BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-044H21
Chromosome15 (Build37)
Map Location 48,115,451 - 48,151,612
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCsmd3
Upstream geneLOC665130, LOC100039485, LOC100039493
Downstream geneEG665146, LOC100039600
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-044H21.bB6Ng01-044H21.g
ACCDH870228DH870229
length1,098834
definitionDH870228|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-044H21, 5' end.DH870229|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-044H21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(48,150,502 - 48,151,612)(48,115,451 - 48,116,281)
sequence
gaattcatcatcactttaagcaactcagattatgagattaattttgtatg
tcaaataacttgacacataatttgtttaataataattttatgataatttt
attgacagtattgattcaatagatgtgccactatacttgctgaataaatt
cttaagaatttcatttttagtgtaaagttttatttgttcattttgatatc
tatcagtatgacagtttgtactcaatgcacaatagccaatccaatagaaa
atttattattcatttgcatttcctattaagcatagaagatatggttaatt
taggagcatgaacatttggcaatacaaatctagaaagatatttatttcca
agctttcaactacattttaaatcagtatgtacttacctaaattccttaca
gatcatgatatcattgaatacatattacttgattaattcactcattaaga
ttttcagcaacatggttttcccccattttatcacttcagaaactaaacac
aagctacagtatttttgaattttaaagttgctacttaattaccagggtaa
attatattcatattcattgagaaagattaaacttaaaaagtatactggag
atcacacatttattttgtgtttcaatatagaaaataacttcataagatca
atgtagtattattctcaaccttattttattagttatttttttttaatagt
aacattaaatgcttctggacagtgacagtttgaagttgatttaaaaacac
aactttctatcttttcaaggatcttctgcctcattttacaattctctgtt
ttgagcatttacataaatgcgtcgttggatggagtcaaactatttaaccc
aagtggacacagctttgaacttgtgactattattacatttgagatgcaaa
attctcagttacaatgtgcttatgtagaatactaacaacagacatacaaa
gcagaggcatcctgtgattttacacatcaagtaaatgattttggtagtat
tctcacctgtgggaatttctcttgcaaatctgtttaatgatacttgaaca
ggaggaaacaaaatacaatgactcacgattaaaattaataaatatgta
gaattcacacccacagtaaaaaacagagacatggatgtatacccggtgag
cattcagctactttcccctaggcttatacagtctaaggcttgaaactaag
caaggttattgatcacatcctggatgtgtttttccatgtcaagtaaagca
gctaagacaattatccacagaccaatgtggtctccatactccctcaataa
gggcctctgccaagttgattctagattgcaccacgtaaacaaattaaaca
taatattgtatctctctctgtgcttgaaataatatttattttaaactcat
atacttttaatatatgaaagagacatatgagactgataaaacctcatatc
actgatattttcattgttataattctttattctgtagtatctataaaaat
atgtcttgattttctattgacaatgtaattggctcattattctactgttg
tgggctactggatctcccaaatatgttaactacctgaagcatttattcac
tctcgaacctgtaggaagttattttcaaactgtcattccaaagaaaatat
ttcatcaacaaaactcatgttgtcaaacaaaagacagacttctgtcatga
tttggtcaagttatttcacactgatttaaaggacatccttcacattttga
tcttaggttttgtcccattaaaatggttatttaaaatcacattgaaagag
ctgctggtgttttagtagtcattctgggtgtttgttttttgtttcttagt
tcttctctctatataatctatgacttatctactttatattgagctagtgt
gtgtgtgtgtgtgtgtgttttgtgtgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_48150502_48151612
seq2: B6Ng01-044H21.b_37_1134 (reverse)

seq1  TACATATTATATTAATTTTTGATCGTTTGAGTCAATTTGTATTTTGTTTT  50
      |||||||| |||||| |||| ||||  |||||||  |||||||||| |||
seq2  TACATATT-TATTAA-TTTTAATCG--TGAGTCA--TTGTATTTTG-TTT  43

seq1  CCTCCTTGTTTCAAGTATCATTTACACAGATTTGCAAGAGAAAATTCCAA  100
      ||||||   ||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||| |
seq2  CCTCCT--GTTCAAGTATCA-TTAAACAGATTTGCAAGAG-AAATTCCCA  89

seq1  CAGGTGAGAATACTACCAAAATCATTTAACTTGATGTGTAAAATCACAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGAGAATACTACCAAAATCATTT-ACTTGATGTGTAAAATCACAGG  138

seq1  ATGCCTCTGCTTTGTTATGTCTGTTGTTAGTATTCTACATAAGCACATTG  200
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTCTGCTTTG-TATGTCTGTTGTTAGTATTCTACATAAGCACATTG  187

seq1  TAACTGAGAATTTTGCATCTCAAATGTAATAATAGTCACAAGTTCAAAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTGAGAATTTTGCATCTCAAATGTAATAATAGTCACAAGTTCAAAGC  237

seq1  TGTGTCCACTTGGGTTAAATAGTTTGACTCCATCCAACGACGCATTTATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCCACTTGGGTTAAATAGTTTGACTCCATCCAACGACGCATTTATG  287

seq1  TAAATGCTCAAAACAGAGAATTGTAAAATGAGGCAGAAGATCCTTGAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGCTCAAAACAGAGAATTGTAAAATGAGGCAGAAGATCCTTGAAAA  337

seq1  GATAGAAAGTTGTGTTTTTAAATCAACTTCAAACTGTCACTGTCCAGAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGAAAGTTGTGTTTTTAAATCAACTTCAAACTGTCACTGTCCAGAAG  387

seq1  CATTTAATGTTACTATTAAAAAAAAATAACTAATAAAATAAGGTTGAGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTAATGTTACTATTAAAAAAAAATAACTAATAAAATAAGGTTGAGAA  437

seq1  TAATACTACATTGATCTTATGAAGTTATTTTCTATATTGAAACACAAAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATACTACATTGATCTTATGAAGTTATTTTCTATATTGAAACACAAAAT  487

seq1  AAATGTGTGATCTCCAGTATACTTTTTAAGTTTAATCTTTCTCAATGAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTGTGATCTCCAGTATACTTTTTAAGTTTAATCTTTCTCAATGAAT  537

seq1  ATGAATATAATTTACCCTGGTAATTAAGTAGCAACTTTAAAATTCAAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATATAATTTACCCTGGTAATTAAGTAGCAACTTTAAAATTCAAAAA  587

seq1  TACTGTAGCTTGTGTTTAGTTTCTGAAGTGATAAAATGGGGGAAAACCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTAGCTTGTGTTTAGTTTCTGAAGTGATAAAATGGGGGAAAACCAT  637

seq1  GTTGCTGAAAATCTTAATGAGTGAATTAATCAAGTAATATGTATTCAATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCTGAAAATCTTAATGAGTGAATTAATCAAGTAATATGTATTCAATG  687

seq1  ATATCATGATCTGTAAGGAATTTAGGTAAGTACATACTGATTTAAAATGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCATGATCTGTAAGGAATTTAGGTAAGTACATACTGATTTAAAATGT  737

seq1  AGTTGAAAGCTTGGAAATAAATATCTTTCTAGATTTGTATTGCCAAATGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGAAAGCTTGGAAATAAATATCTTTCTAGATTTGTATTGCCAAATGT  787

seq1  TCATGCTCCTAAATTAACCATATCTTCTATGCTTAATAGGAAATGCAAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCTCCTAAATTAACCATATCTTCTATGCTTAATAGGAAATGCAAAT  837

seq1  GAATAATAAATTTTCTATTGGATTGGCTATTGTGCATTGAGTACAAACTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAATAAATTTTCTATTGGATTGGCTATTGTGCATTGAGTACAAACTG  887

seq1  TCATACTGATAGATATCAAAATGAACAAATAAAACTTTACACTAAAAATG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATACTGATAGATATCAAAATGAACAAATAAAACTTTACACTAAAAATG  937

seq1  AAATTCTTAAGAATTTATTCAGCAAGTATAGTGGCACATCTATTGAATCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCTTAAGAATTTATTCAGCAAGTATAGTGGCACATCTATTGAATCA  987

seq1  ATACTGTCAATAAAATTATCATAAAATTATTATTAAACAAATTATGTGTC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTGTCAATAAAATTATCATAAAATTATTATTAAACAAATTATGTGTC  1037

seq1  AAGTTATTTGACATACAAAATTAATCTCATAATCTGAGTTGCTTAAAGTG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTATTTGACATACAAAATTAATCTCATAATCTGAGTTGCTTAAAGTG  1087

seq1  ATGATGAATTC  1111
      |||||||||||
seq2  ATGATGAATTC  1098

seq1: chr15_48115451_48116281
seq2: B6Ng01-044H21.g_68_901

seq1  GAATTCACACCCACAGTAAAAAACAGAGACATGGATGTATACCCGGTGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACACCCACAGTAAAAAACAGAGACATGGATGTATACCCGGTGAG  50

seq1  CATTCAGCTACTTTCCCCTAGGCTTATACAGTCTAAGGCTTGAAACTAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCAGCTACTTTCCCCTAGGCTTATACAGTCTAAGGCTTGAAACTAAG  100

seq1  CAAGGTTATTGATCACATCCTGGATGTGTTTTTCCATGTCAAGTAAAGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTTATTGATCACATCCTGGATGTGTTTTTCCATGTCAAGTAAAGCA  150

seq1  GCTAAGACAATTATCCACAGACCAATGTGGTCTCCATACTCCCTCAATAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAGACAATTATCCACAGACCAATGTGGTCTCCATACTCCCTCAATAA  200

seq1  GGGCCTCTGCCAAGTTGATTCTAGATTGCACCACGTAAACAAATTAAACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCTCTGCCAAGTTGATTCTAGATTGCACCACGTAAACAAATTAAACA  250

seq1  TAATATTGTATCTCTCTCTGTGCTTGAAATAATATTTATTTTAAACTCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATTGTATCTCTCTCTGTGCTTGAAATAATATTTATTTTAAACTCAT  300

seq1  ATACTTTTAATATATGAAAGAGACATATGAGACTGATAAAACCTCATATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTTTAATATATGAAAGAGACATATGAGACTGATAAAACCTCATATC  350

seq1  ACTGATATTTTCATTGTTATAATTCTTTATTCTGTAGTATCTATAAAAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGATATTTTCATTGTTATAATTCTTTATTCTGTAGTATCTATAAAAAT  400

seq1  ATGTCTTGATTTTCTATTGACAATGTAATTGGCTCATTATTCTACTGTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTTGATTTTCTATTGACAATGTAATTGGCTCATTATTCTACTGTTG  450

seq1  TGGGCTACTGGATCTCCCAAATATGTTAACTACCTGAAGCATTTATTCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTACTGGATCTCCCAAATATGTTAACTACCTGAAGCATTTATTCAC  500

seq1  TCTCGAACCTGTAGGAAGTTATTTTCAAACTGTCATTCCAAAGAAAATAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCGAACCTGTAGGAAGTTATTTTCAAACTGTCATTCCAAAGAAAATAT  550

seq1  TTCATCAACAAAACTCATGTTGTCAAACAAAAGACAGACTTCTGTCATGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCAACAAAACTCATGTTGTCAAACAAAAGACAGACTTCTGTCATGA  600

seq1  TTTGGTCAAGTTATTTCACACTGATTTAAAGGACATCCTTCACATTTTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTCAAGTTATTTCACACTGATTTAAAGGACATCCTTCACATTTTGA  650

seq1  TCTTAGGTTTTGTCCCATTAAAATGGTTATTTAAAATCACATTGAAAGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGGTTTTGTCCCATTAAAATGGTTATTTAAAATCACATTGAAAGAG  700

seq1  CTGCTGGTGTTTTAGTAGTCATTCTGGGTGTTTG-TTATTGTTTCTTAGT  749
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
seq2  CTGCTGGTGTTTTAGTAGTCATTCTGGGTGTTTGTTTTTTGTTTCTTAGT  750

seq1  TCTTCTCTCTATATAATCTATGACTTATCTAC-TTATATTGAGCTAGTGT  798
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TCTTCTCTCTATATAATCTATGACTTATCTACTTTATATTGAGCTAGTGT  800

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTG-TGTGTGTGTGTGTGTG  831
      ||||||||||||||||| | ||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTTTTGTGTGTGTGTGTG  834