BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-002L21
Chromosome15 (Build37)
Map Location 33,943,973 - 34,058,177
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMtdh
Upstream geneSdc2, Pgcp, 1700084J12Rik, Tspyl5, LOC675463
Downstream geneLaptm4b, Matn2, Rpl30, BC030476, Hrsp12, Pop1, Npal2, Kcns2, Stk3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-002L21.bB6Ng01-002L21.g
ACCDH840672DH840673
length1,0821,003
definitionDH840672|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-002L21, 5' end.DH840673|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-002L21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(34,057,091 - 34,058,177)(33,943,973 - 33,944,966)
sequence
gaattcattccagggccttgcccattatagttacatcccacctctaatat
atttttggtaactttatccattagtctcatctctaagattgatttccaga
aaagagactatcaagtacagttcaactaaatatacagcatactactaaca
tatgacacatttcctcaatgaatattatagagtgtgtgggaagaaataaa
aatctaatttaatatttaatgaattacttttcaaaaggcatagaatagat
agctttcaagcctggaaaatagctgcactctctggttcagtttctgtaaa
aacattgacagaagcataaatctgtggtgactacataaaatcctatgcta
ttttttgcttactgagtagagagtaattttttcattaactgtgatcaaac
aaaagctacttaacagcttaataacccaaatccaaatactacccagagat
tttccaatgacaatgctcaagattcaaaggtttactgtgttaacaaacta
tgtagtttttgtctgtttttgtaggacagggctttgtgcaggctaggcaa
gccaagccctctatcaatgagctttatccatcactaatgaacttcttcaa
cagttttcttaaacataagtcatactgtatagcctaccccactccccacc
cttgactatgtaacagccctgtctgtcctggaactttctctgtagacgag
gctagccttaaactcacaatacttctgcctctgggattattaaacaggat
aatttccctaccacacttttttaaaccagtctgccaatgccttttaaaaa
aagctataatatatatatgggtaaggaatttctctcttcatttactcttg
tggaatgttttaggttcaagtatagcattgttagcctcaatctggggaac
aactatttttaacagaacttcccgtaaacattaagtttatgatttagtaa
aacacagctatgtttgaaagacactctccagtgtttaaacacagtatcaa
tacttcattgaatagccttttgctcactgacctctttgtcacaagtaatt
tgtcccgctgctgctgcttcaacattcgctca
gaattctggaatgttcttcccttttaatgtgctgctaaaggtgaaggcat
gcacaggggaaatgaagttggttaatcagtgagaaatgaggagatgagga
aggtgggtgtttcagaatctagagggaaaacactgtttccaggcggaaac
agtccactaaggaactcagcacaccaaaggatttgtttgcattcacgttc
agtcatcaaatctatgagtgacagagagctgagtgagtgatagtcacaaa
ctcaacaagggaaatgatacataattctccctaacagatgccagcctgat
tactgggcacaggatgggtgagacagctcagcagttagggagggcatgtg
aggacaagactgatgatctgagttcagtctctgaaacctacatggtagaa
gaagagaacaagttgtcctttaacctccacatgcatgcccacacgataaa
tagagatagatagatagataattgtaaaaaaataaaatttggtattctcc
attctcctccacctttcctcccaccttcatcagaactgtggctctggaac
catacatacctgcaagtctggagccatacagtctaaagatacacatcaga
gggctgctacaccaggaccatggacgtctacccatctccaaatacctact
gcaacaagaacatccaggaaccaaaacaatccactcggttaaaggccctc
aaaaaaacacaatcaacaaaagccatggcaatatgacacctccaaagcac
agctaccccactacagcaatcccttgaaatcctaaaacaactgaaacaca
agaagatgaccttgtgacaggattttccctttccaatcacacgaaaatat
tagggcaggaggaggcctgtgattggacagggaaaagggaagcggagcta
agagttgcagagacagagagagtctcaggagagagagaccaagatggaag
caatgaacagaagaagagctgaccatcatggctttaatagccacaagtag
tta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_34057091_34058177
seq2: B6Ng01-002L21.b_49_1130 (reverse)

seq1  TGAGCGAATGTTGGAGCAGCAGCAGCGGGACAAATTAACTTGGTGACAAA  50
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||
seq2  TGAGCGAATGTTGAAGCAGCAGCAGCGGGACAAATT-ACTT-GTGACAAA  48

seq1  AGAAGGTCAAGTGAGCAAAAGGCTATTCAATGGAGTATTGATACTGTGTT  100
         ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  --GAGGTC-AGTGAGCAAAAGGCTATTCAATGAAGTATTGATACTGTGTT  95

seq1  TAAACACTGGAGAGTGTCTTTCAAACATAGCTGTGTTTTACTAAATCATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TAAACACTGGAGAGTGTCTTTCAAACATAGCTGTGTTTTACTAAATCAT-  144

seq1  AAACTTAATGTTTACGGG-AGTTCTGTTAAAAATAGTTGTTCCCCAGATT  199
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTAATGTTTACGGGAAGTTCTGTTAAAAATAGTTGTTCCCCAGATT  194

seq1  GAGGCTAACAATGCTATACTTGAACCTAAAACATTCCACAAGAGTAAATG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTAACAATGCTATACTTGAACCTAAAACATTCCACAAGAGTAAATG  244

seq1  AAGAGAGAAATTCCTTACCCATATATATATTATAGCTTTTTTTAAAAGGC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAGAAATTCCTTACCCATATATATATTATAGCTTTTTTTAAAAGGC  294

seq1  ATTGGCAGACTGGTTTAAAAAAATGTGGTAGGGAAATTATCCTGTTTAAT  349
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGCAGACTGGTTTAAAAAAGTGTGGTAGGGAAATTATCCTGTTTAAT  344

seq1  AATCCCAGAGGCAGAAGTATTGTGAGTTTAAGGCTAGCCTCGTCTACAGA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCCAGAGGCAGAAGTATTGTGAGTTTAAGGCTAGCCTCGTCTACAGA  394

seq1  GAAAGTTCCAGGACAGACAGGGCTGTTACATAGTCAAGGGTGGGGAGTGG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTTCCAGGACAGACAGGGCTGTTACATAGTCAAGGGTGGGGAGTGG  444

seq1  GGTAGGCTATACAGTATGACTTATGTTTAAGAAAACTGTTGAAGAAGTTC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGGCTATACAGTATGACTTATGTTTAAGAAAACTGTTGAAGAAGTTC  494

seq1  ATTAGTGATGGATAAAGCTCATTGATAGAGGGCTTGGCTTGCCTAGCCTG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGTGATGGATAAAGCTCATTGATAGAGGGCTTGGCTTGCCTAGCCTG  544

seq1  CACAAAGCCCTGTCCTACAAAAACAGACAAAAACTACATAGTTTGTTAAC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAGCCCTGTCCTACAAAAACAGACAAAAACTACATAGTTTGTTAAC  594

seq1  ACAGTAAACCTTTGAATCTTGAGCATTGTCATTGGAAAATCTCTGGGTAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTAAACCTTTGAATCTTGAGCATTGTCATTGGAAAATCTCTGGGTAG  644

seq1  TATTTGGATTTGGGTTATTAAGCTGTTAAGTAGCTTTTGTTTGATCACAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGGATTTGGGTTATTAAGCTGTTAAGTAGCTTTTGTTTGATCACAG  694

seq1  TTAATGAAAAAATTACTCTCTACTCAGTAAGCAAAAAATAGCATAGGATT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGAAAAAATTACTCTCTACTCAGTAAGCAAAAAATAGCATAGGATT  744

seq1  TTATGTAGTCACCACAGATTTATGCTTCTGTCAATGTTTTTACAGAAACT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTAGTCACCACAGATTTATGCTTCTGTCAATGTTTTTACAGAAACT  794

seq1  GAACCAGAGAGTGCAGCTATTTTCCAGGCTTGAAAGCTATCTATTCTATG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCAGAGAGTGCAGCTATTTTCCAGGCTTGAAAGCTATCTATTCTATG  844

seq1  CCTTTTGAAAAGTAATTCATTAAATATTAAATTAGATTTTTATTTCTTCC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTGAAAAGTAATTCATTAAATATTAAATTAGATTTTTATTTCTTCC  894

seq1  CACACACTCTATAATATTCATTGAGGAAATGTGTCATATGTTAGTAGTAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACTCTATAATATTCATTGAGGAAATGTGTCATATGTTAGTAGTAT  944

seq1  GCTGTATATTTAGTTGAACTGTACTTGATAGTCTCTTTTCTGGAAATCAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTATATTTAGTTGAACTGTACTTGATAGTCTCTTTTCTGGAAATCAA  994

seq1  TCTTAGAGATGAGACTAATGGATAAAGTTACCAAAAATATATTAGAGGTG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGAGATGAGACTAATGGATAAAGTTACCAAAAATATATTAGAGGTG  1044

seq1  GGATGTAACTATAATGGGCAAGGCCCTGGAATGAATTC  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGTAACTATAATGGGCAAGGCCCTGGAATGAATTC  1082

seq1: chr15_33943973_33944966
seq2: B6Ng01-002L21.g_69_1056

seq1  GAATTCTGGAATGTTCTTCCCTTTTAATGTGCTGCTAAAGGTGAAGGCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGAATGTTCTTCCCTTTTAATGTGCTGCTAAAGGTGAAGGCAT  50

seq1  GCACAGGGGAAATGAAGTTGGTTAATCAGTGAGAAATGAGGAGATGAGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGGGGAAATGAAGTTGGTTAATCAGTGAGAAATGAGGAGATGAGGA  100

seq1  AGGTGGGTGTTTCAGAATCTAGAGGGAAAACACTGTTTCCAGGCGGAAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGGTGTTTCAGAATCTAGAGGGAAAACACTGTTTCCAGGCGGAAAC  150

seq1  AGTCCACTAAGGAACTCAGCACACCAAAGGATTTGTTTGCATTCACGTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCACTAAGGAACTCAGCACACCAAAGGATTTGTTTGCATTCACGTTC  200

seq1  AGTCATCAAATCTATGAGTGACAGAGAGCTGAGTGAGTGATAGTCACAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATCAAATCTATGAGTGACAGAGAGCTGAGTGAGTGATAGTCACAAA  250

seq1  CTCAACAAGGGAAATGATACATAATTCTCCCTAACAGATGCCAGCCTGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAACAAGGGAAATGATACATAATTCTCCCTAACAGATGCCAGCCTGAT  300

seq1  TACTGGGCACAGGATGGGTGAGACAGCTCAGCAGTTAGGGAGGGCATGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGGGCACAGGATGGGTGAGACAGCTCAGCAGTTAGGGAGGGCATGTG  350

seq1  AGGACAAGACTGATGATCTGAGTTCAGTCTCTGAAACCTACATGGTAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACAAGACTGATGATCTGAGTTCAGTCTCTGAAACCTACATGGTAGAA  400

seq1  GAAGAGAACAAGTTGTCCTTTAACCTCCACATGCATGCCCACACGATAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGAACAAGTTGTCCTTTAACCTCCACATGCATGCCCACACGATAAA  450

seq1  TAGAGATAGATAGATAGATAATTGTAAAAAAATAAAATTTGGTATTCTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGATAGATAGATAGATAATTGTAAAAAAATAAAATTTGGTATTCTCC  500

seq1  ATTCTCCTCCACCTTTCCTCCCACCTTCATCAGAACTGTGGCTCTGGAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTCCTCCACCTTTCCTCCCACCTTCATCAGAACTGTGGCTCTGGAAC  550

seq1  CATACATACCTGCAAGTCTGGAGCCATACAGTCTAAAGATACACATCAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACATACCTGCAAGTCTGGAGCCATACAGTCTAAAGATACACATCAGA  600

seq1  GGGCTGCTACACCAGGACCATGGACGTCTACCCATCTCCAAATACCTACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTGCTACACCAGGACCATGGACGTCTACCCATCTCCAAATACCTACT  650

seq1  GCAACAAGAACATCCAGGAACCAAAACAATCCACTCGGTTAAAGGCCCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACAAGAACATCCAGGAACCAAAACAATCCACTCGGTTAAAGGCCCTC  700

seq1  AAAAAAACACAATCAACAAAAGCCATGGCAATATGACACCTCCAAAGCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAACACAATCAACAAAAGCCATGGCAATATGACACCTCCAAAGCAC  750

seq1  AGCTACCCCACTACAGCAATCCCTTGAAATCCTAAAACAACTGAAACACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTACCCCACTACAGCAATCCCTTGAAATCCTAAAACAACTGAAACACA  800

seq1  AGAAGATGACCTTGTGACAGGATTTTCCCTTTCCAATCACACGAAAATAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGATGACCTTGTGACAGGATTTTCCCTTTCCAATCACACGAAAATAT  850

seq1  TAGGGCAGGAGGAGGCCTGTGATTGGACAGGGAAAAGGGAAGCGGAGCTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGCAGGAGGAGGCCTGTGATTGGACAGGGAAAAGGGAAGCGGAGCTA  900

seq1  AGAGTTGCAGAGACAGAGAGAGTCTCAGGGAGAGAGGAGACCAAGATGGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||
seq2  AGAGTTGCAGAGACAGAGAGAGTCTCA-GGAGAGA-GAGACCAAGATGGA  948

seq1  AGCAAATGAACAGGAAGAAGAAGCTGAACCATCATGGCTTTAAT  994
      ||| |||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||
seq2  AGC-AATGAACA-GAAGAAG-AGCTG-ACCATCATGGCTTTAAT  988