BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-347I09
Chromosome14 (Build37)
Map Location 114,235,828 - 114,364,248
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC382947
Upstream geneLOC100043509, Tpm3-rs7, LOC100043510
Downstream geneLOC668791, LOC100043821, LOC100043521
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-347I09.bB6Ng01-347I09.g
ACCGA129101GA129102
length1,1241,181
definitionB6Ng01-347I09.b B6Ng01-347I09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(114,235,828 - 114,236,959)(114,363,065 - 114,364,248)
sequence
gaattcaactgctctgttttctatttaatagtttttaacatgtctacata
tcttcatagttttaaatgaaacattaaaacttgtacaatgatcccagtat
tgtcagtcttgataggtgtgaaacaagatggcattctatatgctacagtg
acatctgtggccctcatgcagcattcaacagttatgcaaaggtatttgtt
acttatccactttatgccttgcattggatcgtccactttgtttttctggg
tttatcaaaggaactttagattttatttacttaattattaatgactttcc
tgaaagcgtttctcattctgttgcaataaacaaattactttaaagttttg
tagttagcatgcattatatatatggtctatatctttaggtgtggtccttt
agcaactgtacttttaagagctatataggtgactcagtgaatagggatca
tttgagacttatgtataaggcccatagttcagatttataaacccatataa
aaaataaagtaacatgcatatgttgtatgaacctatacaaccgagctgtg
gaagacacagaaagattaataaatcctctggccacaagactgactctagg
ttcagtggaaaatcctgtctcaaagaaataaggtggaagtcttttttgtg
tatgacattctatatcctctggtcgcaacacacatgaacacatgcatgta
tgtaccataaatgtatacatatacacacatactgcacaaaacactatttc
atttagatgctgtcaagccaatactcagaatataatagatactttaagta
aagtacagcaggaatcagggtttaattttgtatttactcttactctgatt
tctttctgcttaacttttgtgcctataacaccctatgtgtgttttttttt
cattgtttcatattaagaacaatatatctactttcttttctttgcttttg
ggctttagatgaggtacattcttctaatgtccccttgtctttggtgtcga
attccatagccatagtctgtcatcgtcccacataactcaactggagcaaa
agacttggctggctataatccaggatacttaaacatttactaggtaggac
aatattccagcacaaggatataca

gaattccattgtgcaataaatacaatattcatttttaagaaagcttataa
agaaaggttagaatcacagattttttttaaatttttctatatttgctttt
aatttgttctgtagaccaaacatcatggactatggtgctggagaaatagt
aaaatggtgtcaagaatttattgttcttaccgaggtctggagtctccttc
cctacatccacgaataactcacaattggctctaactccagctccagatat
tcctgtgccctcttcttgtctacataggaatttcatgcaacaatatgtat
acagacatacagacagaacactcatactcttaaggtgagaataagtgaaa
catttaagaagccatataaaccattttaaataaagaaaatgcatcatttt
ttccctactgtccaagcatcaaggagacagcatgactaatgtttttgaac
tgggagctattgctgatgtaaagtcatatgtctggttggctaggggagcc
acagagctgtataagcaacacagactggtgtagttctttaatagttattc
tttcccaactataggattctttccctacagtcaaaccggattacgtcatc
tgcggtgtcacctctctattgatgcttcttcctaacgttgcaaccattag
tacctcatgatgttcattaacccgaaatgctaagtgccgctgaatacagg
cacttatttttctctttctctattctatgtaaagtaaaaagctctttgtt
ttcatggtttatcatggaggaaactacatgtgtatctgtagaagttatat
ctgattctttcttctcagctctatgcacccagaaataaactcagacttaa
atttgcatttacaaataccttggccatatagctagcctcttctcttatta
ggtcataacttaaagtgtcccgtttattttaatctaccatgtggttgatt
ccctgtgctcatcacagcttccaaggcaaagctcacatgcctggctctgt
tcgagaatttcttctgtctcgtgatatcttaccatctattctaccctttc
ctattgtcacagttttgtatttttttgtttgtttgtttgttttatcgact
ggtgatgcatcacctacagtatacatgaatattcctctcttacgtaggct
tatagttaagcttacaattgcattctaatgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_114235828_114236959
seq2: B6Ng01-347I09.b_46_1169

seq1  GAATTCAACTGCTCTGTTTTCTATTTAATAGTTTTTAACATGTCTACATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACTGCTCTGTTTTCTATTTAATAGTTTTTAACATGTCTACATA  50

seq1  TCTTCATAGTTTTAAATGAAACATTAAAACTTGTACAATGATCCCAGTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCATAGTTTTAAATGAAACATTAAAACTTGTACAATGATCCCAGTAT  100

seq1  TGTCAGTCTTGATAGGTGTGAAACAAGATGGCATTCTATATGCTACAGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGTCTTGATAGGTGTGAAACAAGATGGCATTCTATATGCTACAGTG  150

seq1  ACATCTGTGGCCCTCATGCAGCATTCAACAGTTATGCAAAGGTATTTGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTGTGGCCCTCATGCAGCATTCAACAGTTATGCAAAGGTATTTGTT  200

seq1  ACTTATCCACTTTATGCCTTGCATTGGATCGTCCACTTTGTTTTTCTGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATCCACTTTATGCCTTGCATTGGATCGTCCACTTTGTTTTTCTGGG  250

seq1  TTTATCAAAGGAACTTTAGATTTTATTTACTTAATTATTAATGACTTTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCAAAGGAACTTTAGATTTTATTTACTTAATTATTAATGACTTTCC  300

seq1  TGAAAGCGTTTCTCATTCTGTTGCAATAAACAAATTACTTTAAAGTTTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGCGTTTCTCATTCTGTTGCAATAAACAAATTACTTTAAAGTTTTG  350

seq1  TAGTTAGCATGCATTATATATATGGTCTATATCTTTAGGTGTGGTCCTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTAGCATGCATTATATATATGGTCTATATCTTTAGGTGTGGTCCTTT  400

seq1  AGCAACTGTACTTTTAAGAGCTATATAGGTGACTCAGTGAATAGGGATCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACTGTACTTTTAAGAGCTATATAGGTGACTCAGTGAATAGGGATCA  450

seq1  TTTGAGACTTATGTATAAGGCCCATAGTTCAGATTTATAAACCCATATAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGACTTATGTATAAGGCCCATAGTTCAGATTTATAAACCCATATAA  500

seq1  AAAATAAAGTAACATGCATATGTTGTATGAACCTATACAACCGAGCTGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAAAGTAACATGCATATGTTGTATGAACCTATACAACCGAGCTGTG  550

seq1  GAAGACACAGAAAGATTAATAAATCCTCTGGCCACAAGACTGACTCTAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACACAGAAAGATTAATAAATCCTCTGGCCACAAGACTGACTCTAGG  600

seq1  TTCAGTGGAAAATCCTGTCTCAAAGAAATAAGGTGGAAGTCTTTTTTGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTGGAAAATCCTGTCTCAAAGAAATAAGGTGGAAGTCTTTTTTGTG  650

seq1  TATGACATTCTATATCCTCTGGTCGCAACACACATGAACACATGCATGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGACATTCTATATCCTCTGGTCGCAACACACATGAACACATGCATGTA  700

seq1  TGTACCATAAATGTATACATATACACACATACTGCACAAAACACTATTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACCATAAATGTATACATATACACACATACTGCACAAAACACTATTTC  750

seq1  ATTTAGATGCTGTCAAGCCAATACTCAGAATATAATAGATACTTTAAGTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGATGCTGTCAAGCCAATACTCAGAATATAATAGATACTTTAAGTA  800

seq1  AAGTAAAGCAGGAATCAGGGTTTAATTTTGTATTTACTCTTACTCTGATT  850
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTACAGCAGGAATCAGGGTTTAATTTTGTATTTACTCTTACTCTGATT  850

seq1  TCTTTCTGCTTTAACTTTTGTGCCTATAACACCCTATGTGTGTTTTTTTT  900
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTGC-TTAACTTTTGTGCCTATAACACCCTATGTGTGTTTTTTTT  899

seq1  TCATTGTTTTCATATTAAGAACAAATATATCTACTTTCTTTTCTTTGCTT  950
      |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTG-TTTCATATTAAGAAC-AATATATCTACTTTCTTTTCTTTGCTT  947

seq1  TTGGGCTTTAGATGAGGTACATTCTTCTAATGTCCCCTTGTCTTTGGTGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGCTTTAGATGAGGTACATTCTTCTAATGTCCCCTTGTCTTTGGTGT  997

seq1  CGAATTCCATAGCCATAGTCTGTCATCGTCCCACATAACTCAACTGGAAG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CGAATTCCATAGCCATAGTCTGTCATCGTCCCACATAACTCAACTGG-AG  1046

seq1  CAAAAGACTTGGCTGGCTTATAAATCCAGGATACTTAAACATTTACTAAG  1100
      ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CAAAAGACTTGGCTGGC-TAT-AATCCAGGATACTTAAACATTTACT-AG  1093

seq1  GTAAGACAATATTCCAGCACAAAGAATATACA  1132
      ||| |||||||||||||||| ||| |||||||
seq2  GTAGGACAATATTCCAGCAC-AAGGATATACA  1124


seq1: chr14_114363065_114364248
seq2: B6Ng01-347I09.g_70_1250 (reverse)

seq1  ACATTAGGAATGCATATGTAAGACTTTTAAATATAAGCCTACGT-AGAGA  49
      |||||| |||||||  ||||||    |||| ||||||||||||| |||||
seq2  ACATTA-GAATGCAATTGTAAG---CTTAACTATAAGCCTACGTAAGAGA  46

seq1  -GAATA-TCATGTATACTGTA-GTGATGCATCACCAGTCGATTAAAAACA  96
       ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||
seq2  GGAATATTCATGTATACTGTAGGTGATGCATCACCAGTCGAT--AAAACA  94

seq1  AACAAACAAACAAAAAATAACAAAACCTGTGGACAATAGGAAAGGGTAGA  146
      |||||||||||||||||  |||||| |||| |||||||||||||||||||
seq2  AACAAACAAACAAAAAAATACAAAA-CTGT-GACAATAGGAAAGGGTAGA  142

seq1  ATAGATGGTAAGATATCCACGAGACAGAAGAAATTCTCGAACAGAGCCAG  196
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATGGTAAGATAT-CACGAGACAGAAGAAATTCTCGAACAGAGCCAG  191

seq1  GCATGTGAGCTTTGCCTTGGAAGCTGTGATGAGCACAGGGAATCAACCAC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTGAGCTTTGCCTTGGAAGCTGTGATGAGCACAGGGAATCAACCAC  241

seq1  ATGGTAGATTAAAATAAACGGGACACTTTAAGTTATGACCTAATAAGAGA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTAGATTAAAATAAACGGGACACTTTAAGTTATGACCTAATAAGAGA  291

seq1  AGAGGCTAGCTATATGGCCAAGGTATTTGTAAATGC-AATTTAAGTCTGA  345
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AGAGGCTAGCTATATGGCCAAGGTATTTGTAAATGCAAATTTAAGTCTGA  341

seq1  GTTTATTTCTGGGTGCATAGAGCTGAGAAG-AAGAATCAGATATAACTTC  394
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GTTTATTTCTGGGTGCATAGAGCTGAGAAGAAAGAATCAGATATAACTTC  391

seq1  TACAGATACACATGTAGTTTCCTCCATGATAAACCATGAAAACAAAGAGC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGATACACATGTAGTTTCCTCCATGATAAACCATGAAAACAAAGAGC  441

seq1  TTTTTACTTTACATAGAATAGAGAAAGAGAAAAATAAGTGCCTGTATTCA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTACTTTACATAGAATAGAGAAAGAGAAAAATAAGTGCCTGTATTCA  491

seq1  GCGGCACTTAGCATTTCGGGTTAATGAACATCATGAGGTACTAATGGTTG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGCACTTAGCATTTCGGGTTAATGAACATCATGAGGTACTAATGGTTG  541

seq1  CAACGTTAGGAAGAAGCATCAATAGAGAGGTGACACCGCAGATGACGTAA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACGTTAGGAAGAAGCATCAATAGAGAGGTGACACCGCAGATGACGTAA  591

seq1  TCCGGTTTGACTGTAGGGAAAGAATCCTATAGTTGGGAAAGAATAACTAT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGGTTTGACTGTAGGGAAAGAATCCTATAGTTGGGAAAGAATAACTAT  641

seq1  TAAAGAACTACACCAGTCTGTGTTGCTTATACAGCTCTGTGGCTCCCCTA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGAACTACACCAGTCTGTGTTGCTTATACAGCTCTGTGGCTCCCCTA  691

seq1  GCCAACCAGACATATGACTTTACATCAGCAATAGCTCCCAGTTCAAAAAC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAACCAGACATATGACTTTACATCAGCAATAGCTCCCAGTTCAAAAAC  741

seq1  ATTAGTCATGCTGTCTCCTTGATGCTTGGACAGTAGGGAAAAAATGATGC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGTCATGCTGTCTCCTTGATGCTTGGACAGTAGGGAAAAAATGATGC  791

seq1  ATTTTCTTTATTTAAAATGGTTTATATGGCTTCTTAAATGTTTCACTTAT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCTTTATTTAAAATGGTTTATATGGCTTCTTAAATGTTTCACTTAT  841

seq1  TCTCACCTTAAGAGTATGAGTGTTCTGTCTGTATGTCTGTATACATATTG  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACCTTAAGAGTATGAGTGTTCTGTCTGTATGTCTGTATACATATTG  891

seq1  TTGCATGAAATTCCTATGTAGACAAGAAGAGGGCACAGGAATATCTGGAG  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATGAAATTCCTATGTAGACAAGAAGAGGGCACAGGAATATCTGGAG  941

seq1  CTGGAGTTAGAGCCAATTGTGAGTTATTCGTGGATGTAGGGAAGGAGACT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGTTAGAGCCAATTGTGAGTTATTCGTGGATGTAGGGAAGGAGACT  991

seq1  CCAGACCTCGGTAAGAACAATAAATTCTTGACACCATTTTACTATTTCTC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGACCTCGGTAAGAACAATAAATTCTTGACACCATTTTACTATTTCTC  1041

seq1  CAGCACCATAGTCCATGATGTTTGGTCTACAGAACAAATTAAAAGCAAAT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACCATAGTCCATGATGTTTGGTCTACAGAACAAATTAAAAGCAAAT  1091

seq1  ATAGAAAAATTTAAAAAAAATCTGTGATTCTAACCTTTCTTTATAAGCTT  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAAAAATTTAAAAAAAATCTGTGATTCTAACCTTTCTTTATAAGCTT  1141

seq1  TCTTAAAAATGAATATTGTATTTATTGCACAATGGAATTC  1184
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAAAATGAATATTGTATTTATTGCACAATGGAATTC  1181


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |