BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-339H07
Chromosome14 (Build37)
Map Location 28,665,159 - 28,798,453
singlet/doubletdoublet
Overlap geneErc2
Upstream geneDnahc7c, Asb14, Appl1, Hesx1, Il17rd, LOC665333, Arhgef3, LOC100040147, Ccdc66, LOC665370
Downstream geneLOC100040206, Wnt5a, LOC100040218, Cacna2d3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-339H07.bB6Ng01-339H07.g
ACCGA123448GA123449
length1,135969
definitionB6Ng01-339H07.b B6Ng01-339H07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,797,319 - 28,798,453)(28,665,159 - 28,666,139)
sequence
ggaattcctttctttaatcttgcacatccacctagaaaacgataaagatg
gtttggcatgatttgttctgcagtctcgtaaatttattattaatgccgag
tcagtaatcttcacttgcctgctcaattcttcccagccatggtctttatc
ttgaggaatttgagttgcttgttgccactgacatcttctatattcctcaa
gcccttatttccagttaggaaaaggcaggtccagaaagatagctcatgag
ctgcaggcactactgtatataaataacaattggaacaagcagatgctaca
caggagtttgccaaaagatgtctgagcaaattagcacctcctgtggacta
taaggcaatttcaattgctacaatcgatgttcatgatgtccctgcagttt
agcactgggatggtgctttgggtgttttccttatctggaattattcattt
tgtaagcactgtagacagtacttttctgactccttcgcgctctgcattaa
tctgtgctgacactctaactaggtgacttatctaacagcaaactaattca
tcaagcatcataacatctagctcagtctgcttggttcccacatccttgat
tatggagactataaaagattcaaaagatggattaaaagatgaattattca
aagaaaaatgtttagcttaaaattctaaataaagttcttgtggtattgaa
ttgaaaaaaaatgtataagcctcagagaaatgcacaacaaatgtttgaat
tacaaacgtaaataaaattccaagccaaaagttcaattatggttcctcaa
taataacactttctaagagtttagactcgaacacgataaatatcttgcat
ttccttatgacaagtgccatgtttactagagtattaagttaaagtgtctg
taaacagacaaatacatgaattaccctggtgtttaactcaattctgtatc
tgcaacattcagttaatatctataaacatattttgaaagggaggcttaaa
ataatacagaatacattagctgattatatgaaggagtaagataagtcatt
actatgacaactttaaatgagaaagtaaattgctcattcttttttcccct
taattttacattataagcataaatatgaagtttct

gaattctcttgcctgatacactgtggagggttttttaatggcatcctcga
ggaacccagcattggcttggtaaggagcaatgggtcatatgttaggagag
tgactgggaattctcaggtgaaagaggaagaagggctgaagcaatgaggc
aagtcagagtgaggtgctctggcaattttgttgtcttgatttaggttgct
aggaagactggagcataggagccagttaatataggctctggagcacagta
agtgtccatataagatagctgaaaacaatctgcatgctggtaaatgttca
agcactgacttttgaaggggcagggaggattatctctgatttgtagaact
tgtaggcttccatggtgtaatgactccaatcattgctgactatagcagtc
aaagtgatgcttttgaacacagaattgagaagattggctcccgagctgca
aggacccaatttcagaaagtactgagtgttgtgtgtgatgctggaggccc
tttcagtcctaacattgcaccctaatgtattcacctcaagtcaccttggc
caatgcagccaaaagttagcttactatgtgatacatggtataaacgagag
gaatattattggaaatgattatcgggccctgggatatgggttttgttctg
aggaatttctagactggcctctgtagccagcagtcacttggaataggaga
caagaggctgggaatgtgtgttgattcattgctgggtgagggtggccctg
gtgggaggcactgaggaacatgagtaactgttagattggggaaaggatat
ttttgtcagcgaaaagaaactacgtacttttcagtcgtctttttcttgtc
tttttctcctctcagctcctggagcgttgagtagcaaagtatgtgggaaa
gaagttgagaatagtcaggattccatgtgatgacgagagtagaattgaga
caagctgctcttcacctgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_28797319_28798453
seq2: B6Ng01-339H07.b_48_1181 (reverse)

seq1  AGAAAATTCATATTTATGGTTTATAATGTAAAATTTAGGGG-AAAAAGAA  49
      ||||| ||||||||||| | ||||||||||||||| ||||| ||||||||
seq2  AGAAACTTCATATTTAT-GCTTATAATGTAAAATTAAGGGGAAAAAAGAA  49

seq1  TGAAGCATTTACTTTCTCATTTAAGTTGGTCATAGTAATGACTTATCTTA  99
      |||   ||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCAATTTACTTTCTCATTTAAAGTTGTCATAGTAATGACTTATCTTA  99

seq1  CTCCTTCATAT-ATCAGCTAATTGTATTCTGTATTATTTTAAGCCTCCCT  148
      ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTCATATAATCAGCTAA-TGTATTCTGTATTATTTTAAGCCTCCCT  148

seq1  TTCAAAATATGTTTATAGATATTAACTGAATGTTGCAGATACAGAATTGA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAATATGTTTATAGATATTAACTGAATGTTGCAGATACAGAATTGA  198

seq1  GTTAAACACCCAGGGTAATTCATGTATTTGTCTGTTTACAGACACTTTAA  248
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAACA-CCAGGGTAATTCATGTATTTGTCTGTTTACAGACACTTTAA  247

seq1  CTTAATACTCTAGTAAACATGGCACTTGTCATAAGGAAATGCAAGATATT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATACTCTAGTAAACATGGCACTTGTCATAAGGAAATGCAAGATATT  297

seq1  TATCGTGTTCGAGTCTAAACTCTTAGAAAGTGTTATTATTGAGGAACCAT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCGTGTTCGAGTCTAAACTCTTAGAAAGTGTTATTATTGAGGAACCAT  347

seq1  AATTGAACTTTTGGCTTGGAATTTTATTTACGTTTGTAATTCAAACATTT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGAACTTTTGGCTTGGAATTTTATTTACGTTTGTAATTCAAACATTT  397

seq1  GTTGTGCATTTCTCTGAGGCTTATACATTTTTTTTCAATTCAATACCACA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTGCATTTCTCTGAGGCTTATACATTTTTTTTCAATTCAATACCACA  447

seq1  AGAACTTTATTTAGAATTTTAAGCTAAACATTTTTCTTTGAATAATTCAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTTTATTTAGAATTTTAAGCTAAACATTTTTCTTTGAATAATTCAT  497

seq1  CTTTTAATCCATCTTTTGAATCTTTTATAGTCTCCATAATCAAGGATGTG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTAATCCATCTTTTGAATCTTTTATAGTCTCCATAATCAAGGATGTG  547

seq1  GGAACCAAGCAGACTGAGCTAGATGTTATGATGCTTGATGAATTAGTTTG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACCAAGCAGACTGAGCTAGATGTTATGATGCTTGATGAATTAGTTTG  597

seq1  CTGTTAGATAAGTCACCTAGTTAGAGTGTCAGCACAGATTAATGCAGAGC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTAGATAAGTCACCTAGTTAGAGTGTCAGCACAGATTAATGCAGAGC  647

seq1  GCGAAGGAGTCAGAAAAGTACTGTCTACAGTGCTTACAAAATGAATAATT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGAAGGAGTCAGAAAAGTACTGTCTACAGTGCTTACAAAATGAATAATT  697

seq1  CCAGATAAGGAAAACACCCAAAGCACCATCCCAGTGCTAAACTGCAGGGA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATAAGGAAAACACCCAAAGCACCATCCCAGTGCTAAACTGCAGGGA  747

seq1  CATCATGAACATCGATTGTAGCAATTGAAATTGCCTTATAGTCCACAGGA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATGAACATCGATTGTAGCAATTGAAATTGCCTTATAGTCCACAGGA  797

seq1  GGTGCTAATTTGCTCAGACATCTTTTGGCAAACTCCTGTGTAGCATCTGC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTAATTTGCTCAGACATCTTTTGGCAAACTCCTGTGTAGCATCTGC  847

seq1  TTGTTCCAATTGTTATTTATATACAGTAGTGCCTGCAGCTCATGAGCTAT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCCAATTGTTATTTATATACAGTAGTGCCTGCAGCTCATGAGCTAT  897

seq1  CTTTCTGGACCTGCCTTTTCCTAACTGGAAATAAGGGCTTGAGGAATATA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTGGACCTGCCTTTTCCTAACTGGAAATAAGGGCTTGAGGAATATA  947

seq1  GAAGATGTCAGTGGCAACAAGCAACTCAAATTCCTCAAGATAAAGACCAT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATGTCAGTGGCAACAAGCAACTCAAATTCCTCAAGATAAAGACCAT  997

seq1  GGCTGGGAAGAATTGAGCAGGCAAGTGAAGATTACTGACTCGGCATTAAT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGGAAGAATTGAGCAGGCAAGTGAAGATTACTGACTCGGCATTAAT  1047

seq1  AATAAATTTACGAGACTGCAGAACAAATCATGCCAAACCATCTTTATCGT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATTTACGAGACTGCAGAACAAATCATGCCAAACCATCTTTATCGT  1097

seq1  TTTCTAGGTGGATGTGCAAGATTAAAGAAAGGAATTC  1135
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAGGTGGATGTGCAAGATTAAAGAAAGGAATTC  1134


seq1: chr14_28665159_28666139
seq2: B6Ng01-339H07.g_64_1032

seq1  GAATTCTCTTGCCTGATACACTGTGGAGGGTTTTTTAATGGCATCCTCGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTGCCTGATACACTGTGGAGGGTTTTTTAATGGCATCCTCGA  50

seq1  GGAACCCAGCATTGGCTTGGTAAGGAGCAATGGGTCATATGTTAGGAGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACCCAGCATTGGCTTGGTAAGGAGCAATGGGTCATATGTTAGGAGAG  100

seq1  TGACTGGGAATTCTCAGGTGAAAGAGGAAGAAGGGCTGAAGCAATGAGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGGGAATTCTCAGGTGAAAGAGGAAGAAGGGCTGAAGCAATGAGGC  150

seq1  AAGTCAGAGTGAGGTGCTCTGGCAATTTTGTTGTCTTGATTTAGGTTGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCAGAGTGAGGTGCTCTGGCAATTTTGTTGTCTTGATTTAGGTTGCT  200

seq1  AGGAAGACTGGAGCATAGGAGCCAGTTAATATAGGCTCTGGAGCACAGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGACTGGAGCATAGGAGCCAGTTAATATAGGCTCTGGAGCACAGTA  250

seq1  AGTGTCCATATAAGATAGCTGAAAACAATCTGCATGCTGGTAAATGTTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTCCATATAAGATAGCTGAAAACAATCTGCATGCTGGTAAATGTTCA  300

seq1  AGCACTGACTTTTGAAGGGGCAGGGAGGATTATCTCTGATTTGTAGAACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTGACTTTTGAAGGGGCAGGGAGGATTATCTCTGATTTGTAGAACT  350

seq1  TGTAGGCTTCCATGGTGTAATGACTCCAATCATTGCTGACTATAGCAGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGGCTTCCATGGTGTAATGACTCCAATCATTGCTGACTATAGCAGTC  400

seq1  AAAGTGATGCTTTTGAACACAGAATTGAGAAGATTGGCTCCCGAGCTGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGATGCTTTTGAACACAGAATTGAGAAGATTGGCTCCCGAGCTGCA  450

seq1  AGGACCCAATTTCAGAAAGTACTGAGTGTTGTGTGTGATGCTGGAGGCCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACCCAATTTCAGAAAGTACTGAGTGTTGTGTGTGATGCTGGAGGCCC  500

seq1  TTTCAGTCCTAACATTGCACCCTAATGTATTCACCTCAAGTCACCTTGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGTCCTAACATTGCACCCTAATGTATTCACCTCAAGTCACCTTGGC  550

seq1  CAATGCAGCCAAAAGTTAGCTTACTATGTGATACATGGTATAAACGAGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGCAGCCAAAAGTTAGCTTACTATGTGATACATGGTATAAACGAGAG  600

seq1  GAATATTATTGGAAATGATTATCGGGCCCTGGGATATGGGTTTTGTTCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATTATTGGAAATGATTATCGGGCCCTGGGATATGGGTTTTGTTCTG  650

seq1  AGGAATTTCTAGACTGGCCTCTGTAGCCAGCAGTCACTTGGAATAGGAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATTTCTAGACTGGCCTCTGTAGCCAGCAGTCACTTGGAATAGGAGA  700

seq1  CAAGAGGCTGGGAATGTGTGTTGATTCATTGCTGGGTGAGGGTGGCCCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGGCTGGGAATGTGTGTTGATTCATTGCTGGGTGAGGGTGGCCCTG  750

seq1  GTGGGAGGCACTGAGGAACATGAGTAACTGTTAGATTGGGGAAAGGATAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGAGGCACTGAGGAACATGAGTAACTGTTAGATTGGGGAAAGGATAT  800

seq1  TTTTGTCAGCGAAAAGAAACTACGTACTTTTCAGTCGTTCTTTTTTTCTT  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||
seq2  TTTTGTCAGCGAAAAGAAACTACGTACTTTTCAGTCG---TCTTTTTCTT  847

seq1  GTTCTTTTTCTCCTCTCAGCCTCCTGGAGCGTTTGAGTAGGCAAAGTATG  900
      | ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||
seq2  G-TCTTTTTCTCCTCTCAG-CTCCTGGAGCG-TTGAGTA-GCAAAGTATG  893

seq1  TGGGAAAGAAGTTGAGAATAGTCCAGGATTCCATGTGATGGACGAGAGTA  950
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGGGAAAGAAGTTGAGAATAGT-CAGGATTCCATGTGAT-GACGAGAGTA  941

seq1  GAAATGAGGACAAAGCTGCTCTTCAACCTGT  981
      ||| ||| ||| |||||||||||| ||||||
seq2  GAATTGA-GAC-AAGCTGCTCTTC-ACCTGT  969


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |