BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-339F11
Chromosome14 (Build37)
Map Location 12,366,452 - 12,510,838
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041996, Ptprg
Upstream geneFhit, LOC100041974, LOC667030, EG382843, LOC100042427, LOC667059
Downstream geneLOC100042441, 3830406C13Rik, EG667072, Fezf2, Cadps
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-339F11.bB6Ng01-339F11.g
ACCGA123362GA123363
length1,086799
definitionB6Ng01-339F11.b B6Ng01-339F11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,509,756 - 12,510,838)(12,366,452 - 12,367,251)
sequence
gaattcaccctggcactgcttcccaagctagcgatccaggctaacaggcc
ctctggaccactgcagacacacagaatgtccattcaacatagagactgag
attacaggttagtatacgaggttgctttttgtccattaactgtctgggta
gtaacccatcacacaaacaggtctcctttaaaatctcctagcaatgggta
ctgaggtcatttcaagtctcacggcagtccagggaagcttttcacacaga
tacctcagtgaggtaagagggttcttccacaagataaactccctgaaaat
agggtcactgagaggaaagatggtgtatttctgcccgcttctggaaactg
accagctgcttccaaagagttctcaaaatctatttccaatgacatgactg
cagatagcaccaccgagctgataaagagctttgatagcactgctcacaga
ggtggtattttatcaactgacaatcaacacgacagaaatgatgttatctc
acttcactaaggtagtgatttaatttacacacacacacacacacacacac
acacacacacacacacacacacacggaggggggctcttaaaaggctcttc
atgaactagcctcctgtctccgttgcgttgctctagcttttttgaattgt
aatcgtgaccatttcctaaggaattaagaattacctagaactgtgttccc
aggtctcttagaaaacagtctttctttaaaatactgttgcctctctctct
gaaatgacagcggttgaccctcaagccccatggtgtcatcccttgcccaa
tgctgaaacaccaaatttctactgtgtctcttaaattctctttggagtac
aggcctagagacaaattccaatgagcctttcctcttcctcctcctcaccc
accactgtcaatctgcccttcttctggcatccctttccggaatagttgag
tttcctattcttactgcagcgtgactatctaacttatctgtctggctgaa
gaactggaacccactgtcttaagccagtatttctatccctcgagtccaac
caaccctgtcacaacaagtctagaccgatgtcccag
gaattcccaaagcaagactggtcatgtagatttgattgaaaatcccttcc
ccagtggataagagttaaggaaaattcttgatatcaactctttgactcaa
cacacaacacctgcagacaaaccacacacacacacacacactacacattc
acacacatacacacacattacacacacacattctcacacatgtaaaaaac
atggacactggggctcaagagatggctcagcggttaagagcactgactgt
tcttccagaggacttgagttcaattcccagcaacaacgtggtggctcaca
accatctgtaatgggatccaatgccctcttctgatgtgtctgaagacaac
ggcagtgtactcacatacgggaaataaatcttttttaaaaaattatgcac
actaaatgcacgtacaaatgatgaagaaaagaaactgtcagttgattcag
caagcaaatactatctactgatttatgaaacaagattctgggttatgctg
aagaaggaacttagaggtgaaattttaaggtctctgacccagggtctgga
aaacctggaagggaaggaaatccccatacaggagcaccttggtatgcaca
caatgacaaagacctttctcacagccctcttggctcccctgggaactttc
ctggatgtagcacaaaaagactcattgtgtcccaactctggcaggtcccc
tagggggagccaagacctgtgaggccagaaaccttatctgcatatctctc
ccagctctgccacacaatggatgttgatgagaggagggggggagagaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_12509756_12510838
seq2: B6Ng01-339F11.b_47_1132 (reverse)

seq1  CTGGGACATCCGTCCTAGACT--GTGTGACAGGGTTGGGTTGGACCTCGA  48
      |||||||||| || |||||||   |||||||||||| ||||||| |||||
seq2  CTGGGACATCGGT-CTAGACTTGTTGTGACAGGGTT-GGTTGGA-CTCGA  47

seq1  GGG-TAG-AATACTGGCTTAAGACAGTGGGTTCCAGT--CTCAGCCAGAC  94
      ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||
seq2  GGGATAGAAATACTGGCTTAAGACAGTGGGTTCCAGTTCTTCAGCCAGAC  97

seq1  AGATAAGTTAAGATAGTCACGCTGCAGTAAGAATAGGAAACTCAACTATT  144
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAAGTT-AGATAGTCACGCTGCAGTAAGAATAGGAAACTCAACTATT  146

seq1  CCGGGAAGGGATGCCAGAAGAAGGGCAGATTGACAGTGGTGGGTGAGGAG  194
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGAAAGGGATGCCAGAAGAAGGGCAGATTGACAGTGGTGGGTGAGGAG  196

seq1  GAGGAAGAGG-AAGGCTCATTGGAATTTGTCTCTAGGCCTGTACTCCAAA  243
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAGAGGAAAGGCTCATTGGAATTTGTCTCTAGGCCTGTACTCCAAA  246

seq1  GAGAATTTAAGAGACACAGTAGAAATTTGGTGTTTCAGCATTGGGCAAGG  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATTTAAGAGACACAGTAGAAATTTGGTGTTTCAGCATTGGGCAAGG  296

seq1  GATGACACCATGGGGCTTGAGGGTCAACCGCTGTCATTTCAGAGAGAGAG  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGACACCATGGGGCTTGAGGGTCAACCGCTGTCATTTCAGAGAGAGAG  346

seq1  GCAACAGTATTTTAAAGAAAGACTGTTTTCTAAGAGACCTGGGAACACAG  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACAGTATTTTAAAGAAAGACTGTTTTCTAAGAGACCTGGGAACACAG  396

seq1  TTCTAGGTAATTCTTAATTCCTTAGGAAATGGTCACGATTACAATTCAAA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGGTAATTCTTAATTCCTTAGGAAATGGTCACGATTACAATTCAAA  446

seq1  AAAGCTAGAGCAACGCAACGGAGACAGGAGGCTAGTTCATGAAGAGCCTT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTAGAGCAACGCAACGGAGACAGGAGGCTAGTTCATGAAGAGCCTT  496

seq1  TTAAGAGCCCCCCTCCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGAGCCCCCCTCCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  546

seq1  GTGTGTGTGTGTGTAAATTAAATCACTACCTTAGTGAAGTGAGATAACAT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTAAATTAAATCACTACCTTAGTGAAGTGAGATAACAT  596

seq1  CATTTCTGTCGTGTTGATTGTCAGTTGATAAAATACCACCTCTGTGAGCA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCTGTCGTGTTGATTGTCAGTTGATAAAATACCACCTCTGTGAGCA  646

seq1  GTGCTATCAAAGCTCTTTATCAGCTCGGTGGTGCTATCTGCAGTCATGTC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTATCAAAGCTCTTTATCAGCTCGGTGGTGCTATCTGCAGTCATGTC  696

seq1  ATTGGAAATAGATTTTGAGAACTCTTTGGAAGCAGCTGGTCAGTTTCCAG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGAAATAGATTTTGAGAACTCTTTGGAAGCAGCTGGTCAGTTTCCAG  746

seq1  AAGCGGGCAGAAATACACCATCTTTCCTCTCAGTGACCCTATTTTCAGGG  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCGGGCAGAAATACACCATCTTTCCTCTCAGTGACCCTATTTTCAGGG  796

seq1  AGTTTATCTTGTGGAAGAACCCTCTTACCTCACTGAGGTATCTGTGTGAA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTATCTTGTGGAAGAACCCTCTTACCTCACTGAGGTATCTGTGTGAA  846

seq1  AAGCTTCCCTGGACTGCCGTGAGACTTGAAATGACCTCAGTACCCATTGC  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTCCCTGGACTGCCGTGAGACTTGAAATGACCTCAGTACCCATTGC  896

seq1  TAGGAGATTTTAAAGGAGACCTGTTTGTGTGATGGGTTACTACCCAGACA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAGATTTTAAAGGAGACCTGTTTGTGTGATGGGTTACTACCCAGACA  946

seq1  GTTAATGGACAAAAAGCAACCTCGTATACTAACCTGTAATCTCAGTCTCT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAATGGACAAAAAGCAACCTCGTATACTAACCTGTAATCTCAGTCTCT  996

seq1  ATGTTGAATGGACATTCTGTGTGTCTGCAGTGGTCCAGAGGGCCTGTTAG  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGAATGGACATTCTGTGTGTCTGCAGTGGTCCAGAGGGCCTGTTAG  1046

seq1  CCTGGATCGCTAGCTTGGGAAGCAGTGCCAGGGTGAATTC  1083
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGATCGCTAGCTTGGGAAGCAGTGCCAGGGTGAATTC  1086

seq1: chr14_12366452_12367251
seq2: B6Ng01-339F11.g_65_863

seq1  GAATTCCCAAAGCAAGACTGGTCATGTAGATTTGATTGAAAATCCCTTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAAAGCAAGACTGGTCATGTAGATTTGATTGAAAATCCCTTCC  50

seq1  CCAGTGGATAAGAGTTAAGGAAAATTCTTGATATCAACTCTTTGACTCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGGATAAGAGTTAAGGAAAATTCTTGATATCAACTCTTTGACTCAA  100

seq1  CACACAACACCTGCAGACAAACCACACACACACACACACACTACACATTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAACACCTGCAGACAAACCACACACACACACACACACTACACATTC  150

seq1  ACACACATACACACACATTACACACACACATTCTCACACATGTAAAAAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACATACACACACATTACACACACACATTCTCACACATGTAAAAAAC  200

seq1  ATGGACACTGGGGCTCAAGAGATGGCTCAGCGGTTAAGAGCACTGACTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGACACTGGGGCTCAAGAGATGGCTCAGCGGTTAAGAGCACTGACTGT  250

seq1  TCTTCCAGAGGACTTGAGTTCAATTCCCAGCAACAACGTGGTGGCTCACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCAGAGGACTTGAGTTCAATTCCCAGCAACAACGTGGTGGCTCACA  300

seq1  ACCATCTGTAATGGGATCCAATGCCCTCTTCTGATGTGTCTGAAGACAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATCTGTAATGGGATCCAATGCCCTCTTCTGATGTGTCTGAAGACAAC  350

seq1  GGCAGTGTACTCACATACGGGAAATAAATCTTTTTTAAAAAATTATGCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGTGTACTCACATACGGGAAATAAATCTTTTTTAAAAAATTATGCAC  400

seq1  ACTAAATGCACGTACAAATGATGAAGAAAAGAAACTGTCAGTTGATTCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAATGCACGTACAAATGATGAAGAAAAGAAACTGTCAGTTGATTCAG  450

seq1  CAAGCAAATACTATCTACTGATTTATGAAACAAGATTCTGGGTTATGCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCAAATACTATCTACTGATTTATGAAACAAGATTCTGGGTTATGCTG  500

seq1  AAGAAGGAACTTAGAGGTGAAATTTTAAGGTCTCTGACCCAGGGTCTGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGGAACTTAGAGGTGAAATTTTAAGGTCTCTGACCCAGGGTCTGGA  550

seq1  AAACCTGGAAGGGAAGGAAATCCCCATACAGGAGCACCTTGGTATGCACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTGGAAGGGAAGGAAATCCCCATACAGGAGCACCTTGGTATGCACA  600

seq1  CAATGACAAAGACCTTTCTCACAGCCCTCTTGGCTCCCCTGGGAACTTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGACAAAGACCTTTCTCACAGCCCTCTTGGCTCCCCTGGGAACTTTC  650

seq1  CTGGATGTAGCACAAAAAGACTCATTGTGTCCCAACTCTGGCAGGTCCCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATGTAGCACAAAAAGACTCATTGTGTCCCAACTCTGGCAGGTCCCC  700

seq1  TAGGGGGAGCCAAGACCTGTGAGGCCAGAAACCTTATCTGCATATCTCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGGGAGCCAAGACCTGTGAGGCCAGAAACCTTATCTGCATATCTCTC  750

seq1  CCAGCTCTGCCACACAATGGATGTTGATGAGAGGA-GGGGGGAGAGAGAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| 
seq2  CCAGCTCTGCCACACAATGGATGTTGATGAGAGGAGGGGGGGAGAGAGA-  799

seq1  A  800
       
seq2  -  799