BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-003K17
Chromosome15 (Build37)
Map Location 39,557,204 - 39,701,947
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTm7sf4, Dpys
Upstream geneAtp6v1c1, Baalc, TOB3L, Fzd6, LOC636952, Cthrc1, Slc25a32, Wdsof1, LOC671215, Rims2
Downstream geneLrp12, LOC100039130, LOC670013, LOC664872, Zfpm2, Ppia-ps25
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-003K17.bB6Ng01-003K17.g
ACCDH841307DH841308
length1,1201,076
definitionDH841307|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-003K17, 5' end.DH841308|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-003K17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(39,700,823 - 39,701,947)(39,557,204 - 39,558,281)
sequence
gaattcaaatgccagattaaccttcttggtcctaacaatgcctctggtgg
ctgtgatcttggatttgatttcctggtttgctttgtgcttcgggctttgt
ttgggtgtgcttgcttgcttgcttgcttgcttgcttgcttgcttgcttgc
ttgcttgcttgcttgcttgcttgtttgttttgtgttggttctggggctca
agcctcatccatgctgctgccaaaggttttaattcgtttttaattgactt
accttccagcttcagtcagtaaacattttgtctctcgccctgacacccat
catttagttctatttaaagagatacataccagtaccggtctcttgtacat
ctctccagaaatactacctactatacattcagtacctatctgttctagtt
tctttaaaaggaaaaaaaaagtttttaaagtttgagaatttcctgtgttc
agttatctttgcttattttaacttgtttctttttaacttttttcttagac
aactttagtttataattaacttaaattgaacactgttgtgttaaattgtt
tatctaaatcagtgccatctcggccatttaagtctttctgtcaagtcatt
ctgatgtattttgttttactttactggaacattgttaggaaatcataaca
aaacttatcattttgctaccattatcaacaaaggtctgtccatctctaca
tttaactatttaacatttaacctattcatatacaaattagctgatgatct
gttagggcaatcttgtaccagtccctagtcttcattactcacagttcaca
tttggtaattcagtctgtatgtgtgtgtgtgcatgcatgcgcacacttgc
gcacaacctgtatttcagctgcagagtcatttcaatcgttccatctacaa
acattgggtttgcagttttgccccagcttatgcagctctgctttaactga
atggtctaaaataacattaaatgcaagggctatcttgagcttggttagag
agggctgaccctgtggggaacgtgtcaattgagcctggactttagaccgg
gtttgaagacgcatgctggaacttatcgcatgccttttgggacggctatg
ggaaagccaattcatccctc
gaattctaggccaggactacataacaagactccagctcaaaacaaaatta
aaaatagaagtttctgtagatgtgccatccatgactagattctctagatt
ctagagaatagtcacagagagctttatgcactgggcagaacaaggaccgt
gtgagacacagaagggaagtgtttggctaccggccacagagagagaactc
aaaagataccaattatgccaccatctttgcttgggcctccagaactgtga
gaaaatgaattcccttttcttaagccaagaatcccccattatgttttgtt
atagcagccagtgctgactagtacactgcttacagaccttcctgagtgcc
atccccagcccttatcccttggcccacacgagttcttctgtgtcttacat
caacagacatcaatatggatggcagatgtaacatccctttgggttcaggc
aggcaggtctcaatacccaaagagaattcagtattcctcttagctacttt
ccagattgccggggccacatatctgacaaaggcaacttaaggaggaaagg
tttcttgtccttcacaagcaggaacctgaggccccttgattcttaaaaac
aaaacaaaaaaaatgcaagtacatttttttaacataataagtcctatgca
gttcattgggcacagtgcttgtgactcccaagtctagacacagaggctac
ttttatgtgagaagaatttctgttttccaactccttcactgcctaagctt
ggaggtccaggaacttgttctgtagacatatcttgagctcagagatctac
ctgccttagtaaaacaaacaaaagtgtactgggtggaatcctaccctgag
atcatcactccctcacttcatggtgctcctttaattctaaaatactgagc
ctaaattttttaactattcctttccctttactgactcccagaattgtgat
gtttctaattatatgaagtcattaaccttgacagaaggaatattccccaa
taatcctggcaaggagaacattacctgaggaaagaacagaagcaaaaata
tgtacattattttaacaagcaaacct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_39700823_39701947
seq2: B6Ng01-003K17.b_44_1163 (reverse)

seq1  GAGGGAGAGGAATTGGATGTGCTTCCCCATGGCCGT-CCAAAGGGCATGC  49
      ||||  || ||||||     |||| ||||| ||||| ||||| |||||||
seq2  GAGG--GATGAATTG-----GCTTTCCCATAGCCGTCCCAAAAGGCATGC  43

seq1  GATAAGGTTCAGCATGCGTTCTTCAAAACCGGTCTAAAGT-CAGGCTCAA  98
      |||||| | ||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||
seq2  GATAAGTTCCAGCATGCG-TCTTCAAACCCGGTCTAAAGTCCAGGCTCAA  92

seq1  TGGACACGTTCCCCACAGGGTCAGCCCTCTCTAACCAAGCTCAGGATAGC  148
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TTGACACGTTCCCCACAGGGTCAGCCCTCTCTAACCAAGCTCAAGATAGC  142

seq1  CCTGGCATTTAATGTTATTTTAGACCATTCAGTTAAAGCAGAGCTGCATA  198
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGCATTTAATGTTATTTTAGACCATTCAGTTAAAGCAGAGCTGCATA  192

seq1  AGCTGGGGCAAAAACTGCAAA-CCAATGTTTGTAGATGGAACGATTGAAA  247
      ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGGGC-AAAACTGCAAACCCAATGTTTGTAGATGGAACGATTGAAA  241

seq1  TGACTCTGCAGCTGAAATACAGG-TGTGCGCAAGTGTGCGCATGCATGCA  296
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCTGCAGCTGAAATACAGGTTGTGCGCAAGTGTGCGCATGCATGCA  291

seq1  CACACACACATACAGACTGAATTACC-AATGTGAACTGTGAGTAAATGAA  345
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||
seq2  CACACACACATACAGACTGAATTACCAAATGTGAACTGTGAGT-AATGAA  340

seq1  GACTAGGGACTGGTACAAGATTGCCCTAACAGATCATCAGCTAATTTGTA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAGGGACTGGTACAAGATTGCCCTAACAGATCATCAGCTAATTTGTA  390

seq1  TATGAATAGGTTAAATGTTAAATAGTTAAATGTAGAGATGGACAGACCTT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAATAGGTTAAATGTTAAATAGTTAAATGTAGAGATGGACAGACCTT  440

seq1  TGTTGATAATGGTAGCAAAATGATAAGTTTTGTTATGATTTCCTAACAAT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGATAATGGTAGCAAAATGATAAGTTTTGTTATGATTTCCTAACAAT  490

seq1  GTTCCAGTAAAGTAAAACAAAATACATCAGAATGACTTGACAGAAAGACT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCAGTAAAGTAAAACAAAATACATCAGAATGACTTGACAGAAAGACT  540

seq1  TAAATGGCCGAGATGGCACTGATTTAGATAAACAATTTAACACAACAGTG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGGCCGAGATGGCACTGATTTAGATAAACAATTTAACACAACAGTG  590

seq1  TTCAATTTAAGTTAATTATAAACTAAAGTTGTCTAAGAAAAAAGTTAAAA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATTTAAGTTAATTATAAACTAAAGTTGTCTAAGAAAAAAGTTAAAA  640

seq1  AGAAACAAGTTAAAATAAGCAAAGATAACTGAACACAGGAAATTCTCAAA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACAAGTTAAAATAAGCAAAGATAACTGAACACAGGAAATTCTCAAA  690

seq1  CTTTAAAAACTTTTTTTTTCCTTTTAAAGAAACTAGAACAGATAGGTACT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAAAAACTTTTTTTTTCCTTTTAAAGAAACTAGAACAGATAGGTACT  740

seq1  GAATGTATAGTAGGTAGTATTTCTGGAGAGATGTACAAGAGACCGGTACT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTATAGTAGGTAGTATTTCTGGAGAGATGTACAAGAGACCGGTACT  790

seq1  GGTATGTATCTCTTTAAATAGAACTAAATGATGGGTGTCAGGGCGAGAGA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATGTATCTCTTTAAATAGAACTAAATGATGGGTGTCAGGGCGAGAGA  840

seq1  CAAAATGTTTACTGACTGAAGCTGGAAGGTAAGTCAATTAAAAACGAATT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATGTTTACTGACTGAAGCTGGAAGGTAAGTCAATTAAAAACGAATT  890

seq1  AAAACCTTTGGCAGCAGCATGGATGAGGCTTGAGCCCCAGAACCAACACA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCTTTGGCAGCAGCATGGATGAGGCTTGAGCCCCAGAACCAACACA  940

seq1  AAACAAACAAGCAAGCAAGCAAGCAAGCAAGCAAGCAAGCAAGCAAGCAA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAACAAGCAAGCAAGCAAGCAAGCAAGCAAGCAAGCAAGCAAGCAA  990

seq1  GCAAGCAAGCAAGCAAGCAAGCACACCCAAACAAAGCCCGAAGCACAAAG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCAAGCAAGCAAGCAAGCACACCCAAACAAAGCCCGAAGCACAAAG  1040

seq1  CAAACCAGGAAATCAAATCCAAGATCACAGCCACCAGAGGCATTGTTAGG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACCAGGAAATCAAATCCAAGATCACAGCCACCAGAGGCATTGTTAGG  1090

seq1  ACCAAGAAGGTTAATCTGGCATTTGAATTC  1125
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAGAAGGTTAATCTGGCATTTGAATTC  1120

seq1: chr15_39557204_39558281
seq2: B6Ng01-003K17.g_68_1143

seq1  GAATTCTAGGCCAGGACTACATAACAAGACTCCAGCTCAAAACAAAATTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGGCCAGGACTACATAACAAGACTCCAGCTCAAAACAAAATTA  50

seq1  AAAATAGAAGTTTCTGTAGATGTGCCATCCATGACTAGATTCTCTAGATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAGAAGTTTCTGTAGATGTGCCATCCATGACTAGATTCTCTAGATT  100

seq1  CTAGAGAATAGTCACAGAGAGCTTTATGCACTGGGCAGAACAAGGACCGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAGAATAGTCACAGAGAGCTTTATGCACTGGGCAGAACAAGGACCGT  150

seq1  GTGAGACACAGAAGGGAAGTGTTTGGCTACCGGCCACAGAGAGAGAACTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGACACAGAAGGGAAGTGTTTGGCTACCGGCCACAGAGAGAGAACTC  200

seq1  AAAAGATACCAATTATGCCACCATCTTTGCTTGGGCCTCCAGAACTGTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGATACCAATTATGCCACCATCTTTGCTTGGGCCTCCAGAACTGTGA  250

seq1  GAAAATGAATTCCCTTTTCTTAAGCCAAGAATCCCCCATTATGTTTTGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATGAATTCCCTTTTCTTAAGCCAAGAATCCCCCATTATGTTTTGTT  300

seq1  ATAGCAGCCAGTGCTGACTAGTACACTGCTTACAGACCTTCCTGAGTGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCAGCCAGTGCTGACTAGTACACTGCTTACAGACCTTCCTGAGTGCC  350

seq1  ATCCCCAGCCCTTATCCCTTGGCCCACACGAGTTCTTCTGTGTCTTACAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCCAGCCCTTATCCCTTGGCCCACACGAGTTCTTCTGTGTCTTACAT  400

seq1  CAACAGACATCAATATGGATGGCAGATGTAACATCCCTTTGGGTTCAGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGACATCAATATGGATGGCAGATGTAACATCCCTTTGGGTTCAGGC  450

seq1  AGGCAGGTCTCAATACCCAAAGAGAATTCAGTATTCCTCTTAGCTACTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGGTCTCAATACCCAAAGAGAATTCAGTATTCCTCTTAGCTACTTT  500

seq1  CCAGATTGCCGGGGCCACATATCTGACAAAGGCAACTTAAGGAGGAAAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATTGCCGGGGCCACATATCTGACAAAGGCAACTTAAGGAGGAAAGG  550

seq1  TTTCTTGTCCTTCACAAGCAGGAACCTGAGGCCCCTTGATTCTTAAAAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTGTCCTTCACAAGCAGGAACCTGAGGCCCCTTGATTCTTAAAAAC  600

seq1  AAAACAAAAAAAATGCAAGTACATTTTTTTAACATAATAAGTCCTATGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAAAAAAAATGCAAGTACATTTTTTTAACATAATAAGTCCTATGCA  650

seq1  GTTCATTGGGCACAGTGCTTGTGACTCCCAAGTCTAGACACAGAGGCTAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATTGGGCACAGTGCTTGTGACTCCCAAGTCTAGACACAGAGGCTAC  700

seq1  TTTTATGTGAGAAGAATTTCTGTTTTCCAACTCCTTCACTGCCTAAGCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATGTGAGAAGAATTTCTGTTTTCCAACTCCTTCACTGCCTAAGCTT  750

seq1  GGAGGTCCAGGAACTTGTTCTGTAGACATATCTTGAGCTCAGAGATCTAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGTCCAGGAACTTGTTCTGTAGACATATCTTGAGCTCAGAGATCTAC  800

seq1  CTGCCTTAGTAAAACAAACAAAAGTGTAACTGGGTGGAATCCTACCCTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTTAGTAAAACAAACAAAAGTGT-ACTGGGTGGAATCCTACCCTGA  849

seq1  GATCATCACTCCCTCACTTCATGGTGCTCCTTTAATTCTTAAATACTGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GATCATCACTCCCTCACTTCATGGTGCTCCTTTAATTCTAAAATACTGAG  899

seq1  CCTTAATTTTTTTAACTATTCCTTTCCCTTTACTGACTCCCAGAATTGTG  950
      || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CC-TAAATTTTTTAACTATTCCTTTCCCTTTACTGACTCCCAGAATTGTG  948

seq1  ATGTTTCTAATTATTATGAAGTCATTAACCTTGACAGAAGGAATATTCCC  1000
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTCTAATTA-TATGAAGTCATTAACCTTGACAGAAGGAATATTCCC  997

seq1  CAATAATCCTGGCAAGGAGAACATTACCTGAGGAAAGAACATGAAGC-AA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
seq2  CAATAATCCTGGCAAGGAGAACATTACCTGAGGAAAGAACA-GAAGCAAA  1046

seq1  AATATGTACATTATTTT-ACAAGCAAACCT  1078
      ||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AATATGTACATTATTTTAACAAGCAAACCT  1076