BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-010G12
Chromosome15 (Build37)
Map Location 45,810,684 - 45,887,244
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG432951
Upstream geneKcnv1, LOC100039389
Downstream geneLOC100039438
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-010G12.bB6Ng01-010G12.g
ACCDH846083DH846084
length1,064480
definitionDH846083|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-010G12, 5' end.DH846084|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-010G12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(45,810,684 - 45,811,767)(45,886,775 - 45,887,244)
sequence
gaattcatcagcctcagcctcctctatagtaggcaccactactcgggcca
ggctggcactgagggcagccagtttctccatagagctctcagagtccaat
gcatatgtgttctcgctgatctttgtctctgcttggacttgatattcaag
ctttggtgggtagtgaaggttgagtgactggtagagacagaagttgacaa
agcccagaagtgtggtataaaactcagtgaaggtggccaggaccctgtag
tccacatcttttggatgatcatgggagaaagcatagggtgcaatccatac
aatgggctgacccagcacctcagcctgataataaatgcctttaatggaca
ggaagaccttgcgcagggctcgggcagtgatgacgtagtgcaggaactcc
acagtgagccgggggcggcacaactgaaaggtctgcacgtgacacttgcc
agtccgaaggaaggtggagaagaggaagcacattgacagggcatcatcga
ggtcctgcagagcatcgataaatgtcaggtaccgctccttgacaatgtgg
tcaagtttgcagcagggtttattgtccttcaggcgctccatagcattcca
ttcgctctttccatgggctttgctgagcttcggaacaaacaccttgtact
ctcggaacttgttgacgatgggctcatggaggaggaatttaatgtctttg
ataaggtaaaatgtccaggctgctgtggaacccttgttaactttcttctt
atgcttgggttcgtgaggataaaatacctttcaggatgcacagccacctg
aagtcagcaggctcagctgcagcttctcctggccttgtttcgggtgatat
aattgttggcagagcctagttcatacttcttctttttcagacctcccata
gctccaggtgagaaactcaaggcagcgcagacagccgatgtcatgttcta
ctgctgataatactcatgtgtaaatgtacccttcatgaggacatctaggt
tgtttacagtttctgactaattgataagctccaaggacatggtgaaaccg
ggcttggtaggata
cagggggaggggatgagataatatttgaattgtaaataaagaaaatattt
aataaaatacatctttatgttatgaaagtttaagaggtttccttcttggt
taatttgaggttgctcagttagaaaagaaaatacacatgttccacagact
aagtccaatcattattcctgctgatgtcataaaaacagtataaaaataaa
taacaaaatctaataaataaaataaaaattactgaataaaatttcagaat
tccatactacttaacatttagtgtgtgtgtgtatgcatatatacaaatgt
aagtagatacatgatgtataaacaggtagatgataagatagatagataga
tagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagataggta
ggtaggtaggtagaccgatagatagatagatagatagatagatagattga
gagatagatatatatataaattgatagata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_45810684_45811767
seq2: B6Ng01-010G12.b_44_1107

seq1  GAATTCATCAGCCTCAGCCTCCTCTATAGTAGGCACCACTACTCGGGCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCAGCCTCAGCCTCCTCTATAGTAGGCACCACTACTCGGGCCA  50

seq1  GGCTGGCACTGAGGGCAGCCAGTTTCTCCATAGAGCTCTCAGAGTCCAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGCACTGAGGGCAGCCAGTTTCTCCATAGAGCTCTCAGAGTCCAAT  100

seq1  GCATATGTGTTCTCGCTGATCTTTGTCTCTGCTTGGACTTGATATTCAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATGTGTTCTCGCTGATCTTTGTCTCTGCTTGGACTTGATATTCAAG  150

seq1  CTTTGGTGGGTAGTGAAGGTTGAGTGACTGGTAGAGACAGAAGTTGACAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGTGGGTAGTGAAGGTTGAGTGACTGGTAGAGACAGAAGTTGACAA  200

seq1  AGCCCAGAAGTGTGGTATAAAACTCAGTGAAGGTGGCCAGGACCCTGTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCAGAAGTGTGGTATAAAACTCAGTGAAGGTGGCCAGGACCCTGTAG  250

seq1  TCCACATCTTTTGGATGATCATGGGAGAAAGCATAGGGTGCAATCCATAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACATCTTTTGGATGATCATGGGAGAAAGCATAGGGTGCAATCCATAC  300

seq1  AATGGGCTGACCCAGCACCTCAGCCTGATAATAAATGCCTTTAATGGACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGCTGACCCAGCACCTCAGCCTGATAATAAATGCCTTTAATGGACA  350

seq1  GGAAGACCTTGCGCAGGGCTCGGGCAGTGATGACGTAGTGCAGGAACTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGACCTTGCGCAGGGCTCGGGCAGTGATGACGTAGTGCAGGAACTCC  400

seq1  ACAGTGAGCCGGGGGCGGCACAACTGAAAGGTCTGCACGTGACACTTGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGAGCCGGGGGCGGCACAACTGAAAGGTCTGCACGTGACACTTGCC  450

seq1  AGTCCGAAGGAAGGTGGAGAAGAGGAAGCACATTGACAGGGCATCATCGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCGAAGGAAGGTGGAGAAGAGGAAGCACATTGACAGGGCATCATCGA  500

seq1  GGTCCTGCAGAGCATCGATAAATGTCAGGTACCGCTCCTTGACAATGTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCTGCAGAGCATCGATAAATGTCAGGTACCGCTCCTTGACAATGTGG  550

seq1  TCAAGTTTGCAGCAGGGTTTATTGTCCTTCAGGCGCTCCATAGCATTCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTTTGCAGCAGGGTTTATTGTCCTTCAGGCGCTCCATAGCATTCCA  600

seq1  TTCGCTCTTTCCATGGGCTTTGCTGAGCTTCGGAACAAACACCTTGTACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGCTCTTTCCATGGGCTTTGCTGAGCTTCGGAACAAACACCTTGTACT  650

seq1  CTCGGAACTTGTTGACGATGGGCTCATGGAGGAGGAATTTAATGTCTTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGGAACTTGTTGACGATGGGCTCATGGAGGAGGAATTTAATGTCTTTG  700

seq1  ATAAGGTAAAATGTCCAGGCTGCTGTGGAACCCTTGTTAACTTTCTTCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGGTAAAATGTCCAGGCTGCTGTGGAACCCTTGTTAACTTTCTTCTT  750

seq1  ATGCTTGGGTTCGTGAGGAT-AAATACCTTTCAGGATGCACAGCCACCTG  799
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTGGGTTCGTGAGGATAAAATACCTTTCAGGATGCACAGCCACCTG  800

seq1  AAGTCAGGCAGGCTCAGCTGCAGCTTCTTCCTGGCCTTGTTTCGGGTGAT  849
      |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCA-GCAGGCTCAGCTGCAGCTTC-TCCTGGCCTTGTTTCGGGTGAT  848

seq1  ATAATTGTTGGCAGAGCCTAGTTCATACTTCTTCTTTTCCAGACCTCCCA  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ATAATTGTTGGCAGAGCCTAGTTCATACTTCTTCTTTTTCAGACCTCCCA  898

seq1  TAGCTCCAGGTTGAGAAACTCAAGGCAGCGCAGGACAGCCGATGTCATTG  949
      |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
seq2  TAGCTCCAGG-TGAGAAACTCAAGGCAGCGCA-GACAGCCGATGTCA-TG  945

seq1  TTCTAACTGCTGATAAATACTCCATTGTGTAAATGTACCCTTCAATTGAG  999
      |||| ||||||||| |||||||   |||||||||||||||||||  ||| 
seq2  TTCT-ACTGCTGAT-AATACTC--ATGTGTAAATGTACCCTTCA--TGA-  988

seq1  GGACATCTAGGTTGTTTACAGTTTCTGACTATTATGAATAAAGCTCCAAG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||   ||||||||||
seq2  GGACATCTAGGTTGTTTACAGTTTCTGACTAAT-TGA--TAAGCTCCAAG  1035

seq1  GAACATGGGTGAAAAACTGTAGCTGTGGTAGGATA  1084
      | |||| ||||  |||| |  ||| ||||||||||
seq2  G-ACAT-GGTG--AAACCG-GGCT-TGGTAGGATA  1064

seq1: chr15_45886775_45887244
seq2: B6Ng01-010G12.g_63_548 (reverse)

seq1  ----------------TATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTA  34
                      ||| ||||||||| || |||||||||||||||||
seq2  TATCTATCAATTTATATATATATCTATCTCTCAATCTATCTATCTATCTA  50

seq1  TCTATCTATCTATCTATCTACCTACCTACCTACCTATCTATCTATCTATC  84
      ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCTATCTATCGGTCTACCTACCTACCTACCTATCTATCTATCTATC  100

seq1  TATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTTATCA  134
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTTATCA  150

seq1  TCTACCTGTTTATACATCATGTATCTACTTACATTTGTATATATGCATAC  184
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACCTGTTTATACATCATGTATCTACTTACATTTGTATATATGCATAC  200

seq1  ACACACACACTAAATGTTAAGTAGTATGGAATTCTGAAATTTTATTCAGT  234
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACTAAATGTTAAGTAGTATGGAATTCTGAAATTTTATTCAGT  250

seq1  AATTTTTATTTTATTTATTAGATTTTGTTATTTATTTTTATACTGTTTTT  284
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTTATTTTATTTATTAGATTTTGTTATTTATTTTTATACTGTTTTT  300

seq1  ATGACATCAGCAGGAATAATGATTGGACTTAGTCTGTGGAACATGTGTAT  334
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACATCAGCAGGAATAATGATTGGACTTAGTCTGTGGAACATGTGTAT  350

seq1  TTTCTTTTCTAACTGAGCAACCTCAAATTAACCAAGAAGGAAACCTCTTA  384
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTTCTAACTGAGCAACCTCAAATTAACCAAGAAGGAAACCTCTTA  400

seq1  AACTTTCATAACATAAAGATGTATTTTATTAAATATTTTCTTTATTTACA  434
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTCATAACATAAAGATGTATTTTATTAAATATTTTCTTTATTTACA  450

seq1  ATTCAAATATTATCTCATCCCCTCCCCCTGGAATTC  470
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAAATATTATCTCATCCCCTCCCCCTGGAATTC  486