
gaattcactcatagaccagggtggccctggcctaaagtcagagatctgcc
tgcctctgccacccaggtgctaggactaaaggcgcacgccactcagccct
tttcttttgtggtggtgcctggcatcagctaagctggggcatgcagagag
agtgctctggctgcacatggtggctccagctcttcttgagtttgaagaac
atgattatagacacttaaaatgccacaaggctcgtattatgggttttttt
aaatgtaattttccagatgtgtacgggcacatgcatgtatatgcatgcgt
atgtacaggcccagggtttaggtcagaaatcacccctgatcacttttcca
ccttattcactgaggtaggatctcagggaacccagagcttgcagctacag
cttgtcttggtagccagcatgctctggaggtcctctgtctcctccccatt
tccaggctgcaattacaggttagcacacccacgtgccatttctgtgggtt
ctgggaacccaaactctaattcttagccttgtaaaacaagcacttttaac
catggagtcgtcgtctccaccccttgattcagatttcttgtgagtgatgc
tggccagtgctttcccttttgaaatgttcagatgggctctgaagagttcc
ccgttctgaatgtggaaggcacgaacagctccatggtagagcattgctgt
aatatgcgagaggcctgggttccatccccagcaccacagaatccctactc
tgagatgagcaagtcacgccactgcccctcacagaatgccttcaccagct
tcccaacccactgagctggcctttgtgaatgcgtggccccctcctggcgc
tttcttgtatactgaagacagcaagctgacacgtgacacgtttcacagtg
aagatctgcatcagagttgctcctcattcctgtcccagttcctaaatgcc
agtactgtgttcccactggaccacccctgggcacttccctcacatatccc
aacagctccgagagccatgcatattttttttgctgaaagtggagagagtt
gtaaccatgtctaatccttctcccgacagtattatgctacctgttattcc
ttatgtgatgcccaggccatcgggacatggttggacgagttacatc
gaattcaaaacaagcctgggtgacatctcaaaaacaagaaaccgactatg
tcaggaagcaaaggctgaataacagatggtacctataacatgagccgcaa
ctgtttcatggaggacgacccccagatggagcaaaccagtggcaacactg
tatccctaagctcagcccccgctacgcccaaaagcacggctgaacgggat
gctaaaggaaataaagccaaggtgaaggatgagtcacagagaagatctgc
aaggctgtctgttaaatctgcttctccaaagccagagcccaagcctaaaa
cagcccctgcaaagaagggacaaaggtacccgaggggaggaaggggaaag
ccaatggtggtaaggatgtgaataatcctgcagagaacggagacaaaaaa
cagatgaggcacagaaagctgaaggtgctggagatgccaagtgacatgtg
tgcatttttataactatgtacttctagtgactgtacagtttagaatacta
tttttcatcaagttttatagaagtactgaattttgttttacttttttaaa
ggcatgtgccaccacacccggctgttttacttctttaaaaaaactatatt
gtcagcacacaaaacactttatttgtgccgggcactggtgatgcacgcct
tta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_65675731_65676880
seq2: B6Ng01-326L09.b_54_1199 (reverse)

seq1  GATGT-ACTCGTCC-ACCATGTCCCGGATGGCCTGGGGCATCACATAA-G  47
      ||||| |||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||| |
seq2  GATGTAACTCGTCCAACCATGTCCC-GATGGCCT-GGGCATCACATAAGG  48

seq1  AAT-ACAGGTAGGCATAATACTGTCGGGAAGAAAGGATTAGAACATGGTT  96
      ||| ||||||| |||||||||||||||||   ||||||||| ||||||||
seq2  AATAACAGGTA-GCATAATACTGTCGGGA--GAAGGATTAG-ACATGGTT  94

seq1  ACAACTTCTCT-CACTTTCAGCAAAAAAAATATGCATGGCTCTCGGAGCT  145
      ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAC-TCTCTCCACTTTCAGCAAAAAAAATATGCATGGCTCTCGGAGCT  143

seq1  GTTGGGATATGTGAGGGAAGGTGCCCAGGGGTGGTCCCAGTGGGAACACA  195
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GTTGGGATATGTGAGGGAA-GTGCCCAGGGGTGGT-CCAGTGGGAACACA  191

seq1  GTACTGGCATTTAGGAACTGGGACAGGAATGAGGAGCAACTCTGATGCAG  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTGGCATTTAGGAACTGGGACAGGAATGAGGAGCAACTCTGATGCAG  241

seq1  ATCTTCACTGTGAAACGTGTCACGTGTCAGCTTGCTGTCTTCAGTATACA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCACTGTGAAACGTGTCACGTGTCAGCTTGCTGTCTTCAGTATACA  291

seq1  AGAAAGCGCCAGGAGGGGGCCACGCATTCACAAAGGCCAGCTCAGTGGGT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGCGCCAGGAGGGGGCCACGCATTCACAAAGGCCAGCTCAGTGGGT  341

seq1  TGGGAAGCTGGTGAAGGCATTCTGTGAGGGGCAGTGGCGTGACTTGCTCA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAAGCTGGTGAAGGCATTCTGTGAGGGGCAGTGGCGTGACTTGCTCA  391

seq1  TCTCAGAGTAGGGATTCTGTGGTGCTGGGGATGGAACCCAGGCCTCTCGC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGAGTAGGGATTCTGTGGTGCTGGGGATGGAACCCAGGCCTCTCGC  441

seq1  ATATTACAGCAATGCTCTACCATGGAGCTGTTCGTGCCTTCCACATTCAG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTACAGCAATGCTCTACCATGGAGCTGTTCGTGCCTTCCACATTCAG  491

seq1  AACGGGGAACTCTTCAGAGCCCATCTGAACATTTCAAAAGGGAAAGCACT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGGGGAACTCTTCAGAGCCCATCTGAACATTTCAAAAGGGAAAGCACT  541

seq1  GGCCAGCATCACTCACAAGAAATCTGAATCAAGGGGTGGAGACGACGACT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGCATCACTCACAAGAAATCTGAATCAAGGGGTGGAGACGACGACT  591

seq1  CCATGGTTAAAAGTGCTTGTTTTACAAGGCTAAGAATTAGAGTTTGGGTT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGTTAAAAGTGCTTGTTTTACAAGGCTAAGAATTAGAGTTTGGGTT  641

seq1  CCCAGAACCCACAGAAATGGCACGTGGGTGTGCTAACCTGTAATTGCAGC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGAACCCACAGAAATGGCACGTGGGTGTGCTAACCTGTAATTGCAGC  691

seq1  CTGGAAATGGGGAGGAGACAGAGGACCTCCAGAGCATGCTGGCTACCAAG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAAATGGGGAGGAGACAGAGGACCTCCAGAGCATGCTGGCTACCAAG  741

seq1  ACAAGCTGTAGCTGCAAGCTCTGGGTTCCCTGAGATCCTACCTCAGTGAA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGCTGTAGCTGCAAGCTCTGGGTTCCCTGAGATCCTACCTCAGTGAA  791

seq1  TAAGGTGGAAAAGTGATCAGGGGTGATTTCTGACCTAAACCCTGGGCCTG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGTGGAAAAGTGATCAGGGGTGATTTCTGACCTAAACCCTGGGCCTG  841

seq1  TACATACGCATGCATATACATGCATGTGCCCGTACACATCTGGAAAATTA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATACGCATGCATATACATGCATGTGCCCGTACACATCTGGAAAATTA  891

seq1  CATTTAAAAAAACCCATAATACGAGCCTTGTGGCATTTTAAGTGTCTATA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTAAAAAAACCCATAATACGAGCCTTGTGGCATTTTAAGTGTCTATA  941

seq1  ATCATGTTCTTCAAACTCAAGAAGAGCTGGAGCCACCATGTGCAGCCAGA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGTTCTTCAAACTCAAGAAGAGCTGGAGCCACCATGTGCAGCCAGA  991

seq1  GCACTCTCTCTGCATGCCCCAGCTTAGCTGATGCCAGGCACCACCACAAA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTCTCTCTGCATGCCCCAGCTTAGCTGATGCCAGGCACCACCACAAA  1041

seq1  AGAAAAGGGCTGAGTGGCGTGCGCCTTTAGTCCTAGCACCTGGGTGGCAG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAGGGCTGAGTGGCGTGCGCCTTTAGTCCTAGCACCTGGGTGGCAG  1091

seq1  AGGCAGGCAGATCTCTGACTTTAGGCCAGGGCCACCCTGGTCTATGAGTG  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGGCAGATCTCTGACTTTAGGCCAGGGCCACCCTGGTCTATGAGTG  1141

seq1  AATTC  1150
      |||||
seq2  AATTC  1146

seq1: chr14_65540481_65541132
seq2: B6Ng01-326L09.g_69_721

seq1  GAATTCAAAACAAGCCTGGGTGACATCTCAAAAACAAGAAACCGACTATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAACAAGCCTGGGTGACATCTCAAAAACAAGAAACCGACTATG  50

seq1  TCAGGAAGCAAAGGCTGAATAACAGATGGTACCTATAACATGAGCCGCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAAGCAAAGGCTGAATAACAGATGGTACCTATAACATGAGCCGCAA  100

seq1  CTGTTTCATGGAGGACGACCCCCAGATGGAGCAAACCAGTGGCAACACTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTCATGGAGGACGACCCCCAGATGGAGCAAACCAGTGGCAACACTG  150

seq1  TATCCCTAAGCTCAGCCCCCGCTACGCCCAAAAGCACGGCTGAACGGGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCCTAAGCTCAGCCCCCGCTACGCCCAAAAGCACGGCTGAACGGGAT  200

seq1  GCTAAAGGAAATAAAGCCAAGGTGAAGGATGAGTCACAGAGAAGATCTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAAGGAAATAAAGCCAAGGTGAAGGATGAGTCACAGAGAAGATCTGC  250

seq1  AAGGCTGTCTGTTAAATCTGCTTCTCCAAAGCCAGAGCCCAAGCCTAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTGTCTGTTAAATCTGCTTCTCCAAAGCCAGAGCCCAAGCCTAAAA  300

seq1  CAGCCCCTGCAAAGAAGGGACAAAGGTACCCGAGGGGAGGAAGGGGAAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCCTGCAAAGAAGGGACAAAGGTACCCGAGGGGAGGAAGGGGAAAG  350

seq1  CCAATGGTGGTAAGGATGTGAATAATCCTGCAGAGAACGGAGACAAAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATGGTGGTAAGGATGTGAATAATCCTGCAGAGAACGGAGACAAAAAA  400

seq1  CAGATGAGGCACAGAAAGCTGAAGGTGCTGGAGATGCCAAGTGACATGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGAGGCACAGAAAGCTGAAGGTGCTGGAGATGCCAAGTGACATGTG  450

seq1  TGCATTTTTATAACTATGTACTTCTAGTGACTGTACAGTTTAGAATACTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTTTTATAACTATGTACTTCTAGTGACTGTACAGTTTAGAATACTA  500

seq1  TTTTTCATCAAGTTTTATAGAAGTACTGAATTTTGTTTTACTTTTTTAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCATCAAGTTTTATAGAAGTACTGAATTTTGTTTTACTTTTTTAAA  550

seq1  GGCATGTGCCACCACACCCGGCTGTTTTACTTCTTTAAAAAAACTATATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGTGCCACCACACCCGGCTGTTTTACTTCTTTAAAAAAACTATATT  600

seq1  GTCAGCACACAAAACACTTCA-TTGTGCCGGGCACTGGTGATGCACGCCT  649
      ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGCACACAAAACACTTTATTTGTGCCGGGCACTGGTGATGCACGCCT  650

seq1  TTA  652
      |||
seq2  TTA  653