BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-065H20
Chromosome15 (Build37)
Map Location 78,408,539 - 78,535,222
singlet/doubletdoublet
Overlap genePscd4, Lrrc62
Upstream gene9130218O11Rik, LOC666661, A330102K04Rik, EG545115, LOC666348, LOC666679, 2310016F22Rik, Apol2, Myh9, Txn2, Foxred2, Eif3s7, Cacng2, Rabl4, Pvalb, Ncf4, Csf2rb2, Csf2rb1, 1700061J05Rik, Tst, Mpst, Kctd17, Tmprss6, Il2rb, C1qtnf6, Sstr3, EG626952, Rac2
Downstream geneMfng, Card10, LOC641104, LOC100041601, Cdc42ep1, Lgals2, Gga1, Sh3bp1, Pdxp, Lgals1, Nol12, Triobp, H1f0, Gcat, Galr3, LOC100042603, Ankrd54, Eif3s6ip, 1700088E04Rik, Polr2f, Sox10, LOC100041655, Pick1, Slc16a8, Baiap2l2, Pla2g6, Maff, 4732495E13Rik, Csnk1e, LOC675798, LOC100041676, Kcnj4, Kdelr3, Ddx17, Dmc1, 4933432B09Rik, Pgea1, Tomm22, Josd1, Gtpbp1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-065H20.bB6Ng01-065H20.g
ACCDH884950DH884951
length367885
definitionDH884950|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-065H20, 5' end.DH884951|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-065H20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(78,408,539 - 78,408,905)(78,534,343 - 78,535,222)
sequence
atgtatggatggatgagtagagggatgggtagaatggatatactgataga
tgaatggatacatgagtgtatggatgaatggagagatggatacacagatg
gctgcagtgggtggctacatggatacatagatgcatggatggatgcatgg
atgaatgatgcacacatgggtggatacacatacgtatgtttgtacggatg
aatgaatggagaggtggatcagatggatgatgcatggatggatggtttca
ttcgtggatggatagacagcgatggatgaatggataatggatacacacat
gggtgagtgcatgggtggatgcacagagatgtagatggatgcatggatgg
atggatggatggatgga
gaattctggggagactccttgcaagaggcggcccctggggactgcaaggg
gggttggtttggaagagggactgcaggttttctgccattagacatattac
attgtacgttagatccactttagagatgccagtcgcatgtgtcttggtgt
gccctggaggggatgaaaggaggtaaagttggaggcataggggcacacac
acacacacacacacacacacatgaacatacacacatacgcacacaaacac
atgcacatacacacatacacacaaacacatgcacatacacacatataggc
acaagcacacacacataaacacatgcacatacacacatacaggcacaagc
acacacacatacacacacacacaagcacatgcacacacacatatgcacac
aagcacacacacatgcacacacatacacatacaaacatacacaaacacat
acacatacgggggtcgtggagaaggtccacaggactaccatgccggtgcc
tgatgactttctagaagctgctgtagacctccctcccacccacctggtgt
ccacactgagtcacagcacaattaaccctgctgtcatgatcataggcata
gagggagtgggggaggggctgcaggcctccttcctgccttccaccttgca
gagtgaccctggctagttccacactgtctctagacctcagaataagagct
cagcttcctgcccttgagaacagtgatggaagtcagtggtagacatggaa
cctcccctcttcccaaggctggcctttgaggatcctgtggggggagccag
agctcgccaggaacagctcccatcctcaatggatagggtgtgtaaaaagg
atgttcctgcaaagggaatgatgggtggctcaaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_78408539_78408905
seq2: B6Ng01-065H20.b_50_416

seq1  ATGTATGGATGGATGAGTAGAGGGATGGGTAGAATGGATATACTGATAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATGGATGGATGAGTAGAGGGATGGGTAGAATGGATATACTGATAGA  50

seq1  TGAATGGATACATGAGTGTATGGATGAATGGAGAGATGGATACACAGATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGGATACATGAGTGTATGGATGAATGGAGAGATGGATACACAGATG  100

seq1  GCTGCAGTGGGTGGCTACATGGATACATAGATGCATGGATGGATGCATGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCAGTGGGTGGCTACATGGATACATAGATGCATGGATGGATGCATGG  150

seq1  ATGAATGATGCACACATGGGTGGATACACATACGTATGTTTGTACGGATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATGATGCACACATGGGTGGATACACATACGTATGTTTGTACGGATG  200

seq1  AATGAATGGAGAGGTGGATCAGATGGATGATGCATGGATGGATGGTTTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAATGGAGAGGTGGATCAGATGGATGATGCATGGATGGATGGTTTCA  250

seq1  TTCGTGGATGGATAGACAGCGATGGATGAATGGATAATGGATACACACAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGTGGATGGATAGACAGCGATGGATGAATGGATAATGGATACACACAT  300

seq1  GGGTGAGTGCATGGGTGGATGCACAGAGATGTAGATGGATGCATGGATGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGAGTGCATGGGTGGATGCACAGAGATGTAGATGGATGCATGGATGG  350

seq1  ATGGATGGATGGATGGA  367
      |||||||||||||||||
seq2  ATGGATGGATGGATGGA  367

seq1: chr15_78534343_78535222
seq2: B6Ng01-065H20.g_67_951 (reverse)

seq1  TCCTGAGCCA-CCATC-TCTCCTCTGCAG--ACATCCTTTTTACAC-CCC  45
      || ||||||| ||||| |  ||| |||||  ||||||||||||||| |||
seq2  TCTTGAGCCACCCATCATTCCCTTTGCAGGAACATCCTTTTTACACACCC  50

seq1  TCTCCTTTGAGGATGGG-GCTGTTCCTGGCGAGCTCTGGCT-CCCCCACA  93
      | ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TATCCATTGAGGATGGGAGCTGTTCCTGGCGAGCTCTGGCTCCCCCCACA  100

seq1  GGATCCTCAAGGCCCAGCCCTTGGGGAAGAGGGGAAGGTTCATGTCTACC  143
      |||||||||| | ||||||  | |||||||||||| | | |||||||| |
seq2  GGATCCTCAAAGGCCAGCC--TTGGGAAGAGGGGAGGTTCCATGTCTA-C  147

seq1  CACTGACTTCCATCACTGTTCTCAAGGGCAGG-AGCTGAGCTCTTATTCT  192
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CACTGACTTCCATCACTGTTCTCAAGGGCAGGAAGCTGAGCTCTTATTCT  197

seq1  GAGGTCTAGAGACAGTGTGGAACTAGCCAGGGTCACTCTGCAAGGTGGAA  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTCTAGAGACAGTGTGGAACTAGCCAGGGTCACTCTGCAAGGTGGAA  247

seq1  GGCAGGAAGGAGGCCTGCAGCCCCTCCCCCACTCCCTCTATGCCTATGAT  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGAAGGAGGCCTGCAGCCCCTCCCCCACTCCCTCTATGCCTATGAT  297

seq1  CATGACAGCAGGGTTAATTGTGCTGTGACTCAGTGTGGACACCAGGTGGG  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGACAGCAGGGTTAATTGTGCTGTGACTCAGTGTGGACACCAGGTGGG  347

seq1  TGGGAGGGAGGTCTACAGCAGCTTCTAGAAAGTCATCAGGCACCGGCATG  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGGGAGGTCTACAGCAGCTTCTAGAAAGTCATCAGGCACCGGCATG  397

seq1  GTAGTCCTGTGGACCTTCTCCACGACCCCCGTATGTGTATGTGTTTGTGT  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTCCTGTGGACCTTCTCCACGACCCCCGTATGTGTATGTGTTTGTGT  447

seq1  ATGTTTGTATGTGTATGTGTGTGCATGTGTGTGTGCTTGTGTGCATATGT  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTGTATGTGTATGTGTGTGCATGTGTGTGTGCTTGTGTGCATATGT  497

seq1  GTGTGTGCATGTGCTTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGCTTGTGCCTGT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGCATGTGCTTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGCTTGTGCCTGT  547

seq1  ATGTGTGTATGTGCATGTGTTTATGTGTGTGTGCTTGTGCCTATATGTGT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTGTATGTGCATGTGTTTATGTGTGTGTGCTTGTGCCTATATGTGT  597

seq1  GTATGTGCATGTGTTTGTGTGTATGTGTGTATGTGCATGTGTTTGTGTGC  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTGCATGTGTTTGTGTGTATGTGTGTATGTGCATGTGTTTGTGTGC  647

seq1  GTATGTGTGTATGTTCATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCCCCT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTGTGTATGTTCATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCCCCT  697

seq1  ATGCCTCCAACTTTACCTCCTTTCATCCCCTCCAGGGCACACCAAGACAC  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTCCAACTTTACCTCCTTTCATCCCCTCCAGGGCACACCAAGACAC  747

seq1  ATGCGACTGGCATCTCTAAAGTGGATCTAACGTACAATGTAATATGTCTA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCGACTGGCATCTCTAAAGTGGATCTAACGTACAATGTAATATGTCTA  797

seq1  ATGGCAGAAAACCTGCAGTCCCTCTTCCAAACCAACCCCCCTTGCAGTCC  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCAGAAAACCTGCAGTCCCTCTTCCAAACCAACCCCCCTTGCAGTCC  847

seq1  CCAGGGGCCGCCTCTTGCAAGGAGTCTCCCCAGAATTC  880
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGGCCGCCTCTTGCAAGGAGTCTCCCCAGAATTC  885