BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-011G19
Chromosome15 (Build37)
Map Location 32,813,253 - 32,880,210
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSdc2
Upstream geneTas2r119, 0610007N19Rik, Sema5a, LOC100040962
Downstream genePgcp, 1700084J12Rik, Tspyl5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-011G19.bB6Ng01-011G19.g
ACCDH846813DH846814
length1,1631,101
definitionDH846813|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-011G19, 5' end.DH846814|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-011G19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(32,813,253 - 32,814,420)(32,879,100 - 32,880,210)
sequence
gaattcaggttgtcagagttgaaaacaagtacctttacctggtaaaccat
ttaactagactaagcccttggcttttaatggggttcctgtctcagatttg
caaaataaaaaatgtttcaagatgcagagagatggaggaaggcactcaac
attacactctggcctctatactcatgtatacatgcacccacttgtgtatg
tacacatatgaacacattcataagcacatgttatatatatgcacacatat
ttttaaaatttcatttttacctttagttgtatttagttggagtgtgttaa
ttctcactagaatgtttatttccaaatggctcagctattccctcatatat
ctatgaaatatagtaaaaaatttttgttgaatgaatgaataaatgattaa
atgcatgtgccttgaaatggagtggaatctgctaaagacttgctttcaga
ctgtaacataacaaatgtgtgttgcttttaagctacaaagtttgtggtac
ttggcacattggccacagcatactatataccccatctataatttagttga
agtggttgctaaataggagcagcagcaagggggacaatgaatatggagac
tcagagcaagccgcctgaattcaacactctgctcagtcaggtgtctggtg
cataaatgcagttaagtaagcaatatttccttatgtttataactcagaat
gagaacagtgcctacctcaatggattgttgtgaagagtaaacatctaatt
aaaagaaaggctcacagtagtggctggaatgcaagaagcaccacactgtg
taagcatttgtttttatttattcttaatctcatcctacactgggagcagt
tcatgatggtaaactttgttccccagtttaacatacacttccatcaatgg
tggagttctattaagtcaccttatctcaaagtcctggcttctctgcttcc
aaggctgcaggccagttattctgctcagaatgcttctattctggaagcat
gaggtgactccaatgtcaatctgacatagatgtagtttggttccttgccc
tagatatctgccactcaattacctatcacgatgttccttttaactttggc
ctatgaagagccttgtgtgatgttgaaacctgtcatttggccaagtaaag
ccctcactctgtt
gaattcctactttcataacaaacacagccataagaggagcctacagaacc
aaagtatcaggaaagtgctataaagcaaaacatgcctaagccatatccac
aagccaggactatctatgccacatgatgtgcaaatacagcccagatgttc
agcttgataagctccatttgaacctttctgggacttactatccacatcca
tgaaatgaggtcactcacatctaatccacaagctgtgagatccaactctg
gaagtgtgtgtgcaaaatattcatacctttctcctaaaggatcttatttc
ttctcaacaccataccctttgtataagggaagggtcttcctctgatttca
tatgtggaaaaactgaggcctaagcaatgtatgaaggatcccaccaatca
aggatttgaaagttcttaggaacaaaattggtttcactttgctagtgaaa
agaggcactaagttctgtactacttccaaacaccagctctcttcttggtc
agagattagttaacttgtctggattgtgaagagcttgaagaaggttttgt
caccaaatagctagagagcagagaaaatatgactaaatgctgtcccccag
aacaagaaccctcttctggagtcctaaacagctattaaacagagccatca
agtgatagaagagatgtaaaagatagggaaacaggttaggattggcttta
cccacaaagagtaggctcttataagaaacatccagaaaattaagtatacc
actccactactaaggagaggaggtccacaactctaactgaatctggtgaa
gagaggtccttagagctgcaacacacatggtgcatttgtaataatggagc
agtacttccatatagtggtcaggacaaaaacagtgttctctctggcctaa
tatcatcatgcattggccaaaagttctgccacctttgaatctaaagtagc
aaaagacaacagagaagagaatgggcatcttcaatactgggaggttgagt
catcatgaggatatgcaggaagagggtcagcaggagttcattcatctctc
tacagtgaccttagtgcagaatcatccttaatactgtgaatcagttctct
g
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_32813253_32814420
seq2: B6Ng01-011G19.b_46_1208

seq1  GAATTCAGGTTGTCAGAGTTGAAAACAAGTACCTTTACCTGGTAAACCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGTTGTCAGAGTTGAAAACAAGTACCTTTACCTGGTAAACCAT  50

seq1  TTAACTAGACTAAGCCCTTGGCTTTTAATGGGGTTCCTGTCTCAGATTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTAGACTAAGCCCTTGGCTTTTAATGGGGTTCCTGTCTCAGATTTG  100

seq1  CAAAATAAAAAATGTTTCAAGATGCAGAGAGATGGAGGAAGGCACTCAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATAAAAAATGTTTCAAGATGCAGAGAGATGGAGGAAGGCACTCAAC  150

seq1  ATTACACTCTGGCCTCTATACTCATGTATACATGCACCCACTTGTGTATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACACTCTGGCCTCTATACTCATGTATACATGCACCCACTTGTGTATG  200

seq1  TACACATATGAACACATTCATAAGCACATGTTATATATATGCACACATAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACATATGAACACATTCATAAGCACATGTTATATATATGCACACATAT  250

seq1  TTTTAAAATTTCATTTTTACCTTTAGTTGTATTTAGTTGGAGTGTGTTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAAATTTCATTTTTACCTTTAGTTGTATTTAGTTGGAGTGTGTTAA  300

seq1  TTCTCACTAGAATGTTTATTTCCAAATGGCTCAGCTATTCCCTCATATAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCACTAGAATGTTTATTTCCAAATGGCTCAGCTATTCCCTCATATAT  350

seq1  CTATGAAATATAGTAAAAAATTTTTGTTGAATGAATGAATAAATGATTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGAAATATAGTAAAAAATTTTTGTTGAATGAATGAATAAATGATTAA  400

seq1  ATGCATGTGCCTTGAAATGGAGTGGAATCTGCTAAAGACTTGCTTTCAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATGTGCCTTGAAATGGAGTGGAATCTGCTAAAGACTTGCTTTCAGA  450

seq1  CTGTAACATAACAAATGTGTGTTGCTTTTAAGCTACAAAGTTTGTGGTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAACATAACAAATGTGTGTTGCTTTTAAGCTACAAAGTTTGTGGTAC  500

seq1  TTGGCACATTGGCCACAGCATACTATATACCCCATCTATAATTTAGTTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCACATTGGCCACAGCATACTATATACCCCATCTATAATTTAGTTGA  550

seq1  AGTGGTTGCTAAATAGGAGCAGCAGCAAGGGGGACAATGAATATGGAGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTTGCTAAATAGGAGCAGCAGCAAGGGGGACAATGAATATGGAGAC  600

seq1  TCAGAGCAAGCCGCCTGAATTCAACACTCTGCTCAGTCAGGTGTCTGGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGCAAGCCGCCTGAATTCAACACTCTGCTCAGTCAGGTGTCTGGTG  650

seq1  CATAAATGCAGTTAAGTAAGCAATATTTCCTTATGTTTATAACTCAGAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAATGCAGTTAAGTAAGCAATATTTCCTTATGTTTATAACTCAGAAT  700

seq1  GAGAACAGTGCCTACCTCAATGGATTGTTGTGAAGAGTAAACATCTAATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACAGTGCCTACCTCAATGGATTGTTGTGAAGAGTAAACATCTAATT  750

seq1  AAAAGAAAGGCTCACAGTAGTGGCTGGAATGCAAGAAGCACCACACTGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAAAGGCTCACAGTAGTGGCTGGAATGCAAGAAGCACCACACTGTG  800

seq1  TAAGCATTTGTTTTTATTTATTCTTAATCTCATCCTACACTGGGAGCAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCATTTGTTTTTATTTATTCTTAATCTCATCCTACACTGGGAGCAGT  850

seq1  TCATGATGGTAAACTTTGTTCCCCAGTTTAACATACACTTCCATCAATGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGATGGTAAACTTTGTTCCCCAGTTTAACATACACTTCCATCAATGG  900

seq1  TGGAGTTCTATTAAGTCACCTTATCTCAAAGTCCTGGCTTCTCTGCTTCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTTCTATTAAGTCACCTTATCTCAAAGTCCTGGCTTCTCTGCTTCC  950

seq1  AAGGCTGCAGGCCAGTCATTCTGCTCAGAATGCTTCTATTCTGGAAGCAT  1000
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTGCAGGCCAGTTATTCTGCTCAGAATGCTTCTATTCTGGAAGCAT  1000

seq1  GAGGGTGACTCCCATGTCAATCTGACATAGATGTAGTTGGTTCCCTTGCC  1050
      || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | | |||||||
seq2  GA-GGTGACTCCAATGTCAATCTGACATAGATGTAGTTTGGTTCCTTGCC  1049

seq1  CTAGATATCTTGCCACTCATTTACCTATCACGGATG-TCCTTTTTACTTT  1099
      ||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||| ||||||| |||||
seq2  CTAGATATC-TGCCACTCAATTACCTATCAC-GATGTTCCTTTTAACTTT  1097

seq1  GGCTTATGAAGAGGCTGTGTTGAATGTTGAAACTTGTCAATTTTGGCCAG  1149
      ||| ||||||||| || |||   |||||||||| |||||  |||||||| 
seq2  GGCCTATGAAGAGCCT-TGTGTGATGTTGAAACCTGTCA--TTTGGCCAA  1144

seq1  GAGAAGCCCTCACTCTGTT  1168
      |  ||||||||||||||||
seq2  GTAAAGCCCTCACTCTGTT  1163

seq1: chr15_32879100_32880210
seq2: B6Ng01-011G19.g_64_1164 (reverse)

seq1  CAGAGAACTTGAATCACAGTAATAAGGGAATGAATTCTGCACTTAAGGTC  50
      |||||||| ||| |||||||| |||||  ||| ||||||||| |||||||
seq2  CAGAGAAC-TGATTCACAGTATTAAGG--ATG-ATTCTGCAC-TAAGGTC  45

seq1  ACTGTAGAGAGATGAATGGAACTCCTGCTGACCCTTCTTCCTGCATATCC  100
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ACTGTAGAGAGATGAAT-GAACTCCTGCTGACCC-TCTTCCTGCATATCC  93

seq1  TCATGATGACTTCAACCTCCCAGTATTTGAAGATGCCCATTCTCTTCTCT  150
      |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGATGAC-TCAACCTCCCAGTA-TTGAAGATGCCCATTCTCTTCTCT  141

seq1  GTTGTTCTTTTGCTACTTTAGATTCAAAGGTGGCAGAACTTTTGGCCAAT  200
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTG-TCTTTTGCTACTTTAGATTCAAAGGTGGCAGAACTTTTGGCCAAT  190

seq1  GCATGATGATATTAGGCCAGAGAGAACACTGTTTTTGTCCTGACCACTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGATGATATTAGGCCAGAGAGAACACTGTTTTTGTCCTGACCACTAT  240

seq1  ATGGAAGTACTGCTCCATTATTACAAATGCACCATGTGTGTTGCAGCTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAGTACTGCTCCATTATTACAAATGCACCATGTGTGTTGCAGCTCT  290

seq1  AAGGACCTCTCTTCACCAGATTCAGTTAGAGTTGTGGACCTCCTCTCCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGACCTCTCTTCACCAGATTCAGTTAGAGTTGTGGACCTCCTCTCCTT  340

seq1  AGTAGTGGAGTGGTATACTTAATTTTCTGGATGTTTCTTATAAGAGCCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGTGGAGTGGTATACTTAATTTTCTGGATGTTTCTTATAAGAGCCTA  390

seq1  CTCTTTGTGGGTAAAGCCAATCCTAACCTGTTTCCCTATCTTTTACATCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTGTGGGTAAAGCCAATCCTAACCTGTTTCCCTATCTTTTACATCT  440

seq1  CTTCTATCACTTGATGGCTCTGTTTAATAGCTGTTTAGGACTCCAGAAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTATCACTTGATGGCTCTGTTTAATAGCTGTTTAGGACTCCAGAAGA  490

seq1  GGGTTCTTGTTCTGGGGGACAGCATTTAGTCATATTTTCTCTGCTCTCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTCTTGTTCTGGGGGACAGCATTTAGTCATATTTTCTCTGCTCTCTA  540

seq1  GCTATTTGGTGACAAAACCTTCTTCAAGCTCTTCACAATCCAGACAAGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATTTGGTGACAAAACCTTCTTCAAGCTCTTCACAATCCAGACAAGTT  590

seq1  AACTAATCTCTGACCAAGAAGAGAGCTGGTGTTTGGAAGTAGTACAGAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAATCTCTGACCAAGAAGAGAGCTGGTGTTTGGAAGTAGTACAGAAC  640

seq1  TTAGTGCCTCTTTTCACTAGCAAAGTGAAACCAATTTTGTTCCTAAGAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGCCTCTTTTCACTAGCAAAGTGAAACCAATTTTGTTCCTAAGAAC  690

seq1  TTTCAAATCCTTGATTGGTGGGATCCTTCATACATTGCTTAGGCCTCAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAAATCCTTGATTGGTGGGATCCTTCATACATTGCTTAGGCCTCAGT  740

seq1  TTTTCCACATATGAAATCAGAGGAAGACCCTTCCCTTATACAAAGGGTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCACATATGAAATCAGAGGAAGACCCTTCCCTTATACAAAGGGTAT  790

seq1  GGTGTTGAGAAGAAATAAGATCCTTTAGGAGAAAGGTATGAATATTTTGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTTGAGAAGAAATAAGATCCTTTAGGAGAAAGGTATGAATATTTTGC  840

seq1  ACACACACTTCCAGAGTTGGATCTCACAGCTTGTGGATTAGATGTGAGTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACTTCCAGAGTTGGATCTCACAGCTTGTGGATTAGATGTGAGTG  890

seq1  ACCTCATTTCATGGATGTGGATAGTAAGTCCCAGAAAGGTTCAAATGGAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCATTTCATGGATGTGGATAGTAAGTCCCAGAAAGGTTCAAATGGAG  940

seq1  CTTATCAAGCTGAACATCTGGGCTGTATTTGCACATCATGTGGCATAGAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATCAAGCTGAACATCTGGGCTGTATTTGCACATCATGTGGCATAGAT  990

seq1  AGTCCTGGCTTGTGGATATGGCTTAGGCATGTTTTGCTTTATAGCACTTT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTGGCTTGTGGATATGGCTTAGGCATGTTTTGCTTTATAGCACTTT  1040

seq1  CCTGATACTTTGGTTCTGTAGGCTCCTCTTATGGCTGTGTTTGTTATGAA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGATACTTTGGTTCTGTAGGCTCCTCTTATGGCTGTGTTTGTTATGAA  1090

seq1  AGTAGGAATTC  1111
      |||||||||||
seq2  AGTAGGAATTC  1101