BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-347A02
Chromosome14 (Build37)
Map Location 23,565,973 - 23,681,573
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700112E06Rik, LOC665068
Upstream geneDusp13, Samd8, Vdac2, Comtd1, Zfp503, EG665075, EG435392
Downstream geneKcnma1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-347A02.bB6Ng01-347A02.g
ACCGA128741GA128742
length6941,000
definitionB6Ng01-347A02.b B6Ng01-347A02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(23,565,973 - 23,566,666)(23,680,576 - 23,681,573)
sequence
gaattctttccttgctactcatctggagaacagcatatttaaaagtgtga
cactgctaaataatagtagacatggtttgcaggtaagtgtacctttaact
gatacagtttaaaatgaccagaaaccaaaatgtaaaataaaataaaatga
tgatgatgatgatgacaatgatgatttatttagtgagtattgtcctaagc
agtactcagtttgttactgactcctcataacaacatcaaggaggttcatg
gaatgctctccattaaaaaaataaataaacaaatggtactactaataata
acaaaactaataataaataaacggaaaccaaggctcagagagaccaagaa
aattgcccaaggttgcacatctagtcaagtggcaggtgaaaacagaggga
atcttcgatcctttggtagtctataaagtcccagaagcctattcagatta
gtgatttataaatagaaaaataaaaatattatgagaaagcagaataatct
tcttaaatatcttgctatagagatatgtagggggtcagttttggtgatgt
gaacctttactcatagcagtcaggaggctgagacatgaggattgctgtgt
tcaagatcacctttggatatatagtgtgttccagtctagtctgggctatc
caatgagaccctgtattaaaggaggaggtgggggagagagggaa

gaattcagatccacatactggtatggcaaacattttataaactgagtcat
ttctcttggctttctaattttgatgaatatatttttaaaatatatgtaca
cacacacacacacaaacacacacacattgagatagaaataaaaaaagaga
tggccagactgagggaattataatagtgttcctttactcctggtataaga
acaaggcagccccgtgtccttcctcgacctgtgtggctgctccggggtga
agcaggcattgcatccttcgctctgcattctcctcatgctcttggcaacc
cctgacacatcacattctccgcatcaataaggaccagtgccagttcacac
taaattgcctttgactacatttaactgatctagtgtttttttatgattct
ttcctgttgtaccatttttcacttttgactttataattctctgctgactt
taaatagcacttcaccagactaccctggatgattcttaatagagatttag
gggataggttgtgttgtggttaggattcagactctccttcagcaacaagg
agaaattaactaggtggttttgtcccgagtgcccatttatacagggaatg
gacggagggtttatcttcttcagagccttgtaatcatgacactgcaagat
gatgttcaagaaataaaaagtttgtagtgatagcttctacatcacaaaac
caccatacatgttccctgcagctttgcgtggctgggataatagaccagac
agcagttgaattacttactgaatggcagggaaagatttgcccaaattcta
tcctatgacccagacaaggctcggtcccctgaagagggagaactaaactc
acattgaccctatgccaacattacagtgtctctggtctctacagagtcct
tcccagaaaacccttgaagccagggtagctttagccccaggaagaggtgc
tatgagaggaaatgattagacagaaagtccctaaaccaaacctttgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_23565973_23566666
seq2: B6Ng01-347A02.b_48_741

seq1  GAATTCTTTCCTTGCTACTCATCTGGAGAACAGCATATTTAAAAGTGTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCCTTGCTACTCATCTGGAGAACAGCATATTTAAAAGTGTGA  50

seq1  CACTGCTAAATAATAGTAGACATGGTTTGCAGGTAAGTGTACCTTTAACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCTAAATAATAGTAGACATGGTTTGCAGGTAAGTGTACCTTTAACT  100

seq1  GATACAGTTTAAAATGACCAGAAACCAAAATGTAAAATAAAATAAAATGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACAGTTTAAAATGACCAGAAACCAAAATGTAAAATAAAATAAAATGA  150

seq1  TGATGATGATGATGACAATGATGATTTATTTAGTGAGTATTGTCCTAAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGATGATGATGACAATGATGATTTATTTAGTGAGTATTGTCCTAAGC  200

seq1  AGTACTCAGTTTGTTACTGACTCCTCATAACAACATCAAGGAGGTTCATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACTCAGTTTGTTACTGACTCCTCATAACAACATCAAGGAGGTTCATG  250

seq1  GAATGCTCTCCATTAAAAAAATAAATAAACAAATGGTACTACTAATAATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGCTCTCCATTAAAAAAATAAATAAACAAATGGTACTACTAATAATA  300

seq1  ACAAAACTAATAATAAATAAACGGAAACCAAGGCTCAGAGAGACCAAGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAACTAATAATAAATAAACGGAAACCAAGGCTCAGAGAGACCAAGAA  350

seq1  AATTGCCCAAGGTTGCACATCTAGTCAAGTGGCAGGTGAAAACAGAGGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGCCCAAGGTTGCACATCTAGTCAAGTGGCAGGTGAAAACAGAGGGA  400

seq1  ATCTTCGATCCTTTGGTAGTCTATAAAGTCCCAGAAGCCTATTCAGATTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCGATCCTTTGGTAGTCTATAAAGTCCCAGAAGCCTATTCAGATTA  450

seq1  GTGATTTATAAATAGAAAAATAAAAATATTATGAGAAAGCAGAATAATCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATTTATAAATAGAAAAATAAAAATATTATGAGAAAGCAGAATAATCT  500

seq1  TCTTAAATATCTTGCTATAGAGATATGTAGGGGGTCAGTTTTGGTGATGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAATATCTTGCTATAGAGATATGTAGGGGGTCAGTTTTGGTGATGT  550

seq1  GAACCTTTACTCATAGCAGTCAGGAGGCTGAGACATGAGGATTGCTGTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCTTTACTCATAGCAGTCAGGAGGCTGAGACATGAGGATTGCTGTGT  600

seq1  TCAAGATCACCTTTGGATATATAGTGTGTTCCAGTCTAGTCTGGGCTATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGATCACCTTTGGATATATAGTGTGTTCCAGTCTAGTCTGGGCTATC  650

seq1  CAATGAGACCCTGTATTAAAGGAGGAGGTGGGGGAGAGAGGGAA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGAGACCCTGTATTAAAGGAGGAGGTGGGGGAGAGAGGGAA  694


seq1: chr14_23680576_23681573
seq2: B6Ng01-347A02.g_66_1065 (reverse)

seq1  CACACAAAGGTTTGTTTTAGGGACTTTCTGTCTAATCATTTTCCTCTTCA  50
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||
seq2  CACACAAAGGTTTGGTTTAGGGACTTTCTGTCTAATCA-TTTCCTC-TCA  48

seq1  TAGCACCTCTTCCTGGGGCTAAAGGCTA-CCTGGCTTC-AGGGTTTTCTG  98
      ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||
seq2  TAGCACCTCTTCCTGGGGCTAAA-GCTACCCTGGCTTCAAGGGTTTTCTG  97

seq1  GGAAGGACTCTGTAGAGACCAGAGACACTGTAATGTTGGCATAGGGTC-A  147
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GGAAGGACTCTGTAGAGACCAGAGACACTGTAATGTTGGCATAGGGTCAA  147

seq1  TGTGAG-TTAGTTCTCCCTCTTCAGGGGACCGAGCCTTGTCTGGGTCATA  196
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGTTTAGTTCTCCCTCTTCAGGGGACCGAGCCTTGTCTGGGTCATA  197

seq1  GGATAGAATTTGGGCAAATC-TTCCCTGCCATTCAGTAAGTAATTCAACT  245
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAGAATTTGGGCAAATCTTTCCCTGCCATTCAGTAAGTAATTCAACT  247

seq1  GCTGTCTGGTCTATTATCCCAGCCACGCAAAGCTGCAGGGAACATGTATG  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTCTGGTCTATTATCCCAGCCACGCAAAGCTGCAGGGAACATGTATG  297

seq1  GTGGTTTTGTGATGTAGAAGCTATCACTACAAACTTTTTATTTCTTGAAC  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTTTTGTGATGTAGAAGCTATCACTACAAACTTTTTATTTCTTGAAC  347

seq1  ATCATCTTGCAGTGTCATGATTACAAGGCTCTGAAGAAGATAAACCCTCC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATCTTGCAGTGTCATGATTACAAGGCTCTGAAGAAGATAAACCCTCC  397

seq1  GTCCATTCCCTGTATAAATGGGCACTCGGGACAAAACCACCTAGTTAATT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCATTCCCTGTATAAATGGGCACTCGGGACAAAACCACCTAGTTAATT  447

seq1  TCTCCTTGTTGCTGAAGGAGAGTCTGAATCCTAACCACAACACAACCTAT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTTGTTGCTGAAGGAGAGTCTGAATCCTAACCACAACACAACCTAT  497

seq1  CCCCTAAATCTCTATTAAGAATCATCCAGGGTAGTCTGGTGAAGTGCTAT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTAAATCTCTATTAAGAATCATCCAGGGTAGTCTGGTGAAGTGCTAT  547

seq1  TTAAAGTCAGCAGAGAATTATAAAGTCAAAAGTGAAAAATGGTACAACAG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGTCAGCAGAGAATTATAAAGTCAAAAGTGAAAAATGGTACAACAG  597

seq1  GAAAGAATCATAAAAAAACACTAGATCAGTTAAATGTAGTCAAAGGCAAT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAATCATAAAAAAACACTAGATCAGTTAAATGTAGTCAAAGGCAAT  647

seq1  TTAGTGTGAACTGGCACTGGTCCTTATTGATGCGGAGAATGTGATGTGTC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGTGAACTGGCACTGGTCCTTATTGATGCGGAGAATGTGATGTGTC  697

seq1  AGGGGTTGCCAAGAGCATGAGGAGAATGCAGAGCGAAGGATGCAATGCCT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTTGCCAAGAGCATGAGGAGAATGCAGAGCGAAGGATGCAATGCCT  747

seq1  GCTTCACCCCGGAGCAGCCACACAGGTCGAGGAAGGACACGGGGCTGCCT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCACCCCGGAGCAGCCACACAGGTCGAGGAAGGACACGGGGCTGCCT  797

seq1  TGTTCTTATACCAGGAGTAAAGGAACACTATTATAATTCCCTCAGTCTGG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTTATACCAGGAGTAAAGGAACACTATTATAATTCCCTCAGTCTGG  847

seq1  CCATCTCTTTTTTTATTTCTATCTCAATGTGTGTGTGTTTGTGTGTGTGT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTCTTTTTTTATTTCTATCTCAATGTGTGTGTGTTTGTGTGTGTGT  897

seq1  GTGTGTACATATATTTTAAAAATATATTCATCAAAATTAGAAAGCCAAGA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTACATATATTTTAAAAATATATTCATCAAAATTAGAAAGCCAAGA  947

seq1  GAAATGACTCAGTTTATAAAATGTTTGCCATACCAGTATGTGGATCTGAA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGACTCAGTTTATAAAATGTTTGCCATACCAGTATGTGGATCTGAA  997

seq1  TTC  998
      |||
seq2  TTC  1000


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |