BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-342L04
Chromosome14 (Build37)
Map Location 86,181,583 - 86,333,492
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC668603
Downstream geneLOC100043301, EG629815, LOC100043306, LOC100043778, LOC100043310, LOC100043311, Diap3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-342L04.bB6Ng01-342L04.g
ACCGA125698GA125699
length1,1551,117
definitionB6Ng01-342L04.b B6Ng01-342L04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(86,181,583 - 86,182,742)(86,332,381 - 86,333,492)
sequence
gaattccttgatctttgcagactttcataaatttaagtgtttttaaattt
aaaacatattaacaatataaaagaaaaaaaagatcatcagtttaatacac
atcattatggtaattacaaataaaaatccagcttgctttatagtgagtga
tgggcactggaatcacattgaccatgaggagcccaggcataaatgagaat
ttgtaaagttaatgtagaactctaaacatgaaaaagcatccagtttaaga
catatctgaatactcgttatacatgtacaagttacacatctccctgagat
ctaaggattaaccttggagatacacatcccaagagtttccaccaaactct
ggccttggctggttgctgatgtgaatctgataaagaaaagtgatccattt
tctgtcaaaaaccaaagccaaaactgtgctcatgtacagctttcaggaaa
gtgtgactataaaacaataattaacagtggctatttttttcaacaggtgg
aaccaggcatacccaaatttgctatgagttgacataaaaactggtattgt
catggggtgttgttgagaagtgaccctagatgcaagaaggaagaaacaaa
aacaattccaaagttaagcttggtatttctacaaatgagaattaagggcg
atcaaaggactagaaaggcaaactcaatctgcctgtgagagaactgcaca
ttacggtaacacactctgatactctgcactggactcagtaaggcccgcct
acattactatttataacctgtctcatgtttgttcagttaacccatccttt
ctaggatgagtagaattcagtgcatattcctccagtcaaaagaactcttc
tagcctcatgcttcaagattacaatggatggctactaggcttccctactg
ctgataccctctagttagcatatgctcaattaccactgacattagctgtt
tcttaattctttaggagtcaaagtgacagcttttatcaatattcataaat
tctttagaaacttcaagggcaaatgaacaatgttttggagattcagaaat
taaatcactactaaagtggtaatctgtcagggaatgcttacttcatggag
aacagattcaaggatcttcacctggatgcccactctggactgtgagtgag
aacat

gaattcctcttgatataaatctaagcatttccagcacctttgccctagct
aataatgtgctctggaaatcccaacctactccccaagttctctacagccc
ctgttcaccctgaatagagctgagctgcttgactgaagctgattcctgaa
gtgattctgtcatactcatggttgtccaaactctgcattcctcctaactc
tcataggctgctggccaacaacatatgaggaaggggaggcctacaggcca
cgttcactttgtgtggcattacagactcataataattcctttgaaaactg
atttgaaacagaaaagaggatcctgaagagccatacagtggatctgacgg
tctcctctacagtagcaaatggttttcttcaattaggcaatttgctcctt
cattgagcactggctgtgtcactgcctatatacaccttttctgtcaaggt
caatacaatatttcctacttttcattctttgtggtacatgcagcaagcac
gtgcatgcgtgtgtgtgtgtgtgtgtctgtgtgtgttcacatgcacaacc
aagtgtctactctgtgtataatgtgtgaaggcaagaggtcaataatgggt
acttttctgaattgctcttcagttgatttttgttaaagcagagtctctct
ttctgagcctaccgttctctgatttcaaagactggatgctcagcaaggtg
caagtatcctctcatgcctactccctcaaagcttggattaaagtgggaca
caactttttctggcttttttatgtgtgccctaagggattgaacagaggta
gatcttcatgagtgagtagcacacactttaccaacagagccatatcccca
ggctgtctttgacttttgatttgggaattagtattagttcttgatggtga
agtagttgtctgtcatgaaagagcaaaatatttggaagataggacttaaa
gtgtatagtcttacaactaagagcccaagtgcatgttgatgagacagtga
ttgtaagtataatatctggattctttatccagaaaactcatagtgcctaa
tctaactacatctcaccaggtaaaggagttacatttcaccgatctttgcc
tctccatcccgtttcat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_86181583_86182742
seq2: B6Ng01-342L04.b_49_1203

seq1  GAATTCCTTGATCTTTGCAGACTTTCATAAATTTAAGTGTTTTTAAATTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTGATCTTTGCAGACTTTCATAAATTTAAGTGTTTTTAAATTT  50

seq1  AAAACATATTAACAATATAAAAGAAAAAAAAGATCATCAGTTTAATACAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACATATTAACAATATAAAAGAAAAAAAAGATCATCAGTTTAATACAC  100

seq1  ATCATTATGGTAATTACAAATAAAAATCCAGCTTGCTTTATAGTGAGTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTATGGTAATTACAAATAAAAATCCAGCTTGCTTTATAGTGAGTGA  150

seq1  TGGGCACTGGAATCACATTGACCATGAGGAGCCCAGGCATAAATGAGAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCACTGGAATCACATTGACCATGAGGAGCCCAGGCATAAATGAGAAT  200

