BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-335D03
Chromosome14 (Build37)
Map Location 24,581,139 - 24,734,842
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKcnma1
Upstream gene1700112E06Rik, LOC665068
Downstream geneLOC620499, Dlg5, LOC100039335, E330034G19Rik, LOC669325, Polr3a, Rps24, LOC669315
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-335D03.bB6Ng01-335D03.g
ACCGA120502GA120503
length1,1361,127
definitionB6Ng01-335D03.b B6Ng01-335D03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(24,581,139 - 24,582,268)(24,733,698 - 24,734,842)
sequence
gaattctagtcctcctgccatagtaggcaagaatgagaatgtccatctta
gcatggtctagaactagaagagtccccagtcaaggctgtgttcccctatg
agtccttctttgctagaaggctattgtgccacttgcctggagttctgttg
gtcttccaataataaggctgctcctggatttgctgctattaagggtagat
ggagcaagagagctaaagatctacaagtacaaaagcaataagaaagatgc
tcctggctaactctactgctgcctcccactcccacagccatggcttcaga
gaggaggagcatgaatgtacctggatcttgttaagagtatctgatccagg
tggacatgggagccccaccatccctatgtatctccatgtaactgtttatt
aaggccaaagtatagcctaggctgatgctgaactttaagaagcaggggta
acatactagcatgaacaaccacaggtaagctggcagcagtgtacccaggt
acctactcaaccctgcaagcaagagccagagatgcagcttaggcaggtga
caaaatttctgaccaggcaaaccatggcccatttctctgttgccttggag
ctgtgcccatttgtagctgacccaggttcagtgtctccctcagcggactg
ccagcaatagaggctacccattagcacctaagccactactgcagcacact
ctactccctgaaggccctttgtctccattatttcactcagttcctagcaa
gctggggaagggaaggctatactgacacagcaccatgaaagagaagatag
gtcctgacgggccagaagccaactgtgactttcccacagcaccctcaaga
ttaaagacatatactgggggagaatgagtcacttacactaccccatgtcc
acacacactaaggaagcaggatggacttaaacaaggaacaatgggatggg
aatacttgcaatcaaatcttgggtttatttttctgtctgcatgttcattc
ctttgggcaccagtgtcacactgtgagcctcagtttgctcattctgtgta
agaagagcactattggcaaacaatggatgaataagtggtaaatttaatgc
ctgaaagagaccagccttcttatcaataagtagtag

gaattctgagtgaggatgaggtggcagtgggcctcttgtggctcgtgtct
ttcagtggtcctggcagcacagatagtctgagggtggcaggactcacacc
tgggaccactggctgaccataggactgagaattatgacaggcatttatgt
acactgcccagtgacaggggctgccaatctttaatagatcctggaatggc
aagagctgggaataagatgggggtgtgatgcattctggcagagatgggta
ctgtctataaggttaccttcttagcctcctctatagcttacccataattc
actaggcaggtgtgttggctaactggggtagaagagtccatgtgctcttg
gacaagccactcaactatgggtgctttgtcaccttcacaatgtggagtta
cttcctcttactgcgcccactcacagatggatggagaagaccagtgtgag
aatagccttgcagactctggaaggacaagagtcgggcaggcattgttcct
tatctgggcagggagcaggtaaatggatgggggaaagacccagaatttct
agctcttctttgaaaccctcatcttcagcctgtgttacatccatccatcc
ccacctactaactaatgcaggactaaaaatggtgacatcagggagcaggt
cattgtgtgtcaaaggctgcctgggcttagcagtacctgcgggtagctgc
tgacctgaacagccagtgctcacaggtagggcacagcacactggatccca
tgtgtgaacctagaaccatgccctagacctgctccctccacactagggtc
aaggggtaacacttgagcttttaatgtttggaggagacacagggagtccc
tggagctgcctagagaaggagctgcccaagggctcatgacattcagacta
accatgaatgtggatggtaaatactaacttacattcatcctgagtctata
ctgatacttttacagatgcactgaggaaacagcttggagaagttgacttt
gcaagtccatagagctgatagcagagcttagattttatgcagataggaaa
atactcagattgactcagatcagaagttctacaatggaagaggtgttaca
gaggttcctcattgctttggcagtagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_24581139_24582268
seq2: B6Ng01-335D03.b_44_1179

seq1  GAATTCTAGTCCTCCTGCCATAGTAGGCAAGAATGAGAATGTCCATCTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGTCCTCCTGCCATAGTAGGCAAGAATGAGAATGTCCATCTTA  50

seq1  GCATGGTCTAGAACTAGAAGAGTCCCCAGTCAAGGCTGTGTTCCCCTATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGGTCTAGAACTAGAAGAGTCCCCAGTCAAGGCTGTGTTCCCCTATG  100

seq1  AGTCCTTCTTTGCTAGAAGGCTATTGTGCCACTTGCCTGGAGTTCTGTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTTCTTTGCTAGAAGGCTATTGTGCCACTTGCCTGGAGTTCTGTTG  150

seq1  GTCTTCCAATAATAAGGCTGCTCCTGGATTTGCTGCTATTAAGGGTAGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCCAATAATAAGGCTGCTCCTGGATTTGCTGCTATTAAGGGTAGAT  200

seq1  GGAGCAAGAGAGCTAAAGATCTACAAGTACAAAAGCAATAAGAAAGATGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCAAGAGAGCTAAAGATCTACAAGTACAAAAGCAATAAGAAAGATGC  250

seq1  TCCTGGCTAACTCTACTGCTGCCTCCCACTCCCACAGCCATGGCTTCAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGCTAACTCTACTGCTGCCTCCCACTCCCACAGCCATGGCTTCAGA  300

seq1  GAGGAGGAGCATGAATGTACCTGGATCTTGTTAAGAGTATCTGATCCAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGGAGCATGAATGTACCTGGATCTTGTTAAGAGTATCTGATCCAGG  350

seq1  TGGACATGGGAGCCCCACCATCCCTATGTATCTCCATGTAACTGTTTATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACATGGGAGCCCCACCATCCCTATGTATCTCCATGTAACTGTTTATT  400

seq1  AAGGCCAAAGTATAGCCTAGGCTGATGCTGAACTTTAAGAAGCAGGGGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCCAAAGTATAGCCTAGGCTGATGCTGAACTTTAAGAAGCAGGGGTA  450

seq1  ACATACTAGCATGAACAACCACAGGTAAGCTGGCAGCAGTGTACCCAGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACTAGCATGAACAACCACAGGTAAGCTGGCAGCAGTGTACCCAGGT  500

seq1  ACCTACTCAACCCTGCAAGCAAGAGCCAGAGATGCAGCTTAGGCAGGTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTACTCAACCCTGCAAGCAAGAGCCAGAGATGCAGCTTAGGCAGGTGA  550

seq1  CAAAATTTCTGACCAGGCAAACCATGGCCCATTTCTCTGTTGCCTTGGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATTTCTGACCAGGCAAACCATGGCCCATTTCTCTGTTGCCTTGGAG  600

seq1  CTGTGCCCATTTGTAGCTGACCCAGGTTCAGTGTCTCCCTCAGCGGACTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCCCATTTGTAGCTGACCCAGGTTCAGTGTCTCCCTCAGCGGACTG  650

seq1  CCAGCAATAGAGGCTACCCATTAGCACCTAAGCCACTACTGCAGCACACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCAATAGAGGCTACCCATTAGCACCTAAGCCACTACTGCAGCACACT  700

seq1  CTACTCCCTGAAGGCCCTTTGTCTCCATTATTTCACTCAGTTCCTAGCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTCCCTGAAGGCCCTTTGTCTCCATTATTTCACTCAGTTCCTAGCAA  750

seq1  GCTGGGGAAGGGAAGGCTATACTGACACAGCACCATGAAAGAGAAGATAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGGAAGGGAAGGCTATACTGACACAGCACCATGAAAGAGAAGATAG  800

seq1  GTCCTGACGGGCCAGAAGCCAACTGTGACTTTCCCACAGCACCCTCAAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGACGGGCCAGAAGCCAACTGTGACTTTCCCACAGCACCCTCAAGA  850

seq1  TTAAAGACATATACTGGGGGAGAATGAGTCACTTACACTACCCCATGTCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGACATATACTGGGGGAGAATGAGTCACTTACACTACCCCATGTCC  900

seq1  ACACACACTAAGGAAGCAGGGATGGACTTAAACAAGGAACAATGGGATGG  950
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACTAAGGAAGCA-GGATGGACTTAAACAAGGAACAATGGGATGG  949

seq1  GAATACTTGCAATCAAATCTTGGGTTTA-TTTTCTGTCTGCATGTTCATT  999
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GAATACTTGCAATCAAATCTTGGGTTTATTTTTCTGTCTGCATGTTCATT  999

seq1  CCTTTGGGCACCAGGTGTCACCACTGTGAGCCTCAGTTGCCTCA-TCTGT  1048
      ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||  |||| |||||
seq2  CCTTTGGGCACCA-GTGTCA-CACTGTGAGCCTCAGTTTGCTCATTCTGT  1047

seq1  GTAAG-AGAGCACTATTGGGAAACATGGGATGA--TAGT-GTAA--TTAA  1092
      ||||| ||||||||||||| |||||  ||||||   ||| ||||  ||||
seq2  GTAAGAAGAGCACTATTGGCAAACAATGGATGAATAAGTGGTAAATTTAA  1097

seq1  TGCCTGGAAAAGAGCAGGCTCTTAATCAATAAGT-GTAG  1130
      |||||| || ||| ||| ||  | |||||||||| ||||
seq2  TGCCTGAAAGAGACCAGCCTTCTTATCAATAAGTAGTAG  1136


seq1: chr14_24733698_24734842
seq2: B6Ng01-335D03.g_65_1191 (reverse)

seq1  GCTACTG-CAAAGCAATGAGGACCTCCTTGGTAACAACCTCTTCCAATTG  49
      ||||||| ||||||||||||||   |||  ||||| ||||||||| ||||
seq2  GCTACTGCCAAAGCAATGAGGA--ACCTCTGTAAC-ACCTCTTCC-ATTG  46

seq1  TAGAACCTTCCTGATCCTTGAGTCAAATCTTGAGTA-TGTCCTATCTGCA  98
      ||||||  | ||||||  |||||| |||| |||||| | |||||||||||
seq2  TAGAAC--TTCTGATC--TGAGTC-AATC-TGAGTATTTTCCTATCTGCA  90

seq1  TTAAAATCTAAGCTTCCTGCTTATCAGCTCTATGGACTTGGCAAAGTCAA  148
       |||||||||||||  |||| |||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  -TAAAATCTAAGCT--CTGC-TATCAGCTCTATGGACTT-GCAAAGTCAA  135

seq1  CTTCTCCAAGCCTGTTTCCTCAAGTGCATCTGTAAAAGTATCAGTTATAG  198
      |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CTTCTCCAAG-CTGTTTCCTC-AGTGCATCTGTAAAAGTATCAG-TATAG  182

seq1  ACTCCAGGATGAATGTAAGTTAGTATTTACCATCCACATTCATGGTTAGT  248
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACT-CAGGATGAATGTAAGTTAGTATTTACCATCCACATTCATGGTTAGT  231

seq1  CCTGAATGTCATGAGCCCTTGGGCAGCTCCTTCTCTAGGCAGCTCCAGGG  298
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -CTGAATGTCATGAGCCCTTGGGCAGCTCCTTCTCTAGGCAGCTCCAGGG  280

