BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-028I03
Chromosome15 (Build37)
Map Location 77,887,426 - 78,073,404
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCacng2, Rabl4, Pvalb
Upstream geneRbm9, LOC100042318, Apol3, BC020489, BC085284, LOC624454, EG666639, 9030421J09Rik, EG626615, 2210421G13Rik, 9130218O11Rik, LOC666661, A330102K04Rik, EG545115, LOC666348, LOC666679, 2310016F22Rik, Apol2, Myh9, Txn2, Foxred2, Eif3s7
Downstream geneNcf4, Csf2rb2, Csf2rb1, 1700061J05Rik, Tst, Mpst, Kctd17, Tmprss6, Il2rb, C1qtnf6, Sstr3, EG626952, Rac2, Pscd4, Lrrc62, Mfng, Card10, LOC641104, LOC100041601, Cdc42ep1, Lgals2, Gga1, Sh3bp1, Pdxp, Lgals1, Nol12, Triobp, H1f0, Gcat, Galr3, LOC100042603, Ankrd54, Eif3s6ip, 1700088E04Rik, Polr2f, Sox10, LOC100041655, Pick1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-028I03.bB6Ng01-028I03.g
ACCDH858966DH858967
length1,039661
definitionDH858966|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-028I03, 5' end.DH858967|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-028I03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(78,072,361 - 78,073,404)(77,887,426 - 77,888,090)
sequence
gaattcacacctgaggagctagacatgattcagaggctctggctgggcct
cggggctcaggcgtcccagcttttggaggaaacaaccaggggagcaagga
ggggtgcagtggaagaggggggtctgtgagcacagaggtacaagcttggc
ccctgcagaggagaatgttggtcaacaggtggtcatgaaacaggaaatgg
tgacattgcttccacaagagaatgtcacatagcactagtgagagactgtg
tcacagcatgcctgtcctggcttgaaaatgtgctggtttggggctgggat
gcagagcacttgtgtagcgtgagtgaagccctgggctcagtcccagcacc
aaataaaacaagggtaagaacacatgtaatcccagttctcaggacgtgga
ggcaggaggaccaggagttcaaggccagtttgtgcagagacgagtacaac
tgtgtgtgggcaggtatgcctgtttctgagggtctctaaagagcctctga
ctcggagagtggtgacgtcacaagcagagcgaatacttttctctgatgga
gtcttggtggtggcccatgtacacacacacacatatacacagagagacac
acacaggcacagacacgaatatacacacacacatacatgcacatgcagac
acagacacacatacacaaacatgcacacagagacacgcacatatagtcac
agatacacacacatacactcacagacacatatacataaacacacactggg
tacacacaagcatacatacacacacatgcacacaatgcacacacacacaa
acacacacatacacatatatatacacacatcatgcacacagagagataca
gaaacacacaaagatacacacgctcagaactcacacagacacacacactt
cactttcacataccacatacacaaacacatcccatacacacagacacaca
ctcaagcacatacacacaagggcagcatgtcctcccacaagccaacataa
tctaaaccatttcttctttttttttcttttggcttctct
gaattcaagaccctctctcaacccctccaatggaccttgtcatcaacagc
agagagcatagccagtccctgtgggctggcaaggacccagggattaacat
ccagggtgttaatgtcctgatctggccagtgctgaaggtgacaacatctg
ctgtgtgaggctctggtgccagggctcatgtggcaccttctggcttttgg
agcatctgtcttgggaggcagcctgggtggccttaaggctgagctcagcg
caggctcagtggctgctgtcaagtgataaaaagctcttattagggtcagg
tgattgacttacaccttcagtgtctctcaagaaaacaatagagatccatc
tgatttggccccgttcccgacggtgcccagggactgagttattgctaagt
ggctagaggctatggtcactggtataaggtatttgtggcacatgactggc
aggtggtgtgggctgtgtgcacttttcccttggcacacaggatgtgggag
gagtttattttgtgtgtgcatgtttgtgtgagtgtatggcacgcatatgg
atgtgcaactatgcatgcttagttgtgcacatgtaataaaggctgaagtt
atggtggttgttttctgttatgttcttcaacttattttctgaagtcagtt
ctgatctgagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_78072361_78073404
seq2: B6Ng01-028I03.b_43_1081 (reverse)

seq1  AGAGAAAGCCAAAAAGAAAAATAAAGGAGAAATGGTTTAGAATATGTTGG  50
      |||| ||||| |||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||
seq2  AGAG-AAGCC-AAAAGAAAAAAAAAGAAGAAATGGTTTAGATTATGTTGG  48

seq1  CTTGTGGGAGGACATGCTGCCCTTGTGTGTATGTGCTTGAGTGTGTGTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGGGAGGACATGCTGCCCTTGTGTGTATGTGCTTGAGTGTGTGTCT  98

seq1  GTGTGTATGTGATGTGTTTGTGTATGTGTGTATGTTGTATGTGTATGTGT  150
      ||||||||| |||||||||||||||||| ||||| || | ||| | ||||
seq2  GTGTGTATGGGATGTGTTTGTGTATGTG-GTATG-TGAAAGTG-AAGTGT  145

seq1  GTGTGTCTGTGTGTGTTTCTGTGTGTGTGTATCTTTGTGTGTTTCTGTAT  200
      ||||||||||||| | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTCTGTGTGAG-TTCTGAGCGTGTGTATCTTTGTGTGTTTCTGTAT  194

seq1  CTCTCTGTGTGCATGATGTGTGTATATATATGTGTATGTGTGTGTTTGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTGTGTGCATGATGTGTGTATATATATGTGTATGTGTGTGTTTGTG  244

seq1  TGTGTGTGCATTGTGTGCATGTGTGTGTATGTATGCTTGTGTGTA-CCTG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
seq2  TGTGTGTGCATTGTGTGCATGTGTGTGTATGTATGCTTGTGTGTACCCAG  294

seq1  TGTGTGTTTATGTATATGTGTCTGTGAGTGTATGTGTGTGTATCTGTGAC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTTTATGTATATGTGTCTGTGAGTGTATGTGTGTGTATCTGTGAC  344

seq1  TATATGTGCGTGTCTCTGTGTGCATGTTTGTGTATGTGTGTCTGTGTCTG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGTGCGTGTCTCTGTGTGCATGTTTGTGTATGTGTGTCTGTGTCTG  394

seq1  CATGTGCATGTATGTGTGTGTGTATATTCGTGTCTGTGCCTGTGTGTGTC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGCATGTATGTGTGTGTGTATATTCGTGTCTGTGCCTGTGTGTGTC  444

seq1  TCTCTGTGTATATGTGTGTGTGTGTACATGGGCCACCACCAAGACTCCAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGTGTATATGTGTGTGTGTGTACATGGGCCACCACCAAGACTCCAT  494

seq1  CAGAGAAAAGTATTCGCTCTGCTTGTGACGTCACCACTCTCCGAGTCAGA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAAAAGTATTCGCTCTGCTTGTGACGTCACCACTCTCCGAGTCAGA  544

seq1  GGCTCTTTAGAGACCCTCAGAAACAGGCATACCTGCCCACACACAGTTGT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTTTAGAGACCCTCAGAAACAGGCATACCTGCCCACACACAGTTGT  594

seq1  ACTCGTCTCTGCACAAACTGGCCTTGAACTCCTGGTCCTCCTGCCTCCAC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCGTCTCTGCACAAACTGGCCTTGAACTCCTGGTCCTCCTGCCTCCAC  644

seq1  GTCCTGAGAACTGGGATTACATGTGTTCTTACCCTTGTTTTATTTGGTGC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGAGAACTGGGATTACATGTGTTCTTACCCTTGTTTTATTTGGTGC  694

seq1  TGGGACTGAGCCCAGGGCTTCACTCACGCTACACAAGTGCTCTGCATCCC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACTGAGCCCAGGGCTTCACTCACGCTACACAAGTGCTCTGCATCCC  744

seq1  AGCCCCAAACCAGCACATTTTCAAGCCAGGACAGGCATGCTGTGACACAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCCAAACCAGCACATTTTCAAGCCAGGACAGGCATGCTGTGACACAG  794

seq1  TCTCTCACTAGTGCTATGTGACATTCTCTTGTGGAAGCAATGTCACCATT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCACTAGTGCTATGTGACATTCTCTTGTGGAAGCAATGTCACCATT  844

seq1  TCCTGTTTCATGACCACCTGTTGACCAACATTCTCCTCTGCAGGGGCCAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTTTCATGACCACCTGTTGACCAACATTCTCCTCTGCAGGGGCCAA  894

seq1  GCTTGTACCTCTGTGCTCACAGACCCCCCTCTTCCACTGCACCCCTCCTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGTACCTCTGTGCTCACAGACCCCCCTCTTCCACTGCACCCCTCCTT  944

seq1  GCTCCCCTGGTTGTTTCCTCCAAAAGCTGGGACGCCTGAGCCCCGAGGCC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCCCTGGTTGTTTCCTCCAAAAGCTGGGACGCCTGAGCCCCGAGGCC  994

seq1  CAGCCAGAGCCTCTGAATCATGTCTAGCTCCTCAGGTGTGAATTC  1044
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCAGAGCCTCTGAATCATGTCTAGCTCCTCAGGTGTGAATTC  1039

seq1: chr15_77887426_77888090
seq2: B6Ng01-028I03.g_67_727

seq1  GAATTCAAGACCCTCTCTCAACCCCTCCAATGGACCTTGTCATCAACAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGACCCTCTCTCAACCCCTCCAATGGACCTTGTCATCAACAGC  50

seq1  AGAGAGCATAGCCAGTCCCTGTGGGCTGGCAAGGACCCAGGGATTAACAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGCATAGCCAGTCCCTGTGGGCTGGCAAGGACCCAGGGATTAACAT  100

seq1  CCAGGGTGTTAATGTCCTGATCTGGCCAGTGCTGAAGGTGACAACATCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGTGTTAATGTCCTGATCTGGCCAGTGCTGAAGGTGACAACATCTG  150

seq1  CTGTGTGAGGCTCTGGTGCCAGGGCTCATGTGGCACCTTCTGGCTTTTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTGAGGCTCTGGTGCCAGGGCTCATGTGGCACCTTCTGGCTTTTGG  200

seq1  AGCATCTGTCTTGGGAGGCAGCCTGGGTGGCCTTAAGGCTGAGCTCAGCG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCTGTCTTGGGAGGCAGCCTGGGTGGCCTTAAGGCTGAGCTCAGCG  250

seq1  CAGGCTCAGTGGCTGCTGTCAAGTGATAAAAAGCTCTTATTAGGGTCAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTCAGTGGCTGCTGTCAAGTGATAAAAAGCTCTTATTAGGGTCAGG  300

seq1  TGATTGACTTACACCTTCAGTGTCTCTCAAGAAAACAATAGAGATCCATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGACTTACACCTTCAGTGTCTCTCAAGAAAACAATAGAGATCCATC  350

seq1  TGATTTGGCCCCGTTCCCGACGGTGCCCAGGGACTGAGTTATTGCTAAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTGGCCCCGTTCCCGACGGTGCCCAGGGACTGAGTTATTGCTAAGT  400

seq1  GGCTAGAGGCTATGGTCACTGGTATAAGGTATTTGTGGCACATGACTGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAGAGGCTATGGTCACTGGTATAAGGTATTTGTGGCACATGACTGGC  450

seq1  AGGTGGTGTGGGCTGTGTGCACTTTTCCCTTGGCACACAGGATGTGGGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGTGTGGGCTGTGTGCACTTTTCCCTTGGCACACAGGATGTGGGAG  500

seq1  GAGTTTATTTTGTGTGTGCATGTTTGTGTGAGTGTATGGCACGCACATGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GAGTTTATTTTGTGTGTGCATGTTTGTGTGAGTGTATGGCACGCATATGG  550

seq1  ATGTGCAACTATGCATGCCTAGTTGTGCACATGTATGTAGAGGCTGAAGT  600
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||  || ||||||||||
seq2  ATGTGCAACTATGCATGCTTAGTTGTGCACATGTA-ATAAAGGCTGAAGT  599

seq1  CAATGGTGGATGTCTTCTGTATTGTTCTTCAACTTATTTTCTGAAGTCTC  650
        ||||||| ||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||  
seq2  -TATGGTGGTTGTTTTCTGTTATGTTCTTCAACTTATTTTCTGAAGTC-A  647

seq1  CTTCTGATCTAGAGT  665
       ||||||||| ||||
seq2  GTTCTGATCT-GAGT  661