BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-057A10
Chromosome15 (Build37)
Map Location 32,459,029 - 32,583,447
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSema5a
Upstream geneMarch6, Cmbl, Cct5, A930016P21Rik, LOC667231, Tas2r119, 0610007N19Rik
Downstream geneLOC100040962, Sdc2, Pgcp, 1700084J12Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-057A10.bB6Ng01-057A10.g
ACCDH879015DH879016
length1,1501,071
definitionDH879015|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-057A10, 5' end.DH879016|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-057A10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(32,582,278 - 32,583,447)(32,459,029 - 32,460,106)
sequence
gaattccatctgcttaaaggcattagatagtgtgcactacagaactccaa
aatgatgccaatggtgttgtgtttgtagttccatgttgaacaagcatttg
ttaaattacagctaggaaatgtgggtgtttttgtttgtttctttcagttt
gttttgttgttgtttttatttttatttatttattttcaaattctgttgct
gcttttcagtgagatgcagagcatgggaaacctgcaggcaagttcctttt
cagtaaaccagggcctgttcctcagtaaattttgaatggacctgtagact
cttcagtgcagaggcagattactttcaaggactcactgaaagtatggatc
tgtatctgtatagaaagtacttatctgtacactgcggaaaagtagtatga
ctacatgtatatgtatgtaggtgtacatgccacatacacatacacacata
tacatacatgtacatatacacattcatacacacacatacacacatacata
tacactcatacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacc
atttgataggttcttttaaatccaacgtgattttgtttgtattacaggaa
aataatttgaagtatgatgcagcttcatctgttagtacatggaaggactt
ctactatagaaacatgaagtagaatatgtcagatcttccattagtataga
gcctcctcagagtgagcaggtgaaaggcctgctcaggacccccgtaaatg
ttgtgacttactctcaaaggttgagtgcagaatattgtttttgcatatat
ctttggaatggtataggtcatacttatggtctaaatctcagtgtggacag
atcctgcacatgctcactagccttgtttcccacccacaaatgacacaccc
ctctcagctctactatctctcctaatggttccactgcatctgtgacctca
ctatttccaaactgtcttgtattctttttccccaagctggaaagcaggct
tcttcacattcgcaaacttcctttattcactgctttcctcacaagactga
tggttaccaaaggcggggtaaggcatctctggtgactaatacagagagtg
aatggcatcacggaacctcacgatacaatcctcattgaattctttcttcc

gaattcacccctgcactaaggtcaagcctgttcatttccacttattttct
taacgatgtcagcttatgattgccttaactcctcatgtctgtgaaaggaa
cagacccgagaccacacaacgtcaccattgtaaagacaactgtaatgcag
gctttgttgtaccaagttacttgttccatagagtagcccatatgccatta
ttcaaataatcttaggtgactcatgtgtgattgaaagttttcacagctta
atcctttcaggatacttctctttacatgcccaacgaatattatttcaaaa
gaaaaaccataagtttcatctgctagatatttagcaaatatcatattttc
actatcttgtattagatagattctttatttacatttcaaatgttatccct
tttccaggtctctcctctggaaaccccctaccccatcccctctccctgcc
tctatgagggtgctcccccacccacccacccacctgctcacccactccca
ccttcctgccttggcattcccctacactgaggcatcaaacaccctcaggc
ccaagggccactcctcccatcctccaactgatgttcaagggcatcctctg
ccatatatgtagccggagccatgggtcactctatgtctagtctttggttg
gtgattcagtccctgggagctctagggagtctggctgattgtcactcttg
ttcccaccatggggcagcaaatccccctcagatccttcagtcccttataa
ttaaatgttttttaaagacatacattgggcaactatgaacataagcagag
cagtcctggtactcaactactgtgatgtcgggactctcaagcttgatgga
gctctcattgtgtcatgtacatacagacactttaagaactcctgtataaa
actactcatgctctagtattggaatttcactaatttagcttacagaatgg
acagaccatttttcagaaagtcttacttgactcctaggaataaattattt
tgaactctggaggcagaatatttccctgaacctgtagtctcagccgcctc
tgtgaacacccctataccttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_32582278_32583447
seq2: B6Ng01-057A10.b_49_1198 (reverse)

seq1  GGAAGAAAAGAAATTCTCAATGATGGATTCGTATCTGTGAGGTGTCCCGT  50
      ||||| ||||||    ||||||| ||||| ||||| |||||  || ||||
seq2  GGAAG-AAAGAA---TTCAATGA-GGATT-GTATC-GTGAG--GTTCCGT  41

seq1  GATGGGCAATTCACTCTCCTTGTATTTAGTCACCAGGGAGTGCCTTACAC  100
      |||  || ||||||||||  |||| ||||||||||| || |||||||| |
seq2  GAT--GCCATTCACTCTC--TGTA-TTAGTCACCAGAGA-TGCCTTAC-C  84

seq1  CCGCACTCTGTAAACAATCAGTGCTGTGTGAGTGAAGCAGGTGAATAAAG  150
      |||| || ||  ||| |||||| || ||||||  ||||| ||||||||||
seq2  CCGC-CTTTGGTAACCATCAGT-CT-TGTGAGGAAAGCA-GTGAATAAAG  130

seq1  GAAGTTTGCGAATGTGAAGAAGCCTGCTTTCCAGCTTGGGGAAAAAGAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTTTGCGAATGTGAAGAAGCCTGCTTTCCAGCTTGGGGAAAAAGAAT  180

seq1  ACAAGACAGTTTGGAAATAGTGAGGTCACAGATGCAGTGGAACCATTAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGACAGTTTGGAAATAGTGAGGTCACAGATGCAGTGGAACCATTAGG  230

seq1  AGAGATAGTAAGAGCTGAGAGGGGTGTGTCATTTGTGGGTGGGAAACAAG  300
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATAGT-AGAGCTGAGAGGGGTGTGTCATTTGTGGGTGGGAAACAAG  279

seq1  GCTAGTGAGCATGTGCAGGATCTGTCCACACTGAGATTTAGACCATAAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGTGAGCATGTGCAGGATCTGTCCACACTGAGATTTAGACCATAAGT  329

seq1  ATGACCTATACCATTCC-AAGATATATGCAAAAACAATATTCTGCACTCA  399
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCTATACCATTCCAAAGATATATGCAAAAACAATATTCTGCACTCA  379

seq1  ACCTTTGAGAGTAAGTCACAACATTTACGGGGGTCCTGAGCAGGCCTTTC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTGAGAGTAAGTCACAACATTTACGGGGGTCCTGAGCAGGCCTTTC  429

seq1  ACCTGCTCACTCTGAGGAGGCTCTATACTAATGGAAGATCTGACATATTC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGCTCACTCTGAGGAGGCTCTATACTAATGGAAGATCTGACATATTC  479

seq1  TACTTCATGTTTCTATAGTAGAAGTCCTTCCATGTACTAACAGATGAAGC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTCATGTTTCTATAGTAGAAGTCCTTCCATGTACTAACAGATGAAGC  529

seq1  TGCATCATACTTCAAATTATTTTCCTGTAATACAAACAAAATCACGTTGG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATCATACTTCAAATTATTTTCCTGTAATACAAACAAAATCACGTTGG  579

seq1  ATTTAAAAGAACCTATCAAATGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAAAGAACCTATCAAATGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  629

seq1  GTGTGTGTGTGTATGAGTGTATATGTATGTGTGTATGTGTGTGTATGAAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTATGAGTGTATATGTATGTGTGTATGTGTGTGTATGAAT  679

seq1  GTGTATATGTACATGTATGTATATGTGTGTATGTGTATGTGGCATGTACA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATATGTACATGTATGTATATGTGTGTATGTGTATGTGGCATGTACA  729

seq1  CCTACATACATATACATGTAGTCATACTACTTTTCCGCAGTGTACAGATA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACATACATATACATGTAGTCATACTACTTTTCCGCAGTGTACAGATA  779

seq1  AGTACTTTCTATACAGATACAGATCCATACTTTCAGTGAGTCCTTGAAAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACTTTCTATACAGATACAGATCCATACTTTCAGTGAGTCCTTGAAAG  829

seq1  TAATCTGCCTCTGCACTGAAGAGTCTACAGGTCCATTCAAAATTTACTGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCTGCCTCTGCACTGAAGAGTCTACAGGTCCATTCAAAATTTACTGA  879

seq1  GGAACAGGCCCTGGTTTACTGAAAAGGAACTTGCCTGCAGGTTTCCCATG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACAGGCCCTGGTTTACTGAAAAGGAACTTGCCTGCAGGTTTCCCATG  929

seq1  CTCTGCATCTCACTGAAAAGCAGCAACAGAATTTGAAAATAAATAAATAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCATCTCACTGAAAAGCAGCAACAGAATTTGAAAATAAATAAATAA  979

seq1  AAATAAAAACAACAACAAAACAAACTGAAAGAAACAAACAAAAACACCCA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAAAACAACAACAAAACAAACTGAAAGAAACAAACAAAAACACCCA  1029

seq1  CATTTCCTAGCTGTAATTTAACAAATGCTTGTTCAACATGGAACTACAAA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCCTAGCTGTAATTTAACAAATGCTTGTTCAACATGGAACTACAAA  1079

seq1  CACAACACCATTGGCATCATTTTGGAGTTCTGTAGTGCACACTATCTAAT  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACACCATTGGCATCATTTTGGAGTTCTGTAGTGCACACTATCTAAT  1129

seq1  GCCTTTAAGCAGATGGAATTC  1170
      |||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTAAGCAGATGGAATTC  1150

seq1: chr15_32459029_32460106
seq2: B6Ng01-057A10.g_69_1139

seq1  GAATTCACCCCTGCACTAAGGTCAAGCCTGTTCATTTCCACTTATTTTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCCCTGCACTAAGGTCAAGCCTGTTCATTTCCACTTATTTTCT  50

seq1  TAACGATGTCAGCTTATGATTGCCTTAACTCCTCATGTCTGTGAAAGGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACGATGTCAGCTTATGATTGCCTTAACTCCTCATGTCTGTGAAAGGAA  100

seq1  CAGACCCGAGACCACACAACGTCACCATTGTAAAGACAACTGTAATGCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACCCGAGACCACACAACGTCACCATTGTAAAGACAACTGTAATGCAG  150

seq1  GCTTTGTTGTACCAAGTTACTTGTTCCATAGAGTAGCCCATATGCCATTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGTTGTACCAAGTTACTTGTTCCATAGAGTAGCCCATATGCCATTA  200

seq1  TTCAAATAATCTTAGGTGACTCATGTGTGATTGAAAGTTTTCACAGCTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAATAATCTTAGGTGACTCATGTGTGATTGAAAGTTTTCACAGCTTA  250

seq1  ATCCTTTCAGGATACTTCTCTTTACATGCCCAACGAATATTATTTCAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTTCAGGATACTTCTCTTTACATGCCCAACGAATATTATTTCAAAA  300

seq1  GAAAAACCATAAGTTTCATCTGCTAGATATTTAGCAAATATCATATTTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAACCATAAGTTTCATCTGCTAGATATTTAGCAAATATCATATTTTC  350

seq1  ACTATCTTGTATTAGATAGATTCTTTATTTACATTTCAAATGTTATCCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATCTTGTATTAGATAGATTCTTTATTTACATTTCAAATGTTATCCCT  400

seq1  TTTCCAGGTCTCTCCTCTGGAAACCCCCTACCCCATCCCCTCTCCCTGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAGGTCTCTCCTCTGGAAACCCCCTACCCCATCCCCTCTCCCTGCC  450

seq1  TCTATGAGGGTGCTCCCCCACCCACCCACCCACCTGCTCACCCACTCCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGAGGGTGCTCCCCCACCCACCCACCCACCTGCTCACCCACTCCCA  500

seq1  CCTTCCTGCCTTGGCATTCCCCTACACTGAGGCATCAAACACCCTCAGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCTGCCTTGGCATTCCCCTACACTGAGGCATCAAACACCCTCAGGC  550

seq1  CCAAGGGCCACTCCTCCCATCCTCCAACTGATGTTCAAGGGCATCCTCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGGCCACTCCTCCCATCCTCCAACTGATGTTCAAGGGCATCCTCTG  600

seq1  CCATATATGTAGCCGGAGCCATGGGTCACTCTATGTCTAGTCTTTGGTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATATATGTAGCCGGAGCCATGGGTCACTCTATGTCTAGTCTTTGGTTG  650

seq1  GTGATTCAGTCCCTGGGAGCTCTAGGGAGTCTGGCTGATTGTCACTCTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATTCAGTCCCTGGGAGCTCTAGGGAGTCTGGCTGATTGTCACTCTTG  700

seq1  TTCCCACCATGGGGCAGCAAAT-CCCCTCAGATCCTTCAGTCCCTTATAA  749
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCACCATGGGGCAGCAAATCCCCCTCAGATCCTTCAGTCCCTTATAA  750

seq1  TTAAATGTTTTTTAAAGACATACATTGGGCAACTATGAACATAAGCAGAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATGTTTTTTAAAGACATACATTGGGCAACTATGAACATAAGCAGAG  800

seq1  CAGTCCTGGTACTCAACTACTGTGATGTCGGGACTCTCAAGCTTGATGGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCTGGTACTCAACTACTGTGATGTCGGGACTCTCAAGCTTGATGGA  850

seq1  GCTCTCATTGTGTCATGTACATACAGACACTTTTAAGAACTCCTGTATAA  899
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCATTGTGTCATGTACATACAGACAC-TTTAAGAACTCCTGTATAA  899

seq1  AACTACTCATGCCTCTAGTAATTGGAATTTCACTAAATTTAAGCTTACAG  949
      ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||  || |||||||||
seq2  AACTACTCATG-CTCTAGT-ATTGGAATTTCACTAA--TTTAGCTTACAG  945

seq1  AATGGACAAGACCATATTTCAAGACAGTCTTACTTGAACTCATAGGAATA  999
      ||||||| ||||||| |||| ||| ||||||||||| |||| ||||||||
seq2  AATGGAC-AGACCATTTTTC-AGAAAGTCTTACTTG-ACTCCTAGGAATA  992

seq1  ATTTATTTGAAACTCTGGAGGCAAGAGTATTTCCCTGAACCTGTAGCTAC  1049
      | ||||||  |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |  
seq2  AATTATTTTGAACTCTGGAGGC-AGAATATTTCCCTGAACCTGTAG-TCT  1040

seq1  GAGCCGCCTCTGTGACCACCC--TTACCTTC  1078
       |||||||||||||| |||||   |||||||
seq2  CAGCCGCCTCTGTGAACACCCCTATACCTTC  1071