BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-043E05
Chromosome15 (Build37)
Map Location 29,370,913 - 29,496,212
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneDnahc5, EG382974, LOC100040675, LOC100040689, LOC100040702, LOC667153
Downstream geneLOC382975, Ctnnd2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-043E05.bB6Ng01-043E05.g
ACCDH869378DH869379
length1,1771,124
definitionDH869378|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-043E05, 5' end.DH869379|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-043E05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,370,913 - 29,372,093)(29,495,075 - 29,496,212)
sequence
gaattcatggcagtgaaggtatgtctcactgatggagcaggaaggtgcct
aatgagagatgttcatccacacagaagagaggagagagagagagagagag
agagagagaacaggacagtggggattttatctaaacctcaaagcttatgt
cagtgatgcatttcttccaccaaaagctccgtctcctaaatgtttcataa
acagttcaaatgcatggtcctatggatgacagttttcattcaaacgctgc
agtgtcccactgaagttactgaatgactatgaagcagggaagttactggt
ctataactgaaggtgtgtgagtaaaatagagactgtagaaagttatatca
agactaacatgaaaaaaaaatgtccactgagagatactggaaataatgtt
ctcctcccctgccaagctacatatcacaaacagatactgtttacaacaca
caagctcatgctaaacaagatagaagatgagggtgagacataaaagattg
acaacagtcctgagccatacaacccatagtttcgcagcaaatgcccctcc
ctgcctctcactcactcttgaggttccttcctttttcttttcataaacac
atgatcttaaccatgtgcttagaggaaagccttaaagtttcttactcaaa
tcattaatcgcagtagatagtgtggatcaactcagatggtgacaataaga
atgttgatacagtttagaaccaagtattaggatagacctgagttttaagc
ggtagtgaaaagtggcagaagctacaaagtgaatcctttaggcaccctgg
ctagacaacaagtgcaacagaataaaggggtgtctcaagaattttaaact
ataaaaatgatgctgaaacttaagggtagaaataaaacagtaaaatgccg
ccaatttctgaccattagactgaaacctaaatgtgaattatgtattagaa
cttctttgtataactttgtactgtatacttctaaagcattcatggtatgg
aactgtagtgtgacattaatatttacttatacttctgcaattccactgac
tataatacattactgcaaaatggtgggaaaagcaccgtaacatgtaagct
cacagtgtcaaggaagcctaaaatacagggcgagttatccttgaatggtg
tcacgctattcttttttaagagtggat
gaattctgtatatagaatacccatgaataactactacactgtatcttaaa
aagacgctgggatgtgaaaacgaaatgtggaaatgtattgagaaggatgc
acatatctgaaagaatagctactctgatcagcttcattcattttatttta
gttcagcatagatcccaagctaaataccaggactctgagaactgaaacaa
actatatagatgtctggatgaataaatgtttgaataaacaaaagcaaata
taagaaaatcttgtaacaggagtgttgaagtcaaatggcaatttagccag
gagacccatatcaaagatgggtatgccttccagatgcatgtctgacaaag
aatatacatgggttaccttgtccttgtgcaatttttcaaatttttttgat
tttttgcttccagtgggaatgtcaaaggagatagtatttggaaaaactac
tataaatgtatgcaggctgagataaagaaaattgttttcagaaaatagaa
accaggaaaatagaaatgtgtatctagatgggcagtggtacaccatgcct
gtaatgccaacactcaggagtcagaggcagatggatctctgtgagttcag
ggctagcctggtctacaaagtaagtttcaggaaagccagatccattacac
agagaaagcttatatcaaaacaaacaaagaaaaaacacaaagaagtgttc
gtgtaccttggaagtcaatgggctattaaccaatataagctactgatata
gctcttggttactttctaggagttgaaaataagtttgtttgtttttttct
caagacaccatatctttatatagatgtaggacttgggaagaattgagctg
gaaatgccctagaagcctccctctgagacttagttttcatggtagcagaa
ggatctataaaaacttccaaatactaacaaataatcctaccatctatgac
agctgtgaaccacatcaacaaacagcatggcataatcttctatggtacag
tagtgtcacacatatattgcagcacaagcatctctctaatggctgaagac
ttctttaaggtggaaactgtgctggtactagaaaattgctactatggaat
ggcagttagtcattagcaggctct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_29370913_29372093
seq2: B6Ng01-043E05.b_46_1222

seq1  GAATTCATGGCAGTGAAGGTATGTCTCACTGATGGAGCAGGAAGGTGCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGGCAGTGAAGGTATGTCTCACTGATGGAGCAGGAAGGTGCCT  50

seq1  AATGAGAGATGTTCATCCACACAGAAGAGAGGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGAGATGTTCATCCACACAGAAGAGAGGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  100

seq1  AGAGAGAGAACAGGACAGTGGGGATTTTATCTAAACCTCAAAGCTTATGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAACAGGACAGTGGGGATTTTATCTAAACCTCAAAGCTTATGT  150

seq1  CAGTGATGCATTTCTTCCACCAAAAGCTCCGTCTCCTAAATGTTTCATAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGATGCATTTCTTCCACCAAAAGCTCCGTCTCCTAAATGTTTCATAA  200

seq1  ACAGTTCAAATGCATGGTCCTATGGATGACAGTTTTCATTCAAACGCTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTCAAATGCATGGTCCTATGGATGACAGTTTTCATTCAAACGCTGC  250

seq1  AGTGTCCCACTGAAGTTACTGAATGACTATGAAGCAGGGAAGTTACTGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTCCCACTGAAGTTACTGAATGACTATGAAGCAGGGAAGTTACTGGT  300

seq1  CTATAACTGAAGGTGTGTGAGTAAAATAGAGACTGTAGAAAGTTATATCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAACTGAAGGTGTGTGAGTAAAATAGAGACTGTAGAAAGTTATATCA  350

seq1  AGACTAACATGAAAAAAAAATGTCCACTGAGAGATACTGGAAATAATGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTAACATGAAAAAAAAATGTCCACTGAGAGATACTGGAAATAATGTT  400

seq1  CTCCTCCCCTGCCAAGCTACATATCACAAACAGATACTGTTTACAACACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCCCCTGCCAAGCTACATATCACAAACAGATACTGTTTACAACACA  450

seq1  CAAGCTCATGCTAAACAAGATAGAAGATGAGGGTGAGACATAAAAGATTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTCATGCTAAACAAGATAGAAGATGAGGGTGAGACATAAAAGATTG  500

seq1  ACAACAGTCCTGAGCCATACAACCCATAGTTTCGCAGCAAATGCCCCTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAGTCCTGAGCCATACAACCCATAGTTTCGCAGCAAATGCCCCTCC  550

seq1  CTGCCTCTCACTCACTCTTGAGGTTCCTTCCTTTTTCTTTTCATAAACAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTCTCACTCACTCTTGAGGTTCCTTCCTTTTTCTTTTCATAAACAC  600

seq1  ATGATCTTAACCATGTGCTTAGAGGAAAGCCTTAAAGTTTCTTACTCAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATCTTAACCATGTGCTTAGAGGAAAGCCTTAAAGTTTCTTACTCAAA  650

seq1  TCATTAATCGCAGTAGATAGTGTGGATCAACTCAGATGGTGACAATAAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTAATCGCAGTAGATAGTGTGGATCAACTCAGATGGTGACAATAAGA  700

seq1  ATGTTGATACAGTTTAGAACCAAGTATTAGGATAGACCTGAGTTTTAAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGATACAGTTTAGAACCAAGTATTAGGATAGACCTGAGTTTTAAGC  750

seq1  GGTAGTGAAAAGTGGCAGAAGCTACAAAGTGAATCCTTTAGGCACCCTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGTGAAAAGTGGCAGAAGCTACAAAGTGAATCCTTTAGGCACCCTGG  800

seq1  CTAGACAACAAGTGCAACAGAATAAAGGGGTGTCTCAAGAA-TTTAAACT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CTAGACAACAAGTGCAACAGAATAAAGGGGTGTCTCAAGAATTTTAAACT  850

seq1  ATAAAAATGATGCTGAAACTTAAGGGTAGAAATAAAACAGTAAAATGCCG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAATGATGCTGAAACTTAAGGGTAGAAATAAAACAGTAAAATGCCG  900

seq1  CCAA-TTCTGACCATTAGACTGAAACCTAAATGTGAGTTATGTATTAGAA  948
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CCAATTTCTGACCATTAGACTGAAACCTAAATGTGAATTATGTATTAGAA  950

seq1  CTTCTTTGTATAAACTTTGTACTGTATACTTCTTAAAGCATTCATGTTAT  998
      ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||
seq2  CTTCTTTGTAT-AACTTTGTACTGTATACTTC-TAAAGCATTCATGGTAT  998

seq1  GGAACTGTAAGTGTGACATTTATAATTTTACTTATACTTCTGCAATTCCA  1048
      |||||||| ||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTGT-AGTGTGACATTAATA--TTTACTTATACTTCTGCAATTCCA  1045

seq1  CTGACTATAAATACATTTACTGCAAAATGTTGGGAGAAGCAACAGAACAT  1098
      |||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| ||||| |  |||| 
seq2  CTGACTAT-AATACA-TTACTGCAAAATGGTGGGAAAAGCACCGTAACA-  1092

seq1  TGGAAG-TCACAGTTTCGAGGAAGCTAAAAATAACAGGCAGAGTTATCC-  1146
      || ||| ||||||| || |||||||  ||||| |||||  ||||||||| 
seq2  TGTAAGCTCACAGTGTCAAGGAAGCCTAAAAT-ACAGGGCGAGTTATCCT  1141

seq1  TGAAGTGTGTCA-GCTATTCTTTTATAAGAGTGGAT  1181
      ||||  |||||| ||||||||||| |||||||||||
seq2  TGAATGGTGTCACGCTATTCTTTTTTAAGAGTGGAT  1177

seq1: chr15_29495075_29496212
seq2: B6Ng01-043E05.g_66_1189 (reverse)

seq1  AGAGCCTCCCTTAATGACTAAACTGCCATTTCATAGTTAGCAAATTTTCT  50
      ||||||| |  |||||||| |||||||||| ||||| |||| ||||||||
seq2  AGAGCCTGC--TAATGACT-AACTGCCATTCCATAG-TAGC-AATTTTCT  45

seq1  AGTACCAGGCACAGTTTCCACCTTTTAAAGAGGGTCTTCAGGCCAATTAG  100
      ||||||| ||||||||||||||  |||||||  ||||||||  | |||||
seq2  AGTACCA-GCACAGTTTCCACC--TTAAAGA-AGTCTTCAG--CCATTAG  89

seq1  AGAGATGCTTGTTGCTTGCAATATATGTGTGACACTACTGTACCATTAAG  150
      ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||
seq2  AGAGATGCTTG-TGC-TGCAATATATGTGTGACACTACTGTACCAT--AG  135

seq1  AAGATTATGCCATGCTGTTTGTTGATGTGGTTCACAGCTGTCATAGATGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTATGCCATGCTGTTTGTTGATGTGGTTCACAGCTGTCATAGATGG  185

seq1  TAGGATTATTTGTTAGTATTTGGAAGTTTTTATAGATCCTTCTGCTACCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGATTATTTGTTAGTATTTGGAAGTTTTTATAGATCCTTCTGCTACCA  235

seq1  TGAAAACTAGTTCTCAGAGGGAGGCTTCTAGGGCATTTCCAGCTCAATTC  300
      |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAACTAAGTCTCAGAGGGAGGCTTCTAGGGCATTTCCAGCTCAATTC  285

seq1  TT-CCAAGTCCTACATCTATATAAAGATATGGTGTCTTGAGAAAAAAACA  349
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCAAGTCCTACATCTATATAAAGATATGGTGTCTTGAGAAAAAAACA  335

seq1  AACAAACTTATTTTCAACTCCTAGAAAGTAACCAAGAGCTATATCAGTAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAACTTATTTTCAACTCCTAGAAAGTAACCAAGAGCTATATCAGTAG  385

seq1  CTTATATTGGTTAATAGCCCATTGACTTCCAAGGTACACGAACACTTCTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATATTGGTTAATAGCCCATTGACTTCCAAGGTACACGAACACTTCTT  435

seq1  TGTGTTTTTTCTTTGTTTGTTTTGATATAAGCTTTCTCTGTGTAATGGAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTTTTTCTTTGTTTGTTTTGATATAAGCTTTCTCTGTGTAATGGAT  485

seq1  CTGGCTTTCCTGAAACTTACTTTGTAGACCAGGCTAGCCCTGAACTCACA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTTTCCTGAAACTTACTTTGTAGACCAGGCTAGCCCTGAACTCACA  535

seq1  GAGATCCATCTGCCTCTGACTCCTGAGTGTTGGCATTACAGGCATGGTGT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATCCATCTGCCTCTGACTCCTGAGTGTTGGCATTACAGGCATGGTGT  585

seq1  ACCACTGCCCATCTAGATACACATTTCTATTTTCCTGGTTTCTATTTTCT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACTGCCCATCTAGATACACATTTCTATTTTCCTGGTTTCTATTTTCT  635

seq1  GAAAACAATTTTCTTTATCTCAGCCTGCATACATTTATAGTAGTTTTTCC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACAATTTTCTTTATCTCAGCCTGCATACATTTATAGTAGTTTTTCC  685

seq1  AAATACTATCTCCTTTGACATTCCCACTGGAAGCAAAAAATCAAAAAAAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACTATCTCCTTTGACATTCCCACTGGAAGCAAAAAATCAAAAAAAT  735

seq1  TTGAAAAATTGCACAAGGACAAGGTAACCCATGTATATTCTTTGTCAGAC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAAATTGCACAAGGACAAGGTAACCCATGTATATTCTTTGTCAGAC  785

seq1  ATGCATCTGGAAGGCATACCCATCTTTGATATGGGTCTCCTGGCTAAATT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATCTGGAAGGCATACCCATCTTTGATATGGGTCTCCTGGCTAAATT  835

seq1  GCCATTTGACTTCAACACTCCTGTTACAAGATTTTCTTATATTTGCTTTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATTTGACTTCAACACTCCTGTTACAAGATTTTCTTATATTTGCTTTT  885

seq1  GTTTATTCAAACATTTATTCATCCAGACATCTATATAGTTTGTTTCAGTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATTCAAACATTTATTCATCCAGACATCTATATAGTTTGTTTCAGTT  935

seq1  CTCAGAGTCCTGGTATTTAGCTTGGGATCTATGCTGAACTAAAATAAAAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAGTCCTGGTATTTAGCTTGGGATCTATGCTGAACTAAAATAAAAT  985

seq1  GAATGAAGCTGATCAGAGTAGCTATTCTTTCAGATATGTGCATCCTTCTC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGAAGCTGATCAGAGTAGCTATTCTTTCAGATATGTGCATCCTTCTC  1035

seq1  AATACATTTCCACATTTCGTTTTCACATCCCAGCGTCTTTTTAAGATACA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACATTTCCACATTTCGTTTTCACATCCCAGCGTCTTTTTAAGATACA  1085

seq1  GTGTAGTAGTTATTCATGGGTATTCTATATACAGAATTC  1138
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAGTAGTTATTCATGGGTATTCTATATACAGAATTC  1124