seq1  TTGTAAAGTTAATGTAGAACTCTAAACATGAAAAAGCATCCAGTTTAAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAAAGTTAATGTAGAACTCTAAACATGAAAAAGCATCCAGTTTAAGA  250

seq1  CATATCTGAATACTCGTTATACATGTACAAGTTACACATCTCCCTGAGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATCTGAATACTCGTTATACATGTACAAGTTACACATCTCCCTGAGAT  300

seq1  CTAAGGATTAACCTTGGAGATACACATCCCAAGAGTTTCCACCAAACTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGGATTAACCTTGGAGATACACATCCCAAGAGTTTCCACCAAACTCT  350

seq1  GGCCTTGGCTGGTTGCTGATGTGAATCTGATAAAGAAAAGTGATCCATTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTGGCTGGTTGCTGATGTGAATCTGATAAAGAAAAGTGATCCATTT  400

seq1  TCTGTCAAAAACCAAAGCCAAAACTGTGCTCATGTACAGCTTTCAGGAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCAAAAACCAAAGCCAAAACTGTGCTCATGTACAGCTTTCAGGAAA  450

seq1  GTGTGACTATAAAACAATAATTAACAGTGGCTATTTTTTTCAACAGGTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGACTATAAAACAATAATTAACAGTGGCTATTTTTTTCAACAGGTGG  500

seq1  AACCAGGCATACCCAAATTTGCTATGAGTTGACATAAAAACTGGTATTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAGGCATACCCAAATTTGCTATGAGTTGACATAAAAACTGGTATTGT  550

seq1  CATGGGGTGTTGTTGAGAAGTGACCCTAGATGCAAGAAGGAAGAAACAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGGTGTTGTTGAGAAGTGACCCTAGATGCAAGAAGGAAGAAACAAA  600

seq1  AACAATTCCAAAGTTAAGCTTGGTATTTCTACAAATGAGAATTAAGGGCG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATTCCAAAGTTAAGCTTGGTATTTCTACAAATGAGAATTAAGGGCG  650

seq1  ATCAAAGGACTAGAAAGGCAAACTCAATCTGCCTGTGAGAGAACTGCACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAAGGACTAGAAAGGCAAACTCAATCTGCCTGTGAGAGAACTGCACA  700

seq1  TTACGGTAACACACTCTGATACTCTGCACTGGACTCAGTAAGGCCCGCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACGGTAACACACTCTGATACTCTGCACTGGACTCAGTAAGGCCCGCCT  750

seq1  ACATTACTATTTATAACCTGTCTCATGTTTGTTCAGTTAACCCATCCTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTACTATTTATAACCTGTCTCATGTTTGTTCAGTTAACCCATCCTTT  800

seq1  CTAGGATGAGTAGAATTCAGTGCATATTCCTCCAGTCAAAAGAACTCTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGATGAGTAGAATTCAGTGCATATTCCTCCAGTCAAAAGAACTCTTC  850

seq1  TAGCCTCATGCTTCAAGATTACAATGGATGGCTACTAGGCTTCCCTACTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCTCATGCTTCAAGATTACAATGGATGGCTACTAGGCTTCCCTACTG  900

seq1  CTGATACCCTCTAGTTAGCATATGCTCAATTACCACTGACATTAGCTGTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATACCCTCTAGTTAGCATATGCTCAATTACCACTGACATTAGCTGTT  950

seq1  TCTTAATTCTTTAGGAGTCAAAGTGACAGC-TTTATCAATATTTCATAAA  999
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||
seq2  TCTTAATTCTTTAGGAGTCAAAGTGACAGCTTTTATCAATA-TTCAT-AA  998

seq1  ATTCTTTAAGAAAACTTCAAAGGGCAAATGAACAATGTTTTGGAGATTCA  1049
      ||||||||   ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTTA--GAAACTTC-AAGGGCAAATGAACAATGTTTTGGAGATTCA  1045

seq1  GAAATTAAATCACTACTAAAAGTGGTAATCTGTCCAGGAATGCCTACTTT  1099
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||| ||| ||
seq2  GAAATTAAATCACTACT-AAAGTGGTAATCTGTCAGGGAATGCTTAC-TT  1093

seq1  CAT-GAG-ACAGAATCACAGAATCTTCAACTTGATGCCCACTC-AGACTG  1146
      ||| ||| ||||| ||| || ||||||| || |||||||||||  |||||
seq2  CATGGAGAACAGATTCA-AGGATCTTCACCTGGATGCCCACTCTGGACTG  1142

seq1  TGAAGTGAGAACAT  1160
      || |||||||||||
seq2  TG-AGTGAGAACAT  1155


seq1: chr14_86332381_86333492
seq2: B6Ng01-342L04.g_67_1183 (reverse)

seq1  ATGAAAAGGGATGGAGAG--CAAGATC-GTGAAATGTAACTC--TTACCT  45
      |||||| |||||||||||   |||||| ||||||||||||||  ||||||
seq2  ATGAAACGGGATGGAGAGGCAAAGATCGGTGAAATGTAACTCCTTTACCT  50

seq1  -GTGAGATGTAGTAAGGATTAGGCACTATGAGTTTTCTGGATAAAGAATC  94
       |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAGATGTAGTTA-GATTAGGCACTATGAGTTTTCTGGATAAAGAATC  99

seq1  CAGATA-TATACTAACAATCACTGTCTCATCAACATGCACTTGGGCTCTT  143
      |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATATTATACTTACAATCACTGTCTCATCAACATGCACTTGGGCTCTT  149

seq1  AGTTGTAAGACTATACACTTTAAGTCCTATCTTCCAAATATTTTGCTTCT  193
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AGTTGTAAGACTATACACTTTAAGTCCTATCTTCCAAATATTTTGC-TCT  198

seq1  TTCATGACAGACAACTACTTCACCATCAAGAACTAATACTAATTCCCAAA  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGACAGACAACTACTTCACCATCAAGAACTAATACTAATTCCCAAA  248

seq1  TCAAAAGTCAAAGACAGCCTGGGGATATGGCTCTGTTGGTAAAGTGTGTG  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAGTCAAAGACAGCCTGGGGATATGGCTCTGTTGGTAAAGTGTGTG  298

seq1  CTACTCACTCATGAAGATCTACCTCTGTTCAATCCCTTAGGGCACACATA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTCACTCATGAAGATCTACCTCTGTTCAATCCCTTAGGGCACACATA  348

seq1  AAAAAGCCAGAAAAAGTTGTGTCCCACTTTAATCCAAGCTTTGAGGGAGT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGCCAGAAAAAGTTGTGTCCCACTTTAATCCAAGCTTTGAGGGAGT  398

seq1  AGGCATGAGAGGATACTTGCACCTTGCTGAGCATCCAGTCTTTGAAATCA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATGAGAGGATACTTGCACCTTGCTGAGCATCCAGTCTTTGAAATCA  448

seq1  GAGAACGGTAGGCTCAGAAAGAGAGACTCTGCTTTAACAAAAATCAACTG  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACGGTAGGCTCAGAAAGAGAGACTCTGCTTTAACAAAAATCAACTG  498

seq1  AAGAGCAATTCAGAAAAGTACCCATTATTGACCTCTTGCCTTCACACATT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCAATTCAGAAAAGTACCCATTATTGACCTCTTGCCTTCACACATT  548

seq1  ATACACAGAGTAGACACTTGGTTGTGCATGTGAACACACACAGACACACA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACAGAGTAGACACTTGGTTGTGCATGTGAACACACACAGACACACA  598

seq1  CACACACACACGCATGCACGTGCTTGCTGCATGTACCACAAAGAATGAAA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACGCATGCACGTGCTTGCTGCATGTACCACAAAGAATGAAA  648

seq1  AGTAGGAAATATTGTATTGACCTTGACAGAAAAGGTGTATATAGGCAGTG  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGGAAATATTGTATTGACCTTGACAGAAAAGGTGTATATAGGCAGTG  698

seq1  ACACAGCCAGTGCTCAATGAAGGAGCAAATTGCCTAATTGAAGAAAACCA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGCCAGTGCTCAATGAAGGAGCAAATTGCCTAATTGAAGAAAACCA  748

seq1  TTTGCTACTGTAGAGGAGACCGTCAGATCCACTGTATGGCTCTTCAGGAT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTACTGTAGAGGAGACCGTCAGATCCACTGTATGGCTCTTCAGGAT  798

seq1  CCTCTTTTCTGTTTCAAATCAGTTTTCAAAGGAATTATTATGAGTCTGTA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTTTCTGTTTCAAATCAGTTTTCAAAGGAATTATTATGAGTCTGTA  848

seq1  ATGCCACACAAAGTGAACGTGGCCTGTAGGCCTCCCCTTCCTCATATGTT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCACACAAAGTGAACGTGGCCTGTAGGCCTCCCCTTCCTCATATGTT  898

seq1  GTTGGCCAGCAGCCTATGAGAGTTAGGAGGAATGCAGAGTTTGGACAACC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGCCAGCAGCCTATGAGAGTTAGGAGGAATGCAGAGTTTGGACAACC  948

seq1  ATGAGTATGACAGAATCACTTCAGGAATCAGCTTCAGTCAAGCAGCTCAG  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTATGACAGAATCACTTCAGGAATCAGCTTCAGTCAAGCAGCTCAG  998

seq1  CTCTATTCAGGGTGAACAGGGGCTGTAGAGAACTTGGGGAGTAGGTTGGG  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATTCAGGGTGAACAGGGGCTGTAGAGAACTTGGGGAGTAGGTTGGG  1048

seq1  ATTTCCAGAGCACATTATTAGCTAGGGCAAAGGTGCTGGAAATGCTTAGA  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCAGAGCACATTATTAGCTAGGGCAAAGGTGCTGGAAATGCTTAGA  1098

seq1  TTTATATCAAGAGGAATTC  1112
      |||||||||||||||||||
seq2  TTTATATCAAGAGGAATTC  1117


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |