BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-327G08
Chromosome14 (Build37)
Map Location 85,467,943 - 85,593,022
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100043280, LOC100043285, Pcdh17, 9630013A20Rik, LOC629794
Downstream geneLOC668603
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-327G08.bB6Ng01-327G08.g
ACCGA114955GA114956
length1,114686
definitionB6Ng01-327G08.b B6Ng01-327G08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(85,467,943 - 85,469,067)(85,592,337 - 85,593,022)
sequence
gaattcattttaggatcacttgaagatttacatttgggacaaaaatgttt
gctattttcaagtaggtatataagatttacctctaagacttaagaatatc
tgcattcctcactattctataggtacataaagctaagacgaatggtaaaa
tattagtgaataaaattattttagcttagatttcacaattttttttattc
attgtaaactgatttctgaactgcttgtcctgacaattctgtcatatgca
caaaagttcctggagtccatccatcactctgcttttatgtgaaggtcagt
aaaaatatgtatataatataaatgcagaatttttttaagttgctgaggaa
aatatgctgagaagttacaataccatacatcaatctactttcttaatgct
ttaaatattactctcaaaacagatctataataggttttctgtcccttgtt
atttctctaatgtttttctttctacacaattgatttggggaagattcaga
tagcataatcagagatggagagctgtagttcttaaaagtgtttactatct
tgaaaatgcagtccaattttagaagggaaattattttaatgatattctat
acaaaagataccaataaatgatcaaagcaggtatgcctgtggaagcaaaa
tccacatgtttcataagaatggtattagtatgttttctcatacatcagca
taaaagcaagctaatattaacatgctatgaaaagtgtctgtgtgatgtat
ctgtgaaaaaatatgcttttttgtccaaataacaaacaaaatactccact
gcatgcccaaatatcatttttagcttttggatattttaaatttagaaaca
tattgttaaaaggattgcctgcacttcctcaaatagctcaacaattaaaa
acaataatggatacaagttatcaaatatatacaaaatatttcatttatca
accatataaaaaccaattgttttgttataataaccaatgtgttatacata
gcaacttgagaaatagaatttataaactcgtaatcataattgtatagtca
ggttttctagagtcacagaactagaataacgattctgtatacattatata
agagatttaatgga

gaattctcagcaccctctactttctcagagtcagccaccttccagtcaag
gttcaactttcataataaaatccttagtcttctcatggacactctgtgac
attccaaatcaatcacagcaaagcagatcagaagttcttactacagactt
ggtcctcagctaaggtattgttacaattgcaacatataatgttatttcaa
gaaagtctgaccttttgaaaacaaatgtttccaatgcaaaactttaataa
taataataataataatattattgttattattattaatttcttaacactaa
gaatctggtcaatccagtatccacatccacatattatttcccatacatat
ggatgatagtgactggttagcagctttcctgtcagaaaaaccttgttttg
cagaaagaatgtagccatttctgagttgcttctgtagtggaagaatgcta
ggttatcatattatcgtatagcctatactctttcttcttctaatcataaa
gccccagggttctttgacccctaacttatgaccatttcttatatttgaga
attatgaggtgtgagcaacagagtaatttctagtcattttaaattgaaaa
caaatgtattaaataatgagtatttttacaactctacctctatctctgta
tgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatatatgta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_85467943_85469067
seq2: B6Ng01-327G08.b_46_1159

seq1  GAATTCATTTTAGGATCACTTGAAGATTTACATTTGGGACAAAAATGTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTTAGGATCACTTGAAGATTTACATTTGGGACAAAAATGTTT  50

seq1  GCTATTTTCAAGTAGGTATATAAGATTTACCTCTAAGACTTAAGAATATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATTTTCAAGTAGGTATATAAGATTTACCTCTAAGACTTAAGAATATC  100

seq1  TGCATTCCTCACTATTCTATAGGTACATAAAGCTAAGACGAATGGTAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTCCTCACTATTCTATAGGTACATAAAGCTAAGACGAATGGTAAAA  150

seq1  TATTAGTGAATAAAATTATTTTAGCTTAGATTTCACAATTTTTTTTATTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGTGAATAAAATTATTTTAGCTTAGATTTCACAATTTTTTTTATTC  200

seq1  ATTGTAAACTGATTTCTGAACTGCTTGTCCTGACAATTCTGTCATATGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTAAACTGATTTCTGAACTGCTTGTCCTGACAATTCTGTCATATGCA  250

seq1  CAAAAGTTCCTGGAGTCCATCCATCACTCTGCTTTTATGTGAAGGTCAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGTTCCTGGAGTCCATCCATCACTCTGCTTTTATGTGAAGGTCAGT  300

seq1  AAAAATATGTATATAATATAAATGCAGAATTTTTTTAAGTTGCTGAGGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATATGTATATAATATAAATGCAGAATTTTTTTAAGTTGCTGAGGAA  350

seq1  AATATGCTGAGAAGTTACAATACCATACATCAATCTACTTTCTTAATGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGCTGAGAAGTTACAATACCATACATCAATCTACTTTCTTAATGCT  400

seq1  TTAAATATTACTCTCAAAACAGATCTATAATAGGTTTTCTGTCCCTTGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATATTACTCTCAAAACAGATCTATAATAGGTTTTCTGTCCCTTGTT  450

seq1  ATTTCTCTAATGTTTTTCTTTCTACACAATTGATTTGGGGAAGATTCAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTCTAATGTTTTTCTTTCTACACAATTGATTTGGGGAAGATTCAGA  500

seq1  TAGCATAATCAGAGATGGAGAGCTGTAGTTCTTAAAAGTGTTTACTATCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATAATCAGAGATGGAGAGCTGTAGTTCTTAAAAGTGTTTACTATCT  550

seq1  TGAAAATGCAGTCCAATTTTAGAAGGGAAATTATTTTAATGATATTCTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAATGCAGTCCAATTTTAGAAGGGAAATTATTTTAATGATATTCTAT  600

seq1  ACAAAAGATACCAATAAATGATCAAAGCAGGTATGCCTGTGGAAGCAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAGATACCAATAAATGATCAAAGCAGGTATGCCTGTGGAAGCAAAA  650

seq1  TCCACATGTTTCATAAGAATGGTATTAGTATGTTTTCTCATACATCAGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACATGTTTCATAAGAATGGTATTAGTATGTTTTCTCATACATCAGCA  700

seq1  TAAAAGCAAGCTAATATTAACATGCTATGAAAAGTGTCTGTGTGATGTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGCAAGCTAATATTAACATGCTATGAAAAGTGTCTGTGTGATGTAT  750

seq1  CTGTGAAAAAATATGCTTTTTTGTCCAAATAACAAACAAAATACTCCACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGAAAAAATATGCTTTTTTGTCCAAATAACAAACAAAATACTCCACT  800

seq1  GCATGCCCAAATATCATTTTTAGCTTTTGGATATTTTAAATTTAGAAACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCCCAAATATCATTTTTAGCTTTTGGATATTTTAAATTTAGAAACA  850

seq1  TATTGTTAAAAGGATTGCCTGCACTTCCTCAAATAGCTCAACAATTAAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGTTAAAAGGATTGCCTGCACTTCCTCAAATAGCTCAACAATTAAAA  900

seq1  ACAATAATGGATACAAGTTATCAAATATATACAAAATATTTCATTTATCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ACAATAATGGATACAAGTTATCAAATATATACAAAATATTTCATTTATC-  949

seq1  AACCATATAAAAACCAATTGTTTTTGTTATAATAACCAATGTGTTAATAA  1000
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| 
seq2  AACCATATAAAAACCAATTG-TTTTGTTATAATAACCAATGTGTT-ATA-  996

seq1  CAATAGCAACTTGAGAAATAGAATTTATTAAACTCGTAATCATAATTGTA  1050
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  -CATAGCAACTTGAGAAATAGAATTTA-TAAACTCGTAATCATAATTGTA  1044

seq1  TTAGTCAGGGTTTTCTAGAGTCACAGAACTTAGATAACGAATTCTGTATA  1100
       |||||| ||||||||||||||||||||||   |||||| ||||||||||
seq2  -TAGTCA-GGTTTTCTAGAGTCACAGAACTAGAATAACG-ATTCTGTATA  1091

seq1  CATTATATAAGAGGAATTTATTGGA  1125
      |||||||||||||  ||||| ||||
seq2  CATTATATAAGAG--ATTTAATGGA  1114


seq1: chr14_85592337_85593022
seq2: B6Ng01-327G08.g_66_751 (reverse)

seq1  TACATATATACATACATACATACATACATACATACATACAGAGATAGAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATATATACATACATACATACATACATACATACATACAGAGATAGAGG  50

seq1  TAGAGTTGTAAAAATACTCATTATTTAATACATTTGTTTTCAATTTAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTTGTAAAAATACTCATTATTTAATACATTTGTTTTCAATTTAAAA  100

seq1  TGACTAGAAATTACTCTGTTGCTCACACCTCATAATTCTCAAATATAAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTAGAAATTACTCTGTTGCTCACACCTCATAATTCTCAAATATAAGA  150

seq1  AATGGTCATAAGTTAGGGGTCAAAGAACCCTGGGGCTTTATGATTAGAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTCATAAGTTAGGGGTCAAAGAACCCTGGGGCTTTATGATTAGAAG  200

seq1  AAGAAAGAGTATAGGCTATACGATAATATGATAACCTAGCATTCTTCCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAGAGTATAGGCTATACGATAATATGATAACCTAGCATTCTTCCAC  250

seq1  TACAGAAGCAACTCAGAAATGGCTACATTCTTTCTGCAAAACAAGGTTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGAAGCAACTCAGAAATGGCTACATTCTTTCTGCAAAACAAGGTTTT  300

seq1  TCTGACAGGAAAGCTGCTAACCAGTCACTATCATCCATATGTATGGGAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACAGGAAAGCTGCTAACCAGTCACTATCATCCATATGTATGGGAAA  350

seq1  TAATATGTGGATGTGGATACTGGATTGACCAGATTCTTAGTGTTAAGAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATGTGGATGTGGATACTGGATTGACCAGATTCTTAGTGTTAAGAAA  400

seq1  TTAATAATAATAACAATAATATTATTATTATTATTATTATTAAAGTTTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAATAATAACAATAATATTATTATTATTATTATTATTAAAGTTTTG  450

seq1  CATTGGAAACATTTGTTTTCAAAAGGTCAGACTTTCTTGAAATAACATTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGGAAACATTTGTTTTCAAAAGGTCAGACTTTCTTGAAATAACATTA  500

seq1  TATGTTGCAATTGTAACAATACCTTAGCTGAGGACCAAGTCTGTAGTAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTGCAATTGTAACAATACCTTAGCTGAGGACCAAGTCTGTAGTAAG  550

seq1  AACTTCTGATCTGCTTTGCTGTGATTGATTTGGAATGTCACAGAGTGTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCTGATCTGCTTTGCTGTGATTGATTTGGAATGTCACAGAGTGTCC  600

seq1  ATGAGAAGACTAAGGATTTTATTATGAAAGTTGAACCTTGACTGGAAGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGAAGACTAAGGATTTTATTATGAAAGTTGAACCTTGACTGGAAGGT  650

seq1  GGCTGACTCTGAGAAAGTAGAGGGTGCTGAGAATTC  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGACTCTGAGAAAGTAGAGGGTGCTGAGAATTC  686


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |