BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-333D11
Chromosome14 (Build37)
Map Location 113,836,325 - 113,933,933
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043510
Upstream geneEG223186, LOC100043509, Tpm3-rs7
Downstream geneLOC382947, LOC668791, LOC100043821
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-333D11.bB6Ng01-333D11.g
ACCGA119092GA119093
length1,1661,229
definitionB6Ng01-333D11.b B6Ng01-333D11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(113,836,325 - 113,837,502)(113,932,710 - 113,933,933)
sequence
gaattcctcccactacttctgacattttacaagtaccacctattatttta
ttttattttttaatttgacagcatatggattcatggatgagcaaaaaccc
ccaatgaatgttgggggaacaattaggtgagttatgactggatttaatgc
ccactctacaagaggaaatacatgtctggtactaaagatctcactaagaa
ccaatgtttggggagctcacaggcctcagctatttcaccgaatgggatat
aatataaaaccaccttctaaatccagatctctctaccctccatagagtgt
gggtctcagcactcatcagaaaggtttctttgtgttctggaaagtggtta
atgcaaaaatacacagcagtaaaactcagaaaccaactgtggtatactca
tcctcaaactgagtatgtatagcataccataaagtctcagggacaattgt
gggagataaggcaggagtgttataaggaccagaagtcaggaattatcaga
gtagacaagacagaatggccgcacccatcaactcagcagattctactgcc
tgccaaaggtgcacacatgaccaagccaatcaaaaatccagctactttag
ggaagggttcatgtgtttctaatccttgatgagctgtgggtctttaatgt
tttctggtcaaaggagattccattttctttaagaaccttctcctggaaag
tcacctatgctccagtggattgtcccataccgacgcaaatgtgaatggct
ccaaaactgtgggttattatatttaaaaatggaggaaccaggtagtggtg
gtgcatgcctttaatcctagccagcttggtctacaaagtgagttccaggt
tatccaaggctatacagagaaaccctgtcttggaaataaaaaaagttgag
gacaagatattgcaaggataaagaggaggcaggtaagaggtttaaaggct
aacagcataaaatatatataaaattctgtaagaattaataaaaaatagac
catacataaatatttttggtttcttaaattaaaataaaagtgatcacttt
aatactttctgtagtctagtagattagaatatacataaagaatgcatttt
ctacgtcctatctataagtctgacgtttatagtgactcacatttgtcagt
acagcatgcaagtcag

gaattctttaaaagttttaaaacttaatgccttctgaaggtaaatctcta
actgttgctatattaagatctcctaacataaataactaagcttcgtctta
ttgctgggataagacagcatgagaaaggtaacttataaaagaatatttta
ttggggtttgaagttccaaagtgatagagtctctggccttcagggcagca
aacactgcattggtttattgagcacggtgttgaggagtaactgagacctc
acatccttatgtaggagataggagaactaactggctatggtatgggcttt
tgaagcctcaaagcactcctgtgatatacagtctccaaaaggagggcaca
ccttctaacttttcccaaacagttctcctgattgggtaccaagtattcaa
aatgctgagcctggagaggccatttttgtttaaaccacagtaggcttgat
tggacataaataaaacagaacttggtaaagttgttctttcatttaagtta
tttgtgattctgtgattctttttaatcaatttgcccaaagaaatgatcat
tcccataataattatgacagatcagtccatgtaaagaatttattttgact
tcaactttgcatggaatagtgtttatctgtcataatataattagggaagc
aaaactaaaagccagactccactaagccaccagcattctgtggcttcatt
gctcttgttacatatgcattatttcattcacttggtagaaagctacaaat
agtgtttctttgatccacagttactatataactgtaattacaataaacta
tttgcttctcaattacttaaagacataaaggatacaagaaaaaatccatg
ttttaaattatactagcattttgtgtcccttgaaaacaagaacaaccaat
cagcataattaaggtttgaggttattttcccgggggacataaaaattaaa
aattttttgtgtggcatatcagggcatgaccccaaaagaatttctggaac
acatacaactagatgaggccaaatatcaaaggatattaataggacagcag
ccccgtccctgctatgctgacaagctcagaattctttttgctttcagatt
agagatcaagagctattcctcagaagctcctgccatacgtgtgattccaa
taacattatgctatccaagcagaatccatggactattaatctgcattctt
atatgagccttcttttatggcgcagatgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_113836325_113837502
seq2: B6Ng01-333D11.b_45_1210

