BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-335K02
Chromosome14 (Build37)
Map Location 41,099,575 - 41,197,497
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC218945, LOC100040470
Upstream geneNrg3, LOC100040439
Downstream geneLOC382876, Sh2d4b, Tspan14, 5730469M10Rik, Dydc2, EG622782, Dydc1, Mat1a, Sftpa1, LOC100040498, LOC666079, Mbl1, Sftpd, LOC666093, EG666099, LOC100040545, LOC676294, LOC545034, LOC100040587, EG666138
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-335K02.bB6Ng01-335K02.g
ACCGA120795GA120796
length1,1151,161
definitionB6Ng01-335K02.b B6Ng01-335K02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(41,196,385 - 41,197,497)(41,099,575 - 41,100,782)
sequence
gaattcctaatagctgaaatagttagttccatttcaactttagatgctca
tgttgaaaatcagtccataggctactctcaccttggctgtaaatgagagg
atcttatgagctttcctcagataacatcacctgctagaacagttcaccaa
aattagagtcacatttgctatgtttggcacattatcagaaaggttacagt
aaaggaaacagacataaagtatatatgcaggggtctgtatggaccttggg
tgtaagagatctgtctctgtaaaactgaggtccttccagtctctgagtat
gtttttgctaatcaagaagttctctaaccagttttgggggatgcttatag
cgaccttatcctttgacacagttcaatgttaactaaaactctaattacct
ccctctccatgaaggtgagattgaaagtttgaactcttcaaattttgagc
tgatcttttttgtgacaagtcttttctcaagaagtctgtcaagcattgac
tcattacttcctactaactaggaagtgtccacagatttgaagctctctat
tgggaactgggaacaaagattagatgtacatttcataggacactataata
tatcagtaaatgaagttagaaatgtgtgttcttttcaatgttcattttaa
ttatgacaataatttagtgtcagttgcagcagtaattctctaattgagta
gcacatttttgattttcaacattagctccagagactagaaaggatttctt
ataaagtagatttatagactcatattatcatttcatcatgttaatttgga
gtttttctaatgtaaattacttttggatagaaaaaaaaatcagacatagt
aagtttgtgatttttttctcatttttttttcacggctaatgctcaatgca
ataaagcaaaacttccttgggtatcttagaattcaagaaggtgtcctctg
acattttttattttaaaccagatacaaaagtctctaatcttagagataaa
ctttaaacagatgaacatctcaagcttagaaattccttcaagacttggag
taaatacatcataatcttattcattcaatcttcaaaaagatttgcatggg
taatgtatcaataaa
gaattcagatgttgctgagttcatgaggctggatgtttcagctgattgaa
agaagtaggtgctaatgccagtgaaggtatgaacctactaatgagataag
aacaagcaggcaaagatcaaaagcatccttcttccaagtccttctatagg
tttcaagttaaatgtgtggcccagattaaaggtgtgtccacctgagttga
tctggattgaagggcccatcttttcctggctcaaaatatttgaattgaaa
gagtgtcttcctgcctcaaagatctagattagaaactgatccctcaattt
caaattgacaatatcctttacctttgtacccttcagttgtggatttgagt
taattcttagatgcagtcaagttgacaacaaagaatagccattgcacaag
ggaactgctgcataagtccatttcatctatgtggccctcatcaccaccag
gaaagtcaaagtcatggctaattttcaaaaaatcactaccttagttctct
aaatgttttctttatttagtttgctatgggtttctctttagctatgcatc
ttacctttatttttgctgcaggtattgtttattaatttttacctatttat
tttgtgtgcccgtgttaaggcacgcatgtttaggtcacaggaaaatttga
gggagccagtcctctacctctactgtatgtgtctcagggtaagatcttat
tctaatgattttgcttactgagacatatcatcatatgtgtatgtatatgc
atgtgtgtgtgtttgttggaaattttacagcctctgcatgtggcacaaat
aaacaaaatgtaagaagttgccatggtagtgtcccacttagcaaaacaaa
caacaaaatagtagcagagttacttgttcacattctagatctcaatcatt
gtcctaagaatttacattttccagactttcaacaccatgcattctaagcc
tccaaattcatagagataaatgtagacaaagttagtagcttgtatcatca
tagctcaaagatgatcagaagtacacatagccctttgactaaaacatgtt
cttctctcctaccccttattagaaatagcccttccaaggaggaagacatc
aaagttgtggcatttcagctgctgacatacttcttttctgcatttctaag
cccttggtaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_41196385_41197497
seq2: B6Ng01-335K02.b_46_1160 (reverse)

seq1  TTTA-TGATACATTA-CCATGCAAATCTTTTTGAAGA-TGAATGAATAAG  47
      |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTTATTGATACATTACCCATGCAAATCTTTTTGAAGATTGAATGAATAAG  50

seq1  GAATTATGATGTATTTACT-CAAGTCTTGAAGGAATTTCTAAGCTTGGAG  96
        ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  --ATTATGATGTATTTACTCCAAGTCTTGAAGGAATTTCTAAGCTT-GAG  97

seq1  ATTGTTCATCTGTTTAAAGTTTTATCTCTAAGATTAGAGACTTTTGTATC  146
      | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-TGTTCATCTGTTTAAAG-TTTATCTCTAAGATTAGAGACTTTTGTATC  145

seq1  TGGTTTAAA--TAAAAATGTCAGAGGACACCTTCTTGAATTCTAAGATAC  194
      |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTAAAATAAAAAATGTCAGAGGACACCTTCTTGAATTCTAAGATAC  195

seq1  CCAAGGAAGTTTTGCTTTATTGCATTGAGCATTAGCCGTG-AAAAAAAAT  243
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CCAAGGAAGTTTTGCTTTATTGCATTGAGCATTAGCCGTGAAAAAAAAAT  245

seq1  GAGAAAAAAATCACAAACTTACTATGTCTGATTTTTTTTTCTATCCAAAA  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAAAAATCACAAACTTACTATGTCTGATTTTTTTTTCTATCCAAAA  295

seq1  GTAATTTACATTAGAAAAACTCCAAATTAACATGATGAAATGATAATATG  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATTTACATTAGAAAAACTCCAAATTAACATGATGAAATGATAATATG  345

seq1  AGTCTATAAATCTACTTTATAAGAAATCCTTTCTAGTCTCTGGAGCTAAT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTATAAATCTACTTTATAAGAAATCCTTTCTAGTCTCTGGAGCTAAT  395

seq1  GTTGAAAATCAAAAATGTGCTACTCAATTAGAGAATTACTGCTGCAACTG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAAAATCAAAAATGTGCTACTCAATTAGAGAATTACTGCTGCAACTG  445

seq1  ACACTAAATTATTGTCATAATTAAAATGAACATTGAAAAGAACACACATT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTAAATTATTGTCATAATTAAAATGAACATTGAAAAGAACACACATT  495

seq1  TCTAACTTCATTTACTGATATATTATAGTGTCCTATGAAATGTACATCTA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAACTTCATTTACTGATATATTATAGTGTCCTATGAAATGTACATCTA  545

seq1  ATCTTTGTTCCCAGTTCCCAATAGAGAGCTTCAAATCTGTGGACACTTCC  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTGTTCCCAGTTCCCAATAGAGAGCTTCAAATCTGTGGACACTTCC  595

seq1  TAGTTAGTAGGAAGTAATGAGTCAATGCTTGACAGACTTCTTGAGAAAAG  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTAGTAGGAAGTAATGAGTCAATGCTTGACAGACTTCTTGAGAAAAG  645

seq1  ACTTGTCACAAAAAAGATCAGCTCAAAATTTGAAGAGTTCAAACTTTCAA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTCACAAAAAAGATCAGCTCAAAATTTGAAGAGTTCAAACTTTCAA  695

seq1  TCTCACCTTCATGGAGAGGGAGGTAATTAGAGTTTTAGTTAACATTGAAC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACCTTCATGGAGAGGGAGGTAATTAGAGTTTTAGTTAACATTGAAC  745

seq1  TGTGTCAAAGGATAAGGTCGCTATAAGCATCCCCCAAAACTGGTTAGAGA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCAAAGGATAAGGTCGCTATAAGCATCCCCCAAAACTGGTTAGAGA  795

seq1  ACTTCTTGATTAGCAAAAACATACTCAGAGACTGGAAGGACCTCAGTTTT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTTGATTAGCAAAAACATACTCAGAGACTGGAAGGACCTCAGTTTT  845

seq1  ACAGAGACAGATCTCTTACACCCAAGGTCCATACAGACCCCTGCATATAT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGACAGATCTCTTACACCCAAGGTCCATACAGACCCCTGCATATAT  895

seq1  ACTTTATGTCTGTTTCCTTTACTGTAACCTTTCTGATAATGTGCCAAACA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTATGTCTGTTTCCTTTACTGTAACCTTTCTGATAATGTGCCAAACA  945

seq1  TAGCAAATGTGACTCTAATTTTGGTGAACTGTTCTAGCAGGTGATGTTAT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAAATGTGACTCTAATTTTGGTGAACTGTTCTAGCAGGTGATGTTAT  995

seq1  CTGAGGAAAGCTCATAAGATCCTCTCATTTACAGCCAAGGTGAGAGTAGC  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGAAAGCTCATAAGATCCTCTCATTTACAGCCAAGGTGAGAGTAGC  1045

seq1  CTATGGACTGATTTTCAACATGAGCATCTAAAGTTGAAATGGAACTAACT  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGGACTGATTTTCAACATGAGCATCTAAAGTTGAAATGGAACTAACT  1095

seq1  ATTTCAGCTATTAGGAATTC  1113
      ||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAGCTATTAGGAATTC  1115

seq1: chr14_41099575_41100782
seq2: B6Ng01-335K02.g_67_1227

seq1  GAATTCAGATGTTGCTGAGTTCATGAGGCTGGATGTTTCAGCTGATTGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGATGTTGCTGAGTTCATGAGGCTGGATGTTTCAGCTGATTGAA  50

seq1  AGAAGTAGGTGCTAATGCCAGTGAAGGTATGAACCTACTAATGAGATAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTAGGTGCTAATGCCAGTGAAGGTATGAACCTACTAATGAGATAAG  100

seq1  AACAAGCAGGCAAAGATCAAAAGCATCCTTCTTCCAAGTCCTTCTATAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGCAGGCAAAGATCAAAAGCATCCTTCTTCCAAGTCCTTCTATAGG  150

seq1  TTTCAAGTTAAATGTGTGGCCCAGATTAAAGGTGTGTCCACCTGAGTTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAAGTTAAATGTGTGGCCCAGATTAAAGGTGTGTCCACCTGAGTTGA  200

seq1  TCTGGATTGAAGGGCCCATCTTTTCCTGGCTCAAAATATTTGAATTGAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGATTGAAGGGCCCATCTTTTCCTGGCTCAAAATATTTGAATTGAAA  250

seq1  GAGTGTCTTCCTGCCTCAAAGATCTAGATTAGAAACTGATCCCTCAATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGTCTTCCTGCCTCAAAGATCTAGATTAGAAACTGATCCCTCAATTT  300

seq1  CAAATTGACAATATCCTTTACCTTTGTACCCTTCAGTTGTGGATTTGAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTGACAATATCCTTTACCTTTGTACCCTTCAGTTGTGGATTTGAGT  350

seq1  TAATTCTTAGATGCAGTCAAGTTGACAACAAAGAATAGCCATTGCACAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCTTAGATGCAGTCAAGTTGACAACAAAGAATAGCCATTGCACAAG  400

seq1  GGAACTGCTGCATAAGTCCATTTCATCTATGTGGCCCTCATCACCACCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTGCTGCATAAGTCCATTTCATCTATGTGGCCCTCATCACCACCAG  450

seq1  GAAAGTCAAAGTCATGGCTAATTTTCAAAAAATCACTACCTTAGTTCTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTCAAAGTCATGGCTAATTTTCAAAAAATCACTACCTTAGTTCTCT  500

seq1  AAATGTTTTCTTTATTTAGTTTGCTATGGGTTTCTCTTTAGCTATGCATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTTTTCTTTATTTAGTTTGCTATGGGTTTCTCTTTAGCTATGCATC  550

seq1  TTACCTTTATTTTTGCTGCAGGTATTGTTTATTAATTTTTACCTATTTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTTTATTTTTGCTGCAGGTATTGTTTATTAATTTTTACCTATTTAT  600

seq1  TTTGTGTGCCCGTGTTAAGGCACGCATGTTTAGGTCACAGGAAAATTTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGTGCCCGTGTTAAGGCACGCATGTTTAGGTCACAGGAAAATTTGA  650

seq1  GGGAGCCAGTCCTCTACCTCTACTGTATGTGTCTCAGGGTAAGATCTTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGCCAGTCCTCTACCTCTACTGTATGTGTCTCAGGGTAAGATCTTAT  700

seq1  TCTAATGATTTTGCTTACTGAGACATATCATCATATGTGTATGTATATGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATGATTTTGCTTACTGAGACATATCATCATATGTGTATGTATATGC  750

seq1  ATGTGTGTGTGTTTGTTGGAAATTTTACAGCCTCTGCATGTGGCACAAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTGTGTGTTTGTTGGAAATTTTACAGCCTCTGCATGTGGCACAAAT  800

seq1  AAACAAAATGTAAGAAGTTGCCATGGTAGTGTCCCACTTAGCAAAACAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAAATGTAAGAAGTTGCCATGGTAGTGTCCCACTTAGCAAAACAAA  850

seq1  CAAACAAAATAGTAGCAGAGTTACTTGTTCACATTCTAGATCTCAATCAT  900
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  C-AACAAAATAGTAGCAGAGTTACTTGTTCACATTCTAGATCTCAATCAT  899

seq1  TGTCCTAAAGAATTTACATTTTCCAAGACTTTCAAACAACCCATGCATTC  950
      |||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||  ||||||||||
seq2  TGTCCT-AAGAATTTACATTTTCC-AGACTTTC-AACA--CCATGCATTC  944

seq1  TTAAGCCTCCAAATTCATAGAGGAATAAAATGGTAGACAAAAGTTAAGTA  1000
       |||||||||||||||||||||  |||||   |||||| |||||| ||||
seq2  -TAAGCCTCCAAATTCATAGAG--ATAAA--TGTAGAC-AAAGTT-AGTA  987

seq1  GCTTGTATCAATCCATAGCTCAAAGGAATGAATCAGAGGTTACACATTAG  1050
      ||||||||||   ||||||||||||  ||| |||||| | |||||| |||
seq2  GCTTGTATCA--TCATAGCTCAAAG--ATG-ATCAGAAG-TACACA-TAG  1030

seq1  CCCTTTGGAACCTAAAAACCAATGTTCTTCTCT-CTACCCCTAAATTTTA  1099
      |||||||    ||||||    |||||||||||| ||||||||   | |||
seq2  CCCTTTG---ACTAAAA---CATGTTCTTCTCTCCTACCCCT---TATTA  1071

seq1  GAAATAGCCCTTTCAAGGAAGAGAAAGACATTCAAACTTTTGTGTGCGTT  1149
      |||||||||||| ||||   ||| |||||| ||||| || ||   || ||
seq2  GAAATAGCCCTTCCAAG---GAGGAAGACA-TCAAAGTTGTG---GCATT  1114

seq1  TTTTTTCAAGCTTGCTGCACATACTTCTTTTTTCTTTCCATTTCTAAAGC  1199
      |       ||| ||||| ||||||||||||    | | |||||||||  |
seq2  T------CAGC-TGCTG-ACATACTTCTTT----TCTGCATTTCTAAGCC  1152

seq1  TCTGGTAAT  1208
        |||||||
seq2  CTTGGTAAT  1161