BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-344C23
Chromosome14 (Build37)
Map Location 5,960,351 - 6,075,942
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041598, LOC100041243, EG666684, LOC100041268, LOC100041279
Upstream geneLOC100041306, LOC100041024, LOC100041336, EG666815, LOC666808, EG666800, LOC100041374, 4930555G01Rik, EG666772, LOC666765, LOC100041401, LOC100041105, EG666750, LOC666743, LOC100041447, LOC673138, LOC666740, LOC641258, LOC673685, LOC100041158, LOC100041501, LOC100041515, LOC100041184, EG666706, LOC100041195, LOC100041545, LOC100041565, LOC100041215, LOC100041226, ENSMUSG00000057445
Downstream geneLOC100041651, LOC100041287, LOC100041299, LOC666637, EG622640, LOC100041333, LOC100041678, LOC100041702, LOC100041363, LOC100041721, LOC100041784, LOC100041735, LOC100041406, LOC100041825, LOC100041421, LOC100041817, LOC100041431, LOC100041438, LOC100041442, LOC100041848, LOC100041456, LOC100041758, LOC100041470, LOC100041804, LOC100041487, LOC100041747, LOC100041507, LOC100041836, LOC100041728, LOC100041774, LOC100041530, LOC100041540, LOC100041840, EG666844, LOC666851
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-344C23.bB6Ng01-344C23.g
ACCGA126755GA126756
length1,1701,096
definitionB6Ng01-344C23.b B6Ng01-344C23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(6,074,785 - 6,075,942)(5,960,351 - 5,961,450)
sequence
gaattcaacatcattaaatcacaacatgagaagacaatattggatatgaa
taaaatgatccagtccataattggttccatgcagtactccaaggaactga
tagaagataactattcctacaggtgagtcagtgacacaactgagaccccc
agaactaggcagggaatgcttctgtccttttaggactttgaacaaaagca
agggttctggttctatgctatctgtttttatcaaggaaccctgccccgaa
gcaagggccttggatttgtacctcttagacacaggagtcctaagtgtgaa
gagtgtccaagaccctccaatctttatttttccaaattcaagatcctcta
catagaaaacgtttccaccacgctgggaatatccaggaaccctgaacctc
tggggttctgaccacagattaaaagatctaggattcccaacaaagatgta
aggagtgcacacctgtttggtcgtctcacctctctcagaggggctaagcc
ctctccctgctgaaggttttatggtaccacagacctataatcaaccatga
ggaacatttcctcttttgtgatgtatagggtgcactcttggtgtggggtt
tttagaagtttgttgagtcctgtggaatatggctggtatattgatatgac
ctgcctctgtttggtgctgctatgtaactgtggactcttctgggtatgtc
tgggaatcagggcccttgcagggatcataggacttgtaggagtggcaagc
caatggaatctggctgggaatcaccaatttttctttgtggatcagcatta
aggaggaccacctcctccgtgagtgcactcaactccacgaaaacgtaaag
gatattactgaatgagaacagaaaggctgctggtggagcaggctggccac
aagtgtcctgtgggaagaaaagtggttctctgaggaggccagcaagaaca
tctgtgtcccaagtgccaaggaacagcagttaggatgatgttgtatcaga
ggcagatggcccctcatgtctaaacataaacatagacaatcaaatgtata
gtccaccaactcttccaagcactcaaccctatgttcctccagggtttgat
ttatgtggaatcatctaacggattctctgtccaggtagcctgggttccaa
gaaactgcgtcatatttggg
gaattcagtgttcattctgtgttaggtcatggcccaagaagcaaataaac
tgctgaactgaggattcaataatcatgtgcaaaaaggctgtatcatggac
tacccaagccaattgcatgccacatcctagttccttaaaactgggtcccc
taggtgctaattaaacttactatcctgggcagaggacagcagagccaggg
gaccaaatggagctagctgaccttcaagggcttcccgggcaagcatgtag
gaatagagtacttctatgacaattttacactacactgtgccacaggcatg
ggtccagtagatatctgtaatgactttcctcttatttttaaggcagggat
tctcattccttggttcctgttgttatgtgaattcccagaggacacaacta
gtatttacaggagaaaggctttatcacatctcctcccccaggagattcct
gtgtaacaacaaggaaacaccaggagcaaacttccctggtgatcactttg
gacctctatggacaaacactaaaaggacctgcaaactgtgcatcacacaa
atcctcagaccccatcaaaggtcccagagcctcagtcctgaacaaaacat
acacagctaagttcacacacatagacacaattagaatgccaaataaatct
agggaggtgccatctctcagaatataatgaacaatatcagagtaaacatg
tgatagcctgcaggcattgcattcacacactgagagacagtaagtgtgag
caggtccttccagctgttgacagcaacaatcagattgcaagcaccccaag
gtcaagtacaaaagatgataataaacacacagcaccatgtttatccaaca
attaaacacctgtcagggctacttaattgaatgatgggagatgacacact
ccattcatggaaaggaaattggttaacagatggcacaatacaggcaacag
ggttactgggcataattcctacctgtagttcaatcctcatacatgtaaac
gttcaggattccacaattcctcatgtcattgctgatctcttcatatgtat
ttcaggtctctactttaatttaatatttggaatctgattagtgatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_6074785_6075942
seq2: B6Ng01-344C23.b_45_1213 (reverse)

seq1  CCAAATAT---GCAGTTTCTTG--AACCAGGCTACCTCGACAGAGAACCC  45
      ||||||||   |||||||||||  | ||||||||||| ||||||||| ||
seq2  CCAAATATGACGCAGTTTCTTGGAACCCAGGCTACCTGGACAGAGAATCC  50

seq1  TGTAGATGAT--CACATAAA-CAAACACTTGGAGGAAACATAGG--TGAG  90
        ||||||||  |||||||| ||||| | |||||| ||||||||  ||||
seq2  GTTAGATGATTCCACATAAATCAAAC-CCTGGAGG-AACATAGGGTTGAG  98

seq1  TGCCTGGAGAAGTTGGTGGACTATTACATTTGATTGTCTATGTTTATGTT  140
      ||| ||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGGAAGAGTTGGTGGACTA-TACATTTGATTGTCTATGTTTATGTT  147

seq1  TAGACATGA-GGGCCATCTGCCTCTGATAC-ACATCATCCTACCTGCTGT  188
      ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
seq2  TAGACATGAGGGGCCATCTGCCTCTGATACAACATCATCCTAACTGCTGT  197

seq1  TCCTTGGCACTTGGGACACAGATGTTCTTGCTGGCCTCCTCAGAGAACCA  238
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGGCACTTGGGACACAGATGTTCTTGCTGGCCTCCTCAGAGAACCA  247

seq1  CTTTTCTTCCCACAGGACACTTGTGGCCAGCCTGCTCCACCAGCAGCC-T  287
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CTTTTCTTCCCACAGGACACTTGTGGCCAGCCTGCTCCACCAGCAGCCTT  297

seq1  TCTGTTCTCATTCAGTAATATCC-TTACGTTTTCGTGGAGTTGAGTGCAC  336
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTCTCATTCAGTAATATCCTTTACGTTTTCGTGGAGTTGAGTGCAC  347

seq1  TCACGGAGGAGGTGGTCCTCCTTAATGCTGATCCACAAAGAAAAATTGGT  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACGGAGGAGGTGGTCCTCCTTAATGCTGATCCACAAAGAAAAATTGGT  397

seq1  GATTCCCAGCCAGATTCCATTGGCTTGCCACTCCTACAAGTCCTATGATC  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCCCAGCCAGATTCCATTGGCTTGCCACTCCTACAAGTCCTATGATC  447

seq1  CCTGCAAGGGCCCTGATTCCCAGACATACCCAGAAGAGTCCACAGTTACA  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCAAGGGCCCTGATTCCCAGACATACCCAGAAGAGTCCACAGTTACA  497

seq1  TAGCAGCACCAAACAGAGGCAGGTCATATCAATATACCAGCCATATTCCA  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAGCACCAAACAGAGGCAGGTCATATCAATATACCAGCCATATTCCA  547

seq1  CAGGACTCAACAAACTTCTAAAAACCCCACACCAAGAGTGCACCCTATAC  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGACTCAACAAACTTCTAAAAACCCCACACCAAGAGTGCACCCTATAC  597

seq1  ATCACAAAAGAGGAAATGTTCCTCATGGTTGATTATAGGTCTGTGGTACC  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACAAAAGAGGAAATGTTCCTCATGGTTGATTATAGGTCTGTGGTACC  647

seq1  ATAAAACCTTCAGCAGGGAGAGGGCTTAGCCCCTCTGAGAGAGGTGAGAC  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAACCTTCAGCAGGGAGAGGGCTTAGCCCCTCTGAGAGAGGTGAGAC  697

seq1  GACCAAACAGGTGTGCACTCCTTACATCTTTGTTGGGAATCCTAGATCTT  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAAACAGGTGTGCACTCCTTACATCTTTGTTGGGAATCCTAGATCTT  747

seq1  TTAATCTGTGGTCAGAACCCCAGAGGTTCAGGGTTCCTGGATATTCCCAG  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCTGTGGTCAGAACCCCAGAGGTTCAGGGTTCCTGGATATTCCCAG  797

seq1  CGTGGTGGAAACGTTTTCTATGTAGAGGATCTTGAATTTGGAAAAATAAA  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGGTGGAAACGTTTTCTATGTAGAGGATCTTGAATTTGGAAAAATAAA  847

seq1  GATTGGAGGGTCTTGGACACTCTTCACACTTAGGACTCCTGTGTCTAAGA  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGGAGGGTCTTGGACACTCTTCACACTTAGGACTCCTGTGTCTAAGA  897

seq1  GGTACAAATCCAAGGCCCTTGCTTCGGGGCAGGGTTCCTTGATAAAAACA  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACAAATCCAAGGCCCTTGCTTCGGGGCAGGGTTCCTTGATAAAAACA  947

seq1  GATAGCATAGAACCAGAACCCTTGCTTTTGTTCAAAGTCCTAAAAGGACA  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGCATAGAACCAGAACCCTTGCTTTTGTTCAAAGTCCTAAAAGGACA  997

seq1  GAAGCATTCCCTGCCTAGTTCTGGGGGTCTCAGTTGTGTCACTGACTCAC  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCATTCCCTGCCTAGTTCTGGGGGTCTCAGTTGTGTCACTGACTCAC  1047

seq1  CTGTAGGAATAGTTATCTTCTATCAGTTCCTTGGAGTACTGCATGGAACC  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGGAATAGTTATCTTCTATCAGTTCCTTGGAGTACTGCATGGAACC  1097

seq1  AATTATGGACTGGATCATTTTATTCATATCCAATATTGTCTTCTCATGTT  1136
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATGGACTGGATCATTTTATTCATATCCAATATTGTCTTCTCATGTT  1147

seq1  GTGATTTAATGATGTTGAATTC  1158
      ||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATTTAATGATGTTGAATTC  1169

seq1: chr14_5960351_5961450
seq2: B6Ng01-344C23.g_65_1160

seq1  GAATTCAGTGTTCATTCTGTGTTAGGTCATGGCCCAAGAAGCAAATAAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGTTCATTCTGTGTTAGGTCATGGCCCAAGAAGCAAATAAAC  50

seq1  TGCTGAACTGAGGATTCAATAATCATGTGCAAAAAGGCTGTATCATGGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGAACTGAGGATTCAATAATCATGTGCAAAAAGGCTGTATCATGGAC  100

seq1  TACCCAAGCCAATTGCATGCCACATCCTAGTTCCTTAAAACTGGGTCCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCAAGCCAATTGCATGCCACATCCTAGTTCCTTAAAACTGGGTCCCC  150

seq1  TAGGTGCTAATTAAACTTACTATCCTGGGCAGAGGACAGCAGAGCCAGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTGCTAATTAAACTTACTATCCTGGGCAGAGGACAGCAGAGCCAGGG  200

seq1  GACCAAATGGAGCTAGCTGACCTTCAAGGGCTTCCCGGGCAAGCATGTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAAATGGAGCTAGCTGACCTTCAAGGGCTTCCCGGGCAAGCATGTAG  250

seq1  GAATAGAGTACTTCTATGACAATTTTACACTACACTGTGCCACAGGCATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAGAGTACTTCTATGACAATTTTACACTACACTGTGCCACAGGCATG  300

seq1  GGTCCAGTAGATATCTGTAATGACTTTCCTCTTATTTTTAAGGCAGGGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCAGTAGATATCTGTAATGACTTTCCTCTTATTTTTAAGGCAGGGAT  350

seq1  TCTCATTCCTTGGTTCCTGTTGTTATGTGAATTCCCAGAGGACACAACTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATTCCTTGGTTCCTGTTGTTATGTGAATTCCCAGAGGACACAACTA  400

seq1  GTATTTACAGGAGAAAGGCTTTATCACATCTCCTCCCCCAGGAGATTCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTACAGGAGAAAGGCTTTATCACATCTCCTCCCCCAGGAGATTCCT  450

seq1  GTGTAACAACAAGGAAACACCAGGAGCAAACTTCCCTGGTGATCACTTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAACAACAAGGAAACACCAGGAGCAAACTTCCCTGGTGATCACTTTG  500

seq1  GACCTCTATGGACAAACACTAAAAGGACCTGCAAACTGTGCATCACACAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTCTATGGACAAACACTAAAAGGACCTGCAAACTGTGCATCACACAA  550

seq1  ATCCTCAGACCCCATCAAAGGTCCCAGAGCCTCAGTCCTGAACAAAACAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTCAGACCCCATCAAAGGTCCCAGAGCCTCAGTCCTGAACAAAACAT  600

seq1  ACACAGCTAAGTTCACACACATAGACACAATTAGAATGCCAAATAAATCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGCTAAGTTCACACACATAGACACAATTAGAATGCCAAATAAATCT  650

seq1  AGGGAGGTGCCATCTCTCAGAATATAATGAACAATATCAGAGTAAACATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGGTGCCATCTCTCAGAATATAATGAACAATATCAGAGTAAACATG  700

seq1  TGATAGCCTGCAGGCATTGCATTCACACACTGAGAGACAGTAAGTGTGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGCCTGCAGGCATTGCATTCACACACTGAGAGACAGTAAGTGTGAG  750

seq1  CAGGTCCTTCCAGCTGTTGACAGCAACAATCAGATTGCAAGCACCCCAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTCCTTCCAGCTGTTGACAGCAACAATCAGATTGCAAGCACCCCAAG  800

seq1  GTCAAGTACAAAAGATGATAATAAACACACAGCACCATGTTTATCCAACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAGTACAAAAGATGATAATAAACACACAGCACCATGTTTATCCAACA  850

seq1  ATTAAACACCTGTCAGGGCTACTTAATTGAATGATGGGAGATGACACACT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAACACCTGTCAGGGCTACTTAATTGAATGATGGGAGATGACACACT  900

seq1  CCATTCATGG-AAGGAAATTGGGTTAACAGATGGCACAATACAGGCAACA  949
      |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTCATGGAAAGGAAATT-GGTTAACAGATGGCACAATACAGGCAACA  949

seq1  GGG-TACTGGGCATAATTCCTACCTGTAGTTCAAATCCTCATACATGTAA  998
      ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GGGTTACTGGGCATAATTCCTACCTGTAGTTC-AATCCTCATACATGTAA  998

seq1  ACGTTCAGGATTCCACAAATTTCCTCCATGTCATTGCTGATCTTCCTCAT  1048
      ||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||| || ||||
seq2  ACGTTCAGGATTCCACAA--TTCCT-CATGTCATTGCTGATC-TCTTCAT  1044

seq1  ATGTAATTTCAGTTCTCTAACTTTATTT-ATATTTGATATCTGATTAGTG  1097
      |||| ||||||| ||||||  || |||| |||||||  ||||||||||||
seq2  ATGT-ATTTCAGGTCTCTACTTTAATTTAATATTTGGAATCTGATTAGTG  1093

seq1  ATG  1100
      |||
seq2  ATG  1096