BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-004O06
Chromosome15 (Build37)
Map Location 83,619,847 - 83,770,614
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMpped1, 4931407K02Rik
Upstream geneCyp2d26, Tcf20, Nfam1, Serhl, 1110014J01Rik, Poldip3, Cyb5r3, A4galt, LOC100042119, Arfgap3, Pacsin2, LOC414359, Ttll1, Bik, Mcat, Tspo, Ttll12, Scube1
Downstream geneLOC667167, Sult4a1, Pnpla5, Pnpla3, Samm50, Parvb, Parvg, LOC382988, 1810041L15Rik, Ldoc1l, Arhgap8, 3110043J09Rik, Phf21b, LOC100043084, 4930513L16Rik, Nup50
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-004O06.bB6Ng01-004O06.g
ACCDH842181DH842182
length8061,149
definitionDH842181|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-004O06, 5' end.DH842182|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-004O06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,619,847 - 83,620,649)(83,769,475 - 83,770,614)
sequence
gaattctggccagatgctgtccatccgtgcatgcatctgccagtgtatca
gtctcatctctctgtctatcccagccacccatccatcatccatccatcca
tccatccatctatccatccatccatattttcaacatctttgaagctttgt
gatgggagaggctaatgtgagatcagaacagcttgcctttattgagcacc
tgctgtgtgccaccaggccctgtgacaaacagtttacacaggtgtcgtct
tgtttactaggttgtttactgaggttggactatgggattattgttctctt
cattttgtgggtgaccagaaagcctatggaagtgtaggacacactagtca
cagctggtggcatacaggggtgactcagggagacaaatgccttcaacaga
taccaaggcgtctcacaggaccccagcaggaaggtccttgtccaaggcct
tgtctgctcagaggtgaagggtgagtggctggacaggaggacagtgactc
agatggggagagcagggtggggtgggggccagatgctttgggctggggtt
tcagttctctctcacccacttctcctctctctcctctctctctccctctt
tttcctgttccccctctcccccctctccccaactcctctctttcccatcc
ttccttttaaaatatcttttaaaaatgatttatttatttttattattatg
tgcattgatgttttgccctgcgttgtatgtctgtgtggggttgtcagatt
cactggaactggagttatagacagctgtaagctgccatgttggtgctagg
gaattg
gaattcagggtgggcatggctacatgtcatttttgccttagaaggcagaa
acacgagacctcaaagggagctgggtggcaagactggctatatatcagtg
tgctctgggtttgattaagagactctgcctcaaggaaaaggaatcgagga
agatactcatatcagcttctcacacactcgtgcctgcacagacacacgcc
ccacatgcacaaggaaacagagagcaggaagcacaggactgcaggaggcc
gaaagctacagccatgccttgcagagtttgccctgtctaaacagatgaca
gcgtggcagaaaggactgcagggtcccctagtggcctcagggtttctttg
tgtgtggattgatgcagtattcctctagataaactgtatggcagtgtgtc
ctcaagagaaaacatgacacagaggtacagtaagcatgtcacataagcag
atgtgaccattctgccccaagaaagtcctgggtcccatcagcgaccacca
ctgggcactcgccactcagagcaccgaaagtcccacatcaagtcagtatg
ttatcggcgcttggaggaaggctctctgcagtgacgtctgttccacgcag
ggtcatttggcgcattagaagtgtcaggcgaggtgctggcaagacagctc
agttgtaaagctcctgtcttgaaagcccgaggatctgaattggattacca
gaacgcacagcggtgcactcttagaatcccagtagattcctgggacccgc
tggttagctagtctaccttgcttagtgagtaaaagcaaagcacacacaca
cacacacacacacacacacaaacacacacatgtataaacacagatgcaca
cctatgtatgcacacatgtgtacacacatgcacacatgtgtacatataca
tacaaccaaggaaagaaagaaggaaaggacttgatactagtttgtcactt
ttcaatggactttcaggacagagtcttccagaaaagacaggatggatgca
gggtttcagtctgtcctcaaggctgtggctgagttccctgcttgctcgtg
agttggaagcaaggtgttgatgaatagtctttctggatctgctggctgtg
tttcattggcagcctgagaaggggacactgccttgggggagctcatgct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_83619847_83620649
seq2: B6Ng01-004O06.b_49_854

seq1  GAATTCTGGCCAGATGCTGTCCATCCGTGCATGCATCTGCCAGTGTATCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGCCAGATGCTGTCCATCCGTGCATGCATCTGCCAGTGTATCA  50

seq1  GTCTCATCTCTCTGTCTATCCCAGCCACCCATCCATCATCCATCCATCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCATCTCTCTGTCTATCCCAGCCACCCATCCATCATCCATCCATCCA  100

seq1  TCCATCCATCTATCCATCCATCCATATTTTCAACATCTTTGAAGCTTTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCCATCTATCCATCCATCCATATTTTCAACATCTTTGAAGCTTTGT  150

seq1  GATGGGAGAGGCTAATGTGAGATCAGAACAGCTTGCCTTTATTGAGCACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGGAGAGGCTAATGTGAGATCAGAACAGCTTGCCTTTATTGAGCACC  200

seq1  TGCTGTGTGCCACCAGGCCCTGTGACAAACAGTTTACACAGGTGTCGTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTGTGCCACCAGGCCCTGTGACAAACAGTTTACACAGGTGTCGTCT  250

seq1  TGTTTACTAGGTTGTTTACTGAGGTTGGACTATGGGATTATTGTTCTCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTACTAGGTTGTTTACTGAGGTTGGACTATGGGATTATTGTTCTCTT  300

seq1  CATTTTGTGGGTGACCAGAAAGCCTATGGAAGTGTAGGACACACTAGTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTGTGGGTGACCAGAAAGCCTATGGAAGTGTAGGACACACTAGTCA  350

seq1  CAGCTGGTGGCATACAGGGGTGACTCAGGGAGACAAATGCCTTCAACAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGGTGGCATACAGGGGTGACTCAGGGAGACAAATGCCTTCAACAGA  400

seq1  TACCAAGGCGTCTCACAGGACCCCAGCAGGAAGGTCCTTGTCCAAGGCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAAGGCGTCTCACAGGACCCCAGCAGGAAGGTCCTTGTCCAAGGCCT  450

seq1  TGTCTGCTCAGAGGTGAAGGGTGAGTGGCTGGACAGGAGGACAGTGACTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGCTCAGAGGTGAAGGGTGAGTGGCTGGACAGGAGGACAGTGACTC  500

seq1  AGATGGGGAGAGCAGGGTGGGGTGGGGGCCAGATGCTTTGGGCTGGGGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGGGAGAGCAGGGTGGGGTGGGGGCCAGATGCTTTGGGCTGGGGTT  550

seq1  TCAGTTCTCTCTCACCCACTTCTCCTCTCTCTCCTCTCTCTCTCCCTCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTCTCTCTCACCCACTTCTCCTCTCTCTCCTCTCTCTCTCCCTCTT  600

seq1  TTTCCTGTTCCCCCTCTCCCCCCTCTCCCCAACTCCTCTCTTTCCCATCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTGTTCCCCCTCTCCCCCCTCTCCCCAACTCCTCTCTTTCCCATCC  650

seq1  TTCCTTTTAAAATATCTTTTAAAAATGATTTATTTATTTTTATTATTATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTTTAAAATATCTTTTAAAAATGATTTATTTATTTTTATTATTATG  700

seq1  TGCATTGATGTTTTG-CCTGCG-TGTATGTCTGTGTGGGGTTGTCAGATC  748
      ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TGCATTGATGTTTTGCCCTGCGTTGTATGTCTGTGTGGGGTTGTCAGATT  750

seq1  CACTGGAACTGGAGTTATAGACAGCTGTAAGCTGCCATGTTGGTGCTA-G  797
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CACTGGAACTGGAGTTATAGACAGCTGTAAGCTGCCATGTTGGTGCTAGG  800

seq1  GAATTG  803
      ||||||
seq2  GAATTG  806

seq1: chr15_83769475_83770614
seq2: B6Ng01-004O06.g_67_1215 (reverse)

seq1  AGCACTGAGCTCCCCCAAGGCAGTG--CCCCTCTCA-GCTG-CAATG-AA  45
      |||| ||||||||||||||||||||  ||| ||||| |||| ||||| ||
seq2  AGCA-TGAGCTCCCCCAAGGCAGTGTCCCCTTCTCAGGCTGCCAATGAAA  49

seq1  CACAG-CAGCAGATCCAG-AAGACTA-TCATCAACACC-TGCCTCCAACT  91
      ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| |||||||
seq2  CACAGCCAGCAGATCCAGAAAGACTATTCATCAACACCTTGCTTCCAACT  99

seq1  CACGGGC-AGCAGGG-ACTCAGCCACAGCCTTGGGGACAGACTGGAAACC  139
      |||| || ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||
seq2  CACGAGCAAGCAGGGAACTCAGCCACAGCCTTGAGGACAGACT-GAAACC  148

seq1  CTGCATCCATCCTGTCTTTTCTGGAAGACTCTGTCCTGAAAGTCCATTGA  189
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATCCATCCTGTCTTTTCTGGAAGACTCTGTCCTGAAAGTCCATTGA  198

seq1  AAAGTGACAAACTAGTATCAAGTCCTTTCCTTCTTTCTTTCCTTGGTTGT  239
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGACAAACTAGTATCAAGTCCTTTCCTTCTTTCTTTCCTTGGTTGT  248

seq1  ATGTATATGTACACATGTGTGCATGTGTGTACACATGTGTGCATACATAG  289
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATATGTACACATGTGTGCATGTGTGTACACATGTGTGCATACATAG  298

seq1  GTGTGCATCTGTGTTTATACATGTGTGTGTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCATCTGTGTTTATACATGTGTGTGTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  348

seq1  GTGTGTGTGTGCTTTGCTTTTACTCACTAAGCAAGGTAGACTAGCTAACC  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGCTTTGCTTTTACTCACTAAGCAAGGTAGACTAGCTAACC  398

seq1  AGCGGGTCCCAGGAATCTACTGGGATTCTAAGAGTGCACCGCTGTGCGTT  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGGGTCCCAGGAATCTACTGGGATTCTAAGAGTGCACCGCTGTGCGTT  448

seq1  CTGGTAATCCAATTCAGATCCTCGGGCTTTCAAGACAGGAGCTTTACAAC  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTAATCCAATTCAGATCCTCGGGCTTTCAAGACAGGAGCTTTACAAC  498

seq1  TGAGCTGTCTTGCCAGCACCTCGCCTGACACTTCTAATGCGCCAAATGAC  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTGTCTTGCCAGCACCTCGCCTGACACTTCTAATGCGCCAAATGAC  548

seq1  CCTGCGTGGAACAGACGTCACTGCAGAGAGCCTTCCTCCAAGCGCCGATA  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCGTGGAACAGACGTCACTGCAGAGAGCCTTCCTCCAAGCGCCGATA  598

seq1  ACATACTGACTTGATGTGGGACTTTCGGTGCTCTGAGTGGCGAGTGCCCA  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACTGACTTGATGTGGGACTTTCGGTGCTCTGAGTGGCGAGTGCCCA  648

seq1  GTGGTGGTCGCTGATGGGACCCAGGACTTTCTTGGGGCAGAATGGTCACA  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGGTCGCTGATGGGACCCAGGACTTTCTTGGGGCAGAATGGTCACA  698

seq1  TCTGCTTATGTGACATGCTTACTGTACCTCTGTGTCATGTTTTCTCTTGA  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTTATGTGACATGCTTACTGTACCTCTGTGTCATGTTTTCTCTTGA  748

seq1  GGACACACTGCCATACAGTTTATCTAGAGGAATACTGCATCAATCCACAC  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACACACTGCCATACAGTTTATCTAGAGGAATACTGCATCAATCCACAC  798

seq1  ACAAAGAAACCCTGAGGCCACTAGGGGACCCTGCAGTCCTTTCTGCCACG  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGAAACCCTGAGGCCACTAGGGGACCCTGCAGTCCTTTCTGCCACG  848

seq1  CTGTCATCTGTTTAGACAGGGCAAACTCTGCAAGGCATGGCTGTAGCTTT  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCATCTGTTTAGACAGGGCAAACTCTGCAAGGCATGGCTGTAGCTTT  898

seq1  CGGCCTCCTGCAGTCCTGTGCTTCCTGCTCTCTGTTTCCTTGTGCATGTG  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCCTCCTGCAGTCCTGTGCTTCCTGCTCTCTGTTTCCTTGTGCATGTG  948

seq1  GGGCGTGTGTCTGTGCAGGCACGAGTGTGTGAGAAGCTGATATGAGTATC  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCGTGTGTCTGTGCAGGCACGAGTGTGTGAGAAGCTGATATGAGTATC  998

seq1  TTCCTCGATTCCTTTTCCTTGAGGCAGAGTCTCTTAATCAAACCCAGAGC  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCGATTCCTTTTCCTTGAGGCAGAGTCTCTTAATCAAACCCAGAGC  1048

seq1  ACACTGATATATAGCCAGTCTTGCCACCCAGCTCCCTTTGAGGTCTCGTG  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGATATATAGCCAGTCTTGCCACCCAGCTCCCTTTGAGGTCTCGTG  1098

seq1  TTTCTGCCTTCTAAGGCAAAAATGACATGTAGCCATGCCCACCCTGAATT  1139
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGCCTTCTAAGGCAAAAATGACATGTAGCCATGCCCACCCTGAATT  1148

seq1  C  1140
      |
seq2  C  1149