seq1  GAATTCCTCCCACTACTTCTGACATTTTACAAGTACCACCTATTATTTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCCCACTACTTCTGACATTTTACAAGTACCACCTATTATTTTA  50

seq1  TTTTATTTTTTAATTTGACAGCATATGGATTCATGGATGAGCAAAAACCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTTTTTAATTTGACAGCATATGGATTCATGGATGAGCAAAAACCC  100

seq1  CCAATGAATGTTGGGGGAACAATTAGGTGAGTTATGACTGGATTTAATGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATGAATGTTGGGGGAACAATTAGGTGAGTTATGACTGGATTTAATGC  150

seq1  CCACTCTACAAGAGGAAATACATGTCTGGTACTAAAGATCTCACTAAGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCTACAAGAGGAAATACATGTCTGGTACTAAAGATCTCACTAAGAA  200

seq1  CCAATGTTTGGGGAGCTCACAGGCCTCAGCTATTTCACCGAATGGGATAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATGTTTGGGGAGCTCACAGGCCTCAGCTATTTCACCGAATGGGATAT  250

seq1  AATATAAAACCACCTTCTAAATCCAGATCTCTCTACCCTCCATAGAGTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATAAAACCACCTTCTAAATCCAGATCTCTCTACCCTCCATAGAGTGT  300

seq1  GGGTCTCAGCACTCATCAGAAAGGTTTCTTTGTGTTCTGGAAAGTGGTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCTCAGCACTCATCAGAAAGGTTTCTTTGTGTTCTGGAAAGTGGTTA  350

seq1  ATGCAAAAATACACAGCAGTAAAACTCAGAAACCAACTGTGGTATACTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAAAAATACACAGCAGTAAAACTCAGAAACCAACTGTGGTATACTCA  400

seq1  TCCTCAAACTGAGTATGTATAGCATACCATAAAGTCTCAGGGACAATTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCAAACTGAGTATGTATAGCATACCATAAAGTCTCAGGGACAATTGT  450

seq1  GGGAGATAAGGCAGGAGTGTTATAAGGACCAGAAGTCAGGAATTATCAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGATAAGGCAGGAGTGTTATAAGGACCAGAAGTCAGGAATTATCAGA  500

seq1  GTAGACAAGACAGAATGGCCGCACCCATCAACTCAGCAGATTCTACTGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGACAAGACAGAATGGCCGCACCCATCAACTCAGCAGATTCTACTGCC  550

seq1  TGCCAAAGGTGCACACATGACCAAGCCAATCAAAAATCCAGCTACTTTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAAAGGTGCACACATGACCAAGCCAATCAAAAATCCAGCTACTTTAG  600

seq1  GGAAGGGTTCATGTGTTTCTAATCCTTGATGAGCTGTGGGTCTTTAATGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGGTTCATGTGTTTCTAATCCTTGATGAGCTGTGGGTCTTTAATGT  650

seq1  TTTCTGGTCAAAGGAGATTCCATTTTCTTTAAGAACCTTCTCCTGGAAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGGTCAAAGGAGATTCCATTTTCTTTAAGAACCTTCTCCTGGAAAG  700

seq1  TCACCTATGCTCCAGTGGATTGTCCCATACCGACGCAAATGTGAATGGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTATGCTCCAGTGGATTGTCCCATACCGACGCAAATGTGAATGGCT  750

seq1  CCAAAACTGTGGGTTATTATATTTAAAAATGGAGGAACCAGGTAGTGGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAACTGTGGGTTATTATATTTAAAAATGGAGGAACCAGGTAGTGGTG  800

seq1  GTGCATGCCTTTAATCCTAGCCAGCTTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATGCCTTTAATCCTAGCCAGCTTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGT  850

seq1  TATCCAAGGCTATACAGAGAAACCCTGTCTTGGAAATAAAAAAAGTTGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCAAGGCTATACAGAGAAACCCTGTCTTGGAAATAAAAAAAGTTGAG  900

seq1  GACAAGATATTGCAAGGATAAAGAGGAGGCAGGGTAAGAGGTTTAAAGGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GACAAGATATTGCAAGGATAAAGAGGAGGCA-GGTAAGAGGTTTAAAGGC  949

seq1  TAACAGCATAAAATATTATATAAAATTCTGTAAGAATTAATAAAAAATAG  1000
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAGCATAAAATA-TATATAAAATTCTGTAAGAATTAATAAAAAATAG  998

seq1  ACCATACATAAATATTTTTGGTTTCTTAAATTTAAAATAAAAGTGGTTCA  1050
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||
seq2  ACCATACATAAATATTTTTGGTTTCTTAAA-TTAAAATAAAAGT-GATCA  1046

seq1  CTTTTAATACTTTCTGTTAGTCTAGTTAGATTTAGATATACATAAAGAAT  1100
      | |||||||||||||| |||||||| ||||||   |||||||||||||||
seq2  C-TTTAATACTTTCTG-TAGTCTAG-TAGATTAGAATATACATAAAGAAT  1093

seq1  GCATTTTCTACGTTCTTAATCTAT-AGTCTGACATTTAATAAGTGACTCA  1149
      ||||||||||||| ||  |||||| |||||||| ||||   |||||||||
seq2  GCATTTTCTACGTCCT--ATCTATAAGTCTGACGTTTA--TAGTGACTCA  1139

seq1  CATTTGTCAGTACAGGCATGCAAAGTCAG  1178
      |||||||||||||| |||||| |||||||
seq2  CATTTGTCAGTACA-GCATGC-AAGTCAG  1166


seq1: chr14_113932710_113933933
seq2: B6Ng01-333D11.g_68_1296 (reverse)

seq1  ACATCT--GCTAT-AAAGA--GCTCATATAAGAATGCAGATTAATAGTCT  45
      ||||||  || || |||||  |||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ACATCTGCGCCATAAAAGAAGGCTCATATAAGAATGCAGATTAATAGTCC  50

seq1  ATGTATTTCTTGCTTGGATTAGCATAATGTTTAATGGGATCACACGTATG  95
      ||| |||   |||||||| |||||||||| ||| ||| ||||||||||  
seq2  ATGGATT--CTGCTTGGA-TAGCATAATG-TTATTGGAATCACACGTA--  94

seq1  TGCCAGGAGC-TCTGAGG-ATAGCTCTTTGATCTCTAAATCTTGAAAGCA  143
      || ||||||| ||||||| ||||||| ||||||||| |||| ||||||||
seq2  TGGCAGGAGCTTCTGAGGAATAGCTC-TTGATCTCT-AATC-TGAAAGCA  141

seq1  AAAAG-ATTCTGAAGCCTTTGTCAGCAATAGCAGGGGCGGGGCTGCTGTC  192
      ||||| |||||| |||  |||||||| ||||||||| |||||||||||||
seq2  AAAAGAATTCTG-AGC--TTGTCAGC-ATAGCAGGGACGGGGCTGCTGTC  187

seq1  CTATTTAATATCCCTTTGATATTTGGCCTCCTTCTAGTTGTATGTGTT-C  241
      ||| ||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |
seq2  CTA-TTAATAT-CCTTTGATATTTGGCCT-CATCTAGTTGTATGTGTTCC  234

seq1  AG-AATTCTTTTGGGGTCATGCACTGATATGCAACACAAAATA-TTATGA  289
      || ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| | || | |
seq2  AGAAATTCTTTTGGGGTCATGCCCTGATATGCCACACAAAAAATTTTTAA  284

seq1  TCTTAATG---CCCATGGAAATATACTCAAA-CTTA---ATACTGATTGA  332
      | || |||   |||  | |||||  |||||| ||||   || ||||||| 
seq2  TTTTTATGTCCCCCGGGAAAATAACCTCAAACCTTAATTATGCTGATTGG  334

seq1  TGGTTCTTGATTTCAAGGTAC-CAAAATGCTAGTATAATTTAAAACATGG  381
      | ||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCTTGTTTTCAAGGGACACAAAATGCTAGTATAATTTAAAACATGG  384

seq1  A--TTTTCTTGTATCCTTTATGTCTTTAAGTAATTGAGAAGCAAATAGTT  429
      |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTTCTTGTATCCTTTATGTCTTTAAGTAATTGAGAAGCAAATAGTT  434

seq1  TATTGTAATTACAGTTATATAGTAACTGTGGATCAAAGAAACACTATTTG  479
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGTAATTACAGTTATATAGTAACTGTGGATCAAAGAAACACTATTTG  484

seq1  TAGCTTTCTACCAAGTGAATGAAATAATGCATATGTAACAAGAGCAATGA  529
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTTCTACCAAGTGAATGAAATAATGCATATGTAACAAGAGCAATGA  534

seq1  AGCCACAGAATGCTGGTGGCTTAGTGGAGTCTGGCTTTTAGTTTTGCTTC  579
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACAGAATGCTGGTGGCTTAGTGGAGTCTGGCTTTTAGTTTTGCTTC  584

seq1  CCTAATTATATTATGACAGATAAACACTATTCCATGCAAAGTTGAAGTCA  629
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAATTATATTATGACAGATAAACACTATTCCATGCAAAGTTGAAGTCA  634

seq1  AAATAAATTCTTTACATGGACTGATCTGTCATAATTATTATGGGAATGAT  679
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAATTCTTTACATGGACTGATCTGTCATAATTATTATGGGAATGAT  684

seq1  CATTTCTTTGGGCAAATTGATTAAAAAGAATCACAGAATCACAAATAACT  729
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCTTTGGGCAAATTGATTAAAAAGAATCACAGAATCACAAATAACT  734

seq1  TAAATGAAAGAACAACTTTACCAAGTTCTGTTTTATTTATGTCCAATCAA  779
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGAAAGAACAACTTTACCAAGTTCTGTTTTATTTATGTCCAATCAA  784

seq1  GCCTACTGTGGTTTAAACAAAAATGGCCTCTCCAGGCTCAGCATTTTGAA  829
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTACTGTGGTTTAAACAAAAATGGCCTCTCCAGGCTCAGCATTTTGAA  834

seq1  TACTTGGTACCCAATCAGGAGAACTGTTTGGGAAAAGTTAGAAGGTGTGC  879
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTGGTACCCAATCAGGAGAACTGTTTGGGAAAAGTTAGAAGGTGTGC  884

seq1  CCTCCTTTTGGAGACTGTATATCACAGGAGTGCTTTGAGGCTTCAAAAGC  929
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTTTTGGAGACTGTATATCACAGGAGTGCTTTGAGGCTTCAAAAGC  934

seq1  CCATACCATAGCCAGTTAGTTCTCCTATCTCCTACATAAGGATGTGAGGT  979
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATACCATAGCCAGTTAGTTCTCCTATCTCCTACATAAGGATGTGAGGT  984

seq1  CTCAGTTACTCCTCAACACCGTGCTCAATAAACCAATGCAGTGTTTGCTG  1029
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTTACTCCTCAACACCGTGCTCAATAAACCAATGCAGTGTTTGCTG  1034

seq1  CCCTGAAGGCCAGAGACTCTATCACTTTGGAACTTCAAACCCCAATAAAA  1079
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGAAGGCCAGAGACTCTATCACTTTGGAACTTCAAACCCCAATAAAA  1084

seq1  TATTCTTTTATAAGTTACCTTTCTCATGCTGTCTTATCCCAGCAATAAGA  1129
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTTTTATAAGTTACCTTTCTCATGCTGTCTTATCCCAGCAATAAGA  1134

seq1  CGAAGCTTAGTTATTTATGTTAGGAGATCTTAATATAGCAACAGTTAGAG  1179
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAAGCTTAGTTATTTATGTTAGGAGATCTTAATATAGCAACAGTTAGAG  1184

seq1  ATTTACCTTCAGAAGGCATTAAGTTTTAAAACTTTTAAAGAATTC  1224
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTACCTTCAGAAGGCATTAAGTTTTAAAACTTTTAAAGAATTC  1229


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |