BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-334O16
Chromosome14 (Build37)
Map Location 18,544,169 - 18,667,029
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneTpi-rs9
Downstream geneThrb, LOC627608, Nr1d2, LOC632287, Rpl15, Nkiras1, Ube2e1, LOC627717, LOC238963, Ube2e2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-334O16.bB6Ng01-334O16.g
ACCGA120301GA120302
length1,2021,148
definitionB6Ng01-334O16.b B6Ng01-334O16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,544,169 - 18,545,373)(18,665,888 - 18,667,029)
sequence
gaattcagagtcagaagtttgctccagtgacttgaagatcaaactgctct
gctctggagacgactgcctccaacaggcagccttgagtgggagctgaagc
ttatacttgctccttagctagttaccagtatgggaatagtaacttcaggt
tcacaattgcaaggagtgccatattgccagcccagagagagctcagatct
cagatgagtctgtagcccagctaaaccttgcatttggctttatgagacct
aaataaggaaagagtttaggcaacctaagccacagaaactgagatcatag
ctgtgggagtttaagaagctgagattaatgggtaggtatttgctgtgcaa
aagtagatggctagcagtcactcattagcctgtgtcctcttatttcagaa
gataattttcttaatgtgattcatatttgatgtgtttgcatctggagctc
agttccttcttgaccatctcagacttagcactcacttccacaaggaaagg
gagtgactgtttaattgtaaaatcatttccagtatttaaatttatgtctt
ttggattatatttatttataatatggcaatttctttcatagtctttttat
atcttaataaatgagtgaaactaaacattttatatgtagttattttgaat
tcttgaaaatttattcagtggaaatagaattttgagtgaataaattaact
ctacgatttggattggatcttaacaatagtgttgattaaagtgtgtgagc
ttctaatgactctggggagggtgatcttacatgctgcactgtgagggccc
actcagccttatcagggtcttattttatacctatgattctcatgtcaata
tagacagtatctataccaaagttatgagagacatgaaacatggatgtagg
atacatgctttcataacagaattagacaccacagatatagtttcagatca
aaatattagatccctgttaagttttaattggctgtagaaatccgttgtgc
tttctcactgtattcttagaggactgtgtccaggacctcctcagtacacc
agatactgaacacattctcaaacattatgaaaatcatatattaatttggc
ctataactaatatgttattttcaattttaccatgttcctagattactgac
atacatcataggctcttatgtagagtcataatccctgaattgcttaaggg
gg

gaattcagcatatactgttttatacagaggctactaatctggcccattgt
ggctagcctcatctccaacccatgcagaacatatcctagtcacagaactc
ttgatgaaatataaaactggaccaaaccactgctgtgtctaatttttctt
tcttgctttaaaaaattattttatgtgtatgtatgtgtgtgcctgagtcc
atgtctgtgcaccacatgcatgcagtgccccagaagccagaagaaggcat
ctgatcccctgaaactggagttaacagacttttgtgaggtactatgtggg
tgctggggattgaacctggatcttctggatgagtagctgtgctcttaact
atctgcctaatctttacaatggtccacccctgccattaggtccaatttga
gaatcttaaaacattcacagtggcagtgctggagatcacactaagttcct
tacattgtctataactatggcagtataaatccctccatgaacttctgtgt
gtgctgttccttctgtctgtggtcacttcccttcccactccccacataac
tttacctttctaaactcagtgaggcctagcatccttcaggaagccttgct
ctatttcctgccctagttatagtctgtgtctgagggtcctgccaatctcc
ctgagcatatttgtagcatatttgtagaagagatcttttatgtctgtcta
gaagcctatagctgaggcaggaaatagaaggtgggtgttccagtaggaag
caaggatgctgggatagagagaagcataggagggttggccctgaggaact
gaatgaggacagatatatggaacctgagcacaggtaaccagccttgtagc
agaacttagattagaaaaaacagattattaacttatgagcaggtcaggga
acatgcctagctatatgggcctaggtgttgtgaatacatatgagtctcaa
agttgttatttctggaaacaggtagaaaaacactttattaccacatattt
ataccaaagcagtgctatgatgttttgcaaacactgggtctgtttctttg
actactgtttctttgttcaagtgggcacttagagacgacagctcagcctg
cagagtggtcttgacctctgttctaacagagaaggagtgtctttcatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_18544169_18545373
seq2: B6Ng01-334O16.b_49_1250

seq1  GAATTCAGAGTCAGAAGTTTGCTCCAGTGACTTGAAGATCAAACTGCTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGTCAGAAGTTTGCTCCAGTGACTTGAAGATCAAACTGCTCT  50

seq1  GCTCTGGAGACGACTGCCTCCAACAGGCAGCCTTGAGTGGGAGCTGAAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGGAGACGACTGCCTCCAACAGGCAGCCTTGAGTGGGAGCTGAAGC  100

seq1  TTATACTTGCTCCTTAGCTAGTTACCAGTATGGGAATAGTAACTTCAGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATACTTGCTCCTTAGCTAGTTACCAGTATGGGAATAGTAACTTCAGGT  150

seq1  TCACAATTGCAAGGAGTGCCATATTGCCAGCCCAGAGAGAGCTCAGATCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAATTGCAAGGAGTGCCATATTGCCAGCCCAGAGAGAGCTCAGATCT  200

seq1  CAGATGAGTCTGTAGCCCAGCTAAACCTTGCATTTGGCTTTATGAGACCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGAGTCTGTAGCCCAGCTAAACCTTGCATTTGGCTTTATGAGACCT  250

seq1  AAATAAGGAAAGAGTTTAGGCAACCTAAGCCACAGAAACTGAGATCATAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAGGAAAGAGTTTAGGCAACCTAAGCCACAGAAACTGAGATCATAG  300

seq1  CTGTGGGAGTTTAAGAAGCTGAGATTAATGGGTAGGTATTTGCTGTGCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGGAGTTTAAGAAGCTGAGATTAATGGGTAGGTATTTGCTGTGCAA  350

seq1  AAGTAGATGGCTAGCAGTCACTCATTAGCCTGTGTCCTCTTATTTCAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAGATGGCTAGCAGTCACTCATTAGCCTGTGTCCTCTTATTTCAGAA  400

seq1  GATAATTTTCTTAATGTGATTCATATTTGATGTGTTTGCATCTGGAGCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAATTTTCTTAATGTGATTCATATTTGATGTGTTTGCATCTGGAGCTC  450

seq1  AGTTCCTTCTTGACCATCTCAGACTTAGCACTCACTTCCACAAGGAAAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCCTTCTTGACCATCTCAGACTTAGCACTCACTTCCACAAGGAAAGG  500

seq1  GAGTGACTGTTTAATTGTAAAATCATTTCCAGTATTTAAATTTATGTCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGACTGTTTAATTGTAAAATCATTTCCAGTATTTAAATTTATGTCTT  550

seq1  TTGGATTATATTTATTTATAATATGGCAATTTCTTTCATAGTCTTTTTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGATTATATTTATTTATAATATGGCAATTTCTTTCATAGTCTTTTTAT  600

seq1  ATCTTAATAAATGAGTGAAACTAAACATTTTATATGTAGTTATTTTGAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTAATAAATGAGTGAAACTAAACATTTTATATGTAGTTATTTTGAAT  650

seq1  TCTTGAAAATTTATTCAGTGGAAATAGAATTTTGAGTGAATAAATTAACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAAAATTTATTCAGTGGAAATAGAATTTTGAGTGAATAAATTAACT  700

seq1  CTACGATTTGGATTGGATCTTAACAATAGTGTTGATTAAAGTGTGTGAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACGATTTGGATTGGATCTTAACAATAGTGTTGATTAAAGTGTGTGAGC  750

seq1  TTCTAATGACTCTGGGGAGGGTGATCTTACATGCTGCACTGTGAGGGCCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAATGACTCTGGGGAGGGTGATCTTACATGCTGCACTGTGAGGGCCC  800

seq1  ACTCAGCCTTATCAGGGTCTTATTTTATACCTATGATTCTCATGTCAATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGCCTTATCAGGGTCTTATTTTATACCTATGATTCTCATGTCAATA  850

seq1  TAGACAGTATCTATACCAAAGTTATGAGAGACATGAAACATGGATGTAGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACAGTATCTATACCAAAGTTATGAGAGACATGAAACATGGATGTAGG  900

seq1  ATACATGCTTTCATAACAGAATTAGACACCACAGATATAGTTTCAGATCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATGCTTTCATAACAGAATTAGACACCACAGATATAGTTTCAGATCA  950

seq1  AAATAATAGATCCCTGTTAAGTTTTAATTGGCTGTAGAAATCCGTTGTGC  1000
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTAGATCCCTGTTAAGTTTTAATTGGCTGTAGAAATCCGTTGTGC  1000

seq1  TTTCTCACTGTATTCTTAGAGGACTGTGTCCAGGACCTCCTCAGGTACAC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TTTCTCACTGTATTCTTAGAGGACTGTGTCCAGGACCTCCTCA-GTACAC  1049

seq1  CAGATACTTGAACACA-TCTCAAAACCATTATGAAAATCCATATA-TAAT  1098
      ||||||| |||||||| |||||||  |||||||||||| |||||| ||||
seq2  CAGATAC-TGAACACATTCTCAAA--CATTATGAAAAT-CATATATTAAT  1095

seq1  TTGG-CTATAACT-ATATG-TATCTTAAATATTTTAACTATGT--CTAGA  1143
      |||| |||||||| ||||| ||| || ||   ||| || ||||  |||||
seq2  TTGGCCTATAACTAATATGTTATTTTCAA---TTTTACCATGTTCCTAGA  1142

seq1  TTACTGACAATACATACCATAGGTTTCTATGTAGAGTCATAA-CCTTGTA  1192
      |||||||| ||||||  |||||| |  ||||||||||||||| || || |
seq2  TTACTGAC-ATACAT--CATAGGCTCTTATGTAGAGTCATAATCCCTGAA  1189

seq1  TTGCTTTAGGGGG  1205
      |||||| ||||||
seq2  TTGCTTAAGGGGG  1202


seq1: chr14_18665888_18667029
seq2: B6Ng01-334O16.g_67_1214 (reverse)

seq1  AATG-AAGACACTC--TCTCTGTTAGAACAGA-GTCAAGACCACTCTGCA  46
      |||| |||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AATGAAAGACACTCCTTCTCTGTTAGAACAGAGGTCAAGACCACTCTGCA  50

seq1  -GCTGAGCTGGTTCTGTCTCT-AGTGCCCACTTGAACAAAGAAACAGTAG  94
       |||||||||  || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGAGCTG--TC-GTCTCTAAGTGCCCACTTGAACAAAGAAACAGTAG  97

seq1  TCAAAGAAACAGA-CCAGTGTTTGCAAAACATCATAGCACTGCTTTGGTA  143
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGAAACAGACCCAGTGTTTGCAAAACATCATAGCACTGCTTTGGTA  147

seq1  TAAATATGT-GTAATAAAGTG-TTTTCTACCTGTTTCCAGAAATAACAAC  191
      ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATGTGGTAATAAAGTGTTTTTCTACCTGTTTCCAGAAATAACAAC  197

seq1  TTTGAGACTCATATGTATTCACAAACACCTAGG-CCATATAGCTAGGCAT  240
      |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTTGAGACTCATATGTATTCAC-AACACCTAGGCCCATATAGCTAGGCAT  246

seq1  GTTCCCTGACCTGCTCATAAGTTAATAATCTGTTTTTTCTAATCTAAGTT  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCCTGACCTGCTCATAAGTTAATAATCTGTTTTTTCTAATCTAAGTT  296

seq1  CTGCTACAAGGCTGGTTACCTGTGCTCAGGTTCCATATATCTGTCCTCAT  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTACAAGGCTGGTTACCTGTGCTCAGGTTCCATATATCTGTCCTCAT  346

seq1  TCAGTTCCTCAGGGCCAACCCTCCTATGCTTCTCTCTATCCCAGCATCCT  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTCCTCAGGGCCAACCCTCCTATGCTTCTCTCTATCCCAGCATCCT  396

seq1  TGCTTCCTACTGGAACACCCACCTTCTATTTCCTGCCTCAGCTATAGGCT  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCCTACTGGAACACCCACCTTCTATTTCCTGCCTCAGCTATAGGCT  446

seq1  TCTAGACAGACATAAAAGATCTCTTCTACAAATATGCTACAAATATGCTC  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGACAGACATAAAAGATCTCTTCTACAAATATGCTACAAATATGCTC  496

seq1  AGGGAGATTGGCAGGACCCTCAGACACAGACTATAACTAGGGCAGGAAAT  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGATTGGCAGGACCCTCAGACACAGACTATAACTAGGGCAGGAAAT  546

seq1  AGAGCAAGGCTTCCTGAAGGATGCTAGGCCTCACTGAGTTTAGAAAGGTA  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCAAGGCTTCCTGAAGGATGCTAGGCCTCACTGAGTTTAGAAAGGTA  596

seq1  AAGTTATGTGGGGAGTGGGAAGGGAAGTGACCACAGACAGAAGGAACAGC  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTATGTGGGGAGTGGGAAGGGAAGTGACCACAGACAGAAGGAACAGC  646

seq1  ACACACAGAAGTTCATGGAGGGATTTATACTGCCATAGTTATAGACAATG  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACAGAAGTTCATGGAGGGATTTATACTGCCATAGTTATAGACAATG  696

seq1  TAAGGAACTTAGTGTGATCTCCAGCACTGCCACTGTGAATGTTTTAAGAT  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGAACTTAGTGTGATCTCCAGCACTGCCACTGTGAATGTTTTAAGAT  746

seq1  TCTCAAATTGGACCTAATGGCAGGGGTGGACCATTGTAAAGATTAGGCAG  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAATTGGACCTAATGGCAGGGGTGGACCATTGTAAAGATTAGGCAG  796

seq1  ATAGTTAAGAGCACAGCTACTCATCCAGAAGATCCAGGTTCAATCCCCAG  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTTAAGAGCACAGCTACTCATCCAGAAGATCCAGGTTCAATCCCCAG  846

seq1  CACCCACATAGTACCTCACAAAAGTCTGTTAACTCCAGTTTCAGGGGATC  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCACATAGTACCTCACAAAAGTCTGTTAACTCCAGTTTCAGGGGATC  896

seq1  AGATGCCTTCTTCTGGCTTCTGGGGCACTGCATGCATGTGGTGCACAGAC  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCCTTCTTCTGGCTTCTGGGGCACTGCATGCATGTGGTGCACAGAC  946

seq1  ATGGACTCAGGCACACACATACATACACATAAAATAATTTTTTAAAGCAA  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGACTCAGGCACACACATACATACACATAAAATAATTTTTTAAAGCAA  996

seq1  GAAAGAAAAATTAGACACAGCAGTGGTTTGGTCCAGTTTTATATTTCATC  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAAAAATTAGACACAGCAGTGGTTTGGTCCAGTTTTATATTTCATC  1046

seq1  AAGAGTTCTGTGACTAGGATATGTTCTGCATGGGTTGGAGATGAGGCTAG  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTTCTGTGACTAGGATATGTTCTGCATGGGTTGGAGATGAGGCTAG  1096

seq1  CCACAATGGGCCAGATTAGTAGCCTCTGTATAAAACAGTATATGCTGAAT  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAATGGGCCAGATTAGTAGCCTCTGTATAAAACAGTATATGCTGAAT  1146

seq1  TC  1142
      ||
seq2  TC  1148


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |