BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-018L12
Chromosome15 (Build37)
Map Location 92,596,661 - 92,665,669
singlet/doubletdoublet
Overlap genePdzrn4
Upstream geneLrrk2, Muc19, Smgc, LOC100042529, Cntn1
Downstream geneLOC100042552, LOC100043283, Glt8d3, Yaf2, Zcrb1, Pphln1, LOC627623, Prickle1, Zfp42-ps1, LOC100042627, LOC100042631
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-018L12.bB6Ng01-018L12.g
ACCDH852041DH852042
length9671,125
definitionDH852041|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-018L12, 5' end.DH852042|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-018L12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(92,664,701 - 92,665,669)(92,596,661 - 92,597,745)
sequence
gaattcattatcttatatgtcatcaaagttgcttttctcaagaaatatta
ctataagagagctggtttttgtttttgttttggaggattcctactatgaa
atacagatcatctcagtaattaagttgacttatgagggtcctttaaattt
acctggctaccaagaatgggccttgagtctcttcatgcagaacctcagaa
ttagagcatttcattttaaaaggcaaaaaacacgattgcatcaatgttag
ctgagatttggattgatctgacagcatttatttagacagaacatagttat
tttagacacagcacagcacaaaaattcattgtgatttatgtttttccaat
tattttagtttatgcttagtttgtatatgcattaattacttttggttaat
acatcctgatcatggacagggtcaatgattggtacatgtcccaaatgtgt
taccaaggcagatgtggatggcagggagtgggatagagggctgggtcatg
tgtgggcacacacaaaacagagtcaggacaagatggcgatactttagtca
cttcaatgggccccacacatctggagtcaagccattcctactgtatttcg
acatgctttctgtcccacctttgaatgttaggcatttggatctatttgcc
ttgcaggtttggatcagatgtctggtgcccgtggtcaatcctagagccgc
tctgttgatgtgggaatgggatataatacatggtcctaactcagtgtggg
tgggatagattctcagcataggcatgaatcctccatacagttcttgctac
agagtgtcataaatctgtaggatccagggatggttctgtgggcagtcctc
aagagacagagtaacctggggagaaggctacacagctctacatggtcctc
aagtgggtaggggcttctgagggttattagattatgtgaataaaatagat
tgtgggctatttgaaaa
gaattctaggggcaattcaccttcatgggattaaactcatctctgtccat
tgcatgtctggggccccttttatgagagggttatctggtagctgaaggac
aagtcactcctcaggaaatgtttcaagccagatgtgctgcttaagggaca
ttatctcccagaatcaccaatctgccagacacccctactagtgtctcaga
ataccctgaacgcccaagaagtatgggtggctcaggctaagagctgacca
ctctcaatgacaccttctaaatgagccaagatccttctaaaccaggagtg
gggtatgttcttctgaggcctttccatgtgttactatagtaagttgtcct
agcaaaccccccgggggggccttgtcatccggggtatccagggtaggctg
gagggagtgtttgcttcttcagaaccagagtcccttgtatacagaaagtt
ttcagaagagtcttgctatagccacaaaatccctcagcctctaacaaacc
aattgtcaccaacatggattcacaaaatccagggggaaaaaattaatagg
tagggggaaacaaaaagcaattaaacaacaatccatgtccagactggatc
aggccaaacagctatccagtgtccccaaatggaaccttatgattctgcta
ctacacccattctccaaaggcaggaagagcccagaacccctgaagggatt
gctgcatccccagaagtctgtcagcccttaagcaaagacttagcttatac
ccctataccaggaagaaaggccaaggtctcatgcagagacgcctatgtct
actcatgcagagacgtttcctcttgcaaaatgaagaagacatggagggta
ggcagtcctactatggaggtacaggttcgggcatctgagcatttcagact
ggcttcagatcatatggccagccagccagagtgcacctcctaaagggcta
cgagccagaagtgtgccctcctaagggctacagagccagagtgccgccct
ctaaaggctacagagcgggttgcgcctctaaagggctacagagccggagt
tggcctctctaaggctacaacgatgcgcttctaagtcatacgagccgaga
atcgaccctcctaaaggctacagag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_92664701_92665669
seq2: B6Ng01-018L12.b_46_1012 (reverse)

seq1  TTTTCAAATAGCCCCCACTTCTGCTTTATATCACATAATTCTATTACCCT  50
      |||||||||||||| ||  |||  ||||| |||||||||   || |||||
seq2  TTTTCAAATAGCCCACA-ATCTATTTTAT-TCACATAATCTAATAACCCT  48

seq1  CAGAAGCCCCTA-CCACCTGAGGACCATGTAGAGCTGTGTAGCCTTCTCC  99
      |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGCCCCTACCCACTTGAGGACCATGTAGAGCTGTGTAGCCTTCTCC  98

seq1  CCAGGTTACCTCTGTCTCTTGAGGACTGCCCACAGAACCATCCCTGGATC  149
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTTA-CTCTGTCTCTTGAGGACTGCCCACAGAACCATCCCTGGATC  147

seq1  CTACAGATTTATGACACTCTGTAGCAAGAACTGTATGGAGGATTCATGCC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAGATTTATGACACTCTGTAGCAAGAACTGTATGGAGGATTCATGCC  197

seq1  TATGCTGAGAATCTATCCCACCCACACTGAGTTAGGACCATGTATTATAT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTGAGAATCTATCCCACCCACACTGAGTTAGGACCATGTATTATAT  247

seq1  CCCATTCCCACATCAACAGAGCGGCTCTAGGATTGACCACGGGCACCAGA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTCCCACATCAACAGAGCGGCTCTAGGATTGACCACGGGCACCAGA  297

seq1  CATCTGATCCAAACCTGCAAGGCAAATAGATCCAAATGCCTAACATTCAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGATCCAAACCTGCAAGGCAAATAGATCCAAATGCCTAACATTCAA  347

seq1  AGGTGGGACAGAAAGCATGTCGAAATACAGTAGGAATGGCTTGACTCCAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGGACAGAAAGCATGTCGAAATACAGTAGGAATGGCTTGACTCCAG  397

seq1  ATGTGTGGGGCCCATTGAAGTGACTAAAGTATCGCCATCTTGTCCTGACT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTGGGGCCCATTGAAGTGACTAAAGTATCGCCATCTTGTCCTGACT  447

seq1  CTGTTTTGTGTGTGCCCACACATGACCCAGCCCTCTATCCCACTCCCTGC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTTGTGTGTGCCCACACATGACCCAGCCCTCTATCCCACTCCCTGC  497

seq1  CATCCACATCTGCCTTGGTAACACATTTGGGACATGTACCAATCATTGAC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCACATCTGCCTTGGTAACACATTTGGGACATGTACCAATCATTGAC  547

seq1  CCTGTCCATGATCAGGATGTATTAACCAAAAGTAATTAATGCATATACAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCCATGATCAGGATGTATTAACCAAAAGTAATTAATGCATATACAA  597

seq1  ACTAAGCATAAACTAAAATAATTGGAAAAACATAAATCACAATGAATTTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGCATAAACTAAAATAATTGGAAAAACATAAATCACAATGAATTTT  647

seq1  TGTGCTGTGCTGTGTCTAAAATAACTATGTTCTGTCTAAATAAATGCTGT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTGTGCTGTGTCTAAAATAACTATGTTCTGTCTAAATAAATGCTGT  697

seq1  CAGATCAATCCAAATCTCAGCTAACATTGATGCAATCGTGTTTTTTGCCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCAATCCAAATCTCAGCTAACATTGATGCAATCGTGTTTTTTGCCT  747

seq1  TTTAAAATGAAATGCTCTAATTCTGAGGTTCTGCATGAAGAGACTCAAGG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAATGAAATGCTCTAATTCTGAGGTTCTGCATGAAGAGACTCAAGG  797

seq1  CCCATTCTTGGTAGCCAGGTAAATTTAAAGGACCCTCATAAGTCAACTTA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTCTTGGTAGCCAGGTAAATTTAAAGGACCCTCATAAGTCAACTTA  847

seq1  ATTACTGAGATGATCTGTATTTCATAGTAGGAATCCTCCAAAACAAAAAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACTGAGATGATCTGTATTTCATAGTAGGAATCCTCCAAAACAAAAAC  897

seq1  AAAAACCAGCTCTCTTATAGTAATATTTCTTGAGAAAAGCAACTTTGATG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACCAGCTCTCTTATAGTAATATTTCTTGAGAAAAGCAACTTTGATG  947

seq1  ACATATAAGATAATGAATTC  969
      ||||||||||||||||||||
seq2  ACATATAAGATAATGAATTC  967

seq1: chr15_92596661_92597745
seq2: B6Ng01-018L12.g_67_1191

seq1  GAATTCTAGGGGCAATTCACCTTCATGGGATTAAACTCATCTCTGTCCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGGGGCAATTCACCTTCATGGGATTAAACTCATCTCTGTCCAT  50

seq1  TGCATGTCTGGGGCCCCTTTTATGAGAGGGTTATCTGGTAGCTGAAGGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGTCTGGGGCCCCTTTTATGAGAGGGTTATCTGGTAGCTGAAGGAC  100

seq1  AAGTCACTCCTCAGGAAATGTTTCAAGCCAGATGTGCTGCTTAAGGGACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCACTCCTCAGGAAATGTTTCAAGCCAGATGTGCTGCTTAAGGGACA  150

seq1  TTATCTCCCAGAATCACCAATCTGCCAGACACCCCTACTAGTGTCTCAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTCCCAGAATCACCAATCTGCCAGACACCCCTACTAGTGTCTCAGA  200

seq1  ATACCCTGAACGCCCAAGAAGTATGGGTGGCTCAGGCTAAGAGCTGACCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCCTGAACGCCCAAGAAGTATGGGTGGCTCAGGCTAAGAGCTGACCA  250

seq1  CTCTCAATGACACCTTCTAAATGAGCCAAGATCCTTCTAAACCAGGAGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCAATGACACCTTCTAAATGAGCCAAGATCCTTCTAAACCAGGAGTG  300

seq1  GGGTATGTTCTTCTGAGGCCTTTCCATGTGTTACTATAGTAAGTTGTCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTATGTTCTTCTGAGGCCTTTCCATGTGTTACTATAGTAAGTTGTCCT  350

seq1  AGCAAACCCCCCGGGGGGGCCTTGTCATCCGGGGTATCCAGGGTAGGCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAACCCCCCGGGGGGGCCTTGTCATCCGGGGTATCCAGGGTAGGCTG  400

seq1  GAGGGAGTGTTTGCTTCTTCAGAACCAGAGTCCCTTGTATACAGAAAGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGAGTGTTTGCTTCTTCAGAACCAGAGTCCCTTGTATACAGAAAGTT  450

seq1  TTCAGAAGAGTCTTGCTATAGCCACAAAATCCCTCAGCCTCTAACAAACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAAGAGTCTTGCTATAGCCACAAAATCCCTCAGCCTCTAACAAACC  500

seq1  AATTGTCACCAACATGGATTCACAAAATCCAGGGGGAAAAAATTAATAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGTCACCAACATGGATTCACAAAATCCAGGGGGAAAAAATTAATAGG  550

seq1  TAGGGGGAAACAAAAAGCAATTAAACAACAATCCATGTCCAGACTGGATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGGGAAACAAAAAGCAATTAAACAACAATCCATGTCCAGACTGGATC  600

seq1  AGGCCAAACAGCTATCCAGTGTCCCCAAATGGAACCTTATGATTCTGCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCAAACAGCTATCCAGTGTCCCCAAATGGAACCTTATGATTCTGCTA  650

seq1  CTACACCCATTCTCCAAAGGCAGGAAGAGCCCAGAACCCCTGAAGGGATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACACCCATTCTCCAAAGGCAGGAAGAGCCCAGAACCCCTGAAGGGATT  700

seq1  GCTGCATCCCCAGAAGTCTGTCAGCCCTTAAGCAAAGACTTAGCTTATAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCATCCCCAGAAGTCTGTCAGCCCTTAAGCAAAGACTTAGCTTATAC  750

seq1  CCCTATACCAGGAAGAAAGGCCAAGGTCTCATGCAGAGACGCCTATGTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTATACCAGGAAGAAAGGCCAAGGTCTCATGCAGAGACGCCTATGTCT  800

seq1  ACTCATGCAGAGACGTTTCCTCTTGCAAAATGAAGAAGACATGGAGGGTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATGCAGAGACGTTTCCTCTTGCAAAATGAAGAAGACATGGAGGGTA  850

seq1  GGCAGTCCTACTATGGAGGTACAGGTTCGGGCATCTGAGCATTTCAGACT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGTCCTACTATGGAGGTACAGGTTCGGGCATCTGAGCATTTCAGACT  900

seq1  GGCATCAGATCATATGGCCAGCCAGCCAGAGTTGCACCCTCCTAAAGGGC  950
      ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||
seq2  GGCTTCAGATCATATGGCCAGCCAGCCAGAG-TGCA-CCTCCTAAAGGGC  948

seq1  TACAGAGCCAGAGTTGTGCCCTCCTAAAGGGCTACAGAGCCAGAGTTGCG  1000
      ||| ||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||
seq2  TAC-GAGCCAGAAGTGTGCCCTCCT-AAGGGCTACAGAGCCAGAGTGCCG  996

seq1  CCCTCCTAAAGGGCTACAGAGCCGGAGTTGCGCCCTCCTAAAGGGCTACA  1050
      |||| ||||| |||||||||||  | ||||||||   |||||||||||||
seq2  CCCT-CTAAA-GGCTACAGAGC--GGGTTGCGCC--TCTAAAGGGCTACA  1040

seq1  GAGCCGGAGTTGCGCCCTCCTAAAGGGCTACAGAG---------------  1085
      |||||||||||| |||   ||||  |||||||  |               
seq2  GAGCCGGAGTTG-GCCTCTCTAA--GGCTACAACGATGCGCTTCTAAGTC  1087

seq1  --------------------------------------  1085
                                            
seq2  ATACGAGCCGAGAATCGACCCTCCTAAAGGCTACAGAG  1125