BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-340J21
Chromosome14 (Build37)
Map Location 109,230,252 - 109,381,042
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlitrk1
Upstream geneLOC668757, EG668761
Downstream geneLOC640892
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-340J21.bB6Ng01-340J21.g
ACCGA124261GA124262
length1,1881,129
definitionB6Ng01-340J21.b B6Ng01-340J21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(109,230,252 - 109,231,445)(109,379,906 - 109,381,042)
sequence
gaattccagacacacaactggctaagatgcaaaaataagtgaccttgctg
ctcctggactcaattcatctatcatacaaccccaacagctaaaactcaga
aacacaatggaaaagggagcagaaagattgtaagagccagaggatcagaa
tgcctgtggcttaatagcaaatcctgcagagataggctcctgaatgtatt
tttcacatccagcttgtcagccatatgcccatgtgtaggtggccagcatt
taagaagttagtggattgtatgtatgtataaataaataaataaataaata
aataaataaataaataagtgaacaaagacagaaacacataaggatatata
tgatgtacttataggcatgcacagataataaaacaatgatggctaatggg
aagaaggaatttgagagacagagtgagggggtatggagatagaaaggaat
tagaatgacagcaatcatgtaagtgtattcctgtctaaggttctcacaac
agtaagaaataaaatttaaattaaatcaaataataatgagctaaaataaa
aagtgagggctggtgagatggctcagtgggtaagagcacccgactgctct
tctgaaggtcaggagttcaaatcccagcaaccacatggtggctcacaacc
atccataacgagatctgactccctcttctggagtgtctgaggacagctac
agtgtactttaaataaataaataaataaataaataaataaataaataaat
aagtaaatctttaaaaaaaagtgaatcataagagtttaagaaaactaatg
aatgagataaagaaatgaatgatgcttatttaatttgaaaaggaatgggg
aattgactacaatttccttataaacacaaccatactatgtctttaaaaat
gttgtgattgatgaaattcctatgtaaaaagataaataaaagaacttggt
gtgatggcacatgcctttaaccccagcaattgtgaggcaaagatacatag
atttctgtaagtttgagtacagcctaatgtatatagtgatttctaggaat
aactaagtttacatattgagacctggacttgactaataaataaattactt
aatatagtaggtaagtaaataataataatatttcctttatgccttaactt
ttcagtagtagaataaaccttgtaagtttttacttttt

gaattcttcatgagtctcactgatgtcagatttctcaaataccaagggaa
tttatgacttcttataaatgtgttgtctgaacttgtgaaaaatgaattac
aagtattattgtcataggacaatgagacattttaattataaattgtctaa
ttaggaaatatcaactatgcatgtataagtggtttagtttttttacatca
tagtcttgatcaagaacatacatgcaaaagaattgaaagacagtaaaact
ttaatgttttaattaaaaataatcttgttaatatagatacttttttactt
gagattcagatattgtatttaataatcattgtgcttgtgctttacttaga
acctagtagtttctttatcaatataggaataataaaatttttccataaca
cacctctatatgaaagattgtatcaattttattaataggttacatgttta
cattatgattatatcattcaacctacataatatttaaaatacataaacac
gttttctgtttgcaaattttagatagccaatggaacataagctaattgta
ttttaagttctagtttaatcatttttataaattacatttagctattgtat
ttttataatcttagtggaatagaattgtaaaatacaagtgatgctcagtc
agtgatgacccagtattaaatgtaaatatattttacatatatgatgaata
tatgtataagaatatccatgtatatcaacagttaaaaacaacaacaaaac
cttgtctttacgtgttgtctttgattaacatgcatctgaaattctaaaac
atggttttataaaatttatatgcacaagtacatagcatgctttgatcaca
ttacattccttttcctggcctcatttattttgagactttttctagtattt
gccctactgttaatgactgtctaccactgaaatgtgaaatcatggcaggc
gcttctgggaggcaatacacatatagaattgaggcagttggggcctgggg
cttgcctcaagttgccaacattggatatgcatactaggcgacaagaataa
tgggatcattatttcaggttttaaggagactgctaaattccagcgttctt
ttctgatcaaggaacctgaaaaaaaaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_109230252_109231445
seq2: B6Ng01-340J21.b_44_1231

seq1  GAATTCCAGACACACAACTGGCTAAGATGCAAAAATAAGTGACCTTGCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGACACACAACTGGCTAAGATGCAAAAATAAGTGACCTTGCTG  50

seq1  CTCCTGGACTCAATTCATCTATCATACAACCCCAACAGCTAAAACTCAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGGACTCAATTCATCTATCATACAACCCCAACAGCTAAAACTCAGA  100

seq1  AACACAATGGAAAAGGGAGCAGAAAGATTGTAAGAGCCAGAGGATCAGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACAATGGAAAAGGGAGCAGAAAGATTGTAAGAGCCAGAGGATCAGAA  150

seq1  TGCCTGTGGCTTAATAGCAAATCCTGCAGAGATAGGCTCCTGAATGTATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGTGGCTTAATAGCAAATCCTGCAGAGATAGGCTCCTGAATGTATT  200

seq1  TTTCACATCCAGCTTGTCAGCCATATGCCCATGTGTAGGTGGCCAGCATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACATCCAGCTTGTCAGCCATATGCCCATGTGTAGGTGGCCAGCATT  250

seq1  TAAGAAGTTAGTGGATTGTATGTATGTATAAATAAATAAATAAATAAATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAAGTTAGTGGATTGTATGTATGTATAAATAAATAAATAAATAAATA  300

seq1  AATAAATAAATAAATAAGTGAACAAAGACAGAAACACATAAGGATATATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATAAATAAATAAGTGAACAAAGACAGAAACACATAAGGATATATA  350

seq1  TGATGTACTTATAGGCATGCACAGATAATAAAACAATGATGGCTAATGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTACTTATAGGCATGCACAGATAATAAAACAATGATGGCTAATGGG  400

seq1  AAGAAGGAATTTGAGAGACAGAGTGAGGGGGTATGGAGATAGAAAGGAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGGAATTTGAGAGACAGAGTGAGGGGGTATGGAGATAGAAAGGAAT  450

seq1  TAGAATGACAGCAATCATGTAAGTGTATTCCTGTCTAAGGTTCTCACAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATGACAGCAATCATGTAAGTGTATTCCTGTCTAAGGTTCTCACAAC  500

seq1  AGTAAGAAATAAAATTTAAATTAAATCAAATAATAATGAGCTAAAATAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGAAATAAAATTTAAATTAAATCAAATAATAATGAGCTAAAATAAA  550

seq1  AAGTGAGGGCTGGTGAGATGGCTCAGTGGGTAAGAGCACCCGACTGCTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGAGGGCTGGTGAGATGGCTCAGTGGGTAAGAGCACCCGACTGCTCT  600

seq1  TCTGAAGGTCAGGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAGGTCAGGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACC  650

seq1  ATCCATAACGAGATCTGACTCCCTCTTCTGGAGTGTCTGAGGACAGCTAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATAACGAGATCTGACTCCCTCTTCTGGAGTGTCTGAGGACAGCTAC  700

seq1  AGTGTACTTTAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTACTTTAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAAT  750

seq1  AAGTAAATCTTTAAAAAAAAGTGAATCATAAGAGTTTAAGAAAACTAATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAAATCTTTAAAAAAAAGTGAATCATAAGAGTTTAAGAAAACTAATG  800

seq1  AATGAGATAAAGAAATGAATGATGCTTATTTAATTTGAAAAGGAATGGGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGATAAAGAAATGAATGATGCTTATTTAATTTGAAAAGGAATGGGG  850

seq1  AATTGACTACAATTTCCTTATAAACACAACCATACTATGTCTTTAAAAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGACTACAATTTCCTTATAAACACAACCATACTATGTCTTTAAAAAT  900

seq1  GTTGTGATTGATGAAATTCCTATGTAAAAAGATAAATAAAAGAACTTGGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTGATTGATGAAATTCCTATGTAAAAAGATAAATAAAAGAACTTGGT  950

seq1  GTGATGGCACATGCCTTTAACCCCAGCAATTGTGAGGCAAAGATACATAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATGGCACATGCCTTTAACCCCAGCAATTGTGAGGCAAAGATACATAG  1000

seq1  ATTTCTGTAAGTTTGAGTACAGCCTAATGTATATAGTGATTTCTAGG-AT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ATTTCTGTAAGTTTGAGTACAGCCTAATGTATATAGTGATTTCTAGGAAT  1050

seq1  AACTAAGGTTACATATTGAGACCTGGACTTGACTAATAAATAAATTTAAT  1099
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | 
seq2  AACTAAGTTTACATATTGAGACCTGGACTTGACTAATAAATAAATT--AC  1098

seq1  TTAATATAAGTAAGTAAGTAAAATAAATAAATAAATATTTCTTTTAATGC  1149
      ||||||| |||| |||||||||   |||||   |||||||| ||| ||||
seq2  TTAATAT-AGTAGGTAAGTAAA--TAATAA--TAATATTTCCTTT-ATGC  1142

seq1  TTAAATTTTTCAGTAGTAGAATAAA-CTTGTAATTTTTTACTTTTT  1194
       | || ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||
seq2  CTTAACTTTTCAGTAGTAGAATAAACCTTGTAAGTTTTTACTTTTT  1188


seq1: chr14_109379906_109381042
seq2: B6Ng01-340J21.g_69_1197 (reverse)

seq1  TTTTTTTTTTTCAAGTTTCCTTGACTCAG-AAAGAACGCTTGTATTTTAG  49
      |||||||||||| || |||||||| |||| ||||||||| || | |||||
seq2  TTTTTTTTTTTC-AGGTTCCTTGA-TCAGAAAAGAACGC-TGGAATTTAG  47

seq1  CAATGTCCTCCCTAAAACCTGAAATAATGATCCCATTATTCTTGTCG-CT  98
      || |   |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CAGT---CTCCTTAAAACCTGAAATAATGATCCCATTATTCTTGTCGCCT  94

seq1  AGTATTGCATATCCAATGTTTGGCAAACTTGAGGCAAGCCCCAGGCCCCA  148
      |||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTA-TGCATATCCAATG-TTGGC-AACTTGAGGCAAGCCCCAGGCCCCA  141

seq1  ACTGCCTCAATTCTATATGTGTATTGCCTCCCAGAAGCGCCTGCCATGAT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCCTCAATTCTATATGTGTATTGCCTCCCAGAAGCGCCTGCCATGAT  191

seq1  TTCACATTTTCAGTGGTAGACAGTCATTAACAGTAGGGCAAATACTAGAA  248
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACA-TTTCAGTGGTAGACAGTCATTAACAGTAGGGCAAATACTAGAA  240

seq1  AAAGTCTCAAAATAAATGAGGCCAGGAAAAGGAATGTAATGTGATCAAAG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCTCAAAATAAATGAGGCCAGGAAAAGGAATGTAATGTGATCAAAG  290

seq1  CATGCTATGTACTTGTGCATATAAATTTTATAAAACCATGTTTTAGAATT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTATGTACTTGTGCATATAAATTTTATAAAACCATGTTTTAGAATT  340

seq1  TCAGATGCATGTTAATCAAAGACAACACGTAAAGACAAGGTTTTGTTGTT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATGCATGTTAATCAAAGACAACACGTAAAGACAAGGTTTTGTTGTT  390

seq1  GTTTTTAACTGTTGATATACATGGATATTCTTATACATATATTCATCATA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTAACTGTTGATATACATGGATATTCTTATACATATATTCATCATA  440

seq1  TATGTAAAATATATTTACATTTAATACTGGGTCATCACTGACTGAGCATC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTAAAATATATTTACATTTAATACTGGGTCATCACTGACTGAGCATC  490

seq1  ACTTGTATTTTACAATTCTATTCCACTAAGATTATAAAAATACAATAGCT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTATTTTACAATTCTATTCCACTAAGATTATAAAAATACAATAGCT  540

seq1  AAATGTAATTTATAAAAATGATTAAACTAGAACTTAAAATACAATTAGCT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTAATTTATAAAAATGATTAAACTAGAACTTAAAATACAATTAGCT  590

seq1  TATGTTCCATTGGCTATCTAAAATTTGCAAACAGAAAACGTGTTTATGTA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTCCATTGGCTATCTAAAATTTGCAAACAGAAAACGTGTTTATGTA  640

seq1  TTTTAAATATTATGTAGGTTGAATGATATAATCATAATGTAAACATGTAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAATATTATGTAGGTTGAATGATATAATCATAATGTAAACATGTAA  690

seq1  CCTATTAATAAAATTGATACAATCTTTCATATAGAGGTGTGTTATGGAAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATTAATAAAATTGATACAATCTTTCATATAGAGGTGTGTTATGGAAA  740

seq1  AATTTTATTATTCCTATATTGATAAAGAAACTACTAGGTTCTAAGTAAAG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTATTATTCCTATATTGATAAAGAAACTACTAGGTTCTAAGTAAAG  790

seq1  CACAAGCACAATGATTATTAAATACAATATCTGAATCTCAAGTAAAAAAG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGCACAATGATTATTAAATACAATATCTGAATCTCAAGTAAAAAAG  840

seq1  TATCTATATTAACAAGATTATTTTTAATTAAAACATTAAAGTTTTACTGT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTATATTAACAAGATTATTTTTAATTAAAACATTAAAGTTTTACTGT  890

seq1  CTTTCAATTCTTTTGCATGTATGTTCTTGATCAAGACTATGATGTAAAAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCAATTCTTTTGCATGTATGTTCTTGATCAAGACTATGATGTAAAAA  940

seq1  AACTAAACCACTTATACATGCATAGTTGATATTTCCTAATTAGACAATTT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAAACCACTTATACATGCATAGTTGATATTTCCTAATTAGACAATTT  990

seq1  ATAATTAAAATGTCTCATTGTCCTATGACAATAATACTTGTAATTCATTT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTAAAATGTCTCATTGTCCTATGACAATAATACTTGTAATTCATTT  1040

seq1  TTCACAAGTTCAGACAACACATTTATAAGAAGTCATAAATTCCCTTGGTA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACAAGTTCAGACAACACATTTATAAGAAGTCATAAATTCCCTTGGTA  1090

seq1  TTTGAGAAATCTGACATCAGTGAGACTCATGAAGAATTC  1137
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGAAATCTGACATCAGTGAGACTCATGAAGAATTC  1129


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |