BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-033C23
Chromosome15 (Build37)
Map Location 99,586,683 - 99,719,330
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLass5, Lima1, LOC100043481
Upstream geneArf3, 5830427D03Rik, Wnt10b, Wnt1, Ddn, Prkag1, Mll2, Rhebl1, Dhh, Lmbr1l, Tuba1b, Tuba1a, EG668092, Tuba1c, Prph1, Troap, C1ql4, 2810451A06Rik, Spats2, Kcnh3, Mcrs1, EG545136, Prpf40b, Fmnl3, Tegt, C230021P08Rik, 4930556P03Rik, Faim2, LOC545137, Aqp2, Aqp5, Aqp6, Racgap1, LOC100043473, Accn2, Smarcd1, Gpd1, 2310016M24Rik
Downstream geneLOC100042918, 1700030F18Rik, Gm920, D330037H05Rik, 4930478M13Rik, Dip2b, Atf1, 4930478A21Rik, EG432981, Mettl7a, ENSMUSG00000058057, LOC554292, Ubie, Yghl1-4, Slc11a2, EG432982, Letmd1, BC035295, Tcfcp2, Pou6f1, Dazap2, BC004728, Bin2, Ela1, Galnt6, Slc4a8, Scn8a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-033C23.bB6Ng01-033C23.g
ACCDH862312DH862313
length1,064437
definitionDH862312|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-033C23, 5' end.DH862313|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-033C23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(99,586,683 - 99,587,748)(99,718,888 - 99,719,330)
sequence
gaattcacagcaatcctctatctggtctcttgagtactaggattctaact
gtgagccactgtgggaccgtaataggccagcgttatagaagaagtgtgga
ggaagcttcaaccctggataccttaaatgtgaggacacaggaattggcta
cctcctcgctcccaacctgacaccttaaaactggctcccccactatcgac
cctaggtaagaatttattaccctggcagttctcaggcttcactcctcgtc
tgatcttttataaggtcatccagtgttgttctcctcctaccctccactct
ccagtccctgagtatatatagataaagcatcttccaacacccctgccctg
gctaatggtataaggccacacgaaccttgccccagacaccctggccacct
ccccaggggcataaatacccttctctccccacccaataaacgagtcagtt
ctccaaagctattccatgtgtttattgcctacatactcggaaccgactga
gaccctgcactgcacccactcaagaccagctaagctatcctccttccagt
ccaacttggtgtgcaatggctaccatgagggagaagtggacatggggcag
catgccaccatgcctggcctgaaagctattctctgactacttcaagatgt
aagtggatcagcctgaaggtaaacatgtacctgcactgtggggtaactgc
attctgccttttctctattaacacctgagcaggtgagtcagtacaacccc
tacctctgtgcctctcaacactaacacttctgtgatcggttccaccatca
gtgctggatgtgagctatttaggaacatttaaagtccagtctgtgcttct
taattgatgttttgtggcaagcaatacaaataggctagttacactgagac
acctatcttggctctcaaggatggtctatggggctggatttaggatcact
agttaactatgctatctcaaccaaagttaactatgctatctcacgataag
ataagcatttgtgagtgataaatcagctgatgtgtgctgattgccagtta
ccactggaaaaggg
agttctttttcataataaccaagaatcacttcagagtttttgtttgtttg
ctttatagtttttttgtgggtttttgcttgtttgtttgtttaacaaagta
aaaacaaattatcttctcactaaacaggttgtcataaggctgcttgctgt
gttagcctaaccactgggcatgattcctggaacctccataaaaccaggat
atggttacagctgtaagcccagcattgctctggtgagatgggagactgag
acagaatgggccagagtctctggggccatctggcctggaggcgaagcacg
ggagaaacagtaagacagaccttatctcaaggaggtgaaaggtcagaact
gattcccaaaagtcctcagacctcatagaggtcctggtgcacacacagac
acacactggctgtgtgtatgtatgtggttgtgtggta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_99586683_99587748
seq2: B6Ng01-033C23.b_46_1109

seq1  GAATTCACAGCAATCCTCTATCTGGTCTCTTGAGTACTAGGATTCTAACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAGCAATCCTCTATCTGGTCTCTTGAGTACTAGGATTCTAACT  50

seq1  GTGAGCCACTGTGGGACCGTAATAGGCCAGCGTTATAGAAGAAGTGTGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGCCACTGTGGGACCGTAATAGGCCAGCGTTATAGAAGAAGTGTGGA  100

seq1  GGAAGCTTCAACCCTGGATACCTTAAATGTGAGGACACAGGAATTGGCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGCTTCAACCCTGGATACCTTAAATGTGAGGACACAGGAATTGGCTA  150

seq1  CCTCCTCGCTCCCAACCTGACACCTTAAAACTGGCTCCCCCACTATCGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTCGCTCCCAACCTGACACCTTAAAACTGGCTCCCCCACTATCGAC  200

seq1  CCTAGGTAAGAATTTATTACCCTGGCAGTTCTCAGGCTTCACTCCTCGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGGTAAGAATTTATTACCCTGGCAGTTCTCAGGCTTCACTCCTCGTC  250

seq1  TGATCTTTTATAAGGTCATCCAGTGTTGTTCTCCTCCTACCCTCCACTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCTTTTATAAGGTCATCCAGTGTTGTTCTCCTCCTACCCTCCACTCT  300

seq1  CCAGTCCCTGAGTATATATAGATAAAGCATCTTCCAACACCCCTGCCCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTCCCTGAGTATATATAGATAAAGCATCTTCCAACACCCCTGCCCTG  350

seq1  GCTAATGGTATAAGGCCACACGAACCTTGCCCCAGACACCCTGGCCACCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAATGGTATAAGGCCACACGAACCTTGCCCCAGACACCCTGGCCACCT  400

seq1  CCCCAGGGGCATAAATACCCTTCTCTCCCCACCCAATAAACGAGTCAGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGGGGCATAAATACCCTTCTCTCCCCACCCAATAAACGAGTCAGTT  450

seq1  CTCCAAAGCTATTCCATGTGTTTATTGCCTACATACTCGGAACCGACTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAAAGCTATTCCATGTGTTTATTGCCTACATACTCGGAACCGACTGA  500

seq1  GACCCTGCACTGCACCCACTCAAGACCAGCTAAGCTATCCTCCTTCCAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCTGCACTGCACCCACTCAAGACCAGCTAAGCTATCCTCCTTCCAGT  550

seq1  CCAACTTGGTGTGCAATGGCTACCATGAGGGAGAAGTGGACATGGGGCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACTTGGTGTGCAATGGCTACCATGAGGGAGAAGTGGACATGGGGCAG  600

seq1  CATGCCACCATGCCTGGCCTGAAAGCTATTCTCTGACTACTTCAAGATGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCACCATGCCTGGCCTGAAAGCTATTCTCTGACTACTTCAAGATGT  650

seq1  AAGTGGATCAGCCTGAAGGTAAACATGTACCTGCACTGTGGGGTAACTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGATCAGCCTGAAGGTAAACATGTACCTGCACTGTGGGGTAACTGC  700

seq1  ATTCTGCCTTTTCTCTATTAACACCTGAGCAGGTGAGTCAGTACAACCCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGCCTTTTCTCTATTAACACCTGAGCAGGTGAGTCAGTACAACCCC  750

seq1  TACCTCTGTGCCTCTCAACACTAACACTTCTGTGATCGGTTCCACCATCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTCTGTGCCTCTCAACACTAACACTTCTGTGATCGGTTCCACCATCA  800

seq1  GTGCTGGATGTGAGCTATTTAGGAACATTTAAAGTCCAGTCTGTGCTTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGGATGTGAGCTATTTAGGAACATTTAAAGTCCAGTCTGTGCTTCT  850

seq1  TAATTGATGTTTTGTGGCAAGCAATACAAATAGGCTAGTTACACTGAGAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGATGTTTTGTGGCAAGCAATACAAATAGGCTAGTTACACTGAGAC  900

seq1  ACCTATCTTGGCTCTCAAGGATGGTCTATGGGGCTGGATTTAGGATCACT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTATCTTGGCTCTCAAGGATGGTCTATGGGGCTGGATTTAGGATCACT  950

seq1  AGGTTAACTATGCTATCTCAACCAAAGTTAACTATGCTATCTCAACGATA  1000
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  A-GTTAACTATGCTATCTCAACCAAAGTTAACTATGCTATCTC-ACGATA  998

seq1  AGATAAGCATTTGTGAGTGATAAATCAGCTGATGTGTGCTGATTGGCAGT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AGATAAGCATTTGTGAGTGATAAATCAGCTGATGTGTGCTGATTGCCAGT  1048

seq1  TACACTTGGAAAAGGG  1066
      |||   ||||||||||
seq2  TACCACTGGAAAAGGG  1064

seq1: chr15_99718888_99719330
seq2: B6Ng01-033C23.g_66_508 (reverse)

seq1  TACCACACAACCACATACATACACACAGCCAGTGTGTGTCTGTGTGTGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCACACAACCACATACATACACACAGCCAGTGTGTGTCTGTGTGTGCA  50

seq1  CCAGGACCTCTATGAGGTCTGAGGACTTTTGGGAATCAGTTCTGACCTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGACCTCTATGAGGTCTGAGGACTTTTGGGAATCAGTTCTGACCTTT  100

seq1  CACCTCCTTGAGATAAGGTCTGTCTTACTGTTTCTCCCGTGCTTCGCCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTCCTTGAGATAAGGTCTGTCTTACTGTTTCTCCCGTGCTTCGCCTC  150

seq1  CAGGCCAGATGGCCCCAGAGACTCTGGCCCATTCTGTCTCAGTCTCCCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCCAGATGGCCCCAGAGACTCTGGCCCATTCTGTCTCAGTCTCCCAT  200

seq1  CTCACCAGAGCAATGCTGGGCTTACAGCTGTAACCATATCCTGGTTTTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCAGAGCAATGCTGGGCTTACAGCTGTAACCATATCCTGGTTTTAT  250

seq1  GGAGGTTCCAGGAATCATGCCCAGTGGTTAGGCTAACACAGCAAGCAGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGTTCCAGGAATCATGCCCAGTGGTTAGGCTAACACAGCAAGCAGCC  300

seq1  TTATGACAACCTGTTTAGTGAGAAGATAATTTGTTTTTACTTTGTTAAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGACAACCTGTTTAGTGAGAAGATAATTTGTTTTTACTTTGTTAAAC  350

seq1  AAACAAACAAGCAAAAACCCACAAAAAAACTATAAAGCAAACAAACAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAACAAGCAAAAACCCACAAAAAAACTATAAAGCAAACAAACAAAA  400

seq1  ACTCTGAAGTGATTCTTGGTTATTATGAAAAAGAACTGAATTC  443
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGAAGTGATTCTTGGTTATTATGAAAAAGAACTGAATTC  443