BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-013J09
Chromosome15 (Build37)
Map Location 68,168,021 - 68,298,086
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneZfat1, LOC100041000
Downstream geneEG665945, EG633752, Khdrbs3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-013J09.bB6Ng01-013J09.g
ACCDH848364DH848365
length1,083932
definitionDH848364|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-013J09, 5' end.DH848365|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-013J09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(68,296,996 - 68,298,086)(68,168,021 - 68,168,860)
sequence
gaattcaagactgacaggtgagtttttctcaggtcatgcagcagggaaag
tcagagtacctccaccagaccaccacctaatcaggccatcatctccatct
aaacttccccgtgcactgtccatgggctgccaatctctgagccttgcatt
cactactttacacacatgccatagtatgtgtgtaaaaggacaagtttctg
gcagggagcacttaagactgggatgtattaagaaagcaagatcaggtctc
agatgaaacacatctgagcacttacaaaataaaaatacagagtaccatac
acagtacctatcatgtgctgagcccagcataagatatttgaagcaactgc
cttatgcccttaccctgtgaggagaaattagtgtcctgagttagccattg
ttatagcaaacctttgtgttatgcctgccccaggctcattacacaatcag
ccttcatggcagcctagtgatgttagagccatcttatggacatctcccta
ctaaagatgaggctcaaaattaagagacacttcctaaaatgtatccagct
gtgagtgcagaggcaggcctatagtccacgttcactggtatccactctgt
cacaatgccaactctctctttagtcagagggtatgagaagaaatggcaga
ggagagaaggggacactccaggaacagaaaaaccagagtcaggcagaaga
cacggagcaagcagtgcagaccaggagagccaagtccaggtatggcgaga
gaagctagaaccattttagtgagagattagaagttagcatgtggctgggt
ggtagcttaaattgtctcttactctttttttctggatatcttacctattc
tcactaggctcccacctttctggaagttgccttgcttccccggcctcttt
tgagttctatatccattcaaaagcctgctatcaccgtgtctgctccacag
cagactaacattgcatcattctgtcatcagaggccattgttactgcagat
gatggagctgtgcaaaggtcaggcctgagattcattatgcaaacaatgat
gcccagcacctctacatggggctaagaaggtga
gaattctctgtttagctctctctataccccattttttgattcggttgttt
gggtttttgcttcttgagttctttctatattttggatattaggcctctat
gggatgtggtgttagtgaagatttttttcctcaatctataggttgccaat
ttgattaactgactacatcctttgccttacagaagctgagaagtttcatg
acgttccatttattaattcttgatcttagagtctgagccattggagttct
atttaggaaatacccacccccacctccccagcccagtgccaatgagcttg
aggctctttcccactttcttttctattagagtcagtgaatctggttttat
gttgaggtccttgatccacttggacttgagctttgtgccaggtgacaaat
atggatctattttcatttttctacatactaactgccagttagaccagtac
catttattgaagatgctttcttttttccactgtatattttttggcttctt
tttcaaatatcaagtgtccataagtgtgtggttttatttctgagtcttca
attctattacattgatcaacctgtctgcctggtacaaatataaaagtagc
agttagaccaatcaggtctgtgaaaagggtaatggattaaaaaatcttaa
aatagtaacaataatgataactaccgtatgtcaagtacattcaactgaca
tcgactcacttcatcaacaatcctgtcaggtactatgacaatgcaattca
gctgacaaagaagtggagaccaggaaaattatactttccttaattattat
agaacctgaagcttggcttaaggcttatttagcaacaaattacagtgata
tgtaagattacactacttctgaatcaaatattggtatcatctatattaga
taaaccagtttctattttaaatagtacagcag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_68296996_68298086
seq2: B6Ng01-013J09.b_43_1125 (reverse)

seq1  TCACCTCTGTAGCCCCATGTAGAAGGTGCTGGGCATCATTTGTATGCAAT  50
      ||||||   ||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||  
seq2  TCACCTTCTTAGCCCCATGTAG-AGGTGCTGGGCATCA-TTGTTTGCA--  46

seq1  AAATGAATTCTTCAGCCCTGA-CTTTGCACAGCTCCAATCCTTCTGCAGT  99
       |||||||   |||| ||||| |||||||||||||||   | ||||||||
seq2  TAATGAAT--CTCAGGCCTGACCTTTGCACAGCTCCA--TCATCTGCAGT  92

seq1  AACAATGGCCTCTGAATGACAGAATGATGCAATGTTAGTCTGCTGTGGAG  149
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATGGCCTCTG-ATGACAGAATGATGCAATGTTAGTCTGCTGTGGAG  141

seq1  CAGACACGGTGATAGCAGGCTTTTGAATGGATATAGAACTCAAAAGAGGC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACACGGTGATAGCAGGCTTTTGAATGGATATAGAACTCAAAAGAGGC  191

seq1  CGGGGAAGCAAGGCAACTTCCAGAAAGGTGGGAGCCTAGTGAGAATAGGT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGGAAGCAAGGCAACTTCCAGAAAGGTGGGAGCCTAGTGAGAATAGGT  241

seq1  AAGATATCCAGAAAAAAAGAGTAAGAGACAATTTAAGCTACCACCCAGCC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATATCCAGAAAAAAAGAGTAAGAGACAATTTAAGCTACCACCCAGCC  291

seq1  ACATGCTAACTTCTAATCTCTCACTAAAATGGTTCTAGCTTCTCTCGCCA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCTAACTTCTAATCTCTCACTAAAATGGTTCTAGCTTCTCTCGCCA  341

seq1  TACCTGGACTTGGCTCTCCTGGTCTGCACTGCTTGCTCCGTGTCTTCTGC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTGGACTTGGCTCTCCTGGTCTGCACTGCTTGCTCCGTGTCTTCTGC  391

seq1  CTGACTCTGGTTTTTCTGTTCCTGGAGTGTCCCCTTCTCTCCTCTGCCAT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTCTGGTTTTTCTGTTCCTGGAGTGTCCCCTTCTCTCCTCTGCCAT  441

seq1  TTCTTCTCATACCCTCTGACTAAAGAGAGAGTTGGCATTGTGACAGAGTG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCTCATACCCTCTGACTAAAGAGAGAGTTGGCATTGTGACAGAGTG  491

seq1  GATACCAGTGAACGTGGACTATAGGCCTGCCTCTGCACTCACAGCTGGAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACCAGTGAACGTGGACTATAGGCCTGCCTCTGCACTCACAGCTGGAT  541

seq1  ACATTTTAGGAAGTGTCTCTTAATTTTGAGCCTCATCTTTAGTAGGGAGA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTTAGGAAGTGTCTCTTAATTTTGAGCCTCATCTTTAGTAGGGAGA  591

seq1  TGTCCATAAGATGGCTCTAACATCACTAGGCTGCCATGAAGGCTGATTGT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCATAAGATGGCTCTAACATCACTAGGCTGCCATGAAGGCTGATTGT  641

seq1  GTAATGAGCCTGGGGCAGGCATAACACAAAGGTTTGCTATAACAATGGCT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATGAGCCTGGGGCAGGCATAACACAAAGGTTTGCTATAACAATGGCT  691

seq1  AACTCAGGACACTAATTTCTCCTCACAGGGTAAGGGCATAAGGCAGTTGC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCAGGACACTAATTTCTCCTCACAGGGTAAGGGCATAAGGCAGTTGC  741

seq1  TTCAAATATCTTATGCTGGGCTCAGCACATGATAGGTACTGTGTATGGTA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAATATCTTATGCTGGGCTCAGCACATGATAGGTACTGTGTATGGTA  791

seq1  CTCTGTATTTTTATTTTGTAAGTGCTCAGATGTGTTTCATCTGAGACCTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTATTTTTATTTTGTAAGTGCTCAGATGTGTTTCATCTGAGACCTG  841

seq1  ATCTTGCTTTCTTAATACATCCCAGTCTTAAGTGCTCCCTGCCAGAAACT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGCTTTCTTAATACATCCCAGTCTTAAGTGCTCCCTGCCAGAAACT  891

seq1  TGTCCTTTTACACACATACTATGGCATGTGTGTAAAGTAGTGAATGCAAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTTTTACACACATACTATGGCATGTGTGTAAAGTAGTGAATGCAAG  941

seq1  GCTCAGAGATTGGCAGCCCATGGACAGTGCACGGGGAAGTTTAGATGGAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGAGATTGGCAGCCCATGGACAGTGCACGGGGAAGTTTAGATGGAG  991

seq1  ATGATGGCCTGATTAGGTGGTGGTCTGGTGGAGGTACTCTGACTTTCCCT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGGCCTGATTAGGTGGTGGTCTGGTGGAGGTACTCTGACTTTCCCT  1041

seq1  GCTGCATGACCTGAGAAAAACTCACCTGTCAGTCTTGAATTC  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCATGACCTGAGAAAAACTCACCTGTCAGTCTTGAATTC  1083

seq1: chr15_68168021_68168860
seq2: B6Ng01-013J09.g_159_995

seq1  CTCTATGGGATGTGGTGTTAGTGAAGATTTTTTTCCTCAATCTATAGGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATGGGATGTGGTGTTAGTGAAGATTTTTTTCCTCAATCTATAGGTT  50

seq1  GCCAATTTGATTAACTGACTACATCCTTTGCCTTACAGAAGCTGAGAAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAATTTGATTAACTGACTACATCCTTTGCCTTACAGAAGCTGAGAAGT  100

seq1  TTCATGACGTTCCATTTATTAATTCTTGATCTTAGAGTCTGAGCCATTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGACGTTCCATTTATTAATTCTTGATCTTAGAGTCTGAGCCATTGG  150

seq1  AGTTCTATTTAGGAAATACCCACCCCCACCTCCCCAGCCCAGTGCCAATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTATTTAGGAAATACCCACCCCCACCTCCCCAGCCCAGTGCCAATG  200

seq1  AGCTTGAGGCTCTTTCCCACTTTCTTTTCTATTAGAGTCAGTGAATCTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGAGGCTCTTTCCCACTTTCTTTTCTATTAGAGTCAGTGAATCTGG  250

seq1  TTTTATGTTGAGGTCCTTGATCCACTTGGACTTGAGCTTTGTGCCAGGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATGTTGAGGTCCTTGATCCACTTGGACTTGAGCTTTGTGCCAGGTG  300

seq1  ACAAATATGGATCTATTTTCATTTTTCTACATACTAACTGCCAGTTAGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATATGGATCTATTTTCATTTTTCTACATACTAACTGCCAGTTAGAC  350

seq1  CAGTACCATTTATTGAAGATGCTTTCTTTTTTCCACTGTATATTTTTTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTACCATTTATTGAAGATGCTTTCTTTTTTCCACTGTATATTTTTTGG  400

seq1  CTTCTTTTTCAAATATCAAGTGTCCATAAGTGTGTGGTTTTATTTCTGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTTTTCAAATATCAAGTGTCCATAAGTGTGTGGTTTTATTTCTGAG  450

seq1  TCTTCAATTCTATTACATTGATCAACCTGTCTGCCTGGTACAAATATAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAATTCTATTACATTGATCAACCTGTCTGCCTGGTACAAATATAAA  500

seq1  AGTAGCAGTTAGACCAATCAGGTCTGTGAAAAGGGTAATGGATTAAAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGCAGTTAGACCAATCAGGTCTGTGAAAAGGGTAATGGATTAAAAAA  550

seq1  TCTTAAAATAGTAACAATAATGATAACTACCGTATGTCAAGAACATTCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TCTTAAAATAGTAACAATAATGATAACTACCGTATGTCAAGTACATTCAA  600

seq1  CTGACATCGACTCACTTCATCAACAATCCTGTCAGGTACTATGACAATGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACATCGACTCACTTCATCAACAATCCTGTCAGGTACTATGACAATGC  650

seq1  AATTCAGCTGACAAAGAAGTGGAGACCAGGAAAATTAATACTTTCCTTAA  700
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AATTCAGCTGACAAAGAAGTGGAGACCAGGAAAATT-ATACTTTCCTTAA  699

seq1  TTATTATAGAACCTGAAGCTAGGCTTAAGGC-TATTTAGCAACAAATTAC  749
      |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TTATTATAGAACCTGAAGCTTGGCTTAAGGCTTATTTAGCAACAAATTAC  749

seq1  AGTGATATGTAAGATTTACACTACTTCTGAATCAAAATATTGGTATCATC  799
      |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AGTGATATGTAAGA-TTACACTACTTCTGAATC-AAATATTGGTATCATC  797

seq1  TATATTAAGATAAACAAGTATCTATTTTAAATAGTACAGCA  840
      |||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||
seq2  TATATT-AGATAAACCAGTTTCTATTTTAAATAGTACAGCA  837