seq1  ACTCCCTGTGTCTCCTCCAAACATTAAAAGCTCAAGTGTTACCCCTTGAC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCCTGTGTCTCCTCCAAACATTAAAAGCTCAAGTGTTACCCCTTGAC  330

seq1  CCTAGTGTGGAGGGAGCAGGTCTAGGGCATGGTTCTAGGTTCACACATGG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGTGTGGAGGGAGCAGGTCTAGGGCATGGTTCTAGGTTCACACATGG  380

seq1  GATCCAGTGTGCTGTGCCCTACCTGTGAGCACTGGCTGTTCAGGTCAGCA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCAGTGTGCTGTGCCCTACCTGTGAGCACTGGCTGTTCAGGTCAGCA  430

seq1  GCTACCCGCAGGTACTGCTAAGCCCAGGCAGCCTTTGACACACAATGACC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACCCGCAGGTACTGCTAAGCCCAGGCAGCCTTTGACACACAATGACC  480

seq1  TGCTCCCTGATGTCACCATTTTTAGTCCTGCATTAGTTAGTAGGTGGGGA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCCCTGATGTCACCATTTTTAGTCCTGCATTAGTTAGTAGGTGGGGA  530

seq1  TGGATGGATGTAACACAGGCTGAAGATGAGGGTTTCAAAGAAGAGCTAGA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGGATGTAACACAGGCTGAAGATGAGGGTTTCAAAGAAGAGCTAGA  580

seq1  AATTCTGGGTCTTTCCCCCATCCATTTACCTGCTCCCTGCCCAGATAAGG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTGGGTCTTTCCCCCATCCATTTACCTGCTCCCTGCCCAGATAAGG  630

seq1  AACAATGCCTGCCCGACTCTTGTCCTTCCAGAGTCTGCAAGGCTATTCTC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATGCCTGCCCGACTCTTGTCCTTCCAGAGTCTGCAAGGCTATTCTC  680

seq1  ACACTGGTCTTCTCCATCCATCTGTGAGTGGGCGCAGTAAGAGGAAGTAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGGTCTTCTCCATCCATCTGTGAGTGGGCGCAGTAAGAGGAAGTAA  730

seq1  CTCCACATTGTGAAGGTGACAAAGCACCCATAGTTGAGTGGCTTGTCCAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCACATTGTGAAGGTGACAAAGCACCCATAGTTGAGTGGCTTGTCCAA  780

seq1  GAGCACATGGACTCTTCTACCCCAGTTAGCCAACACACCTGCCTAGTGAA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACATGGACTCTTCTACCCCAGTTAGCCAACACACCTGCCTAGTGAA  830

seq1  TTATGGGTAAGCTATAGAGGAGGCTAAGAAGGTAACCTTATAGACAGTAC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGGGTAAGCTATAGAGGAGGCTAAGAAGGTAACCTTATAGACAGTAC  880

seq1  CCATCTCTGCCAGAATGCATCACACCCCCATCTTATTCCCAGCTCTTGCC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTCTGCCAGAATGCATCACACCCCCATCTTATTCCCAGCTCTTGCC  930

seq1  ATTCCAGGATCTATTAAAGATTGGCAGCCCCTGTCACTGGGCAGTGTACA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCAGGATCTATTAAAGATTGGCAGCCCCTGTCACTGGGCAGTGTACA  980

seq1  TAAATGCCTGTCATAATTCTCAGTCCTATGGTCAGCCAGTGGTCCCAGGT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGCCTGTCATAATTCTCAGTCCTATGGTCAGCCAGTGGTCCCAGGT  1030

seq1  GTGAGTCCTGCCACCCTCAGACTATCTGTGCTGCCAGGACCACTGAAAGA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTCCTGCCACCCTCAGACTATCTGTGCTGCCAGGACCACTGAAAGA  1080

seq1  CACGAGCCACAAGAGGCCCACTGCCACCTCATCCTCACTCAGAATTC  1145
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGAGCCACAAGAGGCCCACTGCCACCTCATCCTCACTCAGAATTC  1127


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |