BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-001C13
Chromosome15 (Build37)
Map Location 53,372,912 - 53,510,579
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSamd12
Upstream geneThrap6, LOC100039745, Ext1
Downstream geneEG665097, EG621631, Tnfrsf11b, LOC665280, EG383032, Colec10, Mal2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-001C13.bB6Ng01-001C13.g
ACCDH839558DH839559
length1,1611,116
definitionDH839558|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-001C13, 5' end.DH839559|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-001C13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(53,509,407 - 53,510,579)(53,372,912 - 53,374,033)
sequence
gttgatgttatgggagcaatacatttatcagttataagatgttttctcaa
tctctgttctgtttttagcagctgatcagtattcattggaacaagccctt
cctttgacagggctgtctcctgacttgtgagggtacatgttcttacagcc
acaccacagtgcagtgtgtgttgatttacagatattttttttgctgaagg
catgtgttctgctatgctccactgctctgcatacaaagagtgacatttcc
attgtaaacgcaagctcatttcaattgtggagaagacacagatttctgca
aggtgcagtgctaaatccccatgctactgtgaggcatatgacttttattt
atatccaagtatctcctgatggaaagaaagttattatataaaaccctgta
tttactaaatgaggaatcaacaagttgactgcctttgttacgctctagag
tacgaaaactttcttactcaaatgaatgctgtttccatacagtggttaaa
agaattgcatttgatgttgggtggtcctacaactgacccaaagcattcat
tctcctggctaggaagtctttgttattattctgcacatatgtgagggtaa
cttttttcttctagaaaatgagaggaaaataattatgcccacttgtaaga
acttgatggactagttcatgtatttttatctaaagacctggaatagaaca
aggtttccatcaaatatattttacataagtatctatgtatatgtggaaat
atacatacatgcacatgattatgtaagtattatgacttacctactacaca
agtacatgctgttctacaattgtatgttattcaaaatgtttgagggaaat
gaggcacacttataaagtcaaccaaggatatacacacagaatttcaccag
ttttgtctgactaattatgtattgacaaggtcactattcaatccattttc
atttcttgcacacacaactactaacattagagatgggtgacctagaaaac
atgttgaatagtaccacagaccatctgggtgtttggaaatcaacacagac
aatatgaacatttgtttagagaatcatttgtgtcttctctatcccataag
cccagttaggttgtgcttccctagaagcaaactcgaacaggtttagtatt
gttctatgctg
gaattcagactggagggatgaaagaaaggactaaaactatttttttaaag
tcatctaagtggatcagcttttgtgtaagtcatttcactgaactttaagg
agaagttctgtgatgagataactgatcaaggtagctgcttaggcaattgt
cttgagagatgtttatctctcactgagagtttatctgtcactcagagtaa
aggagaccagctggtctttggatgaatcttgagagatcaaatgatggatg
ttttcaaacaggttgttagtgtatagccttgaaggaatggagtaggcttg
tccaaatcagcaaacattcagggctcctactctttgcaaccagccgtgat
aggcaatgtagacaacccagatgcatgactgagaaaacctgctctcgtta
atttgttctacagaaacagcatcataaaaatgaatcataaaatgcatcat
aaaaaaggtaggggcagctgactttcaaaatttacaaaaaaggagaaaaa
acaaaacaacaacaacaaaaaacaaggactagatccatgatccccaacag
ttttgtgcccaacattgtggtagcattttacacgagctatttagtttcct
caacaaccaacaatccacttagtgcttatggaattacaggatgatgcttc
acttaataaactttccccattgtacagaacacgtattctatttcttggat
tacatttgaggaagtgatttgcaaatcattaagtcagcctctttttaagg
gcattacatggcataaagctatggtccccttggaagtagcagggtagtta
tagaaaaatgcaaaggaaaataaaataagaaaagttagctactagtgaca
caagcaaaaacgcaaatagttaagtgatgactcatggcatgtaacactgg
aagttttctggaaatgatgctttctaaggggagacagaaagtacacagaa
tgatacatgttctgtctgcattcctaatgatgatgctgtttggtacatta
tggagagatcataaattactataaggaaatagctaaatataaatgcctga
gcatctatactagcttagcaacctgaaatcaacaggagcatggctcctca
cggatgctacttctaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_53509407_53510579
seq2: B6Ng01-001C13.b_57_1217 (reverse)

seq1  CAGCAATAGAACAATAACTAAAACACCTGTTCTGAGTCTGCTTCTTAGGG  50
      |||| |||||||||| |||||   |||||||| |||| |||||| |||||
seq2  CAGC-ATAGAACAAT-ACTAA---ACCTGTTC-GAGTTTGCTTC-TAGGG  43

seq1  AAGCCACACCCTAACTGGGGCTTATGGGATAGAG-AGACACAAATTGATT  99
      ||| |||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||
seq2  AAG-CACAACCTAACT-GGGCTTATGGGATAGAGAAGACACAAA-TGATT  90

seq1  CTCTAAAACAAATGTTCATATTGTCTGTGTTGATTTCAAGACAAACCAGA  149
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | || | |||||
seq2  CTCT-AAACAAATGTTCATATTGTCTGTGTTGATTTCCAAAC-ACCCAGA  138

seq1  TGGTTCTGTGGTACTATTCAACATG-TTTCTAGGTCACCCATCTCTAATG  198
      ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TGG-TCTGTGGTACTATTCAACATGTTTTCTAGGTCACCCATCTCTAATG  187

seq1  TTAGTAGTTGTGTGTGCAAGAAATGAAAATGGATTGAATAGTGACCTTGT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTAGTTGTGTGTGCAAGAAATGAAAATGGATTGAATAGTGACCTTGT  237

seq1  CAATACATAATTAGTCAGACAAAACTGGTGAAAATTCTGTGTGTATATCC  298
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CAATACATAATTAGTCAGACAAAACTGGTG-AAATTCTGTGTGTATATCC  286

seq1  TTGGTTGACTTTATAAGTGTGCCTCATTTCCCTCAAACATTTTGAATAAC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTGACTTTATAAGTGTGCCTCATTTCCCTCAAACATTTTGAATAAC  336

seq1  ATACAATTGTAGAACAGCATGTACTTGTGTAGTAGGTAAGTCATAATACT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAATTGTAGAACAGCATGTACTTGTGTAGTAGGTAAGTCATAATACT  386

seq1  TACATAATCATGTGCATGTATGTATATTTCCACATATACATAGATACTTA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATAATCATGTGCATGTATGTATATTTCCACATATACATAGATACTTA  436

seq1  TGTAAAATATATTTGATGGAAACCTTGTTCTATTCCAGGTCTTTAGATAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAAATATATTTGATGGAAACCTTGTTCTATTCCAGGTCTTTAGATAA  486

seq1  AAATACATGAACTAGTCCATCAAGTTCTTACAAGTGGGCATAATTATTTT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACATGAACTAGTCCATCAAGTTCTTACAAGTGGGCATAATTATTTT  536

seq1  CCTCTCATTTTCTAGAAGAAAAAAGTTACCCTCACATATGTGCAGAATAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCATTTTCTAGAAGAAAAAAGTTACCCTCACATATGTGCAGAATAA  586

seq1  TAACAAAGACTTCCTAGCCAGGAGAATGAATGCTTTGGGTCAGTTGTAGG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAAAGACTTCCTAGCCAGGAGAATGAATGCTTTGGGTCAGTTGTAGG  636

seq1  ACCACCCAACATCAAATGCAATTCTTTTAACCACTGTATGGAAACAGCAT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCCAACATCAAATGCAATTCTTTTAACCACTGTATGGAAACAGCAT  686

seq1  TCATTTGAGTAAGAAAGTTTTCGTACTCTAGAGCGTAACAAAGGCAGTCA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTGAGTAAGAAAGTTTTCGTACTCTAGAGCGTAACAAAGGCAGTCA  736

seq1  ACTTGTTGATTCCTCATTTAGTAAATACAGGGTTTTATATAATAACTTTC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTTGATTCCTCATTTAGTAAATACAGGGTTTTATATAATAACTTTC  786

seq1  TTTCCATCAGGAGATACTTGGATATAAATAAAAGTCATATGCCTCACAGT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCATCAGGAGATACTTGGATATAAATAAAAGTCATATGCCTCACAGT  836

seq1  AGCATGGGGATTTAGCACTGCACCTTGCAGAAATCTGTGTCTTCTCCACA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGGGGATTTAGCACTGCACCTTGCAGAAATCTGTGTCTTCTCCACA  886

seq1  ATTGAAATGAGCTTGCGTTTACAATGGAAATGTCACTCTTTGTATGCAGA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAAATGAGCTTGCGTTTACAATGGAAATGTCACTCTTTGTATGCAGA  936

seq1  GCAGTGGAGCATAGCAGAACACATGCCTTCAGCAAAAAAAATATCTGTAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGGAGCATAGCAGAACACATGCCTTCAGCAAAAAAAATATCTGTAA  986

seq1  ATCAACACACACTGCACTGTGGTGTGGCTGTAAGAACATGTACCCTCACA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAACACACACTGCACTGTGGTGTGGCTGTAAGAACATGTACCCTCACA  1036

seq1  AGTCAGGAGACAGCCCTGTCAAAGGAAGGGCTTGTTCCAATGAATACTGA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGGAGACAGCCCTGTCAAAGGAAGGGCTTGTTCCAATGAATACTGA  1086

seq1  TCAGCTGCTAAAAACAGAACAGAGATTGAGAAAACATCTTATAACTGATA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTGCTAAAAACAGAACAGAGATTGAGAAAACATCTTATAACTGATA  1136

seq1  AATGTATTGCTCCCATAACATCAAC  1173
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTATTGCTCCCATAACATCAAC  1161

seq1: chr15_53372912_53374033
seq2: B6Ng01-001C13.g_68_1183

seq1  GAATTCAGACTGGAGGGATGAAAGAAAGGACTAAAACTATTTTTTTAAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGACTGGAGGGATGAAAGAAAGGACTAAAACTATTTTTTTAAAG  50

seq1  TCATCTAAGTGGATCAGCTTTTGTGTAAGTCATTTCACTGAACTTTAAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTAAGTGGATCAGCTTTTGTGTAAGTCATTTCACTGAACTTTAAGG  100

seq1  AGAAGTTCTGTGATGAGATAACTGATCAAGGTAGCTGCTTAGGCAATTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTTCTGTGATGAGATAACTGATCAAGGTAGCTGCTTAGGCAATTGT  150

seq1  CTTGAGAGATGTTTATCTCTCACTGAGAGTTTATCTGTCACTCAGAGTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGAGATGTTTATCTCTCACTGAGAGTTTATCTGTCACTCAGAGTAA  200

seq1  AGGAGACCAGCTGGTCTTTGGATGAATCTTGAGAGATCAAATGATGGATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGACCAGCTGGTCTTTGGATGAATCTTGAGAGATCAAATGATGGATG  250

seq1  TTTTCAAACAGGTTGTTAGTGTATAGCCTTGAAGGAATGGAGTAGGCTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAAACAGGTTGTTAGTGTATAGCCTTGAAGGAATGGAGTAGGCTTG  300

seq1  TCCAAATCAGCAAACATTCAGGGCTCCTACTCTTTGCAACCAGCCGTGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAATCAGCAAACATTCAGGGCTCCTACTCTTTGCAACCAGCCGTGAT  350

seq1  AGGCAATGTAGACAACCCAGATGCATGACTGAGAAAACCTGCTCTCGTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAATGTAGACAACCCAGATGCATGACTGAGAAAACCTGCTCTCGTTA  400

seq1  ATTTGTTCTACAGAAACAGCATCATAAAAATGAATCATAAAATGCATCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTTCTACAGAAACAGCATCATAAAAATGAATCATAAAATGCATCAT  450

seq1  AAAAAAGGTAGGGGCAGCTGACTTTCAAAATTTACAAAAAAGGAGAAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAGGTAGGGGCAGCTGACTTTCAAAATTTACAAAAAAGGAGAAAAA  500

seq1  ACAAAACAACAACAACAAAAAACAAGGACTAGATCCATGATCCCCAACAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAACAACAACAACAAAAAACAAGGACTAGATCCATGATCCCCAACAG  550

seq1  TTTTGTGCCCAACATTGTGGTAGCATTTTACACGAGCTATTTAGTTTCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTGCCCAACATTGTGGTAGCATTTTACACGAGCTATTTAGTTTCCT  600

seq1  CAACAACCAACAATCCACTTAGTGCTTATGGAATTACAGGATGATGCTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAACCAACAATCCACTTAGTGCTTATGGAATTACAGGATGATGCTTC  650

seq1  ACTTAATAAACTTTCCCCATTGTACAGAACACGTATTCTATTTCTTGGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAATAAACTTTCCCCATTGTACAGAACACGTATTCTATTTCTTGGAT  700

seq1  TACATTTGAGGAAGTGATTTGCAAATCATTAAGTCAGCCTCTTTTTAAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTTGAGGAAGTGATTTGCAAATCATTAAGTCAGCCTCTTTTTAAGG  750

seq1  GCATTACATGGCATAAAGCTATGGTCCCCTTGGAAGTAGCAGGGTAGTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTACATGGCATAAAGCTATGGTCCCCTTGGAAGTAGCAGGGTAGTTA  800

seq1  TAGAAAAATGCAAAGGAAAATAAAATAAGAAAAGTTAGCTACTAGTGACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAAAATGCAAAGGAAAATAAAATAAGAAAAGTTAGCTACTAGTGACA  850

seq1  CAAGCAAAAACGCAAATAGTTAAGTGATGACTCATGGCATGTAACACTGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCAAAAACGCAAATAGTTAAGTGATGACTCATGGCATGTAACACTGG  900

seq1  AAGTTTTCTGGAAATGATGCTTTCTAAGGGGAGACAGAAAAGTACACAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||
seq2  AAGTTTTCTGGAAATGATGCTTTCTAAGGGGAGACAG-AAAGTACAC-AG  948

seq1  AATGAATACATGTTCTGTCTGCATTCCTAATGATGATGCTGTTTGGTACA  1000
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATG-ATACATGTTCTGTCTGCATTCCTAATGATGATGCTGTTTGGTACA  997

seq1  TTAT-GAGAGATCATAAAATTACTATAA-GAAATAGCTTAAATAATAAAT  1048
      |||| |||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||| ||||||
seq2  TTATGGAGAGATCAT-AAATTACTATAAGGAAATAGC-TAAAT-ATAAAT  1044

seq1  GCCTGAGCATCTATTACTAGCTTAGCAAACTGAAAATTCAACAGGAGCAT  1098
      ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||  |||||||||||||
seq2  GCCTGAGCATCTA-TACTAGCTTAGCAACCTGAAA--TCAACAGGAGCAT  1091

seq1  GGCCCCTCAC-GATGCTACTCCTAA  1122
      ||| |||||| ||||||||| ||||
seq2  GGCTCCTCACGGATGCTACTTCTAA  1116