BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-333K04
Chromosome14 (Build37)
Map Location 58,345,009 - 58,453,400
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLats2, Sap18, F630043A04Rik, Mrp63, Zdhhc20
Upstream genePspc1, LOC100043499, 9830124H08Rik, LOC100042797, LOC219106, LOC668118, Zmym2, LOC100042817, B020004C17Rik, Gja3, Gjb2, LOC100043515, Gjb6, LOC668140, Cryl1, LOC668090, AU040096, Ift88, Il17d, N6amt2, Xpo4
Downstream geneEfha1, LOC668160, Fgf9, LOC100043554
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-333K04.bB6Ng01-333K04.g
ACCGA119379GA119380
length1,1981,123
definitionB6Ng01-333K04.b B6Ng01-333K04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(58,345,009 - 58,346,209)(58,452,271 - 58,453,400)
sequence
gaattctgactacaactgagcaccttgttcccgacacagggagactgggc
tagagcagcgctgagctgagggacatgggttaaaaagcagagtctccaag
agtttcccacaccccagtaaagacataaggaacactcagaacatctgaac
actgcctgcgtgtttgcctgtgcacggtgcatgcagtgcctgaggatgcc
agaaggaggcgctggtcccctgaaactggagttacagatagctgtgagct
gccatacaggcgctggaaatcaaacccagttctgtagaaaagcagccagt
gctcttgactgtgtcatctctccagcccattccctactctcgatccacaa
aatggtttgctggcaactgaaagtttttaaaagtctctggcaggcggtgc
aaacccaagactggaatgcagagccttccccaagacccctcctggcaggc
tgctatgattcctgtctgagttacatttgtgttagagcctgggatcccag
ctgaccaccacataattgagatagaaaacttcagggtgacaaaatgggct
tcaagtaaatctatttgtgattgctagcaaacttcacattgtggcacaca
aagaaaaggatagcatttgtactgagggctgggatcaggggaaaaggctg
cttaaagtagaggttccggtctcagcttagtgaggagctgtgaggagcaa
cctccggaccctggttgctgcagcggggaaggaaaagattggctccagag
tgtcttactggcttctccccaacaagcaggtctcacccatctccctgacc
attgccagctctctcaaatatgtaaattgacagagtgggattctaaagtc
agctaagacttgcaccatcacaattgtacccactggagaggaaagagaga
taccttcctgcgtgaacaggagcaggtcagcctctgatacccaatgggag
cctctaataacttccacctacttatgctgcttgcacatattcacaccagt
atcaaacataaaggacaactatcccaggctgtttcttagtccaggtgagc
aggattgcatgcctaaggcgtaattatcattcagcaatacagggtaaaac
taaaaaactgtcatttaccttagtaattcaattcctaggattacactgag
gaaccagcctccagcctcatgggaatcatcaatcgattcatgagaaga
gaattcctcttcatttcagctcttttgactttcattctataaaaacagtg
acttaagagatagcagttactgctaggcatgctggcgcctgctggccgtc
tcagcacttgggagtgtgaatcaggttggtctagctcactctcagcacca
ccagcagcctgtgctgcatgaagcctgtgctaaacagcccgagaggaaac
gaagatcaattactaaccagaaatacaacttcaatttggtagtgtgcatg
ctactttcagaaatattctagtatttcagtgtttctatatttataccaag
ggatttgcatgcacctggcatagtttgcccctttaacatactattacgta
gaagtatcaaatttctgagttcttatcatttgtttattagcagagtaaaa
ccatttctagttttccactttggtagcctttatagccagctttttgccac
attctaaaatatttagctgccttttgttgtttcggttttgtttcatttta
gtgctgggaatcaaatccagggccttctgcatactaggcaagtcccctac
cactgagctacatccctggcccgagctgaagctgttcatacgtgtcagtg
gccgctcattagggaccagcaagggaccagcatgggaatcagggaaggct
ggctgtttagtatgtgaactggcattgcgtctgctatcagggggggacta
cattgaaacagagctttgccaaaatttcaaacacttgaacatttgtgaag
aaaatggagttgaatttcaggtcttgcccttgccattaaaaacatcagac
aggagacttggtttactgggtacagaggtacttgactgttgagtacctgc
ggcacctgaccctgtcactgtgccaaccaaagcagctgcagtgtaccagc
tattgacatgaacatgtttacaaagttgagttttgtcttcataaaagaat
gattttaaaaactttttacaaagttatgactcatgtgtttaaagcataca
gttagcttaaatatatggtctttactgaatttaattctacagatagcaaa
tttggactgtttacaggaatgctgaatggagtcaagagattctctaattc
tctctcctggagcaactgataca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_58345009_58346209
seq2: B6Ng01-333K04.b_47_1244

seq1  GAATTCTGACTACAACTGAGCACCTTGTTCCCGACACAGGGAGACTGGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGACTACAACTGAGCACCTTGTTCCCGACACAGGGAGACTGGGC  50

seq1  TAGAGCAGCGCTGAGCTGAGGGACATGGGTTAAAAAGCAGAGTCTCCAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGCAGCGCTGAGCTGAGGGACATGGGTTAAAAAGCAGAGTCTCCAAG  100

seq1  AGTTTCCCACACCCCAGTAAAGACATAAGGAACACTCAGAACATCTGAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCCCACACCCCAGTAAAGACATAAGGAACACTCAGAACATCTGAAC  150

seq1  ACTGCCTGCGTGTTTGCCTGTGCACGGTGCATGCAGTGCCTGAGGATGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCCTGCGTGTTTGCCTGTGCACGGTGCATGCAGTGCCTGAGGATGCC  200

seq1  AGAAGGAGGCGCTGGTCCCCTGAAACTGGAGTTACAGATAGCTGTGAGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGAGGCGCTGGTCCCCTGAAACTGGAGTTACAGATAGCTGTGAGCT  250

seq1  GCCATACAGGCGCTGGAAATCAAACCCAGTTCTGTAGAAAAGCAGCCAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATACAGGCGCTGGAAATCAAACCCAGTTCTGTAGAAAAGCAGCCAGT  300

seq1  GCTCTTGACTGTGTCATCTCTCCAGCCCATTCCCTACTCTCGATCCACAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTGACTGTGTCATCTCTCCAGCCCATTCCCTACTCTCGATCCACAA  350

seq1  AATGGTTTGCTGGCAACTGAAAGTTTTTAAAAGTCTCTGGCAGGCGGTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTTTGCTGGCAACTGAAAGTTTTTAAAAGTCTCTGGCAGGCGGTGC  400

seq1  AAACCCAAGACTGGAATGCAGAGCCTTCCCCAAGACCCCTCCTGGCAGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCAAGACTGGAATGCAGAGCCTTCCCCAAGACCCCTCCTGGCAGGC  450

seq1  TGCTATGATTCCTGTCTGAGTTACATTTGTGTTAGAGCCTGGGATCCCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATGATTCCTGTCTGAGTTACATTTGTGTTAGAGCCTGGGATCCCAG  500

seq1  CTGACCACCACATAATTGAGATAGAAAACTTCAGGGTGACAAAATGGGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACCACCACATAATTGAGATAGAAAACTTCAGGGTGACAAAATGGGCT  550

seq1  TCAAGTAAATCTATTTGTGATTGCTAGCAAACTTCACATTGTGGCACACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTAAATCTATTTGTGATTGCTAGCAAACTTCACATTGTGGCACACA  600

seq1  AAGAAAAGGATAGCATTTGTACTGAGGGCTGGGATCAGGGGAAAAGGCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAAGGATAGCATTTGTACTGAGGGCTGGGATCAGGGGAAAAGGCTG  650

seq1  CTTAAAGTAGAGGTTCCGGTCTCAGCTTAGTGAGGAGCTGTGAGGAGCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAAGTAGAGGTTCCGGTCTCAGCTTAGTGAGGAGCTGTGAGGAGCAA  700

seq1  CCTCCGGACCCTGGTTGCTGCAGCGGGGAAGGAAAAGATTGGCTCCAGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCGGACCCTGGTTGCTGCAGCGGGGAAGGAAAAGATTGGCTCCAGAG  750

seq1  TGTCTTACTGGCTTCTCCCCAACAAGCAGGTCTCACCCATCTCCCTGACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTACTGGCTTCTCCCCAACAAGCAGGTCTCACCCATCTCCCTGACC  800

seq1  ATTGCCAGCTCTCTCAAATATGTAAATTGACAGAGTGGGATTCTAAAGTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCCAGCTCTCTCAAATATGTAAATTGACAGAGTGGGATTCTAAAGTC  850

seq1  AGCTAAGACTTGCACCATCACAATTGTACCCACTGGAGAGGAAAGAGAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAAGACTTGCACCATCACAATTGTACCCACTGGAGAGGAAAGAGAGA  900

seq1  TACCTTCCTGCGTGAACAGGAGCAGGTCAGCCTCTGATACCCAATGGGAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTCCTGCGTGAACAGGAGCAGGTCAGCCTCTGATACCCAATGGGAG  950

seq1  CCTCTAATAACTTCCACCTACTTATGCTGCTTGCACATATTCACACCAGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTAATAACTTCCACCTACTTATGCTGCTTGCACATATTCACACCAGT  1000

seq1  ATCAAACATAAAGGACAACTATCCCAGGGCTGTTTCTTAGTCCAGGTGAG  1050
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAACATAAAGGACAACTATCCCA-GGCTGTTTCTTAGTCCAGGTGAG  1049

seq1  CAGGATTGCATGCCTAA-GCGTAATTATCAATTCAGCAATACAGGTAAAA  1099
      ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||  |||
seq2  CAGGATTGCATGCCTAAGGCGTAATTATC-ATTCAGCAATACAGGGTAAA  1098

seq1  ACTAAAAAACTGTCATTTACC-TAGTAATTCCATTCCTAAGATTTACACT  1148
      ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| || |||||||
seq2  ACTAAAAAACTGTCATTTACCTTAGTAATTCAATTCCTAGGA-TTACACT  1147

seq1  GAGGAAACCAGC--TCAG-CTCATGGAGAATCATCCATTCAGATTCATGA  1195
      |||| |||||||   ||| ||||||| |||||||| ||   |||||||| 
seq2  GAGG-AACCAGCCTCCAGCCTCATGG-GAATCATCAAT--CGATTCATG-  1192

seq1  AGAAGA  1201
      ||||||
seq2  AGAAGA  1198

seq1: chr14_58452271_58453400
seq2: B6Ng01-333K04.g_66_1188 (reverse)

seq1  TGTATCAGTTTTGCTTC---AGAGAGAATTAGAG-ATCTCTTGACTCATT  46
      ||||||||  ||||| |   |||||||||||||| ||||||||||||  |
seq2  TGTATCAG--TTGCTCCAGGAGAGAGAATTAGAGAATCTCTTGACTCCAT  48

seq1  TCAAGCATTCCTGTAAACAGTCAAAATTTGCTATCTGTAAGAATTAAAAT  96
      || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||
seq2  TC-AGCATTCCTGTAAACAGTCCAAATTTGCTATCTGT-AGAATT-AAAT  95

seq1  TCAAGTAAAGACCATATATTTAAGCTAACTTGTTATGCTTTAAACACATT  146
      || |||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||| |
seq2  TC-AGTAAAGACCATATATTTAAGCTAACT--GTATGCTTTAAACACA-T  141

seq1  GAGTCATAACTATGTAAAAAGTTTTTTAAAAATCATTCTTTTATGAAGAC  196
      ||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCATAACTTTGTAAAAAGTTTTT--AAAATCATTCTTTTATGAAGAC  189

seq1  AAAACTCAACTTTGTAAACATGTTCATGTCAATAGCTGGTACACTGCAGC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTCAACTTTGTAAACATGTTCATGTCAATAGCTGGTACACTGCAGC  239

seq1  TGCTTTGGTTGGCACAGTGACAGGGTCAGGTGCCGCAGGTACTCAACAGT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTGGTTGGCACAGTGACAGGGTCAGGTGCCGCAGGTACTCAACAGT  289

seq1  CAAGTACCTCTGTACCCAGTAAACCAAGTCTCCTGTCTGATGTTTTTAAT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTACCTCTGTACCCAGTAAACCAAGTCTCCTGTCTGATGTTTTTAAT  339

seq1  GGCAAGGGCAAGACCTGAAATTCAACTCCATTTTCTTCACAAATGTTCAA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAGGGCAAGACCTGAAATTCAACTCCATTTTCTTCACAAATGTTCAA  389

seq1  GTGTTTGAAATTTTGGCAAAGCTCTGTTTCAATGTAGTCCCCCCCTGATA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTGAAATTTTGGCAAAGCTCTGTTTCAATGTAGTCCCCCCCTGATA  439

seq1  GCAGACGCAATGCCAGTTCACATACTAAACAGCCAGCCTTCCCTGATTCC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGACGCAATGCCAGTTCACATACTAAACAGCCAGCCTTCCCTGATTCC  489

seq1  CATGCTGGTCCCTTGCTGGTCCCTAATGAGCGGCCACTGACACGTATGAA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTGGTCCCTTGCTGGTCCCTAATGAGCGGCCACTGACACGTATGAA  539

seq1  CAGCTTCAGCTCGGGCCAGGGATGTAGCTCAGTGGTAGGGGACTTGCCTA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTCAGCTCGGGCCAGGGATGTAGCTCAGTGGTAGGGGACTTGCCTA  589

seq1  GTATGCAGAAGGCCCTGGATTTGATTCCCAGCACTAAAATGAAACAAAAC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGCAGAAGGCCCTGGATTTGATTCCCAGCACTAAAATGAAACAAAAC  639

seq1  CGAAACAACAAAAGGCAGCTAAATATTTTAGAATGTGGCAAAAAGCTGGC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAAACAACAAAAGGCAGCTAAATATTTTAGAATGTGGCAAAAAGCTGGC  689

seq1  TATAAAGGCTACCAAAGTGGAAAACTAGAAATGGTTTTACTCTGCTAATA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAGGCTACCAAAGTGGAAAACTAGAAATGGTTTTACTCTGCTAATA  739

seq1  AACAAATGATAAGAACTCAGAAATTTGATACTTCTACGTAATAGTATGTT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAATGATAAGAACTCAGAAATTTGATACTTCTACGTAATAGTATGTT  789

seq1  AAAGGGGCAAACTATGCCAGGTGCATGCAAATCCCTTGGTATAAATATAG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGGCAAACTATGCCAGGTGCATGCAAATCCCTTGGTATAAATATAG  839

seq1  AAACACTGAAATACTAGAATATTTCTGAAAGTAGCATGCACACTACCAAA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACTGAAATACTAGAATATTTCTGAAAGTAGCATGCACACTACCAAA  889

seq1  TTGAAGTTGTATTTCTGGTTAGTAATTGATCTTCGTTTCCTCTCGGGCTG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGTTGTATTTCTGGTTAGTAATTGATCTTCGTTTCCTCTCGGGCTG  939

seq1  TTTAGCACAGGCTTCATGCAGCACAGGCTGCTGGTGGTGCTGAGAGTGAG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGCACAGGCTTCATGCAGCACAGGCTGCTGGTGGTGCTGAGAGTGAG  989

seq1  CTAGACCAACCTGATTCACACTCCCAAGTGCTGAGACGGCCAGCAGGCGC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGACCAACCTGATTCACACTCCCAAGTGCTGAGACGGCCAGCAGGCGC  1039

seq1  CAGCATGCCTAGCAGTAACTGCTATCTCTTAAGTCACTGTTTTTATAGAA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATGCCTAGCAGTAACTGCTATCTCTTAAGTCACTGTTTTTATAGAA  1089

seq1  TGAAAGTCAAAAGAGCTGAAATGAAGAGGAATTC  1130
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGTCAAAAGAGCTGAAATGAAGAGGAATTC